基于网络药理学和分子对接研究丹参治疗浆细胞性乳腺炎的作用机制

利用网络药理学初步分析丹参治疗浆细胞性乳腺炎的作用机制,应用分子对接辅助研究丹参中活性化合物与浆细胞性乳腺炎主要靶点的亲和力,以证明筛选出的活性物质确实可与疾病靶点结合。基于中药系统药理学数据库与分析平台筛选丹参中的有效活性成分及这些成分的相关作用靶点,构建中药-成分-靶点网络,利用GeneCard数据库和DisGeNET数据库筛选浆细胞性乳腺炎的高相关性基因靶点,将药物成分靶点与疾病基因靶点相互映射,得到药物-成分-靶点-疾病网络,分析网络得到潜在药物活性化合物及潜在作用基因靶点,将此潜在作用靶点导入STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络。利用DAVID数据库对潜在作用靶点进行生物功能及代谢通路分析。对筛选到的高相关性活性成分和靶点进行分子对接,选择浆细胞性乳腺炎相关度最高的靶点IL-6、ICAM1和PGR,在PDB数据库中找到其三维蛋白结构,后在Zinc数据库中找寻丹参活性成分的分子结构,利用autodock4.0软件将蛋白与分子相对接。得到中药有效活性物质59个及其相关作用靶点132个,疾病相关靶点125个,映射后得到BCL2L1、EDNRA、ERBB2、ICAM1、IFNG、IL-4、IL-6、NR3C1、PGR、STAT3等10个潜在作用靶点,基因本体富集分析后找到潜在作用靶点共14个生物过程,京都基因与基因组百科全书分析后筛选得到16条信号转导通路,以乳腺癌通路、癌症信号通路、库欣综合征通路、NF-κB信号通路等通路为主。分子对接表明筛选出的药物活性成分与潜在作用靶点确有较大的亲和力。该研究初步筛选出了丹参治疗浆细胞性乳腺炎的物质基础,并揭示了丹参治疗该病症是通过多成分、多靶点、多途径共同调控。     

基于网络药理学和分子对接探讨智脑胶囊改善阿尔茨海默病的作用机制

借助网络药理学和分子对接技术,探讨智脑胶囊改善阿尔茨海默病的干预机制。通过TCMSP、TCMID等多个数据库寻找与智脑胶囊相关的化学成分及其作用靶点;利用GeneCard等数据库获取阿尔茨海默病的作用靶点;运用Venny2.1网站筛选出药物与疾病的交集靶点;使用STRING平台和Cytoscape软件进行拓扑分析得到智脑胶囊治疗阿尔茨海默病的核心作用靶点;采用Metaspace数据库对潜在核心作用靶点进行GO(gene ontology)及KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析;利用AutoDock软件使用分子对接验证活性化合物与核心靶点的结合能力。结果表明：在智脑胶囊中共筛选出44个活性成分和292个有效靶点,智脑胶囊与阿尔茨海默病共同靶点58个;蛋白质-蛋白质相互作用得出关键靶点包括AKT1、IL-6、TNF等;GO分析共包含1 419条,KEGG得到175条代谢通路,主要包括脂质与动脉硬化、TNF信号通路;分子对接显示关键成分与靶点具有良好的结合能力。研究表示智脑胶囊可能通过脂质与动脉硬化和TNF信号通路等途径来减轻...     

基于网络药理学预测丹参-柴胡药对治疗酒精性肝病的作用机制

基于网络药理学方法预测丹参-柴胡药对治疗酒精性肝病的作用机制。通过数据库筛选丹参、柴胡的有效活性成分及相应的靶蛋白,并预测和筛选丹参-柴胡药对治疗酒精性肝病的作用靶点。运用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-成分-靶点-疾病网络图。绘制关键靶点蛋白质-蛋白质相互作用(protein protein interaction, PPI)网络。采用Metascape数据库对有效作用靶点进行基因本体（gene ontology, GO）注释分析、京都基因和基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)通路富集分析。筛选出丹参化合物65个,有效靶点162个,柴胡化合物17个,有效靶点251个。通过筛选得到丹参-柴胡药对与酒精性肝病的交集靶点161个。PPI网络发现AKT1、IL6、TP53、VEGFA、TNF、CASP3、EGF等可能是丹参-柴胡药对治疗酒精性肝病的关键靶点。GO注释分析涉及对无机物的反应、对有毒物质的反应、膜筏、枝晶、转录因子结合、蛋白质结构域特异性结合等信号通路。KEGG通路分析涉及肿瘤信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化、癌症中的蛋白多糖、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路等通路。初步探究了丹参-柴胡药对治疗酒精性肝病的关键靶点和涉及的生物学过程及信号通路,发现其作用是多靶点、多通路的。     

