斜带石斑鱼、赤点石斑鱼RAPD和线粒体Cyt b基因序列变异分析

斜带石斑鱼和赤点石斑鱼为具有重要经济价值的海水鱼类。对这两种石斑鱼进行了随机扩增多态DNA(RAPD)和线粒体细胞色素b(Cyt b)基因序列变异分析。计算多态位点百分率、基因多样性和香农信息指数等遗传参数,以此评估种内遗传变异水平;通过统计变异位点、平均核苷酸差异数、核苷酸多样性以及种间平均每位点核苷酸替代数进行基因序列变异分析,并构建UPGMA系统树。结果表明:斜带石斑鱼的遗传多样性水平高于赤点石斑鱼,这可能与它们在种内特定遗传结构、分布范围大小、自然资源状况的差异有关;斜带石斑鱼和赤点石斑鱼之间检测到的种特异RAPD条带以及基因序列的变异,可作为种间分子鉴定标记。     

Mitochondrial DNA analysis of Bronze Age horses recovered from Chifeng region, Inner Mongolia, China

In this study, mitochondrial DNA (mtDNA) analysis was carried out on 9 Bronze Age horses recovered from Dashanqian and Jinggouzi archaeological sites in Chifeng region, Inner Mongolia. China to explore the origin of Chinese domestic horses. Both mtDNA 16S rRNA gene and control region (D-loop) fragments of ancient horses were amplified and sequenced. The analysis of the highly conservative 16S rRNA gene sequences indicated that the burial environment of Chifeng region is suitable for the preservation of ancient DNA (aDNA). Combing 465 mtDNA D-loop sequences representing different breeds from East Asia, Central Asia, Near East and Europe, we constructed a phylogenetic network to investigate the relationship between ancient and modern horses. The phylogenetic network showed that the 9 horses were distributed into different modern horse clusters which were closely related to them representing a certain geographical distribution. Our results showed that the maternal genetic line of the ancient horses in Chifeng region was highly diversified, which contributed to the gene pool of modern domestic horses and suggested a complex origin of domestic horses in China.     

Mitochondrial DNA analysis of Bronze Age horses recovered from Chifeng region, Inner Mongolia, China

In this study, mitochondrial DNA (mtDNA) analysis was carried out on 9 Bronze Age horses recovered from Dashanqian and Jinggouzi archaeological sites in Chifeng region, Inner Mongolia. China to explore the origin of Chinese domestic horses. Both mtDNA 16S rRNA gene and control region (D-loop) fragments of ancient horses were amplified and sequenced. The analysis of the highly conservative 16S rRNA gene sequences indicated that the burial environment of Chifeng region is suitable for the preservation of ancient DNA (aDNA). Combing 465 mtDNA D-loop sequences representing different breeds from East Asia, Central Asia, Near East and Europe, we constructed a phylogenetic network to investigate the relationship between ancient and modern horses. The phylogenetic network showed that the 9 horses were distributed into different modern horse clusters which were closely related to them representing a certain geographical distribution. Our results showed that the maternal genetic line of the ancient horses in Chifeng region was highly diversified, which contributed to the gene pool of modern domestic horses and suggested a complex origin of domestic horses in China.     

3种色型仿刺参线粒体和核糖体序列片段遗传结构比较研究

仿刺参作为我国重要的海水养殖物种,良种选育是目前研究的重点,其中体色是重要的考虑因素之一。为了比较3种不同体色仿刺参的遗传结构,采用PCR扩增与测序技术对我国3种体色(青色、白色和紫色)仿刺参线粒体16S rRNA和COⅠ与核糖体18S rRNA-ITS-28S rRNA序列片段进行分析,揭示其遗传结构差异及系统发育关系。结果表明, 16S rRNA、COⅠ和18S rRNA-ITS-28S rRNA序列长度分别为812~830 bp、877~915 bp、1 536~1 572 bp。16S rRNA、COⅠ和18S rRNA-ITS-28S rRNA序列在青色、紫色和白色仿刺参中分别检测到单倍型个数分别为4/5/5、5/3/4和4/4/3, COⅠ序列多态性位点数目所比例最大, 16S rRNA序列最小。3种色型仿刺参16S rRNA、COⅠ和18S rRNA-ITS-28S rRNA序列遗传距离数值均比较小,范围分别为0~0.014 7、0~0.021 2和0~0.010 3,没有达到种的分化水平。以紫海胆为外群,基于COⅠ序列构建系统发育树,结果表明白刺参单独聚为一支,但是紫色和青色仿刺参不同个体间相互交叉聚集,无法通过发育树区分。     

