Comamonas kerstersii细菌致病性的基因组分析（英文）

为了更好地管理Comamonas kerstersii(C.kerstersii)感染,通过分析C.kerstersii菌株121606基因组中的毒力因子基因(VFGs)来了解其毒力和致病性。对已经完成测序的C.kerstersii 121606基因组,通过BLAST搜索VFDB数据库来预测其VFGs。结果表明：C.kerstersii含有大量VFGs,其中一些与其在人体内的生存和生长,以及在胃肠道和肺部的致病性有关。基因组分析表明：C.kerstersii可能是一种细胞内病原体。C.kerstersii所携带的VFGs有助于解释其在文献中所报道的胃肠道感染和临床工作中所遇到的肺部感染中的毒力和致病性,这些数据也为新型抗生素和疫苗开发提供了理想的靶点,以用于治疗C.kerstersii感染。     

新疆玛纳斯河流域抗生素抗性基因的污染分析

抗生素抗性基因(ARGs)是一类新型的环境污染物,可通过基因水平转移在不同的环境介质中传播扩散。本文考察分析了新疆玛纳斯河流域中抗生素抗性基因及耐药菌的污染分布。沿玛纳斯河流域采集了8个表层水样,对四环素类,磺胺类以及大环内脂类三类抗生素耐药菌和七种抗生素抗性基因的含量与分布进行了分析,结果表明:采集的水样对三类抗生素均有耐药性,磺胺类耐药菌的耐药率为85%,其对数值比其他两类高出1.6左右;PCR反应检测ARGs存在情况,除erm A基因外,其它6种ARGs均被检出;荧光定量PCR技术测定ARGs的含量,磺胺类抗性基因(sul1,sul2)的相对丰度较高,均值为3.66×10-3(sul1/16s r RNA)和1.72×10-3(sul2/16s r RNA);水样中各抗性基因的相对表达量sul1sul2erm Btet Wtet Mtet O。上述结果表明,玛纳斯河流域已经受到了ARGs和耐药菌的污染。本研究可以为监测新疆地区水环境中的ARGs提供科学的研究方法,并为流域水污染控制的管理和决策提供科学依据。     

甜瓜致病菌株哈 17A的鉴定及其抗生素敏感性的初步分析

运用16SrDNA序列同源性分析、特异性引物PCR和全细胞脂肪酸分析的方法,对分离自新疆甜瓜罹病植株上的菌株哈17A的分类地位进行了鉴定,同时对其抗生素的敏感性也进行了初步分析。16SrDNA序列同源性分析表明该菌株的遗传进化距离与嗜酸菌属最近。对哈17A基因组的特异性PCR结果表明,能扩增出燕麦嗜酸菌特有的360bp的DNA片段;脂肪酸分析的结果说明,菌株哈17A中检测到13种不同的脂肪酸,其中比例较高的16:1 omega7c/15iso2OH占44.60%,16:0占37.44%。系统谱库中的标准菌株数值匹配结果:相似指数最高的Acidovorax avenaesubsp.cattleyae为0.835,其次A.avenaesubsp.citrulli相似指数为0.737;在其抗生素敏感性检测中,哈17A在分别含有卡那霉素、氯霉素、四环素的5种不同浓度的LB液体培养基中均未见生长,但在加有100μg/mL的氨苄青霉素LB液体培养基中有浑浊出现。以上试验结果表明:哈17A被鉴定为Acidovorax avenaesubsp.citrulli,对卡那霉素、氯霉素、四环素均敏感,对氨苄青霉素(100μg/mL)不敏感。     

STEC的耐药性监测和分析

目的了解各种标本来源的产志贺样毒素大肠杆菌(STEC)对常用抗生素的敏感性.方法采用WHO推荐的K-B法,进行分鉴定菌株对18种抗生素的药物敏感试验,依照NCCLS判定结果.结果各种来源产志贺样毒素的大肠杆菌共46株,O157型23株,其余为非O157型.全部STEC对复方新诺明耐药,对链霉素耐药率为28.3%(13株),氨苄西林为30.4%(14株),红霉素为69.6%(32株),而且有5株对至少4种以上抗生素产生多重耐药,耐药谱为复方新诺明-链霉素-红霉素-氨苄西林.非O157型STEC耐药菌次为122,而O157型为63.结论非O157型STEC对抗生素可能较易形成耐药性.     

