金缕梅亚科ITS序列分析及其系统发育初探

对金缕梅亚科部分植物的细胞核核糖体ＤＮＡＩＴＳ区（含５８Ｓ）序列进行分析,并构建分子系统树．结果表明：金缕梅亚科是单系类群;金缕梅族为多系类群,木属是本研究中金缕梅亚科内分化最早的一支,而金缕梅属与弗特吉族关系密切;蚊母树族、狭义的弗特吉族均不形成单系分支,支持蚊母树族与弗特吉族合并;秀柱花属是牛鼻栓属的姐妹群,支持将牛鼻栓属并入秀柱花族     

16SrRNA基因序列变异和中国野鲮亚科鱼类单系性研究

形态和分子系统学的研究结果均表明,鲤科中的鲃系是一个单系类群,由鲃亚科、鲤亚科、裂腹鱼亚科和野鲮亚科组成,但它们各自的单系性及相互关系还没有系统发育证据.采用PCR方法获得了27种鱼类的16S rRNA基因序列,其中包括18种野鲮亚科鱼类,代表了中国野鲮亚科13个属.应用邻接法、最大简约法、最大似然法和Bayesian法分别构建其分支系统图.结果表明,野鲮亚科鱼类形成了一个单系类群,并且包括两个主要分支类群:其中一支包含鲮属、缨鱼属和墨头鱼属;另一个支系包括野鲮属、拟缨鱼属、异华鲮属、卷口鱼属、唇鲮鱼属、泉水鱼属、直口鲮属、盘鮈属、纹唇鱼属和华鲮属.分子系统学的研究表明,传统分类学中使用的一些形态特征,如口唇及其相关结构等,可能是趋同进化的结果,并不完全与其系统发育进化相一致.     

壳菜果亚科(金缕梅科)与相关亚科的核糖体DNAITS区序列分析及系统发育关系(英文)

测定和分析了金缕梅科（Ｈａｍａｍｅｌｉｄａｃｅａｅ）壳菜果亚科等各亚科代表属的核糖体ＤＮＡＩＴＳ区和５８Ｓ编码区序列．应用最大简约法构建的分子系统树表明：壳菜果亚科（Ｍｙｔｉｌａｒｉｏｉｄｅａｅ）植物形成１个单系类群［含壳菜果属（Ｍｙｔｉｌａｒｉａ）和山桐材属（Ｃｈｕｎｉａ）］,支持壳菜果亚科作为１个独立的亚科．本研究所得到的ＩＴＳ数据表明马蹄荷亚科（Ｅｘｂｕｃｋｌａｎｄｉｏｉｄｅａｅ）与红花荷亚科（Ｒｈｏｄｏｌｅｉｏｉｄｅａｅ）,金缕梅亚科（Ｈａｍａｍｅｌｉｄｉｏｉｄｅａｅ）与双花木亚科（Ｄｉｓａｎｔｈｏｉｄｅａｅ）分别为姐妹群关系（其自展数据支持率各为９５％和５８％）．分子系统树还表明,测得的所有金缕梅科植物形成一单系类群（其自展数据支持率为９９％）,枫香亚科（Ｌｉｑｕｉｄａｍｂａｒｏｉｄｅａｅ）为该科最基础的１个分支．这结果与１９９７年所得到的结论相一致．     

常用基因序列在摇蚊科昆虫系统发育研究中的应用进展

摇蚊科隶属于双翅目长角亚目,现行分为11亚科.本文整理了常用核基因和线粒体基因在摇蚊科系统发育研究中的应用情况:摇蚊科中的9亚科(不含智利摇蚊亚科和乌桑巴摇蚊亚科),除前寡角摇蚊亚科外,其余均为单系;直突摇蚊亚科与摇蚊亚科的亲缘关系较近,寡脉摇蚊亚科与长足摇蚊亚科为姊妹群.在摇蚊亚科中,摇蚊族(Chironomini)、长跗摇蚊族(Tanytarsini)都是单系群.常用核基因和线粒体基因在摇蚊科昆虫系统发育研究中,18SrDNA和28SrDNA适合研究从界到科所有高级阶元的系统发育关系,对于部分类群可以进行属间分析;CAD基因能较好地解决从亚科到属之间各分类阶元的系统发育关系;ITS和EF-1α可以解决种或属间的系统发育关系;COⅠ和COⅡ适合研究属、种及种以下阶元的系统发育关系,但不能很好地解决较高的阶元如族间、亚科以及科的系统发育关系;16SrDNA适用于种、属阶元水平的系统学研究,但不适用于种内;Cytb适合研究种内到种间甚至科间的系统发育关系.     

