MHC单倍体型无特定病原体鸭的培育

目的 培育MHC单倍型无特定病原体单倍型鸭。方法 以国家禽类实验动物种子中心培育并保存的无特定病原体(SPF)麻鸭为基础,根据位于主要组织相容性复合体(MHC)核心区域的鸭抗原处理相关转运体分子(TAP)双拷贝基因(Tap1和Tap2)的多态性,分别利用Tap1基因组短串联重复序列(STR)、TAP2的肽结合区序列以及Tap2全基因组序列的基因型分型,连续选育主要组织相容性复合体(MHC)单倍型SPF鸭。结果 F0代和F1代鸭的STR结果完全一致;F2和F3代鸭的Tap1和Tap2基因组序列完全纯合。连续6个世代的Tap2基因组序列分析,B3群鸭有2个位点发生突变,B1、B2和B4遗传学稳定。结论 成功建立了4个MHC单倍体型SPF鸭群B1、B2、B3和B4,为深入开展鸭的免疫遗传学研究提供了实验动物支撑条件。     

鸭不同MHC单倍型对禽流感重组疫苗免疫效果的影响

目的不同品系的鸭对禽流感(AI)疫苗诱导的效价有差异,分析这种差异是否与主要组织相容性复合体(MHC)有关。方法用表达H5亚型禽流感HA基因重组鸭瘟活载体疫苗免疫抗原提呈相关转运体TAP基因等位基因型不同的4种SPF鸭,比较其血清HI动态变化。结果免疫后连续观察的9周中,B3群SPF鸭HI抗体效价始终显著高于另外3个群。结论鸭的不同MHC单倍型可能与AI疫苗的不同免疫效力相关。     

翘嘴鳜淀粉酶基因SNPs和微卫星位点多态性的检测

本研究主要检测翘嘴鳜淀粉酶(amylase,AMY)基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)和微卫星位点多态性.实验采用PCR产物直接测序法(PCR-direct sequencing,PCR-DS)检测翘嘴鳜AMY基因组序列的SNPs和微卫星位点,并使用创造限制酶切位点PCR法(created restriction sites PCR,CRS-PCR)和PCR-DS法对SNPs进行分型,应用聚丙烯酰胺凝胶电泳检测AMY基因微卫星位点的多态性.实验结果发现AMY基因第1内含子有一个SNP位点A1,第5内含子有3个SNPs位点(A2、A3和A4);此外,第5内含子中还存在一个微卫星位点B1,共检测到4个等位基因,有9种单倍型.在翘嘴鳜群体中,4个SNP位点呈中度遗传多样性,而微卫星位点表现出高度遗传多样性.     

草鱼MHC class I等位基因克隆及其多态性分析

为了阐明草鱼MHC class I等位基因的结构与多态性，进一步研究其与疾病的关系，从草鱼cDNA文库中克隆了MHC class I基因((Ctid—MHC I)；并通过对12个个体Ctid—MHC I的克隆，分析了其等位基因的多态性与三级结构．结果显示Ctid—MHCI等位基因在α1与α2区域变异幅度大，可分为6类((2tid—MHC I—UA～-UF)，9型(A～I)；但是其三级结构和抗原多肽结合的关键性氨基酸十分保守．结果 阐明了草鱼MHC class I分子在8个区域(A-H)置换率高，存在插入或缺失以及长度变异，使等位基因呈现高度多态性．动物MHC class I分子系统树也提示了我国大陆架上鱼类、两栖类、鸟类、哺乳动物和人的遗传距离与分枝年代．     

