中国荷斯坦奶牛CD54基因的克隆与序列分析

运用RT-PCR技术从患乳房炎的中国荷斯坦奶牛乳汁炎性细胞总RNA中扩增出CD54基因,将其克隆入pMD18-T载体中进行测序和遗传进化分析.结果该基因全长1608bp,编码535个氨基酸,其中前28个氨基酸残基构成信号肽序列,482～504位为跨膜区,505～535为胞内区,在胞外区上存在13个N-链糖基化位点,在第394～472aa发现存在1个免疫球蛋白样结构域.与GenBank中报道的牛CD54相比,存在 6个核苷酸变异,导致4个氨基酸发生改变,但N-联糖基化位点的数量和位置没有差异.与其他物种相比,荷斯坦奶牛CD54基因与猪CD54基因亲缘关系相对较近,与人、类人猿和猕猴亲缘性较远,与小鼠和大鼠亲缘性最远.     

树鼩PD-1基因的分离、鉴定及表达分析

PD-1(Programmed cell death 1)是一种抑制性的受体,是免疫球蛋白超家族的成员.大量研究证明PD-1能被诱导而在活化的T淋巴细胞、B淋巴细胞、NKT 细胞和单核细胞上表达,从而在慢性感染的病因学中起着重要作用.树鼩(Tupaia belangeri)做为一个理想的模型可被应用于许多人类感染性疾病如乙型病毒性肝炎.为了充分利用树鼩对于感染性疾病的宿主免疫应答模型,我们分离出树鼩PD-1基因.利用迅速扩增cDNA末端PCR(RACE-PCR)技术,从树鼩脾组织中克隆了PD-1基因的全长cDNA序列.序列分析显示树鼩PD-1 cDNA 的开放阅读框编码一个由242个氨基酸组成的跨膜蛋白,并且和人类、灵长类和啮齿类中的同源基因有高度相似性.组织分布分析表明在所检测的几种组织中PD-1基因只在脾中表达.此外,淋巴细胞刺激实验显示,利用PMA和ionomycin刺激新鲜分离的树鼩外周血单核细胞(PBMCs)能够诱导PD-1 mRNA水平上的表达.我们的结果为将来进一步探讨树鼩的免疫功能提供了良好的基础.     

日本鳗鲡γ-干扰素诱导的溶酶体巯基还原酶(GILT)基因的克隆鉴定与表达分析

在日本鳗鲡(Anguilla japonica)中克隆获得2个γ-干扰素诱导的溶酶体巯基还原酶(GILT)基因AjGILT-1和AjGILT-2,并对其序列进行生物信息学分析,进而利用实时荧光定量PCR分别检测2个基因在不同组织器官中的表达水平,及其在脂多糖(LPS)、聚肌胞苷酸(PolyI:C)刺激和迟缓爱德华氏菌(Edwardsiella tarda)感染后的表达变化.结果显示:2个基因编码的蛋白序列中均含有GILT家族的特征序列CQHGX2ECX2NX4C、活性位点CXXC、2个糖基化位点和11个保守的半胱氨酸残基,基因组序列均含7个外显子和6个内含子.2个基因启动子中都存在多个转录因子结合位点,如γ-干扰素活化位点以及特化蛋白1结合位点;不同的是AjGILT-1启动子区存在多个核因子-1、激活蛋白-1结合位点及干扰素刺激反应元件,而在AjGILT-2启动子区未发现.AjGILT-1在鳃和肠中表达量最高,而AjGILT-2在性腺、头肾和脾脏中表达量最高;除肠道外,同一组织中AjGILT-2的表达量均高于AjGILT-1.LPS、PolyI:C刺激和E.tarda感染后,AjGILT-1与AjGILT-2的表达在鳃中仅有少数变化,而在头肾和中肾中则变化较明显.综上所述,AjGILT-1和AjGILT-2基因可能参与了日本鳗鲡受病毒和细菌感染后的免疫应答.     

藏鸡PPARα基因克隆与生物信息学分析

为阐明藏鸡PPARα基因的结构及功能,利用RT-PCR方法对PPARα基因进行克隆,并进行生物信息学分析.结果表明:克隆获得包括完整开放阅读框的藏鸡PPARα基因序列1430 bp,开放阅读框1404 bp,编码468个氨基酸;藏鸡PPARα蛋白分子量为52.23 ku,等电点为5.85,为不稳定酸性蛋白,存在27个磷酸化位点和4个糖基化位点,无信号肽和跨膜螺旋结构.预测其二级结构中α-螺旋占37.61%,β-折叠占16.67%,无规则卷曲比例占45.73%.该研究结果为揭示PPARα在藏鸡脂代谢中的作用奠定了基础.     

树鼩VEGF全长编码序列的克隆及分子特征分析

树鼩作为研究人类疾病的良好动物模型,近年来引起广泛关注.研究采用RT-PCR技术,从树鼩的肺组织中克隆到血管内皮生长因子（vascular endothelial growth factor,VEGF）的编码序列,并对其三级结构进行了预测.结果显示该基因开放阅读框全长645 bp,编码214个氨基酸.序列比对及三级结构预测显示,树鼩VEGF与人的VEGF有较高的相似性,预示树鼩可能会是研究人类血管相关疾病的良好模型.     

