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1.
基于网络药理学、分子对接和细胞实验验证的方法探究芒果苷钠盐(MF-Na)治疗动脉粥样硬化(atherosclerosis, AS)的作用机制.利用TCMSP、STITCH、SWISS、SEA数据库筛选出MF-Na的作用靶点,利用OMIM、GAD、Genecards数据库筛选出AS疾病作用的相关靶点,分别绘制药物靶点、疾病靶点的相互作用网络图.利用Cytoscape3.6.1软件,绘制“化合物-靶标-通路-疾病”关系网络并进行分析.对筛选出的靶点基因进行GO分析和KEGG分析,采用AutoDock Vina软件进行分子对接,评估筛选靶标.最后采用酶联免疫吸附测定法(ELISA)检测了体外TNF-α、NF-κB、IL-6、CCL2和CXCL1的含量,并用免疫细胞化学检测了NF-κB p65和NF-κB p50的表达.筛选出MF-Na相关靶点119个,AS相关靶点433个,药物-疾病共同靶点23个,富集到通路46条.细胞实验证明:MF-Na能显著降低TNF-α、NF-κB、IL-6、CCL2和CXCL1的表达水平,并经过TNF-α/NF-κB/CCL2通路发挥作用.利用网络药理学筛选了MF-...  相似文献   

2.
本研究采用网络药理学方法分析厚朴-杏仁配伍治疗哮喘的潜在作用机制。通过BATMAN-TCM数据库检索厚朴、杏仁的中药化学成分及靶标信息,PALM-IST数据库搜索疾病靶标信息,string数据库构建靶标的蛋白质相互作用网络,利用Cytoscape v3.5.1对药物靶标相互作用进行可视化分析,DAVID数据库和Cytoscape v3.5.1的ClueGO+CluePedia插件对药物关键靶标进行GO生物功能富集分析和KEGG信号通路富集分析。共检索到厚朴-杏仁化合物51个,靶标435个,哮喘疾病相关靶标415个,进而分析得到药物治疗疾病关键靶标14个,包括肿瘤坏死因子、过氧化氢酶、白介素13、β2肾上腺素能受体等;GO基因功能分析主要涉及应激反应调控、先天性免疫反应调控、防御反应、急性炎症反应、刺激反应、凝血止血调节、自我内稳定、活性氧代谢过程等生物过程;KEGG分析主要参与NF-κB、IL-17、FcεRI、Toll受体及FoxO等信号通路。厚朴-杏仁能通过多个靶点、多种途径、多条通路对哮喘的气道慢性炎症、气道重塑和气道高反应起潜在治疗作用。  相似文献   

3.
探讨金莲花4种制剂治疗上呼吸道感染疾病的作用机制.运用多个数据库建立金莲花系列制剂治疗上呼吸道感染的"成分-靶点-通路"网络."成分-靶点-通路"网络图表明金莲花治疗上呼吸道感染疾病的化学成分为槲皮素、刺槐素及β-谷甾醇,靶点为MAPK1、AKT1、TP53、TNF、IL6、STAT1、TGFB1、IFNG、NFKBIA、CXCL8、MYC、CASP8、IL10及CASP3,通路为癌症因子、乙型肝炎、NTF、肺结核、癌症蛋白聚糖、恰加斯病、弓形虫病、单纯疱疹感染、甲型流感及利什曼病信号通路.起治疗作用的最可能靶标和通路为TNF、MAPK1靶点和癌症因子通路.研究表明,金莲花4种制剂通过"多成分、多靶点、多通路"起到治疗上呼吸道感染疾病的作用.  相似文献   