基于网络药理学的猫爪草治疗结核病作用机制研究

通过网络药理学方法探讨猫爪草治疗结核病的作用机制。运用中药系统药理学数据库与分析平台筛选猫爪草的活性成分和相关作用靶点;借助GeneCards数据库检索疾病靶点,活性成分靶点与疾病靶点作交集得到猫爪草作用于结核病的预测靶点;运用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络图;将交集基因进行基因本体分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析;最后应用AutoDock软件进行活性成分及潜在靶点之间的分子对接验证。筛选得到猫爪草的活性化合物12个,其有效活性成分主要作用于结核病的关键靶点有CASP3、CASP8、CASP9、BCL2和BAX。KEGG结果表明,猫爪草可能通过调节细胞凋亡信号通路从而对结核病进行干预。分子对接得到猫爪草的主要成分是豆甾-4,6,8、维太菊苷、豆甾醇、豆甾醇葡萄糖苷、谷甾醇乙酸酯和β-谷甾醇,对BAX、CASP3和CASP9作用明显。本研究从分子水平探讨了猫爪草治疗结核病的活性成分与潜在靶点,初步验证了其作用机制。     

黄芪-白茅根治疗慢性肾小球肾炎作用机制的可视化分析

运用数据库及可视化软件分析黄芪-白茅根治疗慢性肾小球肾炎(chronic glomerulonephritis,CGN)的有效活性成分并探讨其潜在作用机制。通过中药系统药理学数据库与分析平台及BATMAN-TCM数据库收集黄芪-白茅根活性成分,SwissTargetPrediction和Uniprot数据库进行靶点标准化处理;通过GeneCards、OMIM、DisGeNET、Drugbank、DiGSeE数据库筛选CGN相关靶点;应用 Cytoscape软件构建相关网络图;利用Omicshare平台进行基因本体(gene ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)分析;采用AutoDock Vina及LigPlot进行核心成分与核心靶点的对接。黄芪-白茅根中共筛选出27个活性成分和271个活性成分靶点。对143个药物和疾病的交集靶点进行分析,获得7 084个GO相关过程,230个KEGG信号通路,其中差异的有4 663个GO相关过程,159个KEGG信号通路。分子对接发现本研究筛选的核心成分与靶点拥有较好的结合能。研究表明黄芪-白茅根是通过多成分、多靶点、多通路的作用方式发挥治疗CGN的作用,为CGN的治疗提供了重要的科学依据。     

基于网络药理学卷柏活血通经的作用机制分析

通过网络药理学分析来探讨卷柏活血通经作用可能的分子作用机制.通过查阅文献及在TCMSP数据库中获取卷柏可能的主要活性成分,并对其进行筛选,利用Gene-Cards、OMIM数据库预测活血通经疾病(痛经、经闭、抗血栓、抗凝血)相关基因,构建卷柏活性成分-靶点-通路相互关系网络,对靶点进行GO及KEGG分析,结果显示,卷柏共有12种活性成分可能作用于AKT1,ALB,VEGFA,EGFR,PTGS2和MMP2等靶点,10条信号通路;通过活性成分-蛋白靶点-通路相互网络来揭示卷柏活血作用,为系统阐明卷柏主要成分活血通经的分子机制提供了参考和思路.     

基于网络药理学的忧遁草治疗乙型肝炎的成分分析及作用机制研究

目的:以网络药理学知识为基础,探寻忧遁草治疗乙型肝炎的活性成分与作用机制.方法:基于传统中草药数据库与化合物信息数据库全面挖掘忧遁草活性成分,利用虚拟对接平台预测筛选各组分靶蛋白,通过化合物-蛋白-疾病互作网络确定忧遁草治疗慢性乙型肝炎的重要靶点,结合生物信息学手段、GO分析及KEGG信号通路富集,分析忧遁草治疗慢性乙型肝炎的活性成分及分子机制.结果:获得忧遁草类药成分27种,其中治疗乙型肝炎有效成分16种,数据库挖掘及维恩分析获得疾病-化合物重叠靶基因20个,筛选出关键节点与Hub节点,富集分析显示忧遁草可能通过凋亡、炎症、免疫等多个方面,对多个靶点、多个通路产生调控作用.结论:忧遁草可能通过多重作用靶点,参与调控多条主要信号通路,影响多类细胞的功能,从而起到治疗乙型肝炎的作用.     

