一母系遗传非综合征耳聋家系的线粒体DNA突变分析

在问卷调查及家系随访的基础上,在安徽省淮北市收集到一母系遗传非综合征耳聋家系,利用聚合酶链式反应-限制片段长度多态性分析(PCR-RFLP)和测序技术,检测了该家系成员线粒体DNA(mtDNA)上可导致非综合征耳聋的两个突变热点处(12S rRNA基因上的1 555位点和tRNASer(UCN)基因上的7 445位点)的碱基变化,发现该家系所有母系成员的mtDNA上都有A1555G同质型突变,但7 445位点无异常;进而对该家系两个表型明显不同母系成员(一例具有先天性耳聋表型,另一例听力正常)的mtDNA进行全长测序,结果未在mtDNA上发现除A1555G以外的其他位点突变,只发现了27处多态性序列变化,且两成员的mtDNA无序列差异.说明mtDNA上的A1555G同质型突变是该家系部分母系成员致聋的分子生物学基础之一;推测该家系A1555G突变携带者临床表型的差异可能与mtDNA多态性无关,而更可能是核修饰基因与A1555G突变协同作用的结果.     

视网膜色素变性家系遗传分析及基因诊断

通过对一常染色体显性视刚膜色素变性(RP)家系的连锁分析.发现致病基因与RP4连锁,进一步对RHO基因的突变检测,发现RHO的Pro347Leu突变是该家系的遗传基础,运用该结果对家系中2个年幼个体进行了基因诊断,和其他RHO突变引起的RP病人相比.该家系具有发病年龄早,部分成员伴发白内障的独特症状.     

家族性血小板型出血病16型的遗传诊断与咨询

对1例临床初诊疑似血小板无力症患者结合其家系遗传情况进行基因诊断以明确病因。抽取患者外周血提取DNA,打断DNA并制备文库,通过核酸探针对目标基因编码区和剪切区附近的DNA进行捕获和富集,然后使用高通量测序平台Illumina HiSeq2500进行变异检测,最后对患者及家系成员采用Sanger测序进一步验证。患者ITGA2B基因检出c.2267+1GT的杂合变异,遗传自其父亲,变异与家系中的患者表型紧密连锁。患者疾病明确诊断为由于ITGA2B杂合变异c.2267+1GT引起的家族性血小板型出血病16型。该位点变异为首次报道,研究结果扩展了ITGA2B基因突变谱。     

苯丙氨酸羟化酶基因内点突变的检测与分析

目的 为了检测江苏省地区苯丙酮尿症患血苯丙氨酸羟桦酶基因内突为点及其对ＰＫＵ致病的相关性，从分子水平上提高诊断率。方法：采用了４对引物，外显子４、７、１１、（Ｅ４、Ｅ７、Ｅ１１）及ＳＴＲ，应用多聚酶链反应单链构象多态（ＰＣＲ－ＳＳＣＰ）银染技术检测分析了６个ＰＫＵ家系共２１个成员。结果：２１例检测样品中１个家系４位成员测出Ｅ４基因突变，父母为不同的点突变的携带，子女为遗传复合体。     

遗传性球形红细胞增多症——一家系中SPTA1基因突变分析及产前诊断

对1遗传性球形红细胞增多症(HS)家系进行基因检测分析,为家系成员提供遗传咨询和产前诊断。收集家系成员的临床资料,提取家系成员外周血及羊水细胞DNA,应用蛋白免疫印迹法(Western blot)分析红细胞膜蛋白缺陷情况,用高通量测序、PCR结合Sanger测序检测分析基因突变情况。Western blot结果显示:患儿及其父亲α-血影蛋白表达量减少。高通量测序、PCR结合Sanger测序发现患儿SPTA1基因中存在c.2179_2180delAG和c.3710AG复合杂合突变,分别来自父亲和母亲,均为新突变,其中c.2179_2180delAG为致病突变的可能性大。PCR结合Sanger测序检测胎儿羊水细胞DNA未发现其携带上述突变,胎儿娩出后随访与产前诊断结果一致。本研究发现2个SPTA1基因新突变,扩展了SPTA1基因突变谱,对HS的基因诊断和遗传咨询有重要意义。     

基于HRM方法检测乳腺癌组织TOX3,PPP2R1A,PTEN基因突变

该研究通过高分辨率溶解曲线(HRM)分析法对36例乳腺癌组织TOX3基因的7号外显子、PPP2R1A基因的6号外显子、PTEN基因的5号外显子进行突变位点检测,利用DNA测序分析法进一步验证。结果显示TOX3基因的7号外显子与PPP2R1A基因的6号外显子中无突变,但在PTEN基因5号外显子第1408位核苷酸序列由A突变为T,导致其编码氨基酸由N突变为Y,所检测的36例乳腺癌组织中有11例检测到突变,HRM结果与DNA测序结果分析一致。     

牦牛α-乳清蛋白基因5′-非翻译区部分序列测定及PCR-RFLP分析

用PCR方法扩增了麦洼牦牛α-乳清蛋白基因5′-非翻译区的部分序列.该序列与普通牛的相应序列具有很高的同源性(98.1℅),但存在8个碱基差异,碱基突变类型包括1个缺失,5个转换和2个颠换.应用PCR-RFLP方法分析了麦洼牦牛和九龙牦牛α-乳清蛋白基因-1689位单碱基的多态性,结果在该位点没有检测到多态性.     