基于groEL基因序列鉴定丹毒丝菌属菌种

对4株红斑丹毒丝菌的16SrRNA基因和groEL基因进行测序及系统发育分析,探讨groEL基因序列分析法在丹毒丝菌属菌种分类鉴定中的应用.测序结果表明,4株红斑丹毒丝菌groEL基因长度为1 614bp,编码由537个氨基酸残基组成热休克蛋白HPS60,与红斑丹毒丝菌ATCC19414株和扁桃体丹毒丝菌ATCC43339株groEL基因的同源性分别为99%和86%,而16SrRNA基因长度为1 351bp,与红斑丹毒丝菌ATCC19414株和扁桃体丹毒丝菌ATCC43339株的同源性均为99%.系统发育分析结果表明,groEL基因比经典的16SrRNA基因序列分析分辨率高,可适用于红斑丹毒丝菌和扁桃体丹毒丝菌的分类鉴定.     

冰期天文理论的演变

冰期天文理论是运用地球轨道偏心率、地轴倾角和地转轴进动的3种参数的变化幅度与周期来解释上新世——第四纪期间冰期——间冰期交替变化的一种理论．该理论1842年由Adhemar提出, 经过Croll发展到Milankovitch最终完成,经历了整100年的时间。上世纪60年代开始,深海、黄土、冰芯等大量的地质记录都揭示出３种周期变化,从而证实冰期天文理论的正确性,同时也对冰期天文理论带来了一些概念上的修正．但是,Berger计算的天文曲线至少从6 Ma以来展示同一规律的变化,然而地质记录却显示清晰的分段响应模式:41 kyr的地轴倾角周期在5.3～1.4 Ma期间一直是记录曲线的主要特征;北半球冰川作用只是在2.7 Ma BP才开始大规模出现;0.8 Ma开始100 Ka周期转变为主要周期,称之为中更新世转型（MPT）．还有:11阶段和全新世是2个偏心率很低的时期,但记录中却是冰期——间冰期振幅最大的时期,即大的间冰期为何出现于低偏心时期;由间冰期进入冰期比由冰期进入间冰期时来的快,意味大冰盖建造需要很长的时间,而消融则比较迅速．这些都是冰期天文理论本身不能解释的问题,正在由地球响应系统的研究来探索答案．     

Goniurosaurus indet.的有效性及中国睑虎属(Squamata: Sauria: Eublepharidae)种间的亲缘关系

为了解我国睑虎属Goniurosaurus (Squamata: Sauria: Eublepharidae)种间的亲缘关系以及广东新纪录的睑虎属未定种Goniurosaurus indet.的有效性, 我们对睑虎属10个种的线粒体DNA基因片段进行比较和遗传变异分析. 获得12S rRNA (385 bp)和16S rRNA (477 bp)总长度为862 bp的联合序列, 共有核苷酸变异位点388个, 简约信息位点269个. 选取大壁虎Gekko gecko为外类群, 采用贝叶斯演绎法(BI)、最大似然法(ML)、最大简约法(MP)、邻接法(NJ)对两个基因联合序列的分析均显示相同结果, 即广东睑虎属未定种Goniurosaurus indet.与英德睑虎G. yingdeensis以及凭祥睑虎G .luii与蛛纹睑虎G. araneus两两种间的亲缘关系分别较近; 且分布区相邻的Goniurosaurus indet.与G. yingdeensis之间的遗传分化(遗传距离=0.044-0.046)相似于分类地位已经明确的G .luii与G. araneus种间的遗传差异(遗传距离=0.051). 结合前人的形态学研究结果, 我们认为Goniurosaurus indet.和G. yingdeensis之间已发生显著的遗传差异, 前者可能为睑虎属新种. 同时, 系统发育分析表明海南睑虎G. hainanensis与睑虎属其它物种之间的遗传分化较大, 系统发育地位最为特殊. 系统发育分析进一步表明具4条背部横纹是祖征, 具5条背部横纹为衍征. 我们的研究补充了睑虎科的基础资料, 为该属的系统发育研究和物种保护提供了一定的理论依据. 本文首次提出宽阔的河流可能是造成睑虎种群分化和新种形成的重要地理屏障. 这一“河流隔离”观点对全球睑虎属物种的亲缘地理分布格局的解释具有重要的理论意义.     

