用镧系离子探针研究水溶液中缬氨酸构象

利用镧系离子做~1H NMR探针研究了在水溶液中缬氨酸构象,在搜索构象时,调整构象参数,用计算机进行分析处理。结果表明,缬氨酸分子在水溶液中的构象以一组构象异构体平衡共存,并简单地讨论了三种主要构象百分数与空间几何效应大小的关系。     

电场作用下磷脂分子构象能的变化

讨论了外加电场对磷脂分子构象能的影响，认为外电场会使脂分子烃链极化，烃链上因极化而产生的偶极矩作用改变了脂分子的构象能，构象能的增减由外场方向决定。     

二(2-吡嗪)胺的构象及量子化学计算

为了对合成新型结构和性质的含氮杂环胺类化合物与金属生成的配合物提供指导,对含氮杂环化合物二(2-吡嗪)胺(Hdpza)进行了构象计算研究,用量子化学方法计算了化合物的稳定性、原子电荷布居、前线轨道组成及能量,得到了最稳定的分子构象信息。这些构象中2个吡嗪环平面的取向有3种方式:anti-anti、anti-syn及syn-syn,与实验得到单晶结构的分子构象基本吻合。     

蛋白质折迭时标和分子伴侣的一个简单模型

利用大分子构象动力学导出蛋白质折迭的时标，讨论了折迭时间和分子参量的依赖，着重研究了对构象变化中原子团转动惯量的依赖，在此基础上提出了分子伴侣的一个简单模型。     

汾酒大曲根霉糖化酶的研究——Ⅳ在有机溶剂中的动力学与热力学特征

我们用一株根霉(Rhizopus sp.)所产的葡萄糖淀粉酶(Glucoamylase,EC3.2.1.3)经本实验室所创的分离纯化法进行纯化,达到电泳纯。用该酶研究其在有机溶剂乙二醇,甲醇,1,4-二氧六环和四氢呋喃等存在下的热力学和动力学特征,并与相应的溶液酶作比较,讨论了溶剂酶(有机溶剂存在下的酶)和溶液酶在催化活性及分子构象方面的特征。     

离子与分子碰撞的空间构象设计

离子与分子碰撞是涉及复杂电子关联效应、多通道耦合效应的多体反应动力学过程,具有重要的科学研究意义,其过程广泛存在于多个领域,一直以来备受关注.在碰撞参数模型的半经典理论框架内,以几种典型分子(线性分子、平面分子和立体分子)分别作为靶分子,固定入射离子的初始速度方向,根据靶分子结构的对称性相对于入射离子速度方向的空间取向,设计离子与分子碰撞的空间构象,并结合球坐标的角度参数将方法推广至离子与对称性较低的靶分子碰撞的普遍情况.最后,以质子与一氧化碳分子碰撞的含时密度泛函理论模拟结果为例,分析5种碰撞空间构象下的电子俘获概率随碰撞参数的变化规律.     

3-乙基戊烷分子振动与构象分析

通过正交坐标计算与红外和拉曼光谱的对比分析，确定3—乙基戊烷分子可以很多种空间构象存在，其中存在量最大的是3种空间构象：Cs，C1，C3，并通过分子力学和量子力学半经验方法的计算，得到这3种稳定构象的相对能量。     

用STM证实质粒pUC18DNA分子新构象的存在

用清高妥液法从大肠杆菌ＢＨ１０１细胞制备出的多拷贝质粒ＰＵＣ１８ＤＮＡ分子的构象具有复杂的多样性，我们在对其进行ＳＴＭ研究计，证实了一种不同于已知构象的新构象的存在。     

内氢键对分子优势构象的决定作用

本文以二取代链状物、二取代环状物及取代环已烷衍生物为例,讨论了内氢键对分子优势构象的决定作用。     

蛋白质构象与折叠行为的研究

蛋白质结构预测与蛋白质折叠是生命科学研究的核心问题之一,也是后基因时代推动生物学朝着定量化发展的重要方向之一,它是分子生物学中心法则还没有解决的一个重大生物学问题.简单介绍了蛋白质分子的结构特点,讨论了蛋白质分子构象研究的重点,即蛋白质结构预测与蛋白质折叠.重点介绍了拥挤环境对蛋白质构象的影响和蛋白质分子的力学性质,这是蛋白质分子构象研究的深入.这些介绍可以帮助我们更清楚地认识蛋白质分子.     

Molecular Properties在海藻糖分子构象分析中的应用

应用Molecular Properties(MP)软件中内置的分子动力学计算功能,对海藻糖分子构象进行了研究,所得到的可能的最优构象的结构参数与文献报道数值基本吻合,表明了利用MP软件研究分子构象的可行性.按照XML 1.0标准编写了海藻糖分子可能的最优构象的CML格式分子结构文件,以便于网上交流和检索.     

