内切酶切割环状DNA切割速度的计算

研究内切酶动力学,至今还没有很好的酶活测定方法。作者根据1976年Forsblom S等人用内切酶切割线状DNA时切割速度的计算方程,推导出一套切割环状分子时切割速度的     

质粒pBR322DNA与内切酶EcoRI相互作用的研究

借助原子力显微镜(AFM)对DNA与内切酶的切割与结合作用进行研究.当缓冲液中有Mg2+存在时,内切酶EcoRI会在单一识别位点处切割pBR322DNA,如果缓冲液中的Mg2+用Ca2+代替,内切酶EcoRI则会与pBR322DNA在单一识别位点处结合,并且切割率与结合率都随着内切酶浓度的增加而增加.     

Mn~(++)及二甲基亚砜(DMSO)对限制酶HindⅢ识别顺序的影响

本文以质粒pBR322及噬菌体λcI857S7DNA 为底物研究了Mn~(++)及DMSO 对限制酶Hind Ⅲ对底物DNA 识别顺序的影响.在10mMTris-HClpH8.4,10mM MgCl_2,60mMNaCl 及7mM 巯基乙醇的正常反应条件下,HindⅢ在pBR322DNA 上只有一个切点,酶切后在凝胶电泳上可看到一条带.用10mM Mn~(++)代替Mg~(++)或在反应液中加入DMSO 进行酶切,在电泳上出现许多新的带.以λcI857S7DNA 为底物也得到类似的结果.新产生的片段可以用DNA 连接酶重新连接成线状分子.Mn~(++)及DMSO还能使Hind Ⅲ切割细菌本身的DNA.这些数据表明:Mn~(++)及DMSO 确实能降低Hind Ⅲ对底物的专一性,放松对识别顺序的要求.讨论了专一性降低的机制及其在核酸研究及基因工程中的意义。     

EcoRI核酸限制性内测酶切割Ad_5-DNA的动力学研究

本文用荧光扫描的技术研究了腺病毒5一型(Ad_5)DNA被EcoRI内切酶切割的动力学。这种技术能够定量地测定在琼脂糖凝胶上经溴乙锭染色的分离DNA片段的荧光强度,而且能根据各片段的荧光强度对切割时间的依赖关系,求得相应切割位点的切割速度。我们发现同一DNA分子上各切割位点的切割速度有着很大的差异,而且总的切割速度和酶—底物复合物的解离速度对酶浓度和温度有着明显的依赖性。切点两侧的碱基成分d(G-C)/d(A-T)比率高,则要求较多的活化能。     

限制性内切核酸酶 HindⅢ及 HindⅡ的提纯及 HindⅢ某些性质的探讨

从流感嗜血杆菌(Haemophilus influenzae)Rd 株中纯化了限制性内切核酸酶HindⅢ及部份纯化了Hind Ⅱ;探讨了纯化过程中的某些问题;检查了酶对底物双链DNA 的特异性内切作用,从琼脂糖平板凝胶电泳中观察到的经消化后产生的DNA 断片表明:酶对各种底物具有专一性作用;通过DNA 断片的重新连接证明:经Hind Ⅲ消化后生成的断片具有粘性末端,也说明纯化的Hind Ⅲ中不合明显的外切酶活力;用聚丙烯酰胺-十二烷基硫酸钠平板凝胶电泳,葡聚糖凝胶G150分子筛层析及蔗糖密度梯度离心法测定了Hind Ⅲ的分子量并对其亚单位进行了讨论.     

小鼠线粒体DNA中一个新的R-loop结构的发现

哺乳动物线粒体DNA的D-loop区是其复制和转录的起始区域,其中D-loop重链RNA(DH-RNA)与复制和转录功能密切相关.但轻链RNA(DL-RNA)被认为没有重要的功能,因此几乎没有有关D-loop区的轻链RNA的研究.文中研究发现一个DL-RNA存在于小鼠线粒体D-loop区.研究表明这个DL-RNA跨越了几乎整个D-loop区,并且能够耐受RNase A和RNase T1酶的切割,但对RNase H酶敏感.在这种RNA存在的情况下,D-loop的DNA不能被HaeⅢ酶切割.这些结果意味着新发现的DL-RNA能同D-loop区的DNA形成三链结构,并且能使其对应区域的DNA不被限制性内切酶消化.在以细胞色素b基因为对照的实验中没有发现类似的结构,证明这一结构不是RNA转录过程中形成的临时结构.考虑到D-loop区是线粒体DNA复制和转录的重要调控区,这个新奇的三链RNA-DNA复合物可能在线粒体DNA复制和转录中扮演了重要角色.     

