毛冠鹿与3种麂属动物的GAPDH基因序列的比较分析

麂亚科（Muntiacinae）动物包括麂属（Muntiacus）和毛冠鹿属（Elaphodus），分布于东南亚、中国及印度，动物形态相似，但具有令人瞩目的细胞遗传学特性．本文以赤麂（Muntiacus muntjak）、黑麂（Muntiacus crinifrons）、小麂（Muntiacus reevesi）和毛冠鹿（Elaphodus cephalophus）4种麂亚科动物为材料，以3-磷酸甘油醛脱氧酶（GAPDH，管家基因）为靶基因，对毛冠鹿在麂亚科中分类地位进行分子鉴定．提取这4种动物的基因组DNA，根据人的GAPDH基因设计引物，进行PCR扩增．获得了约为300bp的扩增产物．将纯化后的扩增产物克隆到质粒pMD18＋TVector中，转化DH-5a菌，挑选阳性克隆。用M13-47／RV—M通用引物进行测序．测序的结果经clustal软件进行了同源性比较．结果显示：麂属动物种问GAPDH基因间的DNA差异在2．52％～4．37％之间，毛冠鹿与麂属3种动物的差异在1．79％-2．87％之间．这些变异以碱基的转换为主．本文结果支持毛冠鹿为独立属1种的分类观念．     

内蒙古荒漠草原土壤微生物DNA提取方法的研究

利用三种提取方法从内蒙古荒漠草原土壤样品中提取了土壤微生物DNA,得到的DNA片段长度在23 kb以上,提取效果较好无降解.采用试剂盒直接纯化、凝胶回收试剂盒纯化、玻璃珠DNA回收试剂盒SK1111 DNA纯化这三种方法对粗提液进行纯化,结果显示:凝胶回收试剂盒纯化后DNA纯度最高,试剂盒直接纯化可得到较纯的DNA,而玻璃珠DNA回收试剂盒SK1111 DNA纯化的效果不佳,不宜进行后续的PCR扩增.以纯化的土壤微生物DNA为模板扩增了细菌16SrDNA,扩增产物分子量为1.5kb左右.通过比较研究提出了一种适合于从荒漠草原土壤中进行微生物DNA提取、纯化及PCR扩增的有效方法.     

红树林土壤环境DNA提取和纯化方法比较

探讨适合红树林土壤环境DNA的提取及纯化方法,筛选出可以提取到高质量且物种覆盖度广的环境DNA的方法。本研究通过多种方法提取和纯化红树林土壤环境DNA,并进行物种覆盖度(细菌、真菌、底栖无脊椎动物、植物、线虫)的比较评估。用6种方法提取红树林潮间带林下土壤环境DNA,并使用2种方法对DNA进行纯化;用不同物种类群的通用引物进行PCR扩增,评估各种方法提取和纯化的环境DNA的物种覆盖度。结果显示,不同方法提取DNA的效率有一定的差异,但2种方法纯化前后DNA的质量并没有显著差异;5种试剂盒方法提取的DNA均可以有效扩增出细菌和无脊椎动物的DNA;DNeasy PowerSoil试剂盒提取的DNA扩增植物引物结果最佳;来自不同区域红树林土壤的DNA在扩增真菌对应引物时差异较大;2种试剂盒直接提取的DNA可以有效扩增出线虫的DNA。本研究为今后基于环境DNA技术研究红树林生物多样性工作的顺利开展提供科学依据,奠定了一定的基础。     

用PCR扩增裸甲藻和微小原甲藻rRNA基因的方法研究

以赤潮种裸甲藻(Gymnodinium sp．)和微小原甲藻(Prorocentrum minimum)为试验材料，以不同方法提取其基因组并进行纯化，然后采用PCR方法扩增其rRNA基因，包括18S，28S和ITS片断，并进行扩增条件的比较和优化，得到两种藻的最佳DNA提取条件和PCR扩增条件．裸甲藻和微小原甲藻的DNA提取宜采用改良的CTAB方法；并需对粗提取的DNA用CTAB方法进行纯化．两种藻的最适模板浓度为纯化后模板1．0～2．0μL；最适Mg^2 浓度为2．0μL(25mmol／L)；ITS引物PCB扩增的退火温度为50℃，而18S三对引物的退火温度均为55℃，28S的退火温度为54℃最为适宜。     

运用非损伤取样法对一群白头叶猴的个体识别

2005年9月对广西扶绥九重山的一群白头叶猴跟踪观察,采集粪便样品,并从中提取粪便DNA。从已发表的36对灵长类微卫星引物中筛选出5对多态性较高的引物对提取产物进行PCR扩增,对扩增产物进行基因型分析后,成功地对这群白头叶猴进行了个体识别。该研究表明,运用粪便DNA技术并结合微卫星分析技术可以有效地完成对白头叶猴的个体识别。     

麂属(Muntiacus)动物12SrRNA基因序列分析及其分子进化关系

对麂属（Muntiacus)中3种动物，赤麂（M.muntjak)(2n=6♀，7♂），小麂（M.reevesi)(2n=46),黑麂（M.crinifrons)(2n 8♀,9♂)线粒体DNA12SrRNA基因450bp左右的片段进行序列分析，并根据序列信息建立分子类聚图，同时探讨了这3种动物的起源，分类地位及进行关系，结果表明黑麂起源最早，赤麂次之，小麂最晚。     