梭鱼和鲻鱼线粒体16S rRNA和COⅠ基因片段的比较分析

运用PCR技术,扩增了梭鱼和鲻鱼线粒体16S rRNA和COⅠ基因片段,并比较分析了其种间的序列差异。获得16S rRNA基因的540～560 bp碱基序列,出现26个碱基的插入与缺失位点;获得COⅠ基因的602～604 bp碱基序列,出现2个插入缺失位点;16S rRNA和COⅠ基因的序列中G平均含量最低,且(A+T)含量高于(G+C)含量,与其他鱼类中的16S rRNA和COⅠ基因片段研究结果相一致。在16S rRNA基因片段中,梭鱼出现1种单倍型,鲻鱼为2种单倍型;在COⅠ基因片段中,梭鱼样品中检测到3个单倍型,鲻鱼样品中检测到5个单倍型。以Takifugu poecilonotus为外群,构建的NJ系统发育树,基于16S rRNA和COⅠ基因序列获得的NJ系统树基本一致,鲻鱼和梭鱼种内个体分别聚为一支,显示16S rRNA和COⅠ基因适合于梭鱼和鲻鱼的物种鉴定。     

Phylogenetic positions of some genera and species of the family Buccinidae (Gastropoda: Mollusca) from China based on ribosomal RNA and COI sequences

A phylogenetic analysis of members of the family Buccinidae was conducted using 18S rRNA gene, 28S rRNA gene and the mitochondrial cytochrome oxidase Ⅰ gene. We studied 18 species of Buccinidae that belong to eight different genera and inhabit the China coastal seas. We analyzed the patterns of divergence between an outgroup and basal ingroup taxa, the monophyly of the genus Neptunea, and the position of one unnamed species within the Buccinidae. A phylogenetic tree (neighbor-joining (NJ) method) was reconstructed based on the sequences of 18S rRNA, 28S rRNA and COI, with Rapana venosa as outgroup. The NJ tree indicated that the 18 species could be divided into five groups. The genus Buccinum was monophyletic, whereas Neptunea was shown to be paraphyletic since it included Siphonalia subdilatata and Neptunea sp., a new species. This novel species otherwise clustered consistently with Neptunea cumingi in three other phylogenetic trees, showing a low genetic distance and divergence percentage of sequences belonging to the genus Neptunea. A smaller genetic distance and a smaller difference of 18S rRNA, 28S rRNA and COI sequences between Neptunea cumingii and Neptunea arthritica cumingii confirmed them to be the same species.     

福建漳江口红树林沉积物中的古菌类群

利用环境16S rRNA基因序列分析技术,对福建漳江口红树林沉积物中存在的古菌类群进行检测。首先提取红树林沉积物的总DNA,并进一步构建环境16S rRNA基因克隆文库。随机挑选文库克隆,根据Amplified rDNA restriction analysis(ARDRA)分析分型后进行测序。对所测序列进行系统进化分析。结果显示,文库中的大部分古菌克隆(95%)分别属于广古菌门(Euryarchaeota)中的Marine benthic group D和泉古菌门(Crenarchaeota)的Miscellaneous crenarchaeotic group和Marine group I等3个已描述的古菌类群, 另有小部分克隆(5%)可能代表广古菌门中新的古菌类群。Miscellaneous crenarchaeotic group类群古菌是红树林沉积物中古菌的优势类群。上述古菌类群的检测加深了人们对于红树林古菌群落结构复杂性及其生态学意义的认识。     

5种菊头蝠的随机扩增DNA多态(RAPD)的分析

以5种菊头蝠为材料,用随机扩增DNA多态(RAPD)方法分析它们的亲缘关系。结果显示:5种菊头蝠均表现出各自不同的多态性RAPD标记,6条单个引物分别扩增出2~10条的RAPD条带,其分子量约在700~2 600bp之间。依据这些多态性标记计算其种间遗传相似性,建立亲缘关系树形图。     

丁鱼岁遗传多样性的随机扩增多态性DNA分析

利用RAPD分子标记技术对15个丁鱼岁养殖个体的遗传多样性进行分析.选用20个随机引物对其基因组DNA进行PCR扩增,有16个引物可以扩增出稳定且清晰的条带,其中S103、S104和S105为多态引物.16个引物共扩增出65个DNA位点,片段大小在200~3 000 bp之间,其中多态性位点6个,多态位点比例为9.23%.个体间遗传距离在0~0.067 4之间,平均遗传距离为0.028 6.结果显示,丁鱼岁养殖群体的遗传多样性水平较低.     