4.
文章利用网络药理学研究连翘脂素潜在减肥靶标及作用机制。首先通过PharmMapper筛选连翘脂素相关靶标,GnenCards筛选肥胖相关靶标,绘制venn图,共筛选到219个连翘脂素减肥相关靶标。其次通过String平台和Cytoscape 3.6.0构建靶标间相互作用网络图、进行可视化分析并筛选核心靶标,包括ALB、AKT1、MAPK1、EGFR、HRAS、CASP3、SRC、IGF-1、MAPK8、ESR1,其它靶标还包括JAK2、CDC42、NQO2、DHFR等。然后利用DAVID6.8进行GO功能富集分析和KEGG通路分析,GO功能富集涉及811个条目,KEGG通路分析得到111条信号通路,主要包括癌症通路、胰岛素信号通路、MAPK信号通路、ErbB信号通路、黏附斑等。最后利用分子模拟技术对连翘脂素减肥相关靶标进行验证,证明连翘脂素与ALB、AKT1、EGFR、HRAS、CASP3、SRC、IGF-1、MAPK8等都有较好的结合活性(结合能小于-5 kcal/mol)。研究通过对成分-靶标-疾病网络分析,从多靶标、多通路阐释了连翘脂素潜在减肥作用机制,为后续深入研究提供了理论依...  相似文献   

5.
为了研究药对丹参-当归作用于阿尔茨海默病的可能机制,通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选出丹参、当归的活性成分,寻找其相关的潜在靶点;并通过预测平台人工检索候选化合物的潜在靶点是否与阿尔茨海默病相关;将靶点信息通过DAVID数据库、KEGG数据库进行靶点和通路分析;构建化合物-靶点作用网络,靶点-通路网络图,化合物-靶点-通路图.结果表明:药对丹参-当归中具有潜在作用阿尔茨海默病活性的成分有β-谷甾醇,豆甾醇,丹参酮Ⅱ、丹参新酮、隐丹参酮、二氢丹参酮,其可能通过抗炎、抗氧化、免疫系统、细胞周期、钙信号通路、神经受体-配体相互作用等机制对阿尔茨海默病起作用.  相似文献   

6.
目的:基于网络药理学的方法探讨了治疗川崎病的常用药对牡丹皮-赤芍发挥作用的潜在机理。方法:用TCMSP数据库对牡丹皮-赤芍药对的有效成分和相关靶点进行检索筛选,基于GeneCards和OMIM数据库搜索川崎病有关靶点,通过Venny工具分析牡丹皮-赤芍药对治疗川崎病的交集靶点。共有靶点经STRING数据库与Cytoscape3.7.2软件构建PPI网络图,使用R语言分析GO功能和KEGG富集情况,经分子对接技术评价关键靶点与主要成分的结合力。结果:筛出牡丹皮-赤芍药对36个活性成分,243个潜在靶点,川崎病相关靶点1619个,活性成分-疾病共同靶点100个。PPI网络中核心靶点主要涉及MYC、HIF1A、AKT1、JUN等。GO功能分析获取GOBP条目1883条,GOCC条目40条,GOMF条目147条;KEGG富集得到168条信号通路,靶点集中在AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路和TNF信号通路等。分子对接结果中,槲皮素、山柰酚与JUN、AKT1、CASP3具有较好的结合能力。结论:牡丹皮-赤芍药对通过细胞氧化应激反应和血管内皮生长因子等生物过程,经多成分、多靶标、多通路作...  相似文献   

7.
通过网络药理学的方法对槐花丸治疗结肠炎的作用机制进行探索和研究.通过TCMSP和ETCM数据库找到槐花丸的主要成分,通过Swiss Target Prediction对成分靶点进行预测;使用OMIM、GeneCards、TTD Database和MalaCards数据库以"colitis"为关键词进行检索,获得结肠炎相关的疾病靶点;将疾病靶点与主要成分靶点进行交集得出药物作用成分;使用Cytoscape软件绘制出药物的主要作用成分-靶点相互关系网络图;使用STRING平台导出药物的蛋白与蛋白相互作用(PPI)网络图.应用DAVID数据库对核心靶点进行GO分析及KEGG相关通路分析,并对KEGG信号通路进行可视化.得到槐花丸共有54个主要作用成分,其中26个成分活性较好,可能作用于STAT3、TP53、MAPK3、AKT1、TNF、VEGFA等关键靶点,参与91条信号通路.通过绘制药物成分-疾病靶点网络、药物蛋白与蛋白相互作用网络等多条途径,对槐花丸治疗结肠炎的作用机制进行了初探和研究,为其他相关研究提供了依据,为其后续临床疗效评价指标的筛选提供了研究方向.  相似文献   