牦牛α-乳清蛋白基因5''''-非翻译区部分序列测定及PCR-RFLP分析

用PCR方法扩增了麦洼牦牛α-乳清蛋白基因5'-非翻译区的部分序列.该序列与普通牛的相应序列具有很高的同源性(98.1%),但存在8个碱基差异,碱基突变类型包括1个缺失,5个转换和2个颠换.应用PCR-RFLP方法分析了麦洼牦牛和九龙牦牛α-乳清蛋白基因-1689位单碱基的多态性,结果在该位点没有检测到多态性.     

维吾尔族早发糖尿病家系中MODY1-6基因缺陷的分子筛查

 探讨MODY1-6（HNF4α,GCK,HNF1α,IPF1,HNF1β,NEUROD1）基因是否为一个疑为MODY的维吾尔族早发糖尿病家系的主要致病基因。研究收集新疆喀什地区维吾尔族4代健在的MODY家系一个,抽提两个家系成员的基因组DNA,PCR扩增HNF4α,GCK,HNF1α,IPF1,HNF1β,NEUROD1基因的所有外显子和外显子与内含子拼接区,将PCR产物纯化直接双向测序。结果表明,未发现MODY1-6基因致病突变,但发现了17种多态性变异。HNF1α基因的同义突变Gln497Gln和NEUROD1基因的c.164G>A国内外未见报道,其他都是已报道的MODY基因常见多态性。由此得出,MODY1-6基因的变异不是该维吾尔族MODY家系的主要致病基因。MODY基因突变存在种族异质性,为进一步研究维吾尔族MODY家系分子基础提供了重要的依据。所筛查到MODY基因多态性可能增加了家系内成员糖尿病的易感性,具体机制有待进一步研究。     

并指（趾）缺指（趾）家系IHH基因外显子1检测的报道

目的为了探明并指(趾)缺指(趾)的致病基因。方法选择一些侯选基因，采用PCR和SSCP技术对一个并指(趾)缺指(趾)家系进行研究。首先检测了IHH基因外显子1。结果IHH基因外显子1没有发现异常。结论排除IHH基因外显子1是该并指(趾)缺指(趾)家系的遗传基础。     

五指山猪生长激素基因全序列克隆及序列分析

通过筛选一对引物，PCR扩增五指山小型猪GH基因全序列，并进行克隆测序分析、序列分析及氨基酸分析．结果表明，有98个位点不同，同源性为95．026％，外显子有2个碱基发生了突变，其中外显子2有1个位点的碱基突变导致了氨基酸异义取代。     

导致人视网膜色素变性的RPGR基因突变

用ＰＣＲ－ＳＳＣＰ和ＤＮＡ测序的方法在两个ＸＬＲＰ家系ＲＰＧＲ基因的１２号和９号外显子内各发现一个未报道的突变。这两个突变引起了严重的视网膜色素变性。     

甘露(聚)糖结合凝集素外显子Ⅰ 54位密码子突变的检测方法

对人源甘露糖结合凝集素基因54位密码子点突变的情况进行测定,建立了相关实验室检测方法.采用PCR扩增目的片段,再对产物采用PCR-RFLP测定点突变.检测的哈萨克40例血样54位密码子的点突变情况:野生型为20例,占50%;突变杂合型为20,占50%;突变纯合子为0例,占0%.PCR-RFLP适合实验室检测MBL外显子I54密码子突变情况,可以作为分析依据.     

MTHFR基因C677T点突变的PCR-TGGE检测技术的建立

目的 :建立检测MTHFRC6 77T点突变的PCR -TGGE技术 .方法 :以中国人群外周血基因组DNA为模板 ,用聚合酶链反应扩增该基因外显子 4 ,用温度梯度凝胶电泳 (TGGE)分析检测PCR产物 ,对电泳结果异常者进行DNA测序 .结果 :垂直型TGGE与平行型TGGE均发现该外显子存在杂合性突变 ,经DNA测序证实为C6 77T点突变 .结论 :该技术具有快速、分辨能力高和重复性好的特点 ,是一种有效的检测核酸序列变异和点突变的技术 .     

