与黄瓜耐高温QTL连锁的分子标记分析

耐高温性状对黄瓜的夏季生产具有重要意义.用耐高温自交系863-7和不耐高温自交系863-6构建F2群体.在生长箱中对群体进行高温胁迫处理一个月,测定其相对生长综合值作为耐高温性状值.用62对SSR引物和132对SRAP引物组合对亲本进行多态性筛选,8对SSR引物和71对SRAP引物组合呈现出多态性.对多态性的标记进行群体分组分析和选择性基因型分析,发现1个SSR标记和9个SRAP标记与黄瓜耐高温QTL连锁,对表型的贡献率在6%～17%.Mapmaker分析发现7个标记(CSCT335、ME10EM2-350、ME11EM2-640、ME11OD3-230、DC10D3-150、ME8EM10-590和ME8EM7-590)位于同一连锁群,2个标记(ME1EM6-670和ME9EM6-650)位于另一连锁群,标记ME9EM1-210不与其他标记连锁,它们代表的3个QTL累计的表型贡献率达32.3%.     

黄瓜侧枝基因(lb)和全雌基因(f)的定位及RAPD遗传图谱的构建

利用侧枝长势强、全雌性黄瓜自交系S06(欧洲温室型)和侧枝长势极弱、强雄性自交系S52(来源于大别山农家品种)的杂交F2代群体,构建了黄瓜的随机扩增多态性DNA(RAPD)分子遗传框架图谱,并定位了侧枝性状基因(lb)和全雌基因(f).图谱中共包括79个RAPD标记,分属9个连锁群,总长度1110.0 cM,平均间距为13.7 cM.侧枝基因(lb)定位在一个大的连锁群上,其两侧标记是OP-Q5-1和OP-M-2-2,与lb的间距分别是9.3 cM和15.9 cM.全雌性基因(f)定位在一个小的连锁群上,其两侧标记是OP-Q5-2和BC151,与f的间距分别是13.8cM和13.6cM.图谱的构建为进一步研究侧枝和全雌性状及黄瓜的其他性状的基因打下了基础.     

蓖麻遗传图谱构建初报

以YC1×YF181自交形成的161个F2单株为作图群体,利用345对SSR引物和30对ISSR选扩引物,在亲本YC1和YF181之间进行了多态性检测,筛选出80对SSR和1对ISSR引物用于F2群体分析.利用上述引物组合共检测到145个多态性标记位点,其中的124个标记构建了蓖麻分子连锁图谱该图谱覆盖基因组全长396 cM,平均图距7.76cM.     

四倍体彩色马铃薯分子遗传连锁图谱构建研究

以四倍体彩色马铃薯(‘黑美人’,‘MIN-021’)杂交F1代单株无性株系群体为材料,利用SSR分子标记技术及作图软件(TetraploidMap)进行了彩色马铃薯分子遗传连锁图谱的构建研究.结果表明:从255对SSR引物中筛选出34对条带清晰稳定、多态性丰富的适宜引物,对‘黑美人’בMIN-021’杂种F_1的210个单株无性系及其双亲的基因组DNA进行PCR扩增共得到201个多态性标记.用这201个SSR标记对双亲分别作图,首次构建了四倍体彩色马铃薯的分子遗传连锁框架图谱.母本图谱含129个标记,12个连锁群总长度为1 167cM,标记间平均距离为9.04cM;父本图谱含131个标记,12个连锁群总长度为1 187cM,标记间平均距离为9.06cM.     