从微量血中快速制备线粒体DNA片段

目的　建立并鉴定用于从微量血中快速制备线粒体DNA片段的技术 .方法　采用微量血样品 ,改进提取线粒体DNA的方法 ;以不同的方法提取的血DNA为模板 ,同时扩增nDNA上的基因片段和mtDNA上的基因片段 ,PCR相对定量分析比较各种方法提取的mtDNA片段的纯度 ;结果　用华美公司生产的ReadyPCR(tm)微量全血DNA纯化系统和作者的方法都得到了mtDNA ,而用作者的方法获得的mtDNA的纯度较高 ;结论　由于线粒体DNA与核DNA存在有同源片段 ,ReadyPCR(tm)微量全血DNA纯化系统和常规酶解法提取DNA不适合用于对mtDNA的鉴定 ,作者的方法简便快捷地排除了核DNA的污染 ,非常适合于对mtDNA进行PCR分析 .     

川西北牦牛源产肠毒素大肠杆菌的分子流行病学调查

为调查川西北地区牦牛源产肠毒素大肠杆菌的流行情况,对采自川西北甘孜州和阿坝州的26份腹泻牦牛粪便样品进行大肠杆菌分离,分别以分离的大肠杆菌DNA和牦牛腹泻粪便样本提取的总DNA为模板,采用PCR方法扩增产肠毒素大肠杆菌黏附因子K99+菌毛基因片段,分析产肠毒素大肠杆菌在牦牛腹泻中存在情况,同时比较两种DNA提取方法对产肠毒素大肠杆菌PCR检出率的差异;以分离自外表健康牦牛粪便的105株大肠杆菌DNA为模板,采用PCR方法扩增产肠毒素大肠杆菌黏附因子K99+菌毛基因片段,比较牦牛源产肠毒素大肠杆菌在外表健康牦牛和腹泻牦牛中的携带情况.结果:从26份牦牛腹泻粪便样本中共鉴定出84个大肠杆菌菌落携带K99菌毛基因,这些菌落分别来自所有26份牦牛腹泻样品,因此,牦牛腹泻样本100%分离并检测到携带K99+菌毛基因的产肠毒素大肠杆菌;而粪便总DNA检测结果为K99+菌毛基因阳性率84.62%(22/26),粪便中提取的总DNA模板K99+菌毛基因PCR检出率略低于分离鉴定的细菌DNA检出率;105株外表健康牦牛粪便样本分离株中检测到携带K99+菌毛基因的产肠毒素大肠杆菌34株,检出率为32.38%(34/105),产肠毒素大肠杆菌在牦牛腹泻样本中的检出率显著高于外表健康牦牛粪便的检出率(P0.001).结果表明,产肠毒素大肠杆菌在牦牛粪便中存在广泛,是引起牦牛腹泻的一种重要病原菌;以粪便中提取的总DNA为模板,可快速检测牦牛粪便中产肠毒素大肠杆菌的存在.     

新疆野生啤酒花DNA提取及RAPD反应体系的建立

采用2种方法提取啤酒花的基因组DNA,并分析了样品的不同状况和是否纯化对所提DNA质量及其RAPD扩增效果的影响。结果表明：采用改进的高盐低pH法优于CTAB法。以此法所提DNA为模板进行随机扩增多态DNA(RAPD)试验,分别测试了Mg2 ,dNTP、Taq酶、模板DNA浓度和退火温度对反应结果的影响,最终确定了野生啤酒花RAPD反应的最佳体系。     

活性污泥基因组DNA快速提取新方法及其指纹分析

建立了从活性污泥中快速提取基因组DNA的新方法,过程包括粗提与精制两个步骤,简化了繁琐的提取程序,提高了提取效率．用该方法提取的基因组DNA做模板,进行扩增核糖体限制性酶切片断分析（ARDRA）及核糖体基因间区序列分析（RISA）,均获得了理想的多态性指纹图谱;采用两对特异性引物（鞘氨醇单胞菌属和氨加氧酶基因）对所提污泥基因组DNA进行扩增,均获得了正确的PCR产物．该方法提取的污泥基因组DNA不但适用于研究污泥系统中菌群多样性分析,而且还可以对特定基因进行跟踪监测。     

