基于网络药理学和分子对接技术研究艾叶对黑色素瘤的作用机制

基于网络药理学和分子对接技术探讨中药艾叶治疗黑色素瘤的作用机制.通过中药系统药理学数据库和分析平台筛选出艾叶的有效成分,通过GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD、DrugBank数据库查找与黑色素瘤相关的靶点.采用Cytoscape3.7.1软件,构建"药物-成分-靶点-疾病"网络图,借助STRING数据库平台构建蛋白质相互作用网络.并采用分子对接技术将主要活性成分槲皮素与FOS、HIF1A、IL-6、JUN、MAPK1、RELA进行分子对接.最后利用皮肤黑素瘤A375细胞模型进行体外实验验证,结果表明艾叶可能主要是通过其活性成分槲皮素实现其抗黑色素瘤的作用.     

基于网络药理学与分子对接探索人参-五味子配伍治疗特发性肺间质纤维化的分子机制

基于网络药理学与分子对接方法,探讨中药人参-五味子配伍治疗特发性肺间质纤维化(idiopathic pulmonary fibrosis,IPF)的潜在分子机制.通过GeneCards、CTD、GEO等数据库预测IPF疾病靶标基因,从TCMSP平台筛选人参-五味子有效活性成分及其治疗靶标,构建中药-活性成分-靶标基因调...     

痔疮治疗中医新方挖掘以及分子机制研究

通过中医传承辅助系统挖掘痔疮治疗新方,联合整合药理学平台分析新方潜在作用分子靶点和信号通路.以《中医方剂大辞典》为基础汇编痔疮治疗中药方剂数据库,通过辅助系统软件计算获得药物使用频次并挖掘新方.以整合平台提供的功能模块进行靶标推算、网络布局等计算,建立新方的成分-靶标网络、新方-痔疮相关靶标网络,在功能分析和通路分析结果推导并揭示了新方作用的痔疮相关靶标分子机制.结果表明:完成对痔疮组方数据库提供的295个方剂进行分析,计算得到方剂药物使用频次,获得3首新方剂,深入研究了新方剂的分子机制.运用中医传承辅助系统以及整合药理学平台,可以从宏观和微观角度对痔疮的中药治疗挖掘新方并研究潜在分子机制,为研究中医方剂的计算推演提供了方向指导.     

基于网络药理学和分子对接法研究芫花抗炎作用机制

通过网络药理学和分子对接的方法,对芫花中主要抗炎活性成分及其潜在抗炎作用机制进行探讨。首先,基于中药系统药理学技术平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology,TCMSP)建立小分子数据库,然后,借助Swiss Target Prediction在线进行反向靶标预测,再通过KEGG通路富集筛选抗炎通路,采用计算机辅助药物设计(CADD)中的分子对接技术将关键小分子与PI3K-Akt通路中的靶标蛋白进行分子对接,并且通过Cytoscape3.7. 2构建化学成分-靶标网络模型。结果表明,通过数据库共检索出芫花中化学成分57个,初步筛选得到关键化学成分14个,共筛选出95个靶标蛋白,PI3K-Akt通路包括14个潜在靶标。分子对接发现芫花素、木犀草素、槲皮素等为芫花发挥抗炎作用的关键化学成分,EGFR、SYK和KDR为抗炎关键靶标蛋白。通过以上研究初步筛选了芫花抗炎的关键靶点及活性成分,为其抗炎作用机制研究提供了理论依据。     

