cAMP的构象及其异构化反应的理论研究

用量子化学密度泛函方法,在B3LYP/6-31G**水平下研究了3’,5’-环核苷单磷酸(cAMP)的构象及构象间的转化反应机理.结果表明:3’,5’-环核苷单磷酸分子具有3种异构体,6种稳定构象,主要键参数的理论计算值与实验值一致;势能面研究表明,顺式、反式构象间的旋转异构化反应容易发生.     

饱合化合物构象的定量化教学

对于简单饱和烃及其衍生物来说,其构象异构体的焓值和焓差,可借助于正丁烷作近似计算.正丁烷的顺、反交叉式构象异构体如图1所示,反交叉式为优势构象,顺交叉式存在构象对映体.反交叉式中两个甲基之间不存在非键联作用,而顺交叉式中两个甲基之间的非键联作用数为1,即两种极限构象之间的作用数之差为1.已知每一歪扭作用的△H=     

构型与构象概念的探讨

对立体化学中构型和构象两个概念进行了比较，归纳出两者的异同及联系．对构型异构体和构象异构体的差别做了简单的介绍     

构型与构象概念的探讨

对立化学中构型和构象两个概念进行了比较，归纳人出两者的异同及联系，对构型异构体和构象异构体的判别做了简单的介绍。     

用镧系离子探针研究水溶液中缬氨酸构象

利用镧系离子做~1H NMR探针研究了在水溶液中缬氨酸构象,在搜索构象时,调整构象参数,用计算机进行分析处理。结果表明,缬氨酸分子在水溶液中的构象以一组构象异构体平衡共存,并简单地讨论了三种主要构象百分数与空间几何效应大小的关系。     

构象振动态的局域度

通过求解构象Schrdinger方程证明,如果构象势能破坏C_2对称性,则构象振动态将局域于两个势能谷之一。只要不对称参数λ■10~(-5)。局域度就可达到10~3的量级,文中也证明了局域度随着势能深度的变大而增加,讨论了能谱随λ的变化。并研究了振动激发导致构象变化的机制。     

二氨基硫脲双席夫碱S-顺反构象的密度泛函理论研究

用密度泛函理论(DFT)的B3LYP方法对选定的31种取代苯甲醛双缩二氨基硫脲席夫碱的空间结构进行了优化和能量计算,并讨论了不同构象的相对稳定性及其影响因素.结果表明:大部分情况下,该类化合物三种S-构象异构体的相对稳定性次序为:S-顺反>S-反反>S-顺顺,主要优势构象为S-顺反式.溶剂和溶剂化效应对其相对稳定性产生一定的影响,但并不改变其相对稳定性排序,溶液极性越强,构象稳定性越大.不同的取代基对同种构象的稳定性影响不同,但呈现出明显的规律性.     

紫外线吸收剂邻羟基二苯甲酮优势构象的研究

采用密度泛函法在B3LYP/6-311G(d,p)水平上研究邻羟基二苯甲酮几种构象异构体的相互转化过程。通过研究得到各驻点的几何结构和能量值,发现4种构象异构体在常温下可以相互转换,其中IM1中有分子内氢键,能量最低,为绝对优势构象。为进一步确定其在氯仿溶剂中的优势构象,采用GIAO法在相同的水平上对优化好的中间体进行NMR理论计算,通过将理论计算得到的1 H NMR化学位移值与实验值进行对比,发现构象异构体IM1的1 H NMR化学位移计算值与实验值相符合,从而确定IM1也为实际中的最优势构象。     

黄芩素和黄芩苷抗氧化活性与结构关系的密度泛函理论研究

采用密度泛函理论方法对黄芩素和黄芩苷分子进行构象扫描,获得2个化合物的最低能量构象并对其进行了全优化.从分子的几何结构、酚羟基解离能BDE、绝热电离势IP、HOMO和LUMO能级以及其能级差ΔE(LUMO-HOMO)等方面分析了2个化合物的抗氧化活性与结构的关系.结果表明,C6位的酚羟基为黄芩素和黄芩苷的最大反应活性位点.在非极性溶剂中,化合物抗氧化活性取决于分子中酚羟基的脱氢能力,黄芩苷的抗氧化活性大于黄芩素的抗氧化活性.在极性溶剂中,抗氧化活性取决于分子中单电子的电离势,黄芩苷的抗氧化活性大于黄芩素的抗氧化活性.     

2-(2-羟基苯乙烯)基-4,6-二甲基均三嗪分子内质子转移的理论研究

利用量子化学的DFT/B3LYP方法,在6-311+G*水平上,研究了2-(2-羟基苯乙烯)基-4,6-二甲基均三嗪分子醇武和酮式结构互变异构化反应.对反应势能面的研究发现,标题化合物至少有8种异构体和8个过渡态,通过振动分析和内禀反应坐标分析对过渡态进行了研究.结果表明:所有醇武结构的异构体都比酮式结构的能量低;在室...     