甘肃省临夏州、甘南州、定西市结核病耐药现状比较分析

目的了解甘肃省临夏州、甘南州、定西市结核菌对一线药物耐药差异,为我省少数民族及贫困地区结核病防治提供科学依据。方法根据(WHO/IUATLD)结核病耐药监测指南,对成功分离的909例结核分枝杆菌菌株,用绝对浓度间接法进行了药物敏感性实验。对临夏州、甘南州、定西市总耐药、初始耐药、获得性耐药、耐多药及耐药顺位进行分析比较。结果临夏州、甘南州、定西市:初始耐药率17.3%、21.8%、23.5%;初始耐多药率8.2%、5.5%、6.3%;获得性耐药率55.0%、31.0%、48.0%;获得性耐多药率31.9%、9.1%、16.0%。临夏州、甘南州、定西市初始耐药及初始耐多药没有差异;临夏州获得性耐药率高于甘南州;临夏州获得性耐多药率高于定西市和甘南州。结论临夏州、甘南州、定西市耐药的发生高于WHO其他监测地区。获得性耐药、耐多药及耐药顺位各区域间存在明显差异,临夏州、甘南州、定西市耐药现状及各区域间的差异应引起卫生主管部门及各级结核病防治机构的重视。     

SICU病房感染病原菌流行情况调查及耐药性分析

目的:分析2009年至2012年楚雄州医院SICU病房引起感染的病原菌及其耐药情况,为临床合理使用抗菌药物提供帮助。方法:采用法国梅里埃VITEK-2全自动细菌鉴定仪,对4年间楚雄州医院SICU病房培养的病原菌进行鉴定及药敏试验,并利用WHONET5.6软件进行统计分析。结果:4年间SICU病房共检出临床感染病原菌893株,其中革兰阳性菌141株,占15.7%,革兰阴性菌752株,占84.2%。这些菌株分别来自痰、尿、血液、胆汁等,以痰标本多见。在检出细菌中,多重耐药菌株分离率2009年22.1%,2010年30.9%,2011年47.5%,2012年54.3%。从药敏结果看,SICU病房中分离病原菌对常用抗菌药物的耐药率较高,但未发现对碳青霉烯酶类抗生素耐药的肠杆菌科细菌及耐万古霉素肠球菌。结论:医院SICU病房中的感染病原菌多以革兰阴性杆菌为主,多重耐药菌株比例较高,且多重耐药菌株分离率呈逐年上升趋势,应加强区域性细菌耐药监测,以指导临床用药。     

2008年大理学院附属医院肠杆菌科细菌耐药性监测

目的:研究大理学院附属医院2008年临床分离肠杆菌科细菌的耐药状况,为更好地指导临床应用抗生素.方法:收集本院所分离的190株肠杆菌,分析其菌种来源、临床分布和耐药性.细菌分离、培养按常规方法,菌种鉴定采用Vitek-32全自动微生物分析仪,药敏试验采用K-B法.结果:190株肠杆菌科细菌中,菌种来源于口痰76株(40%)、尿液42株(22.1%)、消化道分泌物26株(13.7%)、其它46株(24.2%).分离菌种前3位分别是大肠埃希菌103株(54.2%)、克雷伯菌属37株(19.5%)、肠杆菌属15株(7.9%)、其它35株(18.4%).耐药性分析提示大肠埃希菌对头孢他啶/棒酸、阿米卡星、亚胺培南、氨苄西林,棒酸、哌拉西林/舒巴坦等耐药率较低,分别为5.2%、11.1%、11.3%、13.4%、14.3%;而对氨苄西林高度耐药,为78.9%.结论:临床分离的肠杆菌科细菌耐药性较严重,而头孢他啶,棒酸有一定的效果.     