母系遗传耳聋家系核心成员MTO1基因的突变筛查

根据MTO1基因序列及有关文献,采用Oligo6软件设计并合成了8对引物,扩增了淮阴母系遗传非综合征耳聋大家系10例母系成员(5例听力正常,5例具有严重耳聋症状)的MTO1基因12个外显子及其与内含子交界区的DNA片段.测序结果发现5例具有严重耳聋症状患者的MTO1基因与5例听力正常个体的MTO1基因相应序列完全一致,且与MTO1标准序列相比,无任何序列变化.推测MTO1基因可能不对该家系线粒体DNA A1555G突变具有核修饰效应.     

遗传性牙本质疾病致病基因突变谱的生物信息学研究

运用PolyPhen-2,SignalP 3.0,SplicePort等多种生物信息学软件对遗传性牙本质疾病致病基因(牙本质涎磷蛋白基因)突变谱进行总结和生物信息学分析。在已知60个患者家系中的40个突变中,发现19个错义突变或无义突变发生在DSP结构域,而21个移码突变发生在DPP结构域。在DSP结构域中,1个突变可能改变信号肽剪切位置;4个突变降低信号肽剪切的可能性;10个突变干扰外显子间的剪接;1个突变提前终止翻译过程;还有3个突变可能对多肽的空间结构产生影响。由于在DPP结构域的移码突变缺乏合适的分析软件,尚无法准确评估各个突变发生后的生物学效应。     

肢带型肌营养不良一家系致病基因排除性定位

为了定位一个常染色体显性遗传肢带型肌营养不良家系的致病基因（ADLGMD）,采用13个荧光微卫星标记对收集到的一个包括4代33人的ADLGMD家系进行连锁分析,所选择的标记覆盖了3个已知ADL—GMD致病基因位点和4个已报道的致病基因定位区段．通过Linkage 5．1软件包计算连锁概率,各位点连锁分析所得的LOD值均小于-3,显示该家系致病基因与这7个位点均不连锁．该家系的肌营养不良症致病基因不在已知的位点内,很可能是一个新致病基因．     

新疆绵羊品种Ⅰ型IF基因的遗传多态性分析

为了筛选与绵羊羊毛性状相关联的分子标记,探讨Ⅰ型角蛋白中间丝蛋白基因多态位点在不同绵羊品种中的分布规律.采用PCR-RFLP技术对新疆6个绵羊品种Ⅰ型IF基因第1外显子的多态性进行了检测.结果显示,Ⅰ型IF基因第1外显子经MSP I 酶切后产生2种等位基因和3种基因型,呈现多态.各绵羊品种之间基因型频率和等位基因频率差异不显著(P＞0.05).和田羊和巴音布鲁克羊群体在该位点上处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05).平均He和PIC分别为0.2374和0.2079.     

新型冠状病毒复制依赖基因MTHFD1的表达及功能

【目的】研究新型冠状病毒(SARS CoV 2)复制依赖基因MTHFD1在人群间的功能差异以及该基因与病毒蛋白的相互作用关系。【方法】使用千人基因组计划和gnomAD数据库，系统分析MTHFD1基因的重要功能变异(包括有害错义变异和eQTL变异)在世界不同人群间的分布。并进一步通过蛋白互作数据库STRING和IntAct，以及手工文献检索，寻找与MTHFD1蛋白有相互作用的其他蛋白。【结果】MTHFD1基因上有419个错义突变，其中有害变异195个；大部分的有害变异都是低频的，唯一的例外是变异位点rs10813，它在全世界总人群中等位基因频率大于001且该位点在物种间具有保守性。此外，在肺组织中发现了1个MTHFD1基因的eQTL变异(rs57087457)，该位点在东亚人群中具有更低的等位基因频率，说明在东亚人群中MTHFD1基因可能具有较高表达水平。通过蛋白相互作用研究，发现GGH，ACSL3，MAT2B，ARF6，CUL2，BRD4等6个蛋白与MTHFD1蛋白存在蛋白互作。【结论】在不同人群中，MTHFD1存在天然抗性变异，这些变异的等位基因频率在人群间存在差异，可能对新型冠状病毒的易感性和感染后症状有影响；蛋白互作研究结果则提示MTHFD1基因在新型冠状病毒感染细胞中发挥了多种功能。     

肿瘤相关基因对大肠肿瘤临床诊断及预后应用的研究

目的 探讨Ｒａｓ,Ｐ５３基因对大肠肿瘤的早期诊断及预后的临床应用价值。方法 用聚合酶链反应－单链构象多态性（ＰＣＲ－ＳＳＣＰ）ＥＢ染色技术对２５例大肠肿瘤原发灶组织进行了Ｋｉ－,Ｎ－ｒａｓ第１处显子和Ｐ５３基因５～８外显子的点突变进行检测。息肉性腺瘤组织中１／２（５０％）发生了Ｋｉ－ｒａｓ点突变。在大肠癌组织中,存在Ｎ－ｒａｓ点突变、Ｋｉ－ｒａｓ点突变、Ｐ５３基因５～８外显子突变,大肠肿瘤组织存在