基于网络药理学探讨头花蓼治疗泌尿系统感染的作用机制

目的:利用网络药理学的方法探究头花蓼治疗泌尿系统感染的作用机制。方法:在知网上收集和整理头花蓼的有效成分；通过TCMSP数据库找到头花蓼活性化合物对应的靶标，并用Uniprot数据库添加基因的Symbol;通过GeneCards网站检索泌尿系统感染相关的靶标；利用R软件提取出头花蓼有效成分和疾病共同的靶基因，将共同基因用Cytoscape3.7.2软件构建药物-疾病-有效成分-基因的调控网络；利用STRING数据库构建蛋白互作网络；用R语言进行GO和KEGG富集分析。结果:得到头花蓼的化学成分42个；342个靶蛋白；与疾病的交集靶蛋白共254个；GO分析得到条目186条；KEGG分析得到194条。头花蓼的活性成分可以通过调控SRC、AKT1、STAT3、JUN、MAPK1、RELA等靶标，AGE-RAGE信号通路、PI3K-Akt信号通路、脂质和动脉粥样硬化通路、人类巨细胞病毒感染等通路发挥治疗泌尿系统感染的作用。结论:头花蓼可以治疗泌尿系统感染，其治疗机制与降低细胞通透性、激活自噬蛋白与PI3K-Akt通路有关。     

苍术酮潜在靶点预测及正向分子对接验证

目的基于网络药理学技术预测苍术酮潜在靶标及可能药理作用。方法利用PharmMapper服务器的反向药效团匹配,将苍术酮与2241个人类蛋白靶标进行匹配,根据Normalized Fit Score的打分由高到低排序,重点分析前10个靶蛋白,再采用Systemsdock Web Site平台对具有疾病治疗价值的主要靶蛋白进行正向分子对接验证。结果发现苍术酮与二肽基肽酶Ⅳ、维甲酸β受体以及细胞维甲酸结合蛋白2结合较好,Dock score打分分别为7.105、6.948、6.842。结论反向药效团匹配和正向分子对接预测到的苍术酮主要潜在靶点有二肽基肽酶Ⅳ、维甲酸β受体、细胞维甲酸结合蛋白2,具有抗糖尿病、抗癌等药理作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨蛹虫草对糖尿病作用机制研究

目的:以网络药理学和分子对接分析的方法，系统研究蛹虫草在治疗糖尿病中的机制，为开发治疗糖尿病的新药提供理论依据。方法:采用TCMSP数据库对蛹虫草的活性成分和治疗靶点进行预测和筛选。Cytoscape3.9.0绘制了活性组分和靶标网络，STRING数据库分析了蛋白-蛋白相互作用(PPI),利用DAVID数据库对交叉靶标进行了GO生物富集及KEGG富集分析。分子对接研究由SYBYL-X 2.0软件进行验证完成。结果:得到蛹虫草的活性成分有120个，取交集基因得到96个，蛋白互作分析发现IL6、TNF和TP53治疗糖尿病的作用，KEGG富集结果发现，蛹虫草治疗糖尿病主要通过Pathways in cancer、TNF signaling pathway、HIF-1 signaling pathway、African trypanosomiasis等信号通路进行调控。分子对接结果表明，蛹虫草中的活性成分Kushenol, t、Leachianone, g、Cis-Dihydroquercetin等成分与IL6、TNF和TP53具有较好的结合能力。结论:蛹虫草的活性成分Kushenol, t、...     

基于网络药理学研究厚朴-杏仁治疗哮喘的潜在作用机制

本研究采用网络药理学方法分析厚朴-杏仁配伍治疗哮喘的潜在作用机制。通过BATMAN-TCM数据库检索厚朴、杏仁的中药化学成分及靶标信息,PALM-IST数据库搜索疾病靶标信息,string数据库构建靶标的蛋白质相互作用网络,利用Cytoscape v3.5.1对药物靶标相互作用进行可视化分析,DAVID数据库和Cytoscape v3.5.1的ClueGO+CluePedia插件对药物关键靶标进行GO生物功能富集分析和KEGG信号通路富集分析。共检索到厚朴-杏仁化合物51个,靶标435个,哮喘疾病相关靶标415个,进而分析得到药物治疗疾病关键靶标14个,包括肿瘤坏死因子、过氧化氢酶、白介素13、β2肾上腺素能受体等;GO基因功能分析主要涉及应激反应调控、先天性免疫反应调控、防御反应、急性炎症反应、刺激反应、凝血止血调节、自我内稳定、活性氧代谢过程等生物过程;KEGG分析主要参与NF-κB、IL-17、FcεRI、Toll受体及FoxO等信号通路。厚朴-杏仁能通过多个靶点、多种途径、多条通路对哮喘的气道慢性炎症、气道重塑和气道高反应起潜在治疗作用。     