8.
本研究采用网络药理学方法分析厚朴-杏仁配伍治疗哮喘的潜在作用机制。通过BATMAN-TCM数据库检索厚朴、杏仁的中药化学成分及靶标信息,PALM-IST数据库搜索疾病靶标信息,string数据库构建靶标的蛋白质相互作用网络,利用Cytoscape v3.5.1对药物靶标相互作用进行可视化分析,DAVID数据库和Cytoscape v3.5.1的ClueGO+CluePedia插件对药物关键靶标进行GO生物功能富集分析和KEGG信号通路富集分析。共检索到厚朴-杏仁化合物51个,靶标435个,哮喘疾病相关靶标415个,进而分析得到药物治疗疾病关键靶标14个,包括肿瘤坏死因子、过氧化氢酶、白介素13、β2肾上腺素能受体等;GO基因功能分析主要涉及应激反应调控、先天性免疫反应调控、防御反应、急性炎症反应、刺激反应、凝血止血调节、自我内稳定、活性氧代谢过程等生物过程;KEGG分析主要参与NF-κB、IL-17、FcεRI、Toll受体及FoxO等信号通路。厚朴-杏仁能通过多个靶点、多种途径、多条通路对哮喘的气道慢性炎症、气道重塑和气道高反应起潜在治疗作用。  相似文献   

9.
目的:通过网络药理学方法分析鸦胆子作用于卵巢癌的潜在基因靶点及信号通路,探讨其治疗卵巢癌潜在作用机制.方法:利用中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)检索出鸦胆子的有效成分并预测其潜在基因靶点,利用DRUGBANK、DisGeNET、OMIM等数据库检索出与卵巢癌相关的基因靶点,Cytoscape软件构建出成分-基因靶点-信号通路的网络关系图,应用DAVID及KEGG分析出鸦胆子治疗卵巢癌的潜在作用机制.结果:最终检索出鸦胆子有效成分12个,预测相关的基因靶点有124个;与卵巢癌作用机制有关的基因靶点有622个,其中二者有交集的关键基因靶点有33个;主要富集在mTOR、VEGF等14个信号通路,涉及细胞信号转导、基因表达调控及转录、翻译的调节等多个生物学过程.结论:应用生物信息学技术初步预测出鸦胆子治疗卵巢癌的潜在作用机制,为进一步深入研究提供了参考和依据.  相似文献   

10.
通过中医传承辅助系统挖掘痔疮治疗新方,联合整合药理学平台分析新方潜在作用分子靶点和信号通路.以《中医方剂大辞典》为基础汇编痔疮治疗中药方剂数据库,通过辅助系统软件计算获得药物使用频次并挖掘新方.以整合平台提供的功能模块进行靶标推算、网络布局等计算,建立新方的成分-靶标网络、新方-痔疮相关靶标网络,在功能分析和通路分析结果推导并揭示了新方作用的痔疮相关靶标分子机制.结果表明:完成对痔疮组方数据库提供的295个方剂进行分析,计算得到方剂药物使用频次,获得3首新方剂,深入研究了新方剂的分子机制.运用中医传承辅助系统以及整合药理学平台,可以从宏观和微观角度对痔疮的中药治疗挖掘新方并研究潜在分子机制,为研究中医方剂的计算推演提供了方向指导.  相似文献   

