貉源犬瘟热病毒昌黎株的分离鉴定及其H基因序列分析

为了解河北省毛皮动物犬瘟热病毒的流行及遗传变异情况,采用Vero细胞从具有犬瘟热临床症状的貉肺脏样品中分离出一株病毒,经过间接免疫荧光、RT-PCR和动物回归试验等鉴定,分离的病毒为犬瘟热病毒(CDV),命名为CDV CL14株。对该病毒血凝蛋白H基因进行克隆测序和遗传进化分析表明,CDV CL14分离株属于Asia-1型,为我国的流行毒株,H基因核苷酸及其编码氨基酸序列与我国流行毒株有较高的同源性,其中核苷酸同源性最高的为He B(09)1株和LN-13-1株,同源性同为99.1%,而氨基酸同源性最高的为LN-13-1株,同源性为99.3%。     

羊口疮病毒新疆野毒株SHZ1 B2L和F1L基因的克隆及遗传进化分析

为了研究羊口疮病毒(ORFv)新疆野毒株的遗传进化情况,参照GenBank公布的ORFv B2L和F1L基因序列,设计特异性引物,对ORFv SHZ1新疆野毒株B2L和F1L基因进行PCR扩增,克隆、测序后进行遗传进化分析。结果表明:新疆野毒株SHZ1与GenBank公布的不同地域的17个流行株相比,B2L基因核苷酸同源性为97.28%～98.86%,推导氨基酸同源性为88.65%～90.50%;F1L基因核苷酸同源性为94.56%～97.07%,推导氨基酸同源性为93.82%～95.88%。基于B2L基因的遗传进化树分析发现,SHZ1株B2L基因与我国现用疫苗株B2L基因亲缘关系较近;而基于F1L基因的遗传进化树显示,SHZ1株与意大利分离株的亲缘关系最近。本研究提示ORFv SHZ1株可能是国外流行株与疫苗株重组后产生的一个变异株。     

猪流行性腹泻病毒流行病学调查及毒株致病力研究

为掌握我国PEDV流行情况,在2020年8月至2023年5月期间,共收集160个场区、908份临床腹泻样品,采用qPCR方法进行PEDV抗原检测,并选取部分病料进行了S基因序列测定和分析,同时分离获得了两株GⅡ群流行毒株,并对其致病力进行了研究。结果显示：PEDV病料阳性率为50.7%(460/908),猪场阳性率为68.8%(110/160)。可见,在临床出现腹泻症状的猪中,有很大部分是由PEDV引起的;对S基因的分析显示,当前我国流行的PEDV主要为GⅡ群,占比为90.3%(65/72),而GⅠ群呈现零星发病,占比为9.7%(7/72);成功分离获得两株GⅡ群流行毒株,两者均对3～4月龄的育肥猪有致病力,口服后,33%～67%猪可出现腹泻,实验猪100%感染并持续排毒,最长排毒时间可达攻毒后13 d。对PEDV的流行病学、基因变异和致病力进行的研究为疫病防控和产品开发提供了依据。     

一株野生鹧鸪源冠状病毒主要结构基因进化特性分析

从野生禽类鹧鸪的喉气管拭子中分离到1株冠状病毒，命名为Partridge/GD/S14/2003（简写为S14）.通过RT-PCR扩增、克隆测序获得了该毒株的全基因组序列（AY646283），序列经DNAstar分析发现，S14毒株与肾型毒株JX1-99，TJ2-96 S1基因同源性最高，分别达到94.6%和93.4%，并且该毒株的S1基因还和QXIBV，LX4株也存在高度亲缘性，分别达到85%和84.3%，同时对S14 S1基因BLAST时发现只有上述毒株和S14有高度同源.由此推测该鹧鸪分离株S14的进化可能与IBV肾型和腺胃型病毒存在一定关系.序列分析表明，S14毒株与GenBank中注册序列QXIBV，LX4的S2基因同源性最高分别达到97.2%和90.6%，都处于Ⅱ群.M基因系统进化树研究发现，S14处于Ⅲ群，与SAIB20，GD698同源性最高，分别达到90.6%和90.2%；而与其S1，S2基因同源较高的BJ，QXIBV株，M基因的进化关系却较远.N基因同源性和系统进化树分析发现，Ⅰ群毒株可能为H52和Gray株发生重组的结果，Ⅱ群毒株可能为H120和D1466等毒株重组的结果，而S14株处于Ⅲ群，其N基因与QXIBV高度同源，达到95.7%，Ⅳ群为肾型分离株.而与其M基因亲缘性最近的SAIB20，GD698则分处Ⅰ，Ⅳ进化群.     