基于ITS、atpB-rbcL序列的醉翁榆(Ulmus gaussenii)与相近榆属植物的亲缘关系

濒危植物保护生物学研究已成为生态学领域的研究热点之一.为了廓清我国特有濒危植物醉翁榆(Ulmus gaussenii)与相近榆属植物的系统地位,用分子标记ITS和atpB-rbcL手段分析醉翁榆与其他榆属相关种的亲缘关系,结果表明:24种榆属植物atpB-rbcL扩增片段长度为735～834 bp,G+C的含量在29.3%～31.6%之间,并没有发生很大的偏差;基于ITS(包括5.8 s)扩增片段,醉翁榆与黑榆系的毛果旱榆、栓枝春榆以及榆系中的大果榆、脱皮榆(U.lamellosa)相近;基于atpB-rbcL扩增片段,醉翁榆与榆系中的大果榆、脱皮榆以及明陵榆的关系比较近,两种标记都表现出醉翁榆与黑榆系中变种毛果旱榆、栓枝春榆的关系比较近;atpB-rbcL的NJ和Bayesian树完全支持榆属组下的分类以及榆属系统的演化关系.     

基于16S rRNA序列的鳃金龟亚科5族种类的系统发育关系

测定了鳃金龟亚科部分种类的线粒体16SrRNA部分序列,运用MEGA 4.0、PAUP*4.0b10和MrBayes等软件,对5个族29个代表种的序列变异和系统关系进行了研究.序列变异分析结果显示:绢金龟族Sericini、哦鳃金龟族Hopliini、鳃金龟族Melolonthini的族内遗传距离分别为7.7%,11.3%,10.6%,族间遗传距离在12.6%～19.2%.最大似然树(ML)和贝叶斯树(BI)结果表明,所有种类分别聚集在所属的族下,哦鳃金龟族、绢金龟族分别为单系.齿爪鳃金龟属Holotrichia、云鳃金龟属Polyphylla、胸突鳃金龟属Hoplosternus、Hilyotrogus、双绺鳃金龟属Amphimallon、Hoplochelus、婆鳃金龟属Brahmina和皱鳃金龟属Trematodes聚在鳃金龟族分支下,没有形成明显的根鳃金龟族Rhizotrogini分支.齿爪鳃金龟属的非单系性与前人研究结果一致.皱鳃金龟属Trematodes和婆鳃金龟属Brahmina的代表种为姐妹种.绢金龟族的绢金龟属Serica和玛绢金龟属Maladera多数种类聚在本属分支下.证明16SrRNA序列可探讨鳃金龟亚科高级阶元的系统发育关系.     

缘蝽科部分种类线粒体COII基因的分子系统学研究(半翅目:异翅亚目)

测定分析了缘蝽科18种昆虫COII基因部分片段,结果显示,T、C、A、G的平均含量分别为33.6%、16.4%、36.3%和13.7%.A+T平均含量达到69.9%,表现出较强的A+T含量偏向性.碱基替换中转换频率是颠换的1.1倍;转换的发生以T与C之间为主,颠换以T与A之间为主.从GenBank下载长蝽总科的Oncopeltus fasciatus和猎蝽总科的Triatoma dimidiata作为外群,建立缘蝽科17属18种间的系统发育关系.结果证明狭义巨缘蝽族为一个单系群,竹缘蝽族的两个属为一单系群,鼻缘蝽属与同缘蝽属亲缘关系非常近,环胫黑缘蝽(沟缘蝽亚科)和竹缘蝽族亲缘关系比较近,叶足特缘蝽和怪缘蝽亲缘关系较近.     