博落回提取物对鱼肠道抗生素抗性基因接合转移的影响及机制分析

正我校地理科学学院张凯博士2020年获批国家自然科学基金青年项目:博落回提取物对鱼肠道抗生素抗性基因接合转移的影响及机制分析.项目编号:42007209.近年来,养殖业抗生素抗性基因(ARGs)污染日益严重,抗生素替代品逐渐受到重视,博落回提取物(MCE)展现出巨大的应用潜力.目前关于MCE的研究多集中于其在养殖业的应用功效方面,MCE对养殖业ARGs污染的影响研究总体上尚处于起步阶段.该项目首先以斑马鱼为研究对象,构建实验室条件下的渔业养殖体系,探索养殖过程中施用MCE后鱼肠道ARGs丰度的变化规律,     

750株尿液分离细菌及耐药性分析

目的，了解尿液感染常见病原菌的种类及其对抗生素的耐药情况，以指导临床用药。方法收集我院2000年1月到2006年5月本院门诊及住院病人所送的2490份尿液培养标本进行培养，其中分离出病原菌共750株。对长出的细菌用V1TEK-32进行鉴定及药敏试验。结果，尿液标本中感染的细菌以革兰氏阴性杆菌为主，其中又以大肠埃希菌为最多占63．7％；阳性菌最多的是肠球菌和金黄色葡萄球菌。大多数阴性杆菌对亚胺培南敏感，对头孢他定等三代头孢菌素的耐药性呈上升趋势；阳性球菌绝大部分对万古霉素敏感，对其它抗生素的耐药性也较从前增高。这与临床大量使用抗生素，导致耐药菌株的不断出现有关。结论，规范抗生素的管理，合理使用抗生素，减少临床耐药株的出现势在必行。     

一株腐殖质和铁还原菌的分离和鉴定

从广东四会原始森林土壤中分离到一株能高效还原Fe(Ⅲ)和腐殖质(HS)的兼性厌氧菌,编号为CY01.菌株CY01细胞壁革兰氏染色为阴性,细胞为杆状,大小为(1.2～1.5)μm×(0.3～0.4)μm,没有鞭毛,没有运动性,在有氧条件下氧化酶和接触酶均呈阳性反应,最适生长温度为25～30℃C,最适生长pH为6.5～7.0.16S rDNA基因序列分析结果表明:菌株CY01与其亲缘关系最近的属为Comamonas(丛毛单胞菌属),该属内和CY01亲缘关系最近的种Comamonas Koreensis(韩国丛毛单胞菌)的16SrDNA序列相似值为98%,DNA G+C物质的量百分含量为64.8.用Biolog GN2系统鉴定的结果显示,有氧条件下,在提供的96种不同碳源中,CY01只能利用其中的38种.结合菌株CY01的形态学特征、生理生化特性和分子生物学特性,将菌株鉴定为Comamonas Koreensis.该菌所具有的Fe(Ⅲ)和HS还原特性为首次报道.     

细菌耐药性产生机制与控制措施

由于抗生素的不舍理使用导致细菌耐药性越来越严重.医院所有细菌中耐药菌的分离率明显增加,交叉感染越来越严重,抗生素对多重耐药菌(对三种以上抗生素耐药)效果不理想,而中药在抗细菌耐药性方面有突出作用.在努力研发抗耐药性细菌的新的抗生素的同时,应加大对具有良好抗菌活性的中药的开发力度.对细菌耐药性产生的外界因素(药物滥用);...     

致仔猪腹泻大肠杆菌的耐药性与质粒谱分析

对河北省不同地区发病猪场分离的已经过系统鉴定的12株猪源大肠杆菌,采用K-B纸片法进行了15种抗生素的耐药性检测,并提取质粒,对耐药谱和质粒谱型进行了比较分析。结果显示,分离菌株对氨苄西林的耐药率达到了100%,对阿莫西林的耐药率为91.7%,对四环素和复方新诺明的耐药率介于50%～70%。分离菌株存在多重耐药性,以耐4种、6种和7种药物为主,占总数的75%。对分离菌株耐药谱与质粒谱的分析表明,大肠杆菌的质粒携带与细菌的耐药性之间并没有明显的对应关系。     