藏黄牛褪黑激素合成酶AA-NAT基因cDNA克隆及序列的比较分析

哺乳动物季节性繁殖主要受褪黑激素调控, 而褪黑激素的分泌受其2个合成酶HIOMT和AA-NAT调控. 分布于青藏高原的藏黄牛和牦牛是典型的季节性繁殖动物, 普通黄牛繁殖则季节性不明显. 比较分析它们三者的AA-NAT序列, 从而进一步研究它们繁殖的季节性. 采用RT-PCR技术,从2个公藏黄牛个体的松果体组织总RNA中分别克隆到AA-NAT基因的表达序列, 并对其进行生物信息学分析. 结果表明:藏黄牛AA-NAT基因的表达序列全长为624bp, 开放阅读框(ORF)为621 bp, 编码207个氨基酸, 预测其表达蛋白分子量为52.3005kDa, 等电点为5.06, 不具有信号肽, 有两个具有较高可能性的跨膜区, 存在4个O连接糖基化位点, 而不存在N连接糖基化位点, 有3个潜在的Ser和3个Thr磷酸化位点. 藏黄牛该基因表达序列核苷酸及编码氨基酸与亲缘关系较远的牦牛一致, 而与亲缘关系较近的普通黄牛却有一定差异, 这可能与繁殖的季节性有关.     

水稻OsPPDK基因的克隆及生物信息学分析

利用比较基因组学方法,通过小麦TaNAM基因序列来设计引物,在早衰水稻品系金23B中寻找TaNAM的同源基因.对获得的c DNA片段进行序列比对分析,发现其与丙酮酸磷酸双激酶(Pyruvate phosphate dikinase,PPDK)基因高度同源,因此将其命名为OsPPDK(Oryza sativa PPDK).为进一步探索OsPPDK基因的功能及其与叶片衰老的关系,根据水稻预测OsPPDK基因序列设计特异性引物,利用RT-PCR技术克隆出OsPPDK基因的编码区,并进行生物信息学分析.结果表明:该基因全长为3 515 bp,包含一个完整的ORF,编码区长2 844 bp,编码947个氨基酸,分子量为102. 79 k D,所编码的氨基酸序列与其他已知的植物来源的PPDK基因相比,相似性大多在80%以上.在PPDK基因所编码的氨基酸序列中,发现了一个PEP利用酶位点信号,3个N-糖基化位点和15个酪蛋白激酶II磷酸化位点,12个蛋白激酶C磷酸化位点,2个酪氨酸激酶磷酸化位点和一个PEP利用酶位点.同时推测出多肽链中有规则重复的构象,并同源建模PPDK蛋白整条肽链的三维空间结构.     

电子芯片在树鼩管理中的应用

摘要: 目的树鼩具有灵活、多动的行为特性,建立一种适合树鼩个体标记简单易行的方法,对于树鼩种群的科学 化管理十分必要。方法随机挑选自繁F1 代的幼龄树鼩和成年树鼩各40 只,采用2. 12 mm × 12 mm,质量为 0. 09 g的电子芯片,通过注射植入树鼩颈背部皮下; 观察芯片植入部位情况并定期复查。结果在注射芯片10 个 月之后,对动物复检结果显示,对大笼内群养树鼩标记有效率为90% ; 单笼饲养树鼩的有效率达到95% 。结论对 树鼩个体采用电子芯片标记技术是一种简单、有效和持久的方法。     

胃癌小鼠模型中T淋巴细胞检测及初步分析

为建立胃癌小鼠模型,检测T淋巴细胞在免疫系统的水平变化,探讨其在胃癌免疫系统中的作用。采用在615近交系小鼠皮下注射MFC胃癌细胞建立胃癌小鼠模型。流式细胞仪检测胃癌小鼠(n=20)及正常小鼠(n=20)脾脏CD4+CD25+Treg及T细胞亚群水平。结果显示,胃癌实验组小鼠脾CD3+T(42.87±4.33)%和CD8+T(36.55±3.15)%细胞较正常组升高(P0.01);CD4+T(55.02±2.64)%细胞及CD4+T/CD8+T(1.48±0.13)细胞比值较正常组降低(P0.01);胃癌实验组小鼠脾CD4+CD25+Treg(2.14±0.91)%细胞较正常组升高(P0.01)。由此可知,胃癌小鼠脾Treg细胞水平升高,CD4+T降低,CD3+T、CD8+T升高,CD4+T/CD8+T比值降低,可能在胃癌细胞免疫逃逸过程中发挥一定作用。     

大熊猫核糖体蛋白S26亚基基因(rps26)的cDNA克隆及序列分析

为了解大熊猫核糖体蛋白亚基rps26基因的结构特点及其与已报道的人和其他哺乳动物核糖体蛋白亚基基因rps26的异同,以大熊猫的肌肉组织为材料,根据已报道的部分哺乳动物核糖体蛋白S26亚基基因(rps26)的相关信息设计引物,运用RT-PCR技术,成功地克隆了核糖体蛋白亚基基因rps26的表达序列,并对其进行了测序及初步分析.结果表明:大熊猫rps26亚基基因的表达序列长为413 bp,开放阅读框(ORF)为348 bp,编码115个氨基酸的蛋白质,该蛋白的相对分子质量为13.025 2×103,等电点为11.61.拓扑预测显示该蛋白含有3个功能位点:1个N-糖基化位点,1个酪蛋白激酶Ⅱ蛄姿峄?位点和1个核糖体蛋白S26e signature位点.进一步分析发现,大熊猫rps26基因与已报道的人、西藏黄牛、野猪、褐家鼠和小家鼠5个哺乳动物物种的表达序列其编码的氨基酸序列具有很高的相似性:编码序列同源性分别为90.23%、91.67%、92.82%、87.36%和86.78%;氨基酸序列同源性均为99.86%.