11.
研究运用网络药理学方法筛选地瓜藤的活性成分,并构建地瓜藤活性成分—作用靶点网络和蛋白相互作用网络,对靶点涉及的生物功能和通路进行分析,探讨地瓜藤抗糖尿病的作用及机制。整理文献报道,并结合BATMAN数据库及TCMSP数据库获取地瓜藤的活性化合物,再通过TTD数据库筛选地瓜藤活性化合物的作用靶点,建立靶点数据集,OMIM数据库筛选糖尿病相关的靶标,PPI数据库构建地瓜藤和糖尿病的交互靶标,用Cytoscape软件构建"成分-靶点-疾病"交互网络图,并通过生物学信息注释数据库(DAVID)富集分析涉及的靶点基因功能及信号通路。筛选得到地瓜藤10个活性成分,网络分析表明地瓜藤活性成分涉及细胞肿瘤抗原p53、雌激素受体、Caspase-3、胰岛素受体、转录因子E2F1等靶点39个,通过调节胰岛素抵抗、TNF信号通路、2型糖尿病信号通路、胰岛素信号通路等信号通路来发挥其抗糖尿病的作用。研究结果体现了地瓜藤抗糖尿病具有多成分—多靶点—多途径的特点,为进一步研究地瓜藤抗糖尿病的作用及分子机制提供了新思路和新目标。  相似文献   

12.
为了研究百合治疗认知障碍的作用机制,采用网络药理学方法从TCMSP数据库中筛选出百合的7种主要活性成分及其潜在的465个作用靶点.在GeneCards,OMIM,PharmGkb,CTD,DrugBank数据库中获取认知障碍疾病靶点,然后取百合化学成分与认知障碍靶点两者交集,得到“药物成分—疾病”交集靶点44个.采用Metascape利用STRING数据库,构建交集靶点蛋白相互作用(PPI)网络图,筛选后得到核心靶点与核心成分,其中MAOB(单胺氧化酶B)、CASP3(半胱天冬氨酸蛋白酶3)、ESR1(雌激素受体)、JUN(1号染色体的基因)、CASP8(天冬氨酸蛋白水解酶8)、CASP9(天冬氨酸蛋白水解酶9)、PGR(类固醇受体基因)、AR(肾上腺素能受体)、SLC6A3(多巴胺转运蛋白基因)、PTGS2(环氧合酶-2)为百合药效成分抗认知障碍作用的关键靶点蛋白.利用DAVID和Metascape平台进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,采用AutodockVina平台实现分子对接.结果表明,百合的4个活性化合物与10个认知障碍关键核心靶标相关,参与调节的关键信号通路有30条.其中,度值较大的化学成分有豆甾醇、3-去甲秋水仙碱、β-谷甾醇、松香酸;度值较大的靶点蛋白有MAOB,PTGS2,CASP3,CASP9等;主要涉及的通路有神经活动配体—受体相互作用通路、钙离子信号通路、小细胞肺癌通路等.百合治疗认知障碍的作用机制可能是通过抑制单胺氧化酶B的活性,改善认知功能.  相似文献   

13.
运用网络药理学及分子对接方法,探讨茵栀黄颗粒治疗肝纤维化的作用机制。通过中药系统药理学数据库与分析平台,对茵栀黄颗粒中4味药材进行活性成分筛选,利用SwissTargetPrediction数据库进行靶点预测;在GeneCards数据库中进行检索,获取肝纤维化相关的靶点,构建维恩图;运用DAVID数据库进行GO(gene ontology)功能和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析,运用Cytoscape3.9.0软件绘制成分-靶点网络图和靶点-通路网络图,通过STRING数据库与Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用网络图,利用AutoDock Tools对关键活性成分和核心靶点进行分子对接,验证网络药理学分析结果。通过口服生物利用度和类药性参数筛选出茵栀黄颗粒中的43个活性成分,肝纤维化相关靶点111个;GO功能富集分析得到生物过程条目346个,细胞组成条目32个,分子功能条目76个;KEGG通路富集分析筛选得到96条(P<0.05)信号通路,主要涉及PI3K-Akt信号通路、乙型肝炎、丙型肝炎、TN...  相似文献   