9个地方鸡种MHC B-G座位多态性及其分子系统进化分析

以我国9个地方鸡为研究对象,对其MHC B-G座位全基因序列进行测序,以揭示这9个地方鸡种MHC B-G基因的遗传多样性,并构建其系统进化树.结果表明,9个地方鸡种MHC B-G基因序列具有较高的遗传多样性,在9个地方鸡种中共存在666个突变位点,其中单一位点突变554个,简约信息112个,共缺失782 bp.核苷酸多样度(Pi)为0.030 79±0.004 39,平均核苷酸差异(K)为182.639.9个地方鸡品种为9个单倍型,单倍型多样度为1.00±0.052.9个鸡种MHC B-G基因Kiumura双参数遗传距离范围为0.010～0.070,鹿苑鸡与新狼山鸡的遗传距离最小,为0.010;茶花鸡与东乡绿壳蛋鸡遗传距离最大,为0.070.根据9个鸡品种MHC B-G基因全序列构建的NJ树和ME树,茶花鸡单独聚为1类,其他8个品种被聚为2大类.Tajima's D值为-1.554 6,且差异不显著(0.10>P>0.05),说明MHC B-G基因为负向选择,不遵循中性进化理论,MHC B-G基因多态性不是遗传漂变的结果,而是自然选择和人工选择的结果.     

利用二代测序数据判定SNP基因型

通过将二代测序数据与连接酶检测反应(ligase detection reaction,LDR)对单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)基因分型的结果进行比对,确定二代测序数据判定SNP基因型的经验性阈值.利用多重聚合酶链式反应(multiplex polymerase chain reaction,multiplex PCR)对91个样本进行19个SNP位点的扩增,扩增的产物混匀纯化后在Ion torrent PGM仪器上进行二代测序.利用LDR技术对相应的SNP位点进行检测,将其分型结果作为二代测序数据判定SNP基因型的标准,确定了二代测序数据判定SNP基因型的阈值:测序深度≥6X,等位基因比率在15%~85%的位点为杂合子,在范围之外的为纯合子,该阈值准确度达到99.6%;针对等位基因频率分布在阈值边缘的数据,结合聚类分析可将正确率提升至100%.研究结果为利用二代测序数据判定SNP基因型提供了一个准确、快捷和经验性的阈值与方案.     

草鱼MHC classⅠ等位基因克隆及其多态性分析

为了阐明草鱼MHC class Ⅰ等位基因的结构与多态性,进一步研究其与疾病的关系,从草鱼cDNA文库中克隆了MHC class Ⅰ基因(Ctid-MHC Ⅰ);并通过对12个个体Ctid-MHC Ⅰ的克隆,分析了其等位基因的多态性与三级结构.结果显示Ctid-MHC Ⅰ等位基因在α1与α2区域变异幅度大,可分为6类(Ctid-MHC Ⅰ-UA～-UF),9型(A～I);但是其三级结构和抗原多肽结合的关键性氨基酸十分保守.结果阐明了草鱼MHC class Ⅰ分子在8个区域(A-H)置换率高,存在插入或缺失以及长度变异,使等位基因呈现高度多态性.动物MHC class Ⅰ分子系统树也提示了我国大陆架上鱼类、两栖类、鸟类、哺乳动物和人的遗传距离与分枝年代.     

抗原处理相关转运体( TAP) 的结构和功能研究进展

摘要: 抗原处理相关转运体( TAP) 属于 ABC( ATP-binding cassette) 转运体超家族的 B 亚家族,是由主要组织相容性 复合体( Major histocompatibility complex ,MHC) 上 2 个紧密连锁的基因 TAP1 和 TAP2 编码蛋白组成的异二聚体,位 于内质网和顺式高尔基膜上,功能是将抗原肽从细胞质转运进入内质网池,组装到 MHC I 类分子上构成复合体。 TAP 蛋白的缺乏和突变会影响抗原肽的提呈,最终损害免疫应答功能。     

