农业经济动物的SNPs研究进展

SNPs,即单核苷酸多态性,是指基因组DNA序列中由于单个核苷酸(A,T,C,G)的替换而引起的多态性。综述了SNPs分析方法及其在农业经济动物研究中的应用。     

黑线仓鼠与大仓鼠线粒体DNA控制区全序列SNPs分析

以华北地区大仓鼠和黑线仓鼠为研究对象,运用第三代DNA分子标记SNPs(single nucleotide polymorphisms)技术,研究了其线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)全序列的单核苷酸多态性.结果表明:在黑线仓鼠和大仓鼠种群中共检测到11个单倍型,22个多态位点,其中只有2个是颠换,其余都是转换.不同种群的核苷酸多态性不同,种群内的核苷酸多态性小于种群间的核苷酸多态性.线粒体DNA D-loop全序列适合作黑线仓鼠和大仓鼠的核苷酸多态性和遗传进化关系的分析.     

运用RT—PCR方法对双胚苗水稻中单倍体和对应二倍体的芯片数据的器官特异性分析

采用RT—PCR方法,比较了双胚苗水稻SARII-628品系中的单倍体与对应二倍体的7个芯片表达序列的器官特异性（根、茎、穗和叶）．主要结果如下：（1）在叶片中一致率达到91．869／5,最高;而在茎中一致率最低,为20．43％．（2）3个单倍化特异激活序列中,第1号和第2号比第3号序列有较强的表达优势;4个单倍化特异沉默序列中,第4号较其他3个序列有较强的表达优势．（3）7个序列的表达有器官多态性和单株特异性,它们在叶和根中具有一定的保守性,在茎和穗中则对倍性变化较为敏感．根据已有的研究结果,推测基因组剂量效应和DNA甲基化修饰可能是单倍体转录组变异的机制．     

试述单核苷酸多态性的研究进展

单核苷酸多态性(SNPs)是基因组织中最常见的一种遗传模式。文章在对人类基因组中SNPs的概念做简要说明的基础上,介绍了SNPs的检测、分析技术和方法,以及应用前景。     

Sericin 1上游调控序列多态性分析

在克隆家蚕sericin 1基因上游调控序列时，出现多种扩增情况．为了调查其多态性，对野桑蚕、家蚕70个品系基因组进行了PCR扩增，扩增出660bp（DQ354392）、1000bp及660bp和1000bp同时出现的3种类型,序列分析表明：1000bp的条带与NCBI中登录的sericin 1（AB00783）上游调控序列一样；多态性存在于顺式作用元件之前，而顺式作用元件区域是非常保守的．     

SNP与基因组多样性

随着人类基因组计划（ＨＧＰ）即将完成,我们很快就能获得人类基因组的全序列。但是由于在长期进化中的不断变异,几乎没有两个个体的基因组是完全一致的,也就是说个体间存在着高度的多态性。这种基因组多态性蕴含着丰富的信息,特别是各类多态性标记,不仅是基因定位和鉴定的有效技术手段,而且如果能确立变异的多态性位点与致病基因或表达基因之间的关系,也能阐明不同人群或个体对疾病的易感性和抗性差异,以及对药物的不同反应与个性化医疗（药物基因组学ｐｈａｒｍ　ａｃｏｇｅｎｏｍｉｃｓ）。这些将给社会带来伟大的现实意义与巨大…     

人类基因组中单核苷酸多态性(SNPs)的研究与应用

多数人类基因组的变异来自于单个核苷酸的置换,被称为单核苷酸多态性（SNPs）,其研究在基因定位,遗传疾病,生物的起源、进化及迁移等方面的理论研究中具有重大意义,本文就SNP的分类、特性、检测方法、应用及最新研究进展等方面的内容进行综述。     

苜蓿盲蝽属(Adelphocoris)细胞色素B基因片段序列分析(半翅目:异翅亚目:盲蝽科)

用蛋白酶K消化法提取并正反链双向测序获得半翅目盲蝽科盲蝽亚科苜蓿盲蝽属（Adelphocoris）6个种以及苜蓿盲蝽Ad．lineaolatus的3个种群的线粒体DNA细胞色素b基因片段的序列,应用Mega计算该8个cytb432bp片段序列的碱基组成、核苷酸的种间变异率和所编码的144个氨基酸的变异率,序列的碱基组成中A＋T的平均含量较高且在第三位点最高。平均达到81．6％,表明该基因在密码子的使用上具有偏向性,变异位点和信号位点多发生在三联体密码子的第三位点,第二位点最为保守,不同异型序列间的转换＋颠换（ns＋nv）值最高的为100,最小的为0;转换／颠换（ns／nv）值最高为9．33,在Ad．fasciaticollis与Ad．sutualis之间,最低为0．88,在Ad．lineaolatus的宁夏和甘肃种群之间。几种颠换类型都能够在本属的异型序列之间看到,苜蓿盲蝽属的不同异型序列间的差别大小各异,差异最大的是苜蓿盲蝽Ad．lineaolatus的甘肃种群（Ad．lineaozatus2）与内蒙古种群（Ad．lineaolatus3）之间,具有100个碱基的差异,宁夏种群与甘肃种群之间的核苷酸变异率为7％,而二者与内蒙古种群的变异率分别为23％和28％,大于或等于与其他种类间的变异,所以该2个种群与内蒙古种群（典型的Ad．lineaolatus）已处在种化过程的末期,已经形成不同的新种,种间差异最小的是Ad．rufescens与Ad．luridus,变异率为0,应为同一个种,所以Ad．rufescens的分类地位有待于进一步研究证实。     

半月国内科技要闻

中国首次提出＂人类泛基因组＂概念 由深圳华大基因研究院领衔、华南理工大学主要参与的合作研究成果＂构建人类泛基因组序列图谱＂发布,该研究树立了新的人类基因组测序标准,为未来医学研究指明了方向,反映出中国基因组学在世界的领先地位（Nature Biotechnology,doi：10.1038/nbt.1596）。该研究使用深圳华大基因研究院自主研发的第二代测序技术大基因组组装工具,对炎黄一号基因组（即首个亚洲人个人基因组）进行深度测序和拼接,发现了人类基因组中除原先公认的单核甘酸多态性、     

重庆地区家蚕微孢子虫遗传多态性分析

为探讨家蚕微孢子虫种内的遗传多样性,对本实验室保存的一株家蚕微孢子虫的SSUrDNA,rDNA—ITS,rDNA—IGS,Sec61β5’上游序列（Nb—IGS1）和Hsp70 5’上游序列（Nb—IGS2）进行了PCR扩增和序列测定．多重序列比对发现它们都存在着不同程度的多态性．其中rDNA—ITS和rDNA—IGS遗传多样性最为明显,序列中存在较大的差异区域,包括多碱基的插入或缺失、单碱基的转换和颠换;而对基因上游的调控序列分析发现,Nb—IGS1和Nb—IGS2序列中存在着少量的变异位点．结合GenBank中Nosema属微孢子虫的同源序列,分别构建rDNA-ITS和rDNA-IGS系统树,结果表明重庆地区家蚕微孢子虫遗传分化比较明显．研究表明家蚕微孢子虫种内存在遗传多样性．