14.
采用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索地榆-茜草药对的主要活性成分,并对筛选出成分的靶点进行预测,靶点不全者以Swiss Prediction数据库进行预测.在DrugBank、GeneCards等数据库检索异常子宫出血的疾病相关靶点.构建成分-靶点网络,并提取出关键靶点进行GO分析及KEEG分析.地榆-茜草药对共检出符合条件的候选化合物26个,289个作用靶点,并获得2 898个疾病靶点.药物相关靶点疾病相关靶点作交集获得194个潜在治疗靶点,最终筛选出30个靶点为核心靶点.GO富集分析,共得到290个相关条目.其中生物途径(BP)条目231个,细胞组分(CC)条目18个,分子功能(MF)条目41个(均P<0.05).KEEG通路富集分析,共得到86个信号通路.结果可见,地榆-茜草药对治疗异常子宫出血的潜在主要活性成分为:槲皮素、β谷甾醇、山奈酚、茜草素B及地榆皂苷Ⅰ.潜在关键靶点为ATK1、CASP3、STAT3、HIF1A、MMP9等.潜在关键的生物学进程及通路包括:癌症通路、TNF信号通路等.  相似文献   

15.
将网络药理学和分子对接技术相结合,旨在探析麻杏石甘汤治疗新型冠状病毒肺炎(Corona Virus Disease 2019,COVID-19)邪热壅肺证的潜在药效物质,并预测其作用机制.首先利用中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)筛选麻杏石甘汤的主要活性成分及作用靶点,并运用Cytoscape 3.7.1软件构建"活性成分-靶点"网络并进行分析.借助Uniprot数据库和Genecards数据库分别获取靶蛋白基因名和疾病相关靶点,将二者的共同靶点上传STRING数据库构建蛋白质相互作用核心网络,筛选出核心靶标.通过DAVID 6.8数据库进行基因本体(Gene Ontology,GO)功能富集分析和KEGG (Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析.最后利用分子对接软件将关键活性成分与潜在治疗COVID-19的作用靶点进行对接筛选.结果表明,麻杏石甘汤采用多种活性成分作用于多个靶点,通过炎症通路、抑制细胞因子风暴、免疫调节等多条途径,从而对新型冠状病毒肺炎发挥治疗作用.  相似文献   

16.
通过TCMSP和BATMAN-TCM数据库筛选经验方中的中药化合物及作用靶点;通过GeneCards、DRUGBANK、TTD数据库查找骨髓炎疾病相关靶点,取疾病与中药化合物靶点的交集靶点预测清髓消炎汤治疗骨髓炎的潜在靶点.运用Cytoscape软件构建分析“中药-成分-成分作用靶点-疾病靶点”网络图;利用STRING数据库平台分析作用靶点PPI网络;通过DAVID、微生信数据库对作用靶点进行GO功能和KEGG通路的富集分析.利用AutoDockTools及PYMOL软件对清髓消炎汤中核心靶点与疾病的核心靶点进行分子对接与体外实验验证清髓消炎汤对骨髓炎常见耐药菌MRSA的抑制,探索清髓消炎汤治疗骨髓炎的作用机制.筛选得到清髓消炎汤中289个成分靶点,骨髓炎有944疾病靶点,得到交集靶点83个.通过网络拓扑学分析得到主要有效成分quercetin、luteolin、fisetin、kaempferol、baicalein、naringenin,主要作用靶点TNF、IL-6、IL-10、STAT3、IL-1β、MAPK14等.主要成分与靶点分子对接结果均为负数,均有很好的自由结合能力.清髓...  相似文献   