春小麦重组自交系及多种SSR标记构建遗传图谱

 以春小麦重组自交系(RIL)宁春4 号×宁春27 号为作图群体,利用SSR 标记构建小麦遗传连锁图谱。结果表明,用1001对SSR 引物选出亲本间表现多态性的引物307 对,多态性频率为30.7%。利用307 对多态性引物对RIL 群体进行分析,共检测到266 个多态性标记位点。通过χ²检测(P<0.05),有147 个SSR 标记表现为偏分离,偏分离率为55.3%,129 个偏向母本宁春4号,其偏分离位点主要分布在B 和D 基因组上。用Mapmaker 3.0 和Mapdraw 2.1 软件将266 个SSR 位点绘制在小麦遗传连锁图上,该图谱覆盖小麦基因组全长2187.79 cM,标记间的平均遗传距离为8.22 cM。     

大豆基因组F连锁群较高密度图谱的构建和基因定位

应用栽培大豆"长农4号"和半野生大豆"新民6号"杂交得到的F8代重组自交系(88株)构建了较高密度的大豆F连锁群图谱.该连锁群包括5个限制性片段长度多态性(RFLP)标记,7个扩增片段长度多态性(AFLP)标记,14个微卫星(SSR)标记和1个形态学标记,标记之间的平均距离为11.8 cM,连锁群总长度为331.7 cM.大豆的紫花/白花基因(w)定位在该连锁群上,与花色基因连锁的两个标记为Satt03911.0 cMw 16.7 cM Satt516.作图分析中发现其中一个RFLP标记(K14)有4个独立分离的等位基因,其中两个(K14-2和K14-4)定位在该连锁群上,并且紧密连锁,反映了大豆基因组的复杂性.     

一个水稻抗纹枯病突变体的遗传分析及其基因的初步定位

高水平抗纹枯病突变体和高感纹枯病品种蜀恢881杂交构建分离群体,经F2分离世代的遗传分析,抗、感单株比例符合3 1(χc2=0.563,χ12,0.05=3.84),初步确定该突变体对纹枯病的抗性由一对显性主效基因所控制,命名为Rsb-2(t)。利用已合成的530对微卫星引物,对抗纹枯病突变体和蜀恢881进行多态性引物筛选,用多态性引物对上述F2分离群体的全部感病单株和部分抗病单株的DNA进行PCR分析,借助MAPERMAKER/EXP3.0软件,对其微卫星标记实验数据进行连锁分析,将Rsb-2(t)定位于第3染色体的p臂,发现RM218、RM251、RM4321和RM5748与Rsb-2(t)连锁,它们均位于着丝粒端,连锁距离分别为32.1 cM,41.1 cM,42.4 cM和49.7 cM。研究结果为进一步对该基因的精细定位奠定了基础。     

苦荞重组自交系群体F_5代SSR遗传图谱的构建

以"小米荞×晋荞2号"杂交组合,通过单粒传获得的245个F_5代重组自交系(命名为SJ-RILs)群体为作图材料,构建SSR遗传连锁图谱。结果显示:350对SSR引物在亲本间有多态性的为59对,多态率为16.9%;多态性引物在SJ-RILs群体共扩增出80个等位变异位点;来自小米荞和晋荞2号等位基因分别占群体总基因型的51.5%和48.5%;采用作图Jionmap4.0软件构建的遗传连锁图总长度为1 106.74cm,含11个连锁群,80个分子标记,其中偏分离标记27个,相邻标记的平均间距为13.83cm。结论:该图谱可为苦荞遗传图谱构建、重要性状QTL的定位和基因组学研究隆奠定基础。     

甘蓝型油菜矮秆突变基因ndf1的分子标记连锁遗传作图

利用240对SSR和672对SRAP分子标记, 以甘蓝型油菜矮秆突变株系与高秆野生型杂交的回交一代(BC1)群体为材料, 对甘蓝型油菜矮秆突变基因ndf〖STBX〗1〖STBZ〗进行连锁遗传作图分析. 结果表明 : (1)在240对SSR引物中, 有145对的扩增产物显示出突变株系与野生型间具有多态性, 采用矮秆与高秆杂交F2群体集团分离分析法(BSA)筛选连锁分子标记, 并利用BC1群体进行遗传连锁作图分析, 发现位于13号连锁群上的Na12 E02和CB10057〓2对SSR标记与矮秆突变基因ndf〖STBX〗1〖STBZ〗位点紧密连锁, 2对标记位于矮秆突变基因ndf〖STBX〗1〖STBZ〗的同侧, 连锁图距分别为634cM、877cM; (2)经过672对SRAP分子标记连锁遗传分析, 获得了4对与矮秆突变位点连锁的SRAP标记: Me15em4 288、Me28em3 171、Me25em15 262和Me3em18 684, 与矮秆突变位点的连锁图距分别为1248cM、1519cM、2019cM和3546cM, Me28em3 171和Me3em18 684位于矮秆突变基因ndf〖STBX〗1〖STBZ〗的另一侧.     