西双版纳州医院2008年细菌感染分布及耐药性分析

目的:对我院细菌感染分布及耐药性进行调查分析,为临床合理使用抗生素药物提供依据.方法:对我院临床送检的各类标本采用英国Aris全自动微生物鉴定/药敏分析仪进行培养分离、鉴定及药敏试验,对结果进行回顾性统计分析.结果:阳性标本703份,检出率为35.42%,以革兰阴性杆菌检出较高.革兰阴性杆菌498株,占70.84%,主要为大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌及铜绿假单胞菌;革兰阳性菌205株,占29.16%,主要为凝固酶阴性葡萄球菌、肠球菌属和金黄色葡萄球菌.大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌除对亚胺培南敏感外,对其他常用抗生素药物不同程度耐药;铜绿假单胞菌对头孢哌酮、头孢曲松、哌拉西林的耐药率在45.00%～50.00%范围内;耐药率最低的是左氧氟沙星、亚胺培南、氨曲南、头孢吡肟、头孢他啶,耐药性分别为18.42%、21.79%、21.79%、23.1%、25.79%;阴沟肠杆菌除对亚胺培南、阿米卡星敏感外,对青霉素类、一至三代头孢菌素等多药高度耐药.耐甲氧西林葡萄球菌(MRS)检出率为68.37%,其中耐甲氧西林凝固酶阴性葡萄球菌(MRCNS)检出率为85.06%.结论:细菌耐药性较严重,临床医师应重视细菌培养和药敏试验,合理使用抗生素.     

南水北调中线工程水源区抗生素抗性基因多样性研究

为了研究丹江口水库和汉江抗生素抗性基因(Antibiotic Resistance Genes, ARGs)的污染现状与分布规律, 采用高通量测序的方法, 于2014年春季和秋季分别对丹江口水库及汉江沿程的ARGs多样性进行检测。分别在春秋两季样本中检测出21和19类ARGs, 其中9类ARGs是水体ARGs的主要组成部分。杆菌肽类ARGs是水体中最主要的ARGs, 而β-内酰胺类ARGs在春季丹江口水库陶岔采样点中占比最高。秋季水体各采样点的ARGs组成结构差异比春季小, 通过NMDS和ANOSIM分析发现ARGs的组成存在显著的季节差异, 甲氧苄氨嘧啶类、多粘菌素类和多重耐药类ARGs是具有显著季节差异的ARGs种类。由相关性分析发现13类具有互相显著强相关关系的ARGs, 其中相关性最强的ARGs很可能共存于一种微生物中。此外, 四环素类和氨基糖苷类ARGs可能作为预测水源区中与其共存ARGs相对丰度的指示种类。研究结果可为饮用水源区的水质保护和ARGs 污染防治与管理提供科学依据。     

猪源沙门氏菌的耐药性检测与分析

采集辽宁省大连市鲜猪肉78份,选择性培养基分离沙门氏菌,划线纯化后,通过invA 序列对菌株进行鉴定,采用纸片琼脂扩散法(K-B法)检测沙门氏菌对12种抗生素的耐药性。结果共得到15株沙门氏菌,检出率为19.23 %。沙门氏菌对各种抗生素的耐药率在0 ％～73.3 %,其中对硫酸庆大霉素的耐药率最高,为73.3 %;对其他抗菌药物的耐药率依次是盐酸诺氟沙星(60 %)、氟苯尼考、盐酸环丙沙星(53.3 %)>阿莫西林(13.3 %)>头孢噻吩、头孢噻肟、氨苄西林(6.7 %)>头孢曲松、头孢他啶、氨曲南、亚胺培南(0 %),共产生10种耐药谱。由此表明,目前大连市开发区的超市和农贸市场受沙门氏菌污染率较高,并且沙门氏菌对各类抗生素表现出了多重耐药谱,应该给予足够的重视。     

食品源单增李斯特菌喹诺酮类抗生素耐药机制研究

以945株食品源单核细胞增生李斯特菌(Listeria monoocytogens,LM)作为研究对象,分析其对喹诺酮类抗生素耐药的分子机制。采用KB法筛选出喹诺酮类耐药的LM,利用PCR检测喹诺酮耐药决定区(quinolone resistance-determining region,QRDR)的基因突变以及质粒介导喹诺酮耐药(plasmid-mediated quinolone resistance,PMQR)基因的分布情况,结合最小抑菌浓度(MIC)值和外排泵抑制剂利血平分析其外排泵的作用,多位点序列分型(multilocus sequence typing, MLST)结合血清组对耐药菌株进行遗传多样性分析。结果表明:32株耐药菌株中gyrA、gyrB、parC与parE的QRDR均未发生氨基酸突变,且未检测到PMQR相关基因;而7株fepR基因发现新的氨基酸突变位点,其作用机制有待阐明;外排泵基因lde在耐药LM中皆有检出,78.1%(25/32)LM加入利血平后MIC值降低至原MIC的1/2以下,lde可能是导致LM对喹诺酮耐药的重要因素。血清组分析发现32株耐药菌株分属血清组I.1、I.2、II.1、II.2和III,MLST共分为10种ST型,其中ST87、ST9和ST8为优势株,具有一定的致病能力。结果表明,lde是LM产生喹诺酮耐药的重要因素,但LM潜在喹诺酮耐药分子机制仍有待阐明,同时其潜在的致病性应引起重视。     