甘氨酸结构和性质的理论研究

用密度泛函理论法B3P86（6－31G^*）计算出气相甘氨酸分子的几何构型、位能和原子电荷，并用扩展的休克尔理论（EHT）研究了甘氨酸分子的原子活性，研究得出在生物过程中甘氨酸分子表现出的可能构型和活性位。     

草酰碘分子构型的量子化学研究

采用量子化学从头算的HF,MP2,QCISD方法和密度泛函中的B3LYP方法,在不同基组6-311G(d),6—311G(2df),6—311G(3df),6-311 G(3df)水平上对草酰碘中性分子(ICO)2作了构像分析．结果表明,在不同基组水平上,由MP2,QCISD,B3LYP方法均能得到草酰碘分子的交叉式构型和平面反式构型,与实验所得草酰卤化物的构型完全相符．     

水杨醛甘氨酸席夫碱配体2种互变异构体的DFT研究

通过密度泛函理论(DFT)计算，获得了水杨醛甘氨酸席夫碱2种异构体在真空条件下及在水、甲醇、乙醇、乙醚溶剂中的优化几何构型以及电子结构、分子偶极矩等参数，从理论上分析水杨醛甘氨酸席夫碱2种异构体的性质差异，解释了一些实验现象，为药物设计奠定了基础。     

甘氨酸晶体结构和振动频率的密度泛函方法研究

用密度泛函理论(DFT)的BLYP、B3LYP、Hartree-Fock(HF)和MP2方法,在6-311 G**基组水平上,对甘氨酸的几何构型和红外光谱进行了研究,并与实验结果(晶体数据)作了比较,得出了以上方法在计算甘氨酸的几何参数和谐振频率与实验数据间的相关性:在优化几何参数方面,B3LYP方法优于其它方法;在计算振动频率方面,可以看出对HF方法,标度因子校正是必要的,在非校正的情况下,DFT方法优于MP2和HF方法.     

系列醇胺类分子构象和分子内氢键研究

系列醇胺类分子内可能存在的所有稳定构象和分子内氢键:得出该系列分子中分子内氢键对各构象的稳定性有着实质性的影响,含有O-H…N型氢键的构象最稳定;含有其它类型的氢键,如N-H…O或者C-H…O,稳定性次之,不含有氢键的构象最不稳定;并且含有的O-H…N型氢键导致构象第一电离能值的增加,解释了系列醇胺类分子光电子能谱第一电离谱带随着温度升高而移动的现象.并且发现当胺基上面的氢被甲基化时,表现出强烈的甲基取代效应.     

丙氨酸甘氨酸混合三、四肽构象稳定性的快速预测

使用特殊氢方法预测丙氨酸甘氨酸混合三肽和四肽分子共111个构象的相对稳定性,并与B3LYP/6-31G^＊方法的相对能量比较,得到了满意的结果.在所有111个构象中,特殊氢方法相对能量与B3LYP/6-31G^＊方法相对能量偏差绝对值大于2.0 kcal/mol的只有3个,偏差在1.0～2.0 kcal/mol之间的有18个,其余均小于1.0 kcal/mol.本文结果表明特殊氢原子在决定多肽构象稳定性方面的内秉重要性.     

2-氨基乙醇振动频率及碱度的理论研究

运用B3LYP方法在6-311＋G（d,p）水平上对气相、水及四氯化碳溶液中2-氨基乙醇的构型稳定性、分子内氢键强度、振动频率及气相碱度进行了研究。计算结果表明,在气相中g′Gg′构型因具有分子内氢键而成为最稳定的构型。水溶液中2-氨基乙醇构型的稳定性决定于分子内氢键和羟基基团分子间溶剂化的综合作用。通过对振动模式的分析,表明随着构型能量的增加,各构型中C-O-H键弯曲和C-O键振动频率均蓝移,而O-H键振动频率红移;四氯化碳溶液中的振动频率和实验结果一致,计算结果表明G型2-氨基乙醇的气相碱度比T型的大。     

X-ray analysis of glucagon and its relationship to receptor binding.

X-ray analysis of the pancreatic hormone glucagon shows that in crystals the polypeptide adopts a mainly helical conformation, which is stabilised by hydrophobic interactions between molecules related by threefold symmetry. A model is presented in which the glucagon molecule exists in dilute solutions as an equilibrium population of conformers with little retention of conformers with little retention of structure, and in which the helical conformation is stablised by hydrophobic interactions either as an oligomer or as a complex with the receptor.     

Glycine enhances NMDA-receptor mediated synaptic potentials in neocortical slices

One class of excitatory amino-acid receptors, the N-methyl-D-aspartate (NMDA) receptors, mediates transmission at a small, but important, group of synapses in the neocortex. These receptors are implicated in neuronal plasticity during development in young mammals and in memory acquisition in adults. Recently, responses of isolated membrane patches to NMDA were shown to be greatly enhanced by glycine. This, together with the demonstration that the strychnine-insensitive glycine-binding site is distinct from, but linked to, the NMDA receptor has excited intense interest in glycine as a synaptic modulator. Before proposing a physiological function, however, it is important to determine whether glycine could enhance synaptic responses to NMDA receptor activation in intact, adult tissue. An earlier study failed to demonstrate enhancement of NMDA responses when glycine was applied and it was proposed that in intact tissue the high-affinity glycine site was already saturated by endogenous glycine. It remained possible that glycine concentrations can be maintained at low levels close to synaptic receptors. We have examined responses of neurons in slices of adult neocortex to focal applications of excitatory amino acids and glycine and report enhancement by glycine of NMDA receptor-mediated excitatory postsynaptic potentials.