福建省桫椤科植物的分子分类学研究

桫椤科科下等级设立长期以来存在一定的争议，以福建省内5种桫椤科植物刺桫椤（Alsophila spinulosa(Hook,)Tryon）、黑桫椤（Gymnosphaera podophylla(Hook.)Copel.）、针毛桫椤（G.metteniana (Hance)Tagawa）、粗桫椤（G.hancokii (Copel,)Ching）、牛姆林桫椤（G.niumulinensis Li,Chen et Deng）（新拟）为材料，采用改进的CTAB法获得了纯度较高，得率高，片段完整（片段大小均大于23kb）的基因组DNA，并运用RAPD技术对这5种桫椤进行了遗传多样性分析，从40个10－mer随机引物中筛选30个有效引物，产利用这30个有效引物共扩增出1073条DNA带，利用UPGA法以桫椤科的5个种的种间亲缘关系进行聚类分析，得出5个种的DNA分子分类系统图。结果表明，可以分为毛桫椤、棘桫椤和黑桫椤3组，平均遗传距离为0．61，符合属间的关系，从而确定了RAPD技术用于桫椤植物分子分类研究的可行性。结合前人在形态解剖学方面的工作，提出这5种桫椤科植物可以分为3个类群，即刺桫椤类、黑桫椤类和针毛桫椤类，并提供了3个类群的检索表。     

怀地黄85-5品种内遗传多样性的RAPD和ISSR分析

采用CTAB法提取了怀地黄85-5品种16个单株的基因组DNA,使用紫外分析和琼脂糖凝胶电泳检测其纯度和大小,利用RAPD及ISSR分析其品种内遗传多样性.从24个RAPD引物和43个ISSR引物中分别筛选出具有稳定多态性条带的RAPD引物3个和ISSR引物2个,分别对16个单株基因组DNA进行PCR扩增.3个RAPD引物共扩增出7条带,其中多态性条带为4个,多态性比率为57.14%.2个ISSR引物共扩增出17条带,其中多态性条带为11个,多态性比率为64.7%.结果表明,怀地黄85-5品种内存在遗传差异,但遗传多样性比地黄品种间的低.     

草鱼基因组随机扩增多态性引物及多态性位点的筛选

为了建立草鱼基因组DNA多态性分析的指标体系,应用RAPD技术,从180条10碱基随机引物中筛选出了31条能扩增出多态性DNA片段的引物。用这31条多态性引物共扩增出了327条重复性好、带型清晰、分辨率高的谱带。扩增产物的片段大小范围在400—2000bp之间。单一引物扩增条带为5—14条。用这些多态性引物在草鱼基因组DNA中检测到了93个多态性位点,并对这些多态性位点上的等位基因频率进行了统计分析。这31条多态性引物和所检测到的93个多态性位点初步为草鱼基因组的多态性分析提供了可靠的分析指标体系。     

三点苜蓿盲蝽线粒体Cyt b基因扩增条件研究

以三点苜蓿盲蝽为材料,采用SDS-蛋白酶K消化法提取其基因组DNA,利用CB-1、CB-2昆虫通用特异性引物对线粒体Cyt b基因433 bp片段进行PCR扩增,获得三点苜蓿盲蝽线粒体Cyt b基因的最佳扩增条件.     

菊叶香藜（Chenopodium foetidum）基因组DNA的提取方法研究

文章通过传统CTAB法、改良CTAB法、SDS法、高盐低pH法和试剂盒法等5种方法,对菊叶香藜进行基因组DNA提取,旨在筛选一种菊叶香藜基因组DNA的适宜提取方法。同时用紫外分光光度法和琼脂糖凝胶电泳对5种方法所提DNA进行检测,并对改良CTAB法提取的DNA进行RAPD-PCR扩增检测。结果表明：改良CTAB法提取速度较快,便于操作,提取的DNA质量较好,进行的RAPD-PCR扩增条带清晰,能满足分子标记的要求。因此,改良CTAB法为菊叶香藜基因组DNA可靠并合适的提取方法。     

RB型硝胺发射药使用寿命实验研究

针对布鲁氏菌BCSP-31蛋白基因设计一对引物,优化反应条件,对布鲁氏菌属6个代表菌株以及与布鲁氏菌有交叉反应的对照菌株进行扩增,结果能够对布鲁氏菌属6个代表菌株进行很好扩增,扩增片段大小为223bp,而对照菌株不能扩增,使用该方法最低可以检测20个细菌.     

一种冰川微生物总DNA的提取方法

利用SDS高盐法对冰川微生物总DNA进行了提取,实验结果表明这种方法对不同区域的冰川都可以提取到长度大于15kb的DNA片段,所得DNA应用细菌16S rRNA基因的引物进行PCR扩增,均能获得目的片段。因此,SDS高盐法是一种高效、简单的从小量冰川样品中直接提取DNA的理想方法。     

基于PCR-RFLP的西洋参和人参指纹特征鉴定

目的建立西洋参与人参限制性片段长度多态性聚合酶链式反应(polymerase chain reaction restriction fragment length polymorphism,PCR-RFLP)的鉴定方法.方法采用改良的CTAB法从西洋参和人参中提取基因组DNA.应用生物信息学软件设计西洋参与人参核糖体DNA ITS序列的特异性引物,利用PCR技术对指定序列进行扩增,并通过RFLP方法酶切后进行指纹图谱的鉴别比较.结果提取西洋参与人参基因组DNA19 kb,并扩增核糖体122 bp大小的基因片段,经酶切后西洋参为80 bp和42 bp长度的两条片段,而人参仍然为122 bp长度的单一片段.结论西洋参与人参DNA具有特异性酶切位点,可作为西洋参与人参鉴定的有效方法,该方法简便快速,结果可靠.