17.
基于网络药理学理论,采用生物信息学手段对中药黄芪中治疗乳腺癌有效成分及其机制进行探讨.一方面通过TCMSP中草药系统药理学平台筛选出黄芪的有效成分,另一方面通过GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD、DrugBank和DisGeNET等数据库查找与乳腺癌相关靶点.而后,利用筛选出的有效成分和靶点构建"药物-成分-靶点-疾病"网络图,借助STRING数据库平台探究蛋白质互相作用关系,并进行GO分析和KEGG通路富集分析.采用分子对接技术将黄芪中的主要活性成分槲皮素与JUN、RELA、ESR1、MYC、MAPK1、FOS、HIF1A、MAPK14、AKT1、CCND1和IL-2等靶点进行分子对接.最后进行槲皮素(quercetin)对人乳腺癌MCF-7和MDA-MB-435细胞模型进行体外实验验证,结果表明黄芪可能主要是通过其活性成分槲皮素实现其抗乳腺癌的作用.本研究初步探讨黄芪治疗乳腺癌具有的多靶点、多通路的潜在作用机制,可进一步为黄芪抗乳腺癌有效成分的筛选验证提供依据.  相似文献   

18.
运用网络药理学探讨当归治疗乳腺癌的作用机制。运用中药药理学数据库(TCMSP)设定药物口服利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥0.18,筛选出当归125种活性成分,通过Gene Cards、OMIM等数据库查寻乳腺癌基因。使用Cytoscape软件构建当归治疗乳腺癌的“成分-靶标-疾病”网络图,将关键核心靶点导入STRING库,绘制蛋白质互作(PP2)网络图,对PPI可视化分析。对核心靶点进行GO、KEGG分析,探究当归治疗乳腺癌的物质基础及作用机制。筛选出当归主要有效活性成分2个,作用于40个靶标,GO功能富集提示的生物学过程及功能集中在G蛋白偶联胺受体活性(9个蛋白)、突触后神经递质受体活性(7个蛋白)、神经递质受体活性(7个蛋白)、被动跨膜转运蛋白活性(7个蛋白)等。KEGG分析揭示当归治疗本病主要以Ca信号、p53信号、Estrogen信号等通路为主。通过本次研究可探讨当归治疗乳腺癌的机制,为新药等研发提供依据。  相似文献   

19.
基于网络药理学方法探讨尪痹方治疗类风湿性关节炎(rheumatoid arthritis, RA)的潜在机制。应用中药系统药理学数据库与分析平台筛选出尪痹方的化学成分及作用靶点,GeneCards数据库检索RA相关靶点,维恩图获取药物与疾病交集靶点,利用STRING数据库得到蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络信息,使用Cytoscape构建药物-有效成分-靶点-疾病网络与PPI网络图,通过DAVID数据库对共同靶点进行基因本体(gene ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)分析。使用SYBYL-X 2.1.1软件进行分子对接验证。经过筛选得到32个有效成分及99个相关靶点,核心靶点为IL-6、TNF、AKT1、VEGFA、PTGS2等。GO功能富集分析主要涉及RNA聚合酶II启动子转录的正调控等生物过程,KEGG通路富集分析主要涉及TNF信号通路、T细胞受体信号通路、Toll样受体信号通路、破骨细胞分化等信号通路。分子...  相似文献   

20.
运用数据库及可视化软件分析黄芪-白茅根治疗慢性肾小球肾炎(chronic glomerulonephritis,CGN)的有效活性成分并探讨其潜在作用机制。通过中药系统药理学数据库与分析平台及BATMAN-TCM数据库收集黄芪-白茅根活性成分,SwissTargetPrediction和Uniprot数据库进行靶点标准化处理;通过GeneCards、OMIM、DisGeNET、Drugbank、DiGSeE数据库筛选CGN相关靶点;应用 Cytoscape软件构建相关网络图;利用Omicshare平台进行基因本体(gene ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)分析;采用AutoDock Vina及LigPlot进行核心成分与核心靶点的对接。黄芪-白茅根中共筛选出27个活性成分和271个活性成分靶点。对143个药物和疾病的交集靶点进行分析,获得7 084个GO相关过程,230个KEGG信号通路,其中差异的有4 663个GO相关过程,159个KEGG信号通路。分子对接发现本研究筛选的核心成分与靶点拥有较好的结合能。研究表明黄芪-白茅根是通过多成分、多靶点、多通路的作用方式发挥治疗CGN的作用,为CGN的治疗提供了重要的科学依据。  相似文献   

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