基于网络药理学和实验验证探究芒果苷钠盐对动脉粥样硬化的作用机制

基于网络药理学、分子对接和细胞实验验证的方法探究芒果苷钠盐(MF-Na)治疗动脉粥样硬化(atherosclerosis, AS)的作用机制.利用TCMSP、STITCH、SWISS、SEA数据库筛选出MF-Na的作用靶点，利用OMIM、GAD、Genecards数据库筛选出AS疾病作用的相关靶点，分别绘制药物靶点、疾病靶点的相互作用网络图.利用Cytoscape3.6.1软件，绘制“化合物-靶标-通路-疾病”关系网络并进行分析.对筛选出的靶点基因进行GO分析和KEGG分析，采用AutoDock Vina软件进行分子对接，评估筛选靶标.最后采用酶联免疫吸附测定法(ELISA)检测了体外TNF-α、NF-κB、IL-6、CCL2和CXCL1的含量，并用免疫细胞化学检测了NF-κB p65和NF-κB p50的表达.筛选出MF-Na相关靶点119个，AS相关靶点433个，药物-疾病共同靶点23个，富集到通路46条.细胞实验证明：MF-Na能显著降低TNF-α、NF-κB、IL-6、CCL2和CXCL1的表达水平，并经过TNF-α/NF-κB/CCL2通路发挥作用.利用网络药理学筛选了MF-...     

基于网络药理学研究厚朴-杏仁治疗哮喘的潜在作用机制

本研究采用网络药理学方法分析厚朴-杏仁配伍治疗哮喘的潜在作用机制。通过BATMAN-TCM数据库检索厚朴、杏仁的中药化学成分及靶标信息，PALM-IST数据库搜索疾病靶标信息，string数据库构建靶标的蛋白质相互作用网络，利用Cytoscape v3.5.1对药物靶标相互作用进行可视化分析，DAVID数据库和Cytoscape v3.5.1的ClueGO+CluePedia插件对药物关键靶标进行GO生物功能富集分析和KEGG信号通路富集分析。共检索到厚朴-杏仁化合物51个，靶标435个，哮喘疾病相关靶标415个，进而分析得到药物治疗疾病关键靶标14个，包括肿瘤坏死因子、过氧化氢酶、白介素13、β2肾上腺素能受体等；GO基因功能分析主要涉及应激反应调控、先天性免疫反应调控、防御反应、急性炎症反应、刺激反应、凝血止血调节、自我内稳定、活性氧代谢过程等生物过程；KEGG分析主要参与NF-κB、IL-17、FcεRI、Toll受体及FoxO等信号通路。厚朴-杏仁能通过多个靶点、多种途径、多条通路对哮喘的气道慢性炎症、气道重塑和气道高反应起潜在治疗作用。     

分子链长对分子结电输运性质的影响

利用杂化密度泛函理论,研究了烷烃硫醇分子与金电极形成分子结的电子结构,利用弹性散射格林函数方法研究了烷烃硫醇分子的电输运性质,并同实验结果进行了比较。研究结果表明,在低的外加偏压下,烷烃硫醇分子电流值随着分子链长度的增加而指数减小。     

基于分子轨道特征苏氨酸分子体系的电子激发类型

基于优化的右旋苏氨酸（R-Thr）分子结构, 在PBE0/def2-TZVP下, 用含时密度泛函理论（TDDFT）方法得到气相条件、 隐式H₂O和甲醇溶剂环境下R-Thr分子体系电子激发过程中激发态波函数的计算结果, 并通过指认分子轨道类型方法研究R-Thr分子体系价层电子的激发类型. 结果表明： 隐式溶剂环境比气相环境更适合研究R-Thr分子体系的电子激发特性; 分子轨道（MO）类型与Δr指数分析结果较理想, 大部分激发态的激发类型与激发模式指认吻合度较高.     