白肋烟遗传连锁图的构建及黑胫病抗性QTL初步分析

利用白肋烟抗黑胫病品种B37(Burley37)和感黑胫病品种B67(Burlcy67)杂交的F1代以花药培养技术培养获得的双单倍体(Doublc Haploid,DH)遗传群体87个株系为作图群体,利用AFLP和SRAP分子标记技术,在群体中共获得135个多态性标记. 以此为基础,利用Mapmakcr/EXP作图软件,构建了一个含23个连锁群、99个标记的白肋烟遗传连锁图,该图谱总长为915.7 cM,标记问的平均距离为9.2 cM.同时利用两年田间试验调查分析了该群体各株系的黑胫病发病率和病情指数,利用WinQTLcart2.5软件扫描遗传连锁图,在4个连锁群上共检测到7个黑胫病抗性相关QTLs(Qualitative Trait Loci),分别命名为TBS1-TBS7,单个QTL解释表型变异11.2%-20.0%.其中在C2和C5两个连锁群上出现了重复性稳定的QTL.研究结果为精细定位抗病QTL以及通过分子标记辅助选择等方法选育黑胫病抗性强的烟草品种奠定了基础.     

Construction of a genetic map with SRAP markers and localization of the gene responsible for the first-flower-node trait in cucumber (Cucumis sativus L.)

With an F2 population from the cross of two cucumber inbred lines, S06 and S52, sequence-related amplified polymorphism (SRAP) was used to construct a genetic linkage map in cucumber (Cucumis sativus L.). Sixty-four SRAP primer combinations generated 108 polymorphic bands in the F2 population analysis. The average of polymorphic bands produced by one primer pair was 1.5, and the maximum was 5. Using Mapmaker 3.0, a linkage map was constructed, which consisted of 77 SRAP markers distributed in nine linkage groups (LOD≥3.0) and spanned 1114.2 cM with an average interval of 14.5 cM between markers. The gene for the first-flower-node trait, termed ffn, was mapped to linkage group Ⅸ, flanked by DC1EM5 and ME7EM2A at 10.3 cM and 12.1 cM distance, respectively.     

利用多重PCR进行鸡全基因组扫描

应用多重PCR结合半自动化荧光标记DNA分析技术从328个微卫星标记中筛选出分布于23条常染色体及1条性染色体(Z染色体)、覆盖3080cM、包含在30个引物组合中的170个多态微卫星标记,平均标记密度为18cM,并优化了这些引物组合的反应条件.筛选出的这些多态微卫星标记在本实验群体中符合Mendel遗传定律,可应用于鸡的连锁图谱分析及重要经济数量性状的定位研究,     