四川黑熊线粒体12S和16S rRNA基因的克隆及序列分析

利用哺乳动物线粒体基因的保守序列设计引物,采用PCR方法,首次从亚洲黑熊四川亚种（Ursus thibetanus mupinensis）的肌肉组织总DNA中扩增出了线粒体12S rRNA和16S rRNA基因并进行了序列测定及分析.结果表明,四川黑熊12S rRNA基因长965 bp;16S rRNA基因长1 580 bp.通过进一步的序列分析表明,四川黑熊的12S rRNA和16S rRNA基因有较高的进化速率,与美洲黑熊、棕熊、北极熊、眼镜熊及大熊猫的相应基因相比较有较大差异,其中与美洲黑熊的同源性相对较高.     

滇西二高温温泉中Thermus高温菌的16S rRNA

 通过对滇西二温泉纯培养和免培养法获得的Thermus菌株序列进行16SrDNA系统发育及16SrRNA二级结构比较,发现二温泉中至少存在Thermus属的2个潜在新种,它们在系统发育树上形成1个独立的地理簇群分支,它们的16SrRNAhelix10二级结构也与其它地区的Thermus属菌株不同,形成明显的地域进化特征.     

尖塘鳢属鱼类线粒体16SrRNA基因序列变异及分子系统进化

为探讨尖塘鳢属鱼类的系统发育关系,笔者通过PCR法得到云斑尖塘鳢、线纹尖塘鳢和尖头塘鳢的线粒体16SrRNA基因部分序列（569bp）,并结合从GenBank中下载的平头沙塘鳢、溪鳢及刺盖塘鳢的16SrRNA基因部分同源序列,分析了6种塘鳢科鱼类的系统发育关系．运用MAGA4．0软件分析可知,塘鳢鱼类6个种之间存在142个变异位点,其中简约信息位点57个,转换／颠换之比为1．6,表明塘鳢科鱼类16SrRNA基因序列转换／颠换未达饱和;6种塘鳢科鱼类之间的序列差异在0．054～0．147之间,其中平头沙塘鳢和刺盖塘鳢的序列差异最大（0．147）,线纹尖塘鳢与云斑尖塘鳢的序列差异最小（0．054）,且种间序列差异不大．通过NJ,ME,MP系统树的建立,表明线纹尖塘鳢与云斑尖塘鳢的亲缘关系最近,且尖塘鳢属与塘鳢属鱼类的同源性不高,验证了传统分类学把尖塘鳢独立成属的科学性．     

随机扩增多态性DNA技术在生命科学炽的应用

DNA分子标记是DNA水平上遗传变异的直接反映,随机扩增多态性DNA（RAPD）技术,是新发展起来的一种DNA分子标记方法。文中详细阐述了RAPD技术的原理,进一步与限制性片段长度多态性（Restriction FragmentLength Polmorphism,RFLP)技术相比,得出它具有快速,简便和对材料要求不高等特点,最后讨论了RAPD技术在生命科学研究中各个方面的广泛应用,包括种基因组的分子谱图建、系统进化发育以及基因定位研究等。     