金缕梅族ITS序列分析及其系统学意义

对金缕梅亚科１５属植物的细胞核核糖体ＤＮＡＩＴＳ区（含５．８Ｓ编码区）序列进行分析,并构建分子系统树,初步探讨金缕梅族的系统发育,结果表明：金缕梅族呈复系演化特征,Ｊｕ桠亚族Ｊｕ木属和四药门花属是关系密切姐妹群,与蜡瓣花系统关系较近,三者共同构成金缕梅亚科最基部的分支;马岛金缕梅亚族的Ｎｏａｈｄｅｎｄｒｏｎ和毛枝花属是秀柱花族的姐妹群;金缕梅亚族金缕梅属与弗特族亲缘关系较密切,有可能可以合并成一个     

直突摇蚊亚科(双翅目:摇蚊科)部分属基于16S rDNA序列的系统发育研究

利用16S rDNA部分基因序列对直突摇蚊亚科代表性属级阶元进行了分子系统学研究,共测定了27属30种基因片段,以Chironomus samoensis和Diamesa bertrami作为外群,采用贝叶斯分析方法构建了分子系统树.结果显示:裸须摇蚊属Propsilocerus为较早分化出来的类群,解释了该属在该亚科中的原始性;棒脉摇蚊属Corynoneura也较早被分出,也解释了其在形态上具有相似的一些近祖特征;拟开氏摇蚊属Parakiefferiell和克莱施密摇蚊属Krenosmittia,伪直突摇蚊属Pseudorthocladius和陆直突摇蚊属Georthocladius各自形成姐妹群,此结果与基于形态学的系统发育研究结果相一致.由此可以看出16S rDNA序列是一种适合于研究摇蚊类群属间及种间关系的分子标记.     

沟稃草属(Aniselytron)研究概况

沟稃草属(Aniselytron Merill)是禾本科早熟禾亚科的一个小属,由于其形态和早熟禾亚科其它4个属的植物相近,自该属建立起,它的属级地位以及在早熟禾亚科的系统位置一直难以确定.详细介绍了沟稃草属的命名与分类研究历史、分类现状及存在的争议,广义形态学和分子系统学的研究近况:叶片解剖学证据支持它作为一个独立的属,而分子生物学证据支持它作为早熟禾族的成员而非燕麦族的成员,但具体的近缘类群还不清楚.另外,在补充标本鉴定的基础上探讨了沟稃草属在中国的分布情况,补充了沟稃草在江西、西藏和重庆的分布.最后在当前的研究基础上,提出了今后的研究方向.     

用核糖体DNA的ITS序列探讨滇桐属的系统学位置

采用PCR直接测序方法 ,对来自椴树科、梧桐科、木棉科 17属的 33个种和作为外类群的锦葵科 2属4个种的核糖体DNAITS区 (含 5 8S区 )序列进行了分析。结果表明 ,滇桐属 (Craigia)与椴树属为姐妹群关系 ,二者构成单系类群 ,因而将滇桐属置于椴树科中较为合理 ;刺果藤属和翅子树属有较近的亲缘关系 ,并与蚬木属和柄翅果属构成一个单系类群 ,二者可能与椴树科有更近的亲缘关系 ;榴莲属与椴树科的破布叶属构成单系类群 ;山芝麻属与椴树科、梧桐科和木棉科构成并系关系 ;因此 ,这些属的系统位置尚需进一步确定。综合分析的结果支持将椴树科、梧桐科和木棉科归并到锦葵科中的观点。     

基于12S rDNA和16S rDNA部分序列对澜沧江流域景洪段5种鲃亚科(Barbinae)鱼类的进化地位研究

通过PCR扩增了澜沧江流域景洪段鲃亚科(Barbinae)短吻鱼(Sikukia gudgeri)、黄尾短吻鱼(S.flavicaudata)、中国结鱼(Tor sinensis)、云南四须鲃(Barbodes huangchuchieni)和长臀鲃(Mystacoleucus marginatus)共5种鱼的线粒体12S rDNA和16S rDNA部分片段,并进行了序列测定,基于12S rDNA和16S rDNA重建NJ系统发育树,结果表明:中国结鱼与野鲮亚科(Labeoninae)亲缘关系较近;云南四须鲃与短吻鱼和黄尾短吻鱼有较近的亲缘关系,长臀鲃次之.基于12S rDNA和16S rDNA序列的遗传学特征佐证了鲃亚科不是一个单系群,四须鲃属(Barbodes)为鲃亚科鱼类进化最原始的属这一观点有待商榷.     