新吉富罗非鱼选育过程中遗传变异的AFLP分析

为了查明罗非鱼选育过程中发生的遗传变异,采用扩增片段长度多态(AFLP)方法,对吉富品系尼罗罗非鱼选育系基础群体F0、选育群体F6-9进行遗传差异分析.8对EcoR Ⅰ/Mse Ⅰ引物组合共产生308条清晰的DNA带.多态位点比例在群体间呈现出差异性,F0代为51.3%,F6代为48.7%,F7代为47.1%,F8代为46.1%,F9代为43.8%.平均基因多样性指数F0代为0.183 4,F6代为0.176 5,F7代为0.175 4,F8代为0.1620,F9代为0.1560.Shannon多样性指数F0代为0.2684,F6代为0.2626,F7代为0.2614,F8代为0.241 5,F9代为0.231 9.各项遗传多态性指标一致表明,F0代群体遗传多态性水平最高,随选育世代数的累进,选育群体的遗传多态性水平呈现出下降的趋势.吉富品系罗非鱼选育群体间遗传相似性水平(Nei,1972)较高,为0.967 5～0.987 5,群体间遗传距离较小,大小范围为0.012 6～0.033 1.经过偏差校正,Nei(1978)计算得到选育群体间遗传相似性大小为0.972 6～0.992 6,群体间遗传距离为0.007 4～0.027 8.随选育世代数的累进,选育群体与基础群体间的Nei(1972,1978)遗传相似性呈减弱趋势,而Nei(1972,1978)遗传距离逐渐呈现出增大趋势.引物组合E-AAG/M-CTA产生一条大小为502 bp的特异性DNA条带,该条带在不同选育世代间随世代数的累进呈现出频率增高的趋势.     

白肋烟遗传连锁图的构建及黑胫病抗性QTL初步分析

利用白肋烟抗黑胫病品种B37（Burley37）和感黑胫病品种B67（Burley67）杂交的F1代以花药培养技术培养获得的双单倍体（DoubleHaploid,DH）遗传群体87个株系为作图群体,利用AFLP和SRAP分子标记技术,在群体中共获得135个多态性标记．以此为基础,利用Mapmaker／EXP作图软件,构建了一个含23个连锁群、99个标记的白肋烟遗传连锁图,该图谱总长为915．7cM,标记间的平均距离为9．2cM．同时利用两年田间试验调查分析了该群体各株系的黑胫病发病率和病情指数,利用WinQTLcart2．5软件扫描遗传连锁图,在4个连锁群上共检测到7个黑胫病抗性相关QTLs（QualitativeTrairLoci）,分别命名为TBS1一TBS7,单个QTL解释表型变异11．2％--20．0％．其中在C2和C5两个连锁群上出现了重复性稳定的QTL研究结果为精细定位抗病QTL以及通过分子标记辅助选择等方法选育黑胫病抗性强的烟草品种奠定了基础．     

甘蓝型油菜短花序突变的同工酶与SSR分子标记

对甘蓝型油菜(Brassica napus L.)短花序突变株系“M112”的不同时期野生型、突变体亲本及F1代不同器官的过氧化物同工酶（POD）进行遗传分析,并对随机选取的60株具有突变性状的苗期F2代群体的茎进行过氧化物同工酶（POD）分析.结果表明：野生型和突变体亲本在茎部POD 电泳图谱Rf 0.264处条带具有稳定的差异,所选的60株F2代群体中有56株的带型与突变体亲本相同,说明短花序突变性状与上述POD特征酶谱连锁紧密,并可以稳定遗传.同时选取F2代具有突变性状植株303株作为该突变基因的SSR分子标记分析群体,最终从分布于甘蓝型油菜19个连锁群的121个SSR标记中筛选到了标记Na12C06,标记与该突变位点连锁较紧密,遗传距离为9.8cM     

基于优质早籼稻品种佳辐占的遗传图谱的构建

以优质常规稻佳辐占为父本,分别以广陆矮4号和明恢86为母本,构建两个重组自交系(以下简称为“广佳”群体和“明佳86”群体).利用559对简单重复序列(SSR)引物对亲本进行多态性分析,获得佳辐占和广陆矮4号、佳辐占和明恢86亲本间有差异的引物分别201对和186对,多态率分别达35.95%和33.33%.利用这些引物构建了两张水稻遗传图谱,其中广佳图谱包含127对SSR标记,全长约1 015.7 cM,平均标记间距为8 cM;明佳86图谱包含131对SSR标记,全长约1 263.6 cM,标记平均间距为9.6 cM.遗传图谱的构建便于研究佳辐占优质性状的遗传规律、外观品质性状间的内在关系,以期为分子标记辅助选育细长、大粒、优质的水稻新品种打下基础.同时,这是两个基于重组自交系的图谱,可长期用于群体内各种性状的遗传规律分析及QTL定位.     