重组pET30a/hsBLyS质粒在BL21(DE3)菌株中的稳定性观察

将构建的含有pET30a/hsBLyS重组质粒的BL21 (DE3)菌种,在含硫酸卡那霉素的平板培养基划线连续传代至 100代 100代次菌种经显微观察,为典型的革兰氏阴性大肠杆菌,生化特性没有改变 提取0、50、100代质粒DNA限制性内切酶切割检查,酶切图谱没有改变,DNA测序未见hsBLyS基因变异 传代前后菌种诱导表达hsBLyS,表达水平和hsBLyS生物学和免疫学活性均无明显差异     

重组pEBOa／hsBLyS质粒在BL11（DE3）菌株中的稳定性观察

将构建的含有pET30a/hsBLyS重组质粒的BL21(DE3)菌种,在含硫酸卡那霉素的平板培养基划线连续传代至100代.100代次菌种经显微观察,为典型的革兰氏阴性大肠杆菌,生化特性没有改变.提取0、50、100代质粒DNA限制性内切酶切割检查,酶切图谱没有改变,DNA测序未见hsBLyS基因变异.传代前后菌种诱导表达hsBLyS,表达水平和hsBLyS生物学和免疫学活性均无明显差异.     

应用电子计算机帮助建立蓖麻蚕核型多角体病毒DNA的物理图谱

蓖麻蚕核型多角体病毒(ArNPV)核酸为双股环状DNA,分子量约81×10~6道尔顿。用BamHI,BglⅡ.EcoRI三种限制性内切酶对ArNPV-DNA进行了酶切研究,采用三酶切法通过电子计算机的分析,建立了ArNPV-DNA的三种限制酶的物理图谱     

兰科植物与菌根真菌专一性研究进展

为了充分分析兰科(Orchidaceae)植物与菌根真菌专一性关系,以便更好地利用菌根技术实现兰科植物的规模化栽培和野生保育,本文从专一性关系的定义、影响因素、兰科菌根研究方法及共生机制等方面对兰科菌根专一性研究进行了总结和分析.概括出胶膜菌科(Tulasnellaceae)、角担菌科(Ceratobasidiaceae)和蜡壳耳目(Sebacinales)真菌是目前所研究过的兰科植物的主要菌根真菌类群;部分外生菌根真菌(Ectomycorrhizal fungi)及内生真菌(Endophytic fungi)也被报道与兰科植物共生.兰科植物与其共生真菌之间存在一定的专一性,且该专一性关系受宿主植物分类等级、营养及生态类型、地理分布等多种因素影响.现代分子生物学技术在兰科菌根真菌研究中的应用,提高了人们对兰科菌根专一性的认识,而有关兰科植物与菌根真菌相互作用机制的研究将是今后研究的重点.本文将为兰科植物基础生物学的研究、濒危兰科植物资源保护及利用奠定基础.     

DNA物理图谱构建的数学模型和位置网络图

把交叉酶切和双酶切实验的DNA限制性内切酶物理图谱的构建,归入一类特殊的带线性约束的0-1二次规划问题。提出一种DNA物理图谱的交叉位置网络图(简称交叉位置图),并通过实例说明它在构建物理图谱和分析酶切实验中的应用意义。     

一种可自治下推自动机的DNA模型

本文在研究已有DNA计算机模型的基础上,提出了一种下推自动机的DNA实现模型,该模型可以用来接受回文语言.此模型(1)通过设计合适的动作函数实现了自动机的自治性;(2)运用一种限制性内切酶同时读取自动机的输入串符号和栈顶符号;(3)通过一系列酶切反应和酶连反应的循环模仿了下推自动机的运行;(4)其运行结果通过预先设计合适的检测分子报告.     