山新杨蔗糖合酶基因PCR介导的重组现象研究

【目的】山新杨(Populus davidiana×P. bolleana)是林木基因工程育种基础和应用研究的良好材料;以山新杨蔗糖合酶基因(PdbSUS)为例研究聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)过程介导的重组现象,在此基础上区分每一个PdbSUS基因的两种单倍型,为后续研究提供准确的序列信息,并为判断木本植物基因真实的单倍型遗传信息提供参考。【方法】分别采集番茄(Lycopersicon esculentum)和山新杨新鲜嫩叶,以番茄基因组为内参,利用流式细胞仪测定山新杨基因组大小及其倍性水平。参考毛果杨(P. trichocarpa)蔗糖合酶序列设计引物,分别以山新杨基因组DNA和cDNA为模板进行同源克隆,将PCR扩增产物回收纯化,连接测序载体并转化大肠杆菌感受态细胞,挑取阳性克隆进行菌液PCR验证,将整合有外源片段的转化子进行一代测序。利用SnapGene及DNAMAN软件对测序结果进行分析比对。【结果】山新杨为二倍体植物,获得了7个PdbSUS基因的全长序列,并分别在基因组和转录水平鉴定出每个基因的两种单倍型序列。同时,检测到PCR介导的重组现象并通过限制性酶切多态性(RFLP)进行了验证。在测序的209个克隆中,发现有18个含有嵌合产物,占比8.6%,不同基因产生嵌合产物的概率为0~33.3%。检测到的嵌合产物均来自同一个位点的不同等位基因之间发生重组,未发现不同蔗糖合酶基因之间发生重组的现象。【结论】PCR介导的重组是PCR反应过程中能够衍生重组分子的一种高频事件,该现象可能是由于引物延伸不完全或聚合酶模板转换导致。在利用PCR技术克隆木本植物或其他基因组杂合度较高物种的基因时,需识别产物中重组分子才能够准确区分单倍型的遗传信息。     

浙江近无柄雅榕古树叶绿体基因组特征分析

以一株浙江近无柄雅榕古树为研究对象,通过Illumina HiSeq测序平台对其叶绿体基因组进行了测序,分析了其叶绿体基因组结构特征及其近缘种间关系。结果表明:近无柄雅榕叶绿体DNA全长160 292 bp,具有典型的环状结构,由4个区域组成,包括1个大单拷贝区(large single copy,LSC)、1个小单拷贝区(small single copy,SSC)和一对分开的反向重复区域(inverted repeat,IR),LSC、SSC、IR的长度分别为88 565、20 145和25 791 bp;共注释出118个基因,其中包括4个rRNA基因、31个tRNA基因和83个蛋白质编码基因;共检索到68个SSR,其中包括11个复合型SSR、52个单碱基重复、4个二碱基重复和1个三碱基重复;与蛋白质编码基因对应的密码子偏好使用A/T碱基,在所有密码子中编码亮氨酸(Leu)的密码子最多;在系统发育树上,近无柄雅榕与已报道的菩提树亲缘关系最近,同源性达99%以上。     

小肠结肠炎耶尔森氏菌、假结核耶尔森氏菌、志贺氏菌和空肠弯曲菌多重PCＲ 方法的建立

摘要: 目的为实验动物微生物检测提供一种简便、灵敏、快速,并且特异性强的小肠结肠炎耶尔森氏菌、假结核耶尔森氏菌、志贺氏菌和空肠弯曲菌多重PCＲ 检测方法。方法根据小肠结肠炎耶尔森氏菌fox 基因、假结核耶尔森氏菌inv 基因、志贺氏菌ipaH 基因及空肠弯曲菌gyrA 基因设计并筛选出特异性引物; 优化退火温度等条件,分析多重PCＲ 的特异性、敏感性,使用该多重PCＲ 方法检测小鼠和豚鼠样品。结果多重PCＲ 扩增出了预计的PCＲ产物,即小肠结肠炎耶尔森氏菌( 511 bp) 、假结核耶尔森氏菌( 779 bp) 、志贺氏菌( 290 bp) 和空肠弯曲菌( 156 bp) 。该方法的灵敏度为1 × 10 － 3 ng /μL( 小肠结肠炎耶尔森氏菌、假结核耶尔森氏菌、志贺氏菌) 和1 × 10 － 2 ng /μL( 空肠弯曲菌) 。特异性检测未从其他菌中检测出阳性条带。使用该方法从样品中检测出不等的阳性样品数。结论该多重PCＲ 方法对实验动物微生物检测具有很好的应用和开发前景。     