基于网络药理学预测苎麻根治疗自然流产的作用机制

为初步探究苎麻根治疗自然流产的药效成分及作用机制,本研究首先利用TCMSP及化学专业数据库等收集苎麻根的化学成分,并根据药代动力学参数筛选出苎麻根候选活性成分,然后进行苎麻根潜在蛋白靶点的预测;同时利用DiGSeE等搜索已报道的与自然流产相关的基因,将苎麻根相关基因靶点与流产相关基因靶点进行匹配,得到苎麻根活性成分治疗自然流产的潜在靶点,并对这些靶点进行通路的富集与分析,最后对苎麻根治疗自然流产的活性成分-蛋白靶点-信号通路网络进行可视化。研究初步预测苎麻根治疗自然流产的作用机制,为进一步研究苎麻根的保胎作用提供思路。     

基于网络药理学预测地瓜藤抗糖尿病的作用及分子机制

研究运用网络药理学方法筛选地瓜藤的活性成分,并构建地瓜藤活性成分—作用靶点网络和蛋白相互作用网络,对靶点涉及的生物功能和通路进行分析,探讨地瓜藤抗糖尿病的作用及机制。整理文献报道,并结合BATMAN数据库及TCMSP数据库获取地瓜藤的活性化合物,再通过TTD数据库筛选地瓜藤活性化合物的作用靶点,建立靶点数据集,OMIM数据库筛选糖尿病相关的靶标,PPI数据库构建地瓜藤和糖尿病的交互靶标,用Cytoscape软件构建"成分-靶点-疾病"交互网络图,并通过生物学信息注释数据库(DAVID)富集分析涉及的靶点基因功能及信号通路。筛选得到地瓜藤10个活性成分,网络分析表明地瓜藤活性成分涉及细胞肿瘤抗原p53、雌激素受体、Caspase-3、胰岛素受体、转录因子E2F1等靶点39个,通过调节胰岛素抵抗、TNF信号通路、2型糖尿病信号通路、胰岛素信号通路等信号通路来发挥其抗糖尿病的作用。研究结果体现了地瓜藤抗糖尿病具有多成分—多靶点—多途径的特点,为进一步研究地瓜藤抗糖尿病的作用及分子机制提供了新思路和新目标。     

四磨汤治疗功能性胃肠病机制的网络药理学分析

目的构建四磨汤活性成分-作用靶点网络和蛋白相互作用网络,富集靶点信号通路,探讨其治疗功能性胃肠病的作用机制。方法以四磨汤中槟榔次碱、槟榔碱、去甲槟榔次碱、去甲槟榔碱、木香烃内酯、去氢木香内酯等22个活性成分为研究对象,运用TCMSP及BATMAN-TCM数据库以及Pharm Mapper反向分子对接服务器预测四磨汤活性成分对应的靶点,将其与GeneCards、DisGeNET、OpenTargets、CTD数据库中功能性胃肠病靶点进行比对找重,采用Cytoscape 3.5.1软件构建活性成分-靶点网络,STRING平台构建靶蛋白互作网络,借助DAVID平台对靶点KEGG通路进行分析。结果 22个四磨汤活性成分作用的190个靶点,主要富集在神经-递质相关的5-羟色胺能突触、多巴胺能突触;平滑肌运动相关的钙信号通路、c AMP信号通路;以及炎症相关的TNF信号通路、NF-κB信号通路等17条信号通路。结论四磨汤治疗功能性胃肠病的主要机制在于其多成分、多靶点调控胃肠神经传导、平滑肌运动以及炎症。     

关于Terai猜想的一点注记

运用Gel’fond-Baker方法证明了在一定条件下方程a~x+b~y=c~z仅有正整数解(x,y,z)=(2,2,r),并推广了文献[3]的结论。     

利用SSR分子标记鉴定华南型黄瓜‘川绿15号’杂交种子纯度

目的 为了快速、简便和准确地鉴定华南型黄瓜‘ 川绿15号’杂交种子的纯度,方法 选用240个均匀分布在黄瓜基因组上的SSR分子标记对‘ 川绿15号’及其亲本进行多态性筛选及纯度鉴定。结果 本研究从240个黄瓜SSR分子标记筛选到2对SSR标记（Cs100和Cs109）符合父母本间呈互补带型的要求,可用于川绿15号’杂交种子的纯度鉴定。准确性验证结果显示Cs100和Cs109的分子鉴定结果与田间形态的鉴定结果一致并且均能将掺入的其他品种黄瓜种子区分开来。结论 本研究构建了以黄瓜特异性SSR分子标记Cs100和Cs109为核心引物的‘川绿15号’杂交种子纯度鉴定的技术方法,可快速、简便和准确地鉴定该品种的种子纯度,为该品种的制种和大面积推广提供技术支持。     

湿度对CR-39固体核径迹探测器测量~(220)Rn/~(222)Rn水平的影响研究

在可调控温度、湿度及氡浓度的南华大学氡实验室对不同的湿度条件下CR-39固体核径迹探测器测量220Rn2、22Rn的探测效率进行了测定,分析了湿度对CR-39固体核径迹探测器测量220Rn、222Rn探测效率的影响.实验结果表明:相对湿度在35%-95%范围内,当湿度为50%左右时,CR-39固体核径迹探测器测222Rn,探测效率最高,标准偏差为2.0%;相对湿度在30%-100%范围内,当湿度为75%时,CR-39固体核径迹探测器测220Rn的探测效率最低,标准偏差达到78.4%.     