水稻白叶枯抗性基因Xa-min(t)的抗谱鉴定及其分子标记的筛选

利用来自11个国家的34个水稻白叶枯病菌菌株,以高感品种IR24、含有已克隆的抗白叶枯病基因Xa21的品系C64(IRBB21)、中花11和日本晴4个水稻品种作为参照,对一个含有来自小粒野生稻(Oryza minuta)的抗白叶枯病基因Xa-min(t)的渐渗品系(introgression line)78-15进行了抗谱鉴定.结果表明,Xa-min(t)是一个广谱、高抗的白叶枯病抗性基因.同时,以IR24和78-15为亲本进行杂交,并采用分离群体分组分析法(BSA)、随机引物扩增多态性DNA(RAPD)和序列特异性扩增区(SCAR)筛选与Xa-min(t)连锁的分子标记.共筛选了800个购自Operon公司的随机引物,其中有2个引物,BE05和BE06,可扩增出与Xa-min(t)连锁的RAPD标记BE05300和BE061400.对这两个DNA片段克隆并测序,根据两端序列设计了两对长度为21～24 bp的特异引物扩增供试材料,其中一个RAPD标记可转化成稳定、重复性好的SCAR标记ScBE05300.用ScBE05300和BE061400标记分别对IR24和78-15的杂交F2代948和719个单株进行的连锁分析表明,这两个标记与Xa-min(t)的连锁距离分别为2.2和3.7 cM,并位于Xa-min(t)的同一侧.这些结果为Xa-min(t)的精细物理图谱的构建奠定了基础.     

番茄SSR遗传连锁图谱的构建及几个产量相关性状QTLs的定位

以始花节位、每序花数和单果重性状差异显著的栽培番茄与野生醋栗番茄杂交产生的142个F2单株为作图群体,应用SSR标记构建了番茄的遗传连锁图谱.图谱共包含112个标记,总长度为808.4 cM,标记平均间距7.22 cM.利用区间作图法在第5和第11染色体上检测到两个与始花节位有关的QTLs,在第2和第5染色体上检测到两个与每序花数有关的QTLs,在第1,2,3,9和12染色体上检测到5个与果重有关的QTLs.     

黄瓜(Cucumis sativus L.) BAC文库的构建及连锁群特异克隆的分离

利用中国华北类型的黄瓜自交系S94构建一个BAC文库,该文库包含约19200个克隆,平均插入片段为105kb,大约覆盖黄瓜基因组的5倍．为了使黄瓜的遗传连锁群锚定其染色体,从黄瓜的7个连锁群共选择了22个标记,其中15个SCAR标记和7个SSR标记,利用这些标记用PCR的方法筛选BAC文库的DNA池,15个标记筛选到至少2个克隆,共筛选到60个BAC克隆,最后确定了22个BAC克隆作为连锁群特异克隆,这个BAC文库的构建为今后黄瓜基因组研究奠定了基础。     

水稻温敏核不育系HD9802S不育基因的SSR标记定位

使用分子标记辅助选择可以获得目标性状的个体从而提高育种效率.以HD9802S/(HD9802S/R287) BC1群体为材料,利用BC1群体中随机选择的32个高度不育单株和32个高度可育单株,以及涵盖水稻12条染色体的22个SSR标记,通过连锁分析进行染色体定位,将温敏核不育基因(HDtms)定位于第2号染色体上;利用软件QTL Ici Mapping 3. 0进行染色体分群,HDtms被划分到第2号染色体上.在第2号染色体上覆盖筛选得到10个SSR标记,以回交群体中428个单株为材料绘制连锁图谱,图谱全长112. 21 cM,平均图距为11. 21 cM,HDtms在标记RM5897与RM12783之间.在此区间内筛选到与HDtms连锁紧密的SSR标记.其中RM12747是得到筛选率最高的分子标记,为90. 135%,且在HD9802S与R287间具有多态性.说明对温敏不育性的分子标记辅助选择可初步使用该分子标记.