2009年附属医院产超广谱β内酰胺酶大肠埃希菌耐药性监测

目的:了解大理学院附属医院2009年临床分离的产超广谱β内酰胺酶(ESBLs)大肠埃希菌的分布及耐药性.方法:按美国临床和实验室标准化研究所(CLSI)标准进行ESBLs初筛、表型确证试验和病例回顾性分析.结果:临床各科室共分离肠杆菌科细菌286株,其中大肠埃希菌170株,产ESBLs大肠埃希菌有72株,检出率为42.4%(72/170),产ESBLs菌株对亚胺培南、美洛培南、头孢哌酮/舒巴坦和哌拉西林/他唑巴坦的耐药率分别为1.4%、4.2%、16.7%和16.7%.结论:临床分离大肠埃希菌中产ESBLs菌株耐药性明显高于非产ESBLs菌株,因此加强产ESBLs大肠埃希菌酎药性监测很重要,有助于指导临床医生合理使用抗生素,防止产ESBLs菌株的广泛流行.     

海洋琼胶降解菌FG15基因组从头测序分析

为充分了解琼胶降解菌FG15的基因功能和代谢途径,本研究使用SOAP de novo 2.04对Illumina Hiseq2000平台测序产生的基因片段进行了拼接和组装,同时利用Glimmer 3.02来预测基因的开放性阅读框,并采用蛋白质直系同源基因簇(COG)、基因本体数据库(GO)以及京都基因和基因组百科全书(KEGG)的数据来预测其基因功能,获得了代谢途径.结果表明:FG15的基因组大小为5.10 Mb,G+C含量为44.58%,共有38条Scaffolds,4 922个开放性阅读框,82个tRNA,2个rRNA;通过COG分析可将菌株FG15注释到22种COG功能类型,主要包括细胞代谢、细胞信号转导等;利用GO注释可将FG15注释到3大类39个GO功能亚类上;KEGG分析能将其定位到154个代谢通路中,包括物质代谢、次生代谢产物的生物合成等.次生代谢产物的合成代谢途径精确显示,FG15能合成青霉素和头孢菌素,且其与抗生素抗性实验的结果一致.研究结果为FG15功能基因组学的研究和相关次级代谢产物的生物合成途径以及异源表达的研究提供了理论基础.     

地芽孢杆菌(Geobacillus)YHL的全基因组测序及序列分析

该文采用Illumina 高通量测序技术对地芽孢杆菌(Geobacillus sp. YHL)进行全基因组测序,使用Velet软件进行组装,利用Glimmer软件对菌株进行基因预测,得到的蛋白质通过与COG、KEGG等数据库进行比对来获得相应的注释信息.利用多种绘图工具对注释信息进行汇总及分析,获得了COG、KEGG等多种基础注释信息,对这些信息进行挖掘分析,研究结果发现:该菌株具有多种编码酶基因,包括糖苷水解酶、葡糖苷酶、木聚糖酶、淀粉酶、新普鲁兰酶、支链淀粉酶和脂肪酶,是一种嗜热的多酶编码菌,有一定的应用潜力.重点关注了在基因组中编码热应激蛋白基因,这些基因信息最终可以提供关于细菌的热适应机制的初步解释.     

OmpC高表达与大肠埃希氏菌四环素耐药的关系

大肠埃希氏菌(Escherichia coli)外膜蛋白OmpC与细菌耐药关系密切,但有关其高表达与大肠埃希氏菌耐药的关系研究尚不清楚.为深入探讨OmpC的耐药功能,将ompC克隆到pET-28a载体上进行诱导表达,采用MALDI-TOF质谱分析证明,重组OmpC能够在外膜上大量表达.以此高表达菌株进行四环素耐药试验发现,ompC-pET-28a-BL21的最低抑菌浓度(MIC)值是对照菌株pET-28a-BL21的64倍.研究结果从蛋白质水平进一步证明OmpC在大肠埃希氏菌耐药中的重要作用.