分子力学在构象分析中的应用

主要采用MM2对一元取代和二元取代环已烷的构象进行了定量分析.在优化构象下,计算得到的结果与传统观念不相符;因此提出了前优化构象模型法,在前优化构象下的计算结果与传统观念完全一致.所以,可把前优化构象法应用于有机分子的构象分析中.     

分子链构象转变对聚肽接枝共聚物自组装行为的影响

通过将乙醇加入聚(L-谷氨酸-γ-苯甲酯)(PBLG)-聚乙二醇(PEG)接枝共聚物(PBLG-g-PEG)的有机溶液中制备了聚合物胶束。运用透射电子显微镜(TEM)、粘度法、动态光散射(DLS)、核磁共振(1H-NMR)、红外光谱(IR)等手段研究了PBLG分子链构象转变对PBLG-g-PEG共聚物自组装行为的影响。研究结果表明:聚肽接枝共聚物能够在乙醇中自组装形成胶束,三氟醋酸(TFA)的加入不但改变了共聚物中PBLG链段的分子链构象,提高了形成胶束的临界胶束浓度,而且还改变了聚集态的形貌。     

系列醇胺类分子构象和分子内氢键研究

系列醇胺类分子内可能存在的所有稳定构象和分子内氢键:得出该系列分子中分子内氢键对各构象的稳定性有着实质性的影响,含有O-H…N型氢键的构象最稳定;含有其它类型的氢键,如N-H…O或者C-H…O,稳定性次之,不含有氢键的构象最不稳定;并且含有的O-H…N型氢键导致构象第一电离能值的增加,解释了系列醇胺类分子光电子能谱第一电离谱带随着温度升高而移动的现象.并且发现当胺基上面的氢被甲基化时,表现出强烈的甲基取代效应.     

基于改进的克隆选择算法的分子对接设计与实现

详述了分子对接方法的基本原理,讨论分子对接过程中两个要素:评分函数和构象搜索算法.利用经验结合自由能的评价函数,对分子对接软件Auto Dock原有模型进行了改进.通过对评分函数的改进,用改进的克隆选择算法作为分子对接过程中的构象搜索算法.经实验效果对比,此方法寻优能力较好.     

酯型脱氧胆酸分子钳受体的合成及分子识别研究

以脱氧胆酸甲酯为spacer,苯衍生物作为arm合成了一系列分子钳受体。其结构经IR,^1HNMR及元素分析鉴定,并且基于计算机分子模拟确认了其构象。利用分光光谱法考察了其识别性能,并对主－客体间的尺寸／形状匹配和识别作用的推动力进行了讨论。     

乙烯酮亚胺衍生物扭曲失共轭本质的理论研究

用半经验分子轨道方法AM1限制性计算了6个乙烯酮亚胺(Ketenimine)衍生物分子的平面构象,并优化得到它们的最低能量构象.结果表明,造成Ketenimine衍生物扭曲失共轭的本质原因是分子中局部基团间的空间位阻.C＝C＝N-基团上N的孤电子对与苯胺环π电子的共轭--n-π共轭,以及苯胺环对位上取代基的电子效应是很次要的因素.     

采用密度泛函理论系统表征苷氨酸构象体的研究

采用密度泛函理论,B3LYP/6-311 G**模型化学,计算绘制苷氨酸分子内三个键转动产生的三个自由度的势能面,用于准确和系统表征苷氨酸所有的构象异构体.从势能面上,取得了总共14个苷氨酸构象异构体,其中包括取得一个新的苷氨酸构象异构体.研究所有的苷氨酸构象异构体之间相互转换,并且探讨了苷氨酸构象异构体的对称性问题.     

光散射法研究聚丙烯腈/1-乙基-3-甲基咪唑甲基磷酸酯盐的稀溶液特性

采用激光光散射法研究了聚丙烯腈(PAN)在1-乙基-3-甲基咪唑甲基磷酸酯盐[EMIM][(CH3O)HPO2]中的稀溶液性质.研究结果表明,[EMIM][(CH3O)HPO2]是PAN的良溶剂,PAN在[EMIM][(CH3O)HPO2]中是以单分子链形式存在的,呈无规线团构象;同时PAN分子链在[EMIM][(CH3O)HPO2]中的柔顺性比在常规溶剂如二甲基亚砜(DMSO)中要小很多.推测阴离子与PAN有很强的相互作用以及阳离子的空间位阻效应都能有效破坏PAN分子链间的偶极结构,这是导致PAN以单分子链形式溶解在[EMIM][(CH3O)HPO2]中的主要原因.     

蛋白质折迭的若干物理问题

综述了蛋白质折送的基本实验特征，讨论了亘子构象动力学的有关理论结果，分析了格子模拟得到的启示，在此基础上对Ａｎｆｉｎｓｅｎ的热力学假设提出质疑，提出鲁棒极小值的概念，研究了序列决定构象问题，并对折迭途径中的一些问题进行了初步探讨。