基于分子轨道特征苏氨酸分子体系的电子激发类型

基于优化的右旋苏氨酸（R-Thr）分子结构, 在PBE0/def2-TZVP下, 用含时密度泛函理论（TDDFT）方法得到气相条件、 隐式H₂O和甲醇溶剂环境下R-Thr分子体系电子激发过程中激发态波函数的计算结果, 并通过指认分子轨道类型方法研究R-Thr分子体系价层电子的激发类型. 结果表明： 隐式溶剂环境比气相环境更适合研究R-Thr分子体系的电子激发特性; 分子轨道（MO）类型与Δr指数分析结果较理想, 大部分激发态的激发类型与激发模式指认吻合度较高.     

阅读困难的分子遗传学研究

阅读困难是学龄儿童常见的学习障碍,其病源学非常复杂.近年来,对阅读困难的分子遗传学研究取得了重要进展,特别是多个候选基因的确定,以及对其它行为问题如多动症和语音障碍与阅读障碍的并存基因的确定.文章综述了阅读困难的分子遗传学研究的进展,并提出一些未来此类研究应重点解决的问题.     

分子标记技术在猕猴桃属植物中的研究进展

介绍了猕猴桃属植物在分子水平方面的研究进展,主要概括了同工酶标记和DNA标记技术在猕猴桃的遗传多样性、染色体倍性及来源、性别鉴定、胞质遗传、品种鉴定等方面的应用现状。     

双核金属锆分子氮络合物的分子轨道理论研究

平面型的侧基配位双核锆分子氮络合物｛［１－ｐｒＰＣＨ＿２ＳｉＭｅ＿２）＿２Ｎ］ＺｒＣｌ｝＿２（μ－￣２η：η￣２－Ｎ＿２）的电子结构、成键图象以及锆碎片络合物与分子氮轨道相互作用是通过量子化学ＳＣＣ－ＤＶ－Ｘａ计算得到的，结果表明这类前过渡金属原子的ｄ轨道和分子氮１π＿ｇ轨道之间有较强的ｄ－π作用，以致对分子氮有显著的活化作用．     

分子马达模型综述

介绍三类马达酶的结构,功能和生命体内分子马达的研究状况,并详细介绍几类典型分子马达的理论模型,同时展望了分子马达的发展前景和应用。     

Molecular biological research on Foraminifera

ForaminiferabelongstoSarcodina(Protozoa)andexhibitscytoplasmicorganizationandpseudopdial streamingcharacteristicbroadlyofamoeboidorgan ism[1].Itmainlylivesinthemarineenvironment withamembranous,agglutinatedorcalcareousshell.Asoneofthemostimportantgroupsinmicropaleon tology,Foraminiferahasbeenwidelyusedforthe stratigraphicsubdivision,correlationinpetroleum wellsandforthereconstructionofpaleo environments duringthelastseveraldecades[2,3].Furthermore,sincethe1960swiththestartofDeepSeaDrilling …     

Influence of Molecular Weight of Ultra-high Molecular Weight Polyacrylonitrile on Its Rheological Behavior in Dimethylsulfoxide

Ultra-high molecular weight polyacrylonitrile (UHMW-PAN ) was prepared by aqueous suspension polymerization, and the effect of molecular weight on its rheological behaviors hi dimethylsulf oxide (DMSO) and the spinning stability were investigated. It shows that, compared with common polyacrylonitrile ( C-PAN), UHMW-PAN/DMSO solution has smaller non-Newtonian index, larger structural viscosity index, much longer maximum relaxation time, and no first-Newtonian region appears in the flow curves under the same experimental conditions. The explanations for these phenomena are given in the view of chain-entanglements. The optimal technology of preparing UHMW-PAN fibers and hollow fiber membranes could be obtained based on the rheological study.     

分子生物学实验教学改革的探讨

针对近年来高校对本科生开设分子生物学实验中出现的三种矛盾,根据多年的实验室建设和实验教学经验,文中对分子生物学实验课的开设提出4条革新意见,为前进中的本科生生物类实验课的改革方面提供参考。