微分方程特征值理论在Ekman流解中的应用

为了更为细致地讨论非恒常量的垂向湍黏性系数对Ekman流解的影响,基于微分方程的特征值理论,简要分析了在不同垂向湍黏系数分布条件下,Ekman流解所具有的结构特征,并结合数值方式模拟了Ekman流的垂向结构。在开边界条件下,不同深度的数值模拟结果较为一致,数值模拟验证了Ekman流的垂向结构与湍黏系数垂向分布的特征有密切关系。据此得出,不同的垂向湍黏系数结构将改变Ekman流的影响深度及表层流与风应力的夹角,Ekman流解含有垂向湍黏系数分布的特征。理论推导和数值试验均表明,在不同的黏性系数垂向分布状态下,Ekman流具有不同的垂向结构,且影响深度也各不相同。     

Thomson离子谱仪参数和实验数据处理

Thomso离子谱仪利用磁场和电场对带电粒子有偏转作用,通过测量偏转的曲率来获得离子种类和离子能量。在激光等离子体相互作用中有多种带电离子,为了得出质子的能谱,常采样Thomson离子谱仪和CR39相结合测量得出质子能谱。在给定谱仪参数下,带入有效磁场,用Thomson抛物线方程作出质子抛物线曲线,与实验中形成的抛物线进行比对,进而确认质子,用matlab编程计算质子能量。     

基于隧道“无人化”立拱动态施工的围岩变形

为了更好地服务于新乌鞘岭隧道“无人化”立拱施工的需要，确定围岩在动态施工中的变形规律具有重要意义。通过对现场监测数据进行统计回归分析，在文献[16]的研究基础上给出了围岩拱顶沉降在动态施工中的解析解。并结合FLAC3D专业岩土数值分析软件，验证了数值模型的正确性，同时模拟了围岩在真实时间下的施工力学响应，得到了立拱断面中拱顶与两侧拱脚在隧道开挖、立拱以及喷射混凝土等过程中的变形规律。以期为后续的新乌鞘岭隧道“无人化”立拱专项研究提供基础。     

允许 Green 函数取零值情形下 Neumann 问题的正解

本文研究了一类二阶非线性常微分方程Neumann边值问题 $$ \left\{\begin{array}{ll} y''+\ a(t)y=\lambda g(t)f(y),~~\ \ \ t\in [0,1],\\[2ex] \ y''(0)=\ y''(1)=0, \end{array} \right.\eqno $$正解的存在性,~其中~$\lambda$~是一个正参数,~$f$~在~$\infty$~处是超线性的且~$f$ 允许变号,此外与这一问题相关的Green 函数可以在某些点等于0. 主要结果的证明基于Krasnosel''skii不动点定理.     

GPS转发欺骗式干扰时延分析

在GPS转发欺骗式干扰中,转发时延是一项关键技术,当转发时延不合理时,会使接收机钟差改变,容易被识别,降低欺骗干扰的成功率。利用GPS伪距定位原理,推导了转发时延的算法,并针对不同的计算结果分析其对接收机钟差的影响。得出的结论为:当被转发卫星到转发器的距离与转发器到真实点距离之和不大于被转发卫星到虚拟点的距离时,干扰不会对接收机钟差产生影响，否则会影响接收机的钟差。从这个角度出发,对GPS转发欺骗式干扰源的部署位置做了分析，当转发器位于被转发卫星和真实点的连线上,可以使不对接收机钟差产生影响的虚拟点的选择范围最大。     

基于MC39I的电能管理终端远程GPRS接口设计

文章提出了GPRS远程电能管理终端系统的设计方法,利用GPRS模块MC39I和MSP430FG4619单片机实现了GPRS远程电能管理终端系统;重点介绍了GPRS模块MC39I与单片机的接口设计以及接入Internet所必需的各种网络协议栈的实现方法;利用GPRS技术在无线数据传输中的优势,通过在单片机中嵌入PPP和TCP/IP协议,实现了采集终端与管理主站之间的数据通讯。