中国柏木属(Cupressus L.)植物的petG-trnP序列分析及其系统学意义

对中国柏科（Cupressaceae）柏木属（Cupressus L．）5个种及扁柏属4个种的cpDNA非编码区petG—trnP序列进行了分析,其片段的长度范围在417bp～479bp之间．以侧柏（Platycladus orientalis）作为功能性外类群,运用PAUP＊和MEGA软件分别对其进行聚类分析,应用最大似然法得到一棵最优系统树,其-Ln=2232．47．结果表明：用petG-trnP序列来分析柏木属和扁柏属的系统发育关系是可行的;中国柏木属植物是一个单系类群;Ctmmaecyparis nootkatensis与扁柏属其它植物关系较远．因此,柏木（Cupressus funebris）和Ch．nootkatensis均应并入柏木属．     

茶藨子属ITS2序列二级结构的预测和比较分析

目的:利用内转录间隔区2(ITS2)序列对茶藨子属30个物种进行分类鉴定.方法:利用Clustal W软件多序列比对分析从Genbank上下载的ITS2序列,通过MEGA7.0软件计算遗传距离(K2P),基于K2P模型构建邻接(NJ)聚类树,并用RNA Structure5.4软件分析各物种ITS2二级结构的差异.结果:从构建的聚类树可知,茶藨子属30个物种均聚为1大枝11个小分枝,说明茶藨子属是一个单系类群;根据ITS2的二级结构分析,该属所有物种都均具有相似的结构,说明了该属的特异性较强,同时也说明了ITS2序列分析适用于茶藨子属植物的分类鉴定,并在近缘物种间的系统学研究、物种的鉴定方面具有较大的应用潜力.     

结合雌性交配囊的尖鞘叩甲亚科(叩甲科)比较研究

叩甲科是鞘翅目最大的科之一,其幼虫"金针虫"常作为重要的地下害虫,给农业生产带来重大损失.而尖鞘叩甲亚科Oxynopterinae是其中量小、个大、体美的一个类群.该类群的研究历史,特别是分类历史,存在族级阶元不明晰、种间变异不明显等问题,其中梳角叩甲属Pectocera Hope,1842过去长期放在该亚科内,近年来不少学者提出将其移出并放入异角叩甲亚科Pityobiinae里,但也一直没确切的证据.在叩甲的分类历史里,人们主要依靠形态特征和雄性外生殖器特征来鉴定,忽视了对雌性生殖系统,特别是交配囊结构对于划分属级及以上分类阶元的重要作用.本研究通过解剖尖鞘叩甲亚科各属(尖鞘叩甲属除外)雌性生殖器官,发现和比较了各属交配囊结构的差异,同时结合形态学特征,明确尖鞘叩甲各亚科各属间亲缘关系.结果表明梳角叩甲属Pectocera Hope与尖鞘叩甲亚科其它属形态和交配囊差异较大,亲缘关系较远.     

基于COII全基因序列对蜻科部分昆虫的分子系统发育分析(蜻蜓目:差翅亚目)

通过设计蜻蜓目COII全基因的非特异性引物,获得蜻科5亚科15属21种蜻蜓的21条COII基因全序列.采用Clustal X(1.8),MEGA 2.1,Phylip 3.6以及MrBayes 3.0等生物学软件对其进行分子系统学研究,结果显示,①蜻科COII的A+T含量非常低(69%),这与蜻蜓目是一比较原始类群的观点相一致;②蜻科COII全序列均含有2个半胱氨酸,这一点有别于其他类群;③各属内的种类基本聚在一起,大黄赤蜻与红蜻近缘而远离赤蜻属,褐蜻属与赤蜻属近缘,曲缘蜻亚科与赤蜻亚科近缘;④斜痣蜻亚科的进化速度相对较慢,蜻亚科与赤蜻亚科的进化速度稍快.     