1 型鸭肝炎病毒强毒株在雏鸭体内分布情况研究

摘要: 目的 利用建立的 Taq 荧光定量 ＲT-PCＲ 检测方法研究鸭肝炎病毒( DHV-1) 强毒株在感染雏鸭体内早期的动态分布规律。方法 本研究采用鸭肝炎病毒强毒株人工感染 3 日龄雏鸭,利用已建立的 Taq 荧光定量 ＲT-PCＲ方法,对接种 24 h 内 DHV-1 强毒株感染雏鸭的组织脏器进行了定量检测。结果 接种后 4 h 即可在雏鸭心、肝、脑、肺、胰腺、回肠、盲肠、直肠、法氏囊和脾脏组织中检测到一定水平的病毒 ＲNA,随着病程发展,ＲNA 拷贝数持续升高,接种 24 h 后,肝脏中的病毒 ＲNA 拷贝数为最高,达到 108. 81 copies/g,心、肺、肾、脾次之,约 107copies /g。结论DHV-1 强毒在雏鸭的早期感染雏鸭的实质器官、免疫器官和消化系统等均具有广泛的嗜性。     

两株小鼠诺如病毒的分离与鉴定

摘要: 目的了解江苏地区常用实验小鼠诺如病毒( murine norovirus,MNV) 的感染情况及进化特征。方法在江苏地区抽取三个实验动物中心的实验小鼠,采集直肠及内容物样本,应用ＲT-PCＲ 方法检测MNV OＲF2 特异性基因( 547bp,MNV nt5104-5650) 。阳性样本经ＲAW264. 7 细胞分离病毒,对MNV 分离株的VP1 基因进行扩增,将其连接在pEASY-Blunt 载体上,转化至大肠杆菌Trans1-T1 感受态细胞,通过Kanamycin 抗性筛选,挑取菌落进行PCＲ鉴定,鉴定为阳性的克隆送检测定其VP1 基因序列,构建系统发生进化树。结果共检测小鼠直肠内容物30 份,检出MNV 阳性样本4 份,包括ICＲ 小鼠( 2 /8) 、BALB/c 小鼠( 1 /12) 和C57BL/6J 小鼠( 1 /10) ,感染率为13. 3%;ＲAW264. 7 细胞接毒盲传三代,两只ICＲ 小鼠样品接种的细胞产生明显细胞病变( CPE) ,表现为细胞圆缩聚集,大部分脱落死亡,而C57BL/6J 和BALB/c 小鼠样本接种ＲAW264. 7 细胞无CPE; 应用VP1 特异引物经ＲT-PCＲ 检测,表现CPE 的细胞样本出现特异条带,测序结果显示分离到的2 株MNVVP1 核酸序列均为1626bp,与引物设计参考毒株S7-P2( GenBank 登录号: AB435514) VP1 基因大小相同,进化树图表显示检测到的2 株MNV 属同一独立小分支与参考株BJ10-2062、CＲ4 最为相近。结论此次抽检的实验小鼠MNV 感染率为13. 3% ( 4 /30) ,考虑可能在同一设施内传播。常用实验小鼠携带病毒的生物学意义有待进一步研究。     

Polymorphism of human Ia antigens: gene conversion between two DR beta loci results in a new HLA-D/DR specificity

The polymorphic HLA-DR beta-chains are encoded within the human major histocompatibility complex (MHC) by multiple loci resulting from gene duplications. Certain DR haplotypes can be grouped into families based on shared structural factors. We have studied the molecular basis of HLA-DR polymorphism within such a group which includes the haplotypes DR3, DR5 and DRw6. Molecular mapping of the DR beta-chain region allows true allelic comparisons of the two expressed DR beta-chain loci, DR beta I and DR beta III. At the more polymorphic locus, DR beta I, the allelic differences are clustered and may result from gene conversion events over very short distances. The gene encoding the HLA-DR3/Dw3 specificity has been generated by a gene conversion involving the DR beta I and the DR beta III loci of the HLA-DRw6/Dw18 haplotype, as recipient and donor gene, respectively. Based on which allele is found at DR beta III, the less polymorphic locus, two groups of haplotypes can be defined: DRw52a and DRw52b. The generation of HLA-DR polymorphism within the DRw52 supertypic group can thus be accounted for by a succession of gene duplication, divergence and gene conversion.     