肠道病毒71型SHZH03株VP2和VP4 基因的进化分析

目的:对SHZH03株、SHZH98株、亚洲流行株(中国台湾98年、日本99年及新加坡2000和2001年流行株等)以及一部分欧洲流行株等的VP2和VP4基因进行了遗传进化分析.方法:在对肠道病毒71型中国(深圳)分离株SHZH03进行全基因组序列测定的基础上,利用DNA-STAR软件对VP2和VP4基因进行遗传进化分析.结果:SHZH03和SHZH98与亚洲流行株中的中国台湾98流行株、日本99流行株的遗传距离较近,而与新加坡2000和2001年流行株的遗传距离较远;SHZH03株与一些欧洲流行株有较大的差异.结论:中国深圳地区流行的肠道病毒71型有可能来源于中国台湾1998年EV71大规模流行时的毒株.     

鸡传染性支气管炎病毒(IBV)H52疫苗株S1基因的克隆与序列测定

根据国外已发表的鸡传染性支气管炎病毒(IBV)S1基因序列。设计了一对引物并以RT-PCR特异性扩增出IBV H52疫苗株的S1基因，基因产物大小为1．62kb，与设计相符，对其进行序列测定后，与其他标准毒株H120，M4l，BEAU株的S1基因进行同源性比较，结果表明，H52株与H120，M41和BEAU株的核苷酸序列的同源性分别为91．1％，96．9％和96．8％，由此可以看出，IBVH52疫苗株与标准毒株在Sl基因上具有高度的同源性。     

中国大陆H9N2亚型禽流感病毒HA基因遗传分析及抗原相关性研究

为研究我国大陆H9N2亚型禽流感病毒血凝素(HA)基因的分子进化及抗原相关性, 本研究对来自15个省、市、自治区的34株H9N2亚型禽流感病毒的HA基因进行了测序及系统发育分析, 并采用交叉血凝抑制试验及交叉攻毒保护试验对不同遗传分支下毒株间抗原相关性进行了分析. 结果表明, 所有34个毒株HA基因均符合低致病性禽流感病毒的特征, 但毒株间变异程度增加. 系统发育分析表明, 我国大陆H9N2亚型禽流感病毒主要分为三个系列, 各系列内毒株没有明显的地区及时间特征. 抗原相关性研究表明, 不同遗传系列下的毒株其抗原相关性明显低于同一系列内部毒株间的抗原相关性, 说明我国H9N2亚型禽流感病毒抗原性差异较大. 此外, 本研究同时筛选得到了用于制备多价苗的代表毒株.     

鸡传染性支气管炎病毒M41及疫苗株H52,H120 S1基因的克隆与序列测定

根据国外已发表的鸡传染性支气管炎病毒(IBV)S1基因序列,设计了一对引物并以RT—PCR特异性扩增出IBV标准强毒株M41和疫苗株H52,H120的S1基因,基因产物大小为1．62kb,与预期相符,对其测定序列后,同源性比较显示M41株与H52,H120的核苷酸序列的同源性分别为99．2％和97．1％,推导的氨基酸序列的同源性分别为98．3％和95．4％,该结果表明IBV M41与疫苗株H52,H120在S1基因上具有高度的同源性。     

鹅细小病毒C日v强毒株VP3基因克隆及遗传进化

根据Genbank中的鹅细小病毒(GPV)B株全基因序列,设计合成一对引物,应用PCR技术扩增了GPV强毒株CHv的VP3基因片段,将扩增后的VP3基因重组到pMD18-T质粒载体上,并对擂人片段进行序列测定,将测序结果及由该结果推导的氨基酸序列与国内外分离的GPV,M DPV,PPV和CPV等不同宿主的细小病毒的VP3进行比对分析.结果表明:中国四川分离的GPV CHv株VP3基因长1 605 bp,编码 534个氨基酸,与国内外10株GPV的VP3基因进行比较,核苷酸同源性为93.4%-99.8%,氨基酸同源性为96.5%99.3%,其变异较小,是GPV保持一个血清型的分子基础.与番鸭细小病毒的核苷酸和氨基酸同源性分别为79.6%和89.9%,而与其他种属的细小病毒同源性均在30%以下,表明它们与GPV CHv株亲缘关系较远.     