基于16S rRNA序列的鳃金龟亚科5族种类的系统发育关系

测定了鳃金龟亚科部分种类的线粒体16SrRNA部分序列,运用MEGA 4.0、PAUP*4.0b10和MrBayes等软件,对5个族29个代表种的序列变异和系统关系进行了研究.序列变异分析结果显示:绢金龟族Sericini、哦鳃金龟族Hopliini、鳃金龟族Melolonthini的族内遗传距离分别为7.7%,11.3%,10.6%,族间遗传距离在12.6%～19.2%.最大似然树(ML)和贝叶斯树(BI)结果表明,所有种类分别聚集在所属的族下,哦鳃金龟族、绢金龟族分别为单系.齿爪鳃金龟属Holotrichia、云鳃金龟属Polyphylla、胸突鳃金龟属Hoplosternus、Hilyotrogus、双绺鳃金龟属Amphimallon、Hoplochelus、婆鳃金龟属Brahmina和皱鳃金龟属Trematodes聚在鳃金龟族分支下,没有形成明显的根鳃金龟族Rhizotrogini分支.齿爪鳃金龟属的非单系性与前人研究结果一致.皱鳃金龟属Trematodes和婆鳃金龟属Brahmina的代表种为姐妹种.绢金龟族的绢金龟属Serica和玛绢金龟属Maladera多数种类聚在本属分支下.证明16SrRNA序列可探讨鳃金龟亚科高级阶元的系统发育关系.     

3种沼虾的16S rRNA基因序列分析

为从分子角度理解3种沼虾,即罗氏沼虾、日本沼虾和祁连沼虾的遗传差异,为沼虾资源的管理、保护和合理开发利用提供理论基础,采集了每种沼虾各2尾样本,采用PCR的方法扩增了其线粒体16S rRNA基因片断并测序。比对后共获得了3种沼虾的297 bp的16S rRNA片断序列,共检测到47个变异位点,总变异率为15.8%。3种沼虾的平均碱基含量分别为T(37.7%)、C(10.9%)、A(29.8%)和G(21.6%)。罗氏沼虾种内个体间序列差异为3%。祁连沼虾和日本沼虾种内个体间差异均为0.7%,且两者种间差异很小,为0～0.7%。罗氏沼虾与祁连沼虾、日本沼虾之间的序列差异在13.1%～14.8%之间,种间差异明显。系统进化树显示罗氏沼虾自成一枝,而日本沼虾和祁连沼虾共同构成另一枝,日本沼虾和祁连沼虾的遗传距离小于5%,结果提示日本沼虾和祁连沼虾有很近的亲缘关系,两者也许是亚种关系。     

中国明对虾与5种虾类线粒体16S rRNA和COI基因片段的序列比较及其系统学初步研究

采用PCR扩增和序列测定等技术,对中国明对虾（Fennerpenaeus chinem如）线粒体DNA16S rRNA和细胞色素氧化酶I（COI）基因片段进行了初步研究,分别得到16S rRNA和COI 2个基因片段的碱基序列,其中16S rRNA基因片段的大小为515bp,碱基A＋T,G＋C的组成分别为66．47％和33．53％;COI基因片段的大小为472bp,碱基A＋T,G＋C的组成分别为62．50％和37．29％．在2种基因片段中,AT的组成明显高于GC的组成,这与果蝇、虾类、蟹类等无脊椎动物的16S rRNA和COI基因片段的研究结果相似．通过对中国明对虾16S rRNA和COI 2个基因片段遗传特征的研究,16S rRNA只有8处核苷酸的碱基在4个群体间表现出差异,COI基因片段中共检测出24个多态性核苷酸位点,其种内变异较低。另外,将本研究所得序列与GenBank中对虾科5个种的16S rRNA基因片段序列进行比较后,发现其聚类关系与传统分类相一致．     

Comparison of Molecular Biological Techniques (RAPD, ARDRA and SSrRNA Gene Sequencing) on the Phylogenetic Relationships of Lower Taxa within Spirotrichous Ciliates

The evolutionary relationships of seven spirotrichous ciliates (3 stichotrichs: Oxytricha saltans, O. Ferruginea, Stylonychia mytilus; 4 hypotrichs: Uronychia transfuga, Diophrys appendiculata, Aspidisca steini, Euplotes vannus) inferred from the SSrRNA (small subunit rRNA) gene sequences and the polymorphic patterns of RAPD (random amplified polymorphic DNA) and ARDRA (amplified ribosomal DNA restriction analyses) fingerprinting are constructed. Compared with that of morphometric characters, the dendrograms from SSrRNA gene using three different calculation methods (distance matrix, maximum-parsimony, and UPGMA) agree with the morphological division into two clades, Oxytricha - Stylonychia and Uronychia - Diophrys - Aspidisca - Euplotes, though the branching orders within the hypotrichous ciliates are slightly different from morphometric analyses.