限制性内切酶介导的整合技术

限制性内切酶介导的整合技术是近年发展起来的一种研究基因的新方法,与质粒拯救相结合,可快速分离质粒两侧的DNA序列,进而对该序列做进一步分析和研究．该技术已应用于基因突变、基因标记、寻找新基因等研究领域．本文重点介绍了限制性内切酶介导的整合技术的原理、影响因素及应用现状．     

中国棉铃虫核多角体病毒(Heliothis armigera NPV)VHA273毒株DNA的酶切分析与比较研究

VHA273毒株原为MNPV型,经纯系中国棉铃虫扩增而得出约10％的SNPV.高度纯化两型多用体,温和碱解后,酚法抽提SNPVDNA和MNPVDNA.限制性内切酶BglⅡ,BamHI,EcoRI和HindⅢ分别平行酶切两种DNA,依次均得出11,8,14和13条电泳带．比较分析DNA的酶切电泳图谱发现,经同一种限制性内切酶酶切,SNPVDNA与MNPVDNA不仅电泳片段数相同,电泳带位也-一对应．讨论提出：该SNPVDNA与MNPVDNA在分子、亚分子水平上是一致的．     

棉花枯萎菌gDNA不同提纯方法的比例研究

以棉花枯萎菌菌株为试验材料,在CTAB法,SDS－CTAB法等基础上国以改进,对4种提纯棉花枯萎菌DNA的方法进行了比较研究,结果表明,SDS－CTAB法是适合于棉花枯萎菌DNA提取的方法,该方法提取的DNA纯度高,产率高,无明显降解现象,能很好地被限制性内切酶酶切,并用作PCR模板,同时对DNA提取过程中的细节问题进行了探讨与分析。     

坛紫菜(Porphyra haitanensis)叶绿体DNA 的快速提取

以阴干的坛紫菜叶状体为材料，通过酶解等方法获取完整的叶绿体．再裂解叶绿体并酚仿抽提获得叶绿体DNA．限制性内切酶Hind Ⅲ和EcoR Ⅰ双酶切及RAPD检测结果显示：叶绿体DNA与基因组DNA的酶切图谱及RAPD图谱均有比较明显的差异．多次重复实验证明，按此法提取的叶绿体DNA．其得率稳定，并可用作PCR扩增的模板及酶切图谱的构建等．该方法操作简便．过程快捷．可作为大型海藻叶绿体DNA提取的参考方法．     

图顶点着色问题的质粒DNA计算

图的着色问题是著名的NP问题,有着重要的实际意义。比如通讯系统的频道分配、考试排考场问题等方面有直接应用。图的着色问题采用DNA计算方法很多,有表面DNA计算,粘贴DNA计算。本文提出质粒DNA计算,首先把顶点着色问题转化为求最大独立集问题,然后给出了图顶点着色问题的质粒DNA分子生物实验,利用限制性内切酶的特性切割有边相连的顶点,得到最大独立集,在试验中特别引入了一个备用试管,最后给出一个具体的实例。实例给出具体的着色方案,证明了该质粒DNA算法有效并且是可行的。     

茶毛虫核型多角体病毒DNA性质的研究

本文报道了对茶毛虫核型多角体病毒蒙山株系(EpNPV-M)核酸性质研究的结果。EpNPV-M含双链DNA分子,含量为6.85μgDNA/mgPIB,提纯的DNA具典型的紫外线吸收特性,琼脂糖凝胶电泳证明DNA分子是大小均一的。DNA的(G+C)％为36.6,限制性片段积加法测得该DNA分子量为75.61×10~6道尔顿,109.57Kb,电镜法测得DNA分子长度为35.8μm,相当于分子量为74.1×10~6道尔顿,107.4Kb.电镜观察证实该病毒含有一些超螺旋环状DNA分子。建立了三种限制性内切酶对该DNA的酶切图谱。三种酶的酶解片断数为:EcoRI,27个;BglⅡ,15个;BamHI,9个。     

h TNF-α cDNA的酶切鉴定

本文对Sepharose 2B层析分离后的重组质粒pGEM-1用E CORI及HindⅢ限制性内切酶进行切割,电泳分析结果表明用Sepharose 2B层析分离的质粒纯度可满足于克隆片段的酶切图谱分析。     

产朊假丝酵母细胞壁33kD蛋白的酶学特性研究

培养产朊假丝酵母菌收获菌体,经裂解酶处理细胞壁,离心后得到上清粒酶液,粗酶波经DEAE-纤维素层析、Sepharose4B凝胶过滤纯化。对33kD蛋白的酶学性质研究表明,反应最适pH为5．5,反应的最适温度为45℃。热稳定性较差,50℃温度下放置1h活力下降50％。主要水解β-1,3-倍苦键,具有较强的专一性,是一种典型的葡聚糖内切酶（对pNPG无作用）。