猕猴不同组织器官中黄嘌呤脱氢酶 /氧化酶基因的mＲNA 表达的半定量 ＲT - PCＲ 检测方法的建立

摘要: 目的 建立半定量 ＲT-PCＲ 检测方法检测猕猴体内肝脏组织、上皮组织、睾丸组织、心肌组织,肾脏组织中黄嘌呤氧化脱氢酶( XDH /XO) 的 mＲNA 的表达。方法 分别提取健康猕猴新鲜肝脏组织、上皮组织、睾丸组织、心肌组织,肾脏组织中总 ＲNA,用 ＲT-PCＲ 二步法进行 XDH /XO 基因片段扩增,内参基因选用管家基因 GAPDH,对获得的目的片段进行序列测定以鉴定其特异性,在凝胶影像分析仪 Quantity one 软件得出其电泳条带的灰度值( IOD) ,计算目的基因与内参基因比值得到猕猴不同组织 XDH/XO 的 mＲNA 的相对表达量。结果 建立了半定量 ＲT-PCＲ 检测方法,猕猴不同组织 XDH /XO 的 mＲNA 表达在肝脏组织中表达水平最高,其次为心肌,肾脏,睾丸,皮肤。结论 本研究所建立的半定量 ＲT-PCＲ 检测方法可应用于检测猕猴各组织器官组中的 XDH /XO 的mＲNA 的表达差异。     

鼠痘病毒TaqMan MGB 探针实时荧光定量PCＲ 快速检测方法的建立与应用研究

摘要: 目的建立快速、敏感、特异检测鼠痘病毒的TaqMan MGB 探针实时荧光定量PCＲ 方法。方法针对鼠痘病毒血凝素HA 基因设计特异性引物和探针,构建含有HA 基因的标准质粒进行定量分析,建立TaqMan MGB 探针实时荧光定量PCＲ 检测方法,评价其敏感性、特异性和稳定性。对临床标本中的鼠痘病毒进行检测。结果研究结果显示,建立的鼠痘病毒TaqMan MGB 探针实时荧光定量PCＲ 检测方法特异性为100%,与其他正痘病毒属病毒、非正痘病毒属病毒、细菌、真菌、寄生虫和细胞均无交叉反应。该技术灵敏度高,能精确定量检测鼠痘病毒DAN 线性范围达10 个数量级( 100—109 拷贝) ,最低检测限度为4 拷贝。该方法重复性非常好,组内变异系数和组间变异系数均小于3%。测试中相关系数、斜率和效率测量线性没有显著变化,表明该方法准确度高、精密度好。将其成功应用于临床标本中鼠痘病毒载量的定量检测,用普通PCＲ 和测序进行确证。整个检测过程可在2 h 内完成,可以用作快速诊断方法。结论本研究新建立的鼠痘病毒TaqMan MGB 探针实时荧光定量PCＲ 方法,具有快速简便、特异性强、灵敏度高的特性,适用于动物源性产品中鼠痘病毒检测、食品和药品安全检查、环境监测、流行病毒调查,为临床标本中鼠痘病毒的快速定量检测提供了一种特异有效的评价工具,值得推广应用。     