羊传染性脓疱病毒吉林分离株F1L基因的克隆与同源性分析

通过参考GenBank中羊传染性脓疱病毒的F1L基因序列设计引物, 应用PCR技术的特异性扩增了羊传染性脓疱病毒JLSY04株的F1L基因片段, 测序得到了该病毒F1L基因序列, 并与几个参考毒株序列进行比对. 实验结果表明, 羊传染性脓疱病毒JLSY04株与OV/Torino株同源性最低, 为96.0％, 与Jilin株同源性最高, 为99.4%. 即该羊传染性脓疱病毒JLSY04株F1L基因与其他参考毒株间的差异较小, 可作为基因工程疫苗的目的基因.     

新疆猪瘟病毒分子流行病的研究

采用RT-PCR方法从新疆临床发病猪场采集的病料中扩增了CSFV流行株E2基因的主要抗原位点编码区，测定了15株CSFV的核苷酸序列。应用DNAstar计算机软件对6个地区6个代表株CSFV的核苷酸序列和推导的氨基酸序列进行了比较分析，结果表明：新疆6株CSFV流行株与猪瘟兔化弱毒株(C株)核苷酸序列的同源性为80．9％～82．8％，氨基酸的同源性为86．2％～88．3％，说明新疆CSFV流行株E2基因发生了部分变异，与疫苗株相比抗原性产生一定的差异。     

猪生殖-呼吸道综合征病毒CH-1a株结构蛋白基因的克隆与序列分析

应用RT-PCR方法克隆了我国首次分离的PRRS病毒CH-1a株的6种结构蛋白基因(ORF2～7),并进行了核苷酸序列测定．利用序列分析软件分析了各基因编码产物的分子量、等电点、疏水性、抗原性和糖基化位点等,并与欧美毒株进行了比较,绘制了其系统发育进化树．结果显示cH-1a株与流行于北美洲的PRRS病毒株遗传关系很近,而与欧洲的病毒株遗传关系较远,表明流行于我国的PRRS病毒可能来自北美洲。     

传染力堪比水痘, "德尔塔"为何这么毒?

德尔塔变异株传染力堪比水痘 德尔塔是新冠病毒的一个突变株,最早于2020年9月发现于印度,从2021年4月逐渐显露出来并迅速蔓延,逐步取代了英国株(Alpha)和巴西株(Gamma)成为主要流行株.目前,德尔塔在全球的毒株中占70％左右. 据世卫组织的疫情周报显示,一项新研究发现,感染德尔塔毒株的人群从暴露于病毒环境中到首次核酸检测结果呈阳性平均时间为4天,而其他变异毒株的平均时间是6天.此外,德尔塔毒株感染者的首次检出病毒载量比原始版本新冠毒株感染者高1200倍以上,这意味着德尔塔毒株在感染初期的复制速度更快、更具传染性.     

传染性法氏囊病病毒VP2基因的扩增与序列分析

为了解凉山地区传染性法氏囊病病毒(IBDV)的分子特征,利用实验室采集保存的感染IBD的法氏囊提取出总RNA.采用RT-PCR方法对IBDV VP2基因进行扩增,测序后与GenBank中的参考序列进行比对分析.结果表明,试验成功扩增出1 369 bp的VP2基因片段;样品与弱毒株和经典毒株的核苷酸同源性高达98.4%～99.6%;系统发生树表明样品中的IBDV与弱毒株B87亲缘关系最近;样品与弱毒株的氨基酸序列同源性为98.9%～99.1%;样品中的IBDV分子特征完全符合弱毒类型的特征,样品与弱毒株的抗原性基本一致,推测样品中的IBDV应与弱毒株或疫苗毒株同一来源.该毒株与疫苗用毒株亲缘关系最近,且IBDV疫苗多为活疫苗,因此,试验结果说明凉山地区IBDV免疫接种率可能较高,但应该拟定更合理的免疫程序.     

鹅细小病毒CHv强毒株VP3基因克隆及遗传进化

根据Genbank中的鹅细小病毒(GPV)B株全基因序列,设计合成一对引物,应用PCR技术扩增了GPV强毒株CHv的VP3基因片段,将扩增后的VP3基因重组到pMD18-T质粒载体上,并对插入片段进行序列测定,将测序结果及由该结果推导的氨基酸序列与国内外分离的GPV、MDPV、PPV和CPV等不同宿主的细小病毒的VP3进行比对分析。结果表明:中国四川分离的GPV CHv株VP3基因长1 605 bp,编码534个氨基酸,与国内外10株GPV的VP3基因进行比较,核苷酸同源性为93.4%~99.8%,氨基酸同源性为96.5%~99.3%,其变异较小,是GPV保持一个血清型的分子基础。与番鸭细小病毒的核苷酸和氨基酸同源性分别为79.6%和89.9%,而与其他种属的细小病毒同源性均在30%以下,表明它们与GPV CHv株亲缘关系较远。     