基于COI基因的摇蚊亚科部分属的系统发育分析(双翅目:摇蚊科)

测定23种摇蚊亚科摇蚊线粒体COI基因的部分序列,并结合从Gen Bank下载的25种该亚科摇蚊同源序列进行分析,研究摇蚊亚科物种的分类和系统进化关系.运用MEGA5.1构建的邻接法(NJ)和最大简约法(MP)系统发育树表明:多足摇蚊属复合体中的斑摇蚊属、倒毛摇蚊属、内摇蚊属、明摇蚊属聚在一支,亲缘关系较近;狭摇蚊属单独聚为一支;长跗摇蚊属群中的大部分属的亲缘关系也较近;哈摇蚊属群仅有部分属聚在一起,均与基于形态学的系统发育研究结果一致.     

盲蝽科(半翅目异翅亚目)部分昆虫酯酶同工酶比较研究

运用酯酶同工酶电泳技术获得盲蝽亚科Mirinae、合垫盲蝽亚科Orthotylinae、叶盲蝽亚科Phylinae和齿爪盲蝽亚科Deraeocorinae 4个亚科12个属的23种盲蝽的酯酶同工酶(EST)酶谱．将所获得的酶谱数据(酶带和相对迁移率Rf)转化为二态特征数据，建立矩阵，用系统发育分析软件包WinClada 1．00．04对数据矩阵进行分析运算，分别获得各个亚科内和亚科间的系统发育树．分析结果表明：①酯酶同工酶酶谱特征在不同属级单元之间以及同属的不同种类之间都存在着明显的差异；②不同属种之间酯酶同工酶特征的相似程度与外部形态特征之间的相似程度不一致，以外部形态为主要依据的传统分类的一些属不是真正的单系群；③酯酶同工酶酶谱特征所反映出的盲蝽科4个亚科间的相互关系与Sehuh 1974年所做的盲蝽科内系统发育部分一致，但合垫盲蝽亚科与叶盲蝽亚科之间不是直接的姐妹群关系．4个亚科的关系为(((盲蝽亚科Mirinae，齿爪盲蝽亚科Deraeocorinae)叶盲蝽亚科Phylinae)合垫盲蝽亚科Orthotylinae)；④盲蝽亚科内存在着明显的异质性，需要进一步分类修订．     

基于ITS-nrDNA的疫霉属系统进化分析

基于对GenBank下载的121株疫霉菌Phytophthora的核糖体DNA的ITS序列分析,以Pythium sylvaticum为外围群,按最大简约法(maximum parsimony)构建其系统发育树,以对疫霉菌的系统发育关系进行研究。结果表明,疫霉属总体上可分为5个类群;P.undulata和P.batemanensis与Pythium sylvaticum的亲缘关系近,而与疫霉属的亲缘关系远;ITS序列分析结果不支持P.cryptogea和P.drechsleri为同物异名的观点。     

基于mt16S rDNA的长蝽总科(异翅亚目:蝽次目)系统发育的研究

利用16S rDNA分子约540 bp的序列对长蝽总科9个科29个种进行系统发育分析.运用MP法、ML法和NJ法分析,结果表明:原来属于广义长蝽科的Pachygronthidae、Rhyparochromidae、Cymidae、Geocoridae、Blis-sidae、Oxycarenidae和狭义Lygaeidae并不形成一个单系的广义长蝽科;梭长蝽科Pachygronthidae的两个族Pachygronthini和Teracriini分成两支而形成多系;莎长蝽科Cymidae与梭长蝽科Pachygronthidae的Pachygronthi-ni族总是聚成一支形成姐妹群.研究说明广义长蝽科是多系,这与最近的形态学研究一致,从分子水平上支持Henry(1997)把广义长蝽科中的部分亚科提升为科的修订.与现有的形态分类系统有所不同的是,地长蝽科和狭义长蝽科都是多系群.