ＲAG2 /IL2ＲG 双基因缺陷小鼠杂交群体的建立

摘要: 目的建立ＲAG2 /IL2ＲG 双基因缺陷的CＲG 小鼠杂交群体。方法将ＲAG2 基因缺陷小鼠与IL2ＲG 基因缺陷小鼠分别进行繁殖,选取ＲAG2 基因缺陷雄鼠ＲAG2( － / － ) 与IL2ＲG 基因缺陷雌鼠IL2ＲG( － / － ) 进行配对,培育杂交后代,通过PCＲ 扩增基因组ＲAG2 和IL2ＲG 基因进行鉴定; 应用流式细胞仪分析检测ＲAG2 /IL2ＲG 双基因缺陷小鼠外周血T 细胞( CD3 + ) 、B 细胞( CD19 + ) 和NK 细胞( CD49b + ) 含量; 并测定8—12 周龄ＲAG2 /IL2ＲG 双基因缺陷小鼠血液生理生化及主要脏器重量指标。结果成功繁育ＲAG2 基因缺陷小鼠和IL2ＲG 基因缺陷小鼠,筛选获得稳定的ＲAG2 /IL2ＲG 双基因缺陷小鼠并成功保种和扩群; 该双基因缺陷小鼠外周血淋巴细胞中T 细胞、B 细胞,NK 细胞比例显著降低( P ＜ 0. 05) ; 与相同周龄野生型C57BL/6 相比9 项血清生化指标无明显变化( P ＞ 0. 05) ; 18 项血液生理指标中红细胞( ＲBC) 和血红蛋白( HGB) 含量显著降低( P ＜ 0. 05) ; 白细胞( WBC) 、淋巴细胞数( LYMPH) 、淋巴细胞比率( LYM) 、单核细胞、中性细胞数( NEUT) 降低极显著( P ＜ 0. 01) ; 脾脏重量显著均低于野生型C57BL/6 小鼠( P ＜ 0. 05) ; 人肝肿瘤传代细胞移植于ＲAG2 /IL2ＲG 双基因缺陷小鼠后,肿瘤移植成功率和生长速率均明显高于亲本单基因缺陷小鼠( P ＜ 0. 05) ,成功获得了临床肝癌病人肿瘤组织的异种移植模型。结论 成功构建筛选出ＲAG2 /IL2ＲG 双基因缺陷小鼠杂交群体。     

Gln 对鸭瘟感染鸭十二指肠免疫调节相关基因表达量的影响

摘要: 目的 为谷氨酰胺( Glutamine,Gln) 在正常鸭及鸭瘟( Duck plague,DP) 模型中对肠道功能及作用途径的研究提供依据。方法 280 只无特定病原体( Specific pathogen free,SPF) 7 日龄雏鸭随机分为 8 组,四组梯度剂量每天灌喂 Gln( 0、0. 5、1、2 g / kg 饲 料) 6d,及另四组灌喂同等梯度剂量 Gln 6 d,于 第 一 天 灌 喂 30 min 后 攻 0. 2 mL2000TCID50 鸭瘟病毒,观察 Gln 对正常雏鸭的免疫促进作用及攻毒鸭免疫应激的缓解作用。测定 Toll 样受体 4( Toll-like receptor 4,TLＲ4) 通路基因表达量。结果 Gln 显著提高正常组 TLＲ4 通路 mＲNA 表达量( P ＜ 0. 05) ,显著降低攻毒组表达量( P ＜ 0. 05) 。结论 Gln 通过 TLＲ4 通路提高正常雏鸭肠道的免疫力,降低鸭瘟病毒( Duck plague virus,DPV) 造成的肠道免疫损伤。     

Evolution of the MHC class I genes of a New World primate from ancestral homologues of human non-classical genes

The products of the classical human major histocompatibility complex (MHC) class I genes (HLA-A, -B, -C) are highly polymorphic molecules that bind peptides and present them to T lymphocytes. The non-polymorphic, non-classical MHC class I gene products (HLA-E, -F, -G) are not restricting elements for the majority of T lymphocytes. The evolutionary relationship of the non-classical and classical MHC class I genes is unclear. Here we present the cloning and sequencing of the MHC class I genes of a New World primate, the cotton-top tamarin (Saguinus oedipus). The expressed MHC class I genes of this species are more closely related to the human non-classical HLA-G gene than they are to genes of the human classical HLA-A, -B, and -C loci. These observations imply that classical and non-classical genes do not necessarily constitute mutually exclusive groups over evolutionary time.