高致病性PRRSV ORF6和ORF7基因的遗传变异分析

从GenBank中选取8株国内报道的高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒株,应用DNAStar软件对其ORF6、ORF7基因序列进行分析,与VR-2332株、LV株、国内及周边国家分离株进行核苷酸和推导氨基酸同源性比较,并绘制系统进化树.结果表明,高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒株的ORF6、ORF7核苷酸与VR-2332株的同源性为95.1%-95.4%、93.8%-94.1%,与欧洲型（LV）的同源性为69.4%-69.6%、67.9%-68.5%;ORF6、ORF7推导氨基酸与VR-2332株的同源性为97.7%、94.4%-95.2%,与欧洲型（LV）的同源性为80.0%-80.6%、65.3%-66.1%.系统进化树表明,8株高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒株仍属于美洲型.说明猪繁殖与呼吸综合征病毒不断变异的现今,ORF6和ORF7基因依然高度保守.     

我国新城疫病毒疫苗通过重组影响病毒进化

许多商业新城疫活疫苗被广泛用来阻止我国新城疫病毒的感染.然而,疫苗在我国新城疫病毒群进化过程中所起的作用鲜为人知.为了确定在我国广泛应用的新城疫疫苗是否对该病毒进化进程产生影响,在本研究中,我们对在我国流行的新城疫病毒进行了系统发生和重组分析,获得了一系列NDV株间同源重组的证据.一些重组株的部分遗传物质被发现可能来自疫苗株,这些结果证实疫苗可能通过同源重组影响我国新城疫病毒的进程.由于疫苗与流行株之间的重组可能导致出现疫苗接种失败的后果,因此,在临床上应当尽可能避免疫苗与野生株之间的重组.故在NDV防治过程中,应该采用合适的免疫程序避免这种重组的发生.     

蓝舌病病毒内蒙古分离株VP2基因5''端序列分析及探针制备

从内蒙古巴盟地区分离的蓝舌病病毒株(BTV-NM)提取总RNA,经反转录PCR扩增VP2基因5′端片段,并构建至pGEM-T载体中.序列测定后,将这一序列与蓝舌病毒澳大利亚株VP2基因5′端进行比较分析:同源性为40%.通过PCR法标记克隆的cDNA片段,制备地高辛标记探针,与粗提的蓝舌病发病羊病毒RNA进行Northern blot杂交,并作敏感性试验,结果表明此探针对蓝舌病毒内蒙古分离株具有特异性,可检测出50 pg的病毒RNA.     

蓝舌病病毒内蒙古分离株VP_2基因5′端序列分析及探针制备

从内蒙古巴盟地区分离的蓝舌病病毒株(BTV-NM)提取总RNA,经反转录PCR扩增VP2基因5′端片段,并构建至pGEM-T载体中.序列测定后,将这一序列与蓝舌病毒澳大利亚株VP2基因5′端进行比较分析:同源性为40%.通过PCR法标记克隆的cDNA片段,制备地高辛标记探针,与粗提的蓝舌病发病羊病毒RNA进行Northernblot杂交,并作敏感性试验,结果表明此探针对蓝舌病毒内蒙古分离株具有特异性,可检测出50pg的病毒RNA.     

PRRSV福建流行毒株结构蛋白基因之克隆分析

对福建省流行的PRRS病毒FJ-1的结构蛋白基因进行了克隆、测序.FJ-1结构蛋白基因序列长3 188个核苷酸,包含7个开放阅读框(ORF).将FJ-1结构蛋白基因与国内外已发表的18个报道全长结构蛋白基因的PRRSV毒株进行核苷酸序列和推定的氨基酸序列比较,发现:其与17个美洲型毒株核苷酸同源性达到89.7%～92.4%,推定各个ORF编码氨基酸的同源性在85.6%～98.6%之间;而与欧洲型毒株Lelystad核苷酸同源性为54.9%,推定各个ORF编码氨基酸同源性为53.2%～78.2%.遗传进化树分析表明FJ-1与美洲型毒株进化距离近,而与欧洲型毒株进化距离远.从分子水平上证明了福建省流行的PRRS病毒属于美洲型毒株.