广西巴马小型猪肌肉生长抑制素(Myostatin)cDNA克隆和序列分析

目的通过RT-PCR扩增广西巴马小型猪Myostatin cDNA序列,经过连接、转化、克隆测序后,与NCBI中发表的猪Myostatin序列进行同源性比较,分析广西巴马小型猪Myostatin的cDNA序列结构特点及与其他物种间的聚类关系,为日后构建Myostatin高效表达载体及进一步研究Myostatin对广西巴马小型猪肌肉生长的影响奠定基础。方法以广西巴马小型猪的肌肉组织总RNA为模板,应用逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR),利用合成的特异性引物,扩增得到巴马小型猪肌肉生长抑制素(Myostatin)cDNA的全序列。该扩增片段经纯化后,连接到pMD18-T载体上扩增,经一系列鉴定后,测序。结果本实验克隆到巴马小型猪Myostatin基因cDNA序列长度为1128 bp,与GenBank报道的猪Myostatin基因cDNA序列同源性高达99.7%,与人、奶牛、家鼠等物种的cDNA序列间同源性可达到92.3%以上,证明Myostatin基因具有较高的保守性。同时发现广西巴马小型Myostatin基因cDNA序列有三处存在碱基突变,两个为同义突变,一个为错义突变。     

广西巴马小型猪生长激素(pGH)基因全序列克隆及序列分析

目的克隆广西巴马小型猪生长激素(pGH)基因全序列,并与已发表的其它品种猪的生长激素(pGH)基因全序列进行比较,探讨该基因在广西巴马小型猪中可能存在的变异。方法以广西大学巴马小型猪基因组DNA为模板,扩增巴马小型猪生长激素基因的全序列,将该扩增片段亚克隆到pMD18-T载体后测序。再将测序结果在NCBI进行BLAST。结果测序结果证明克隆得到了巴马小型猪GH基因,全长为2 007 bp。同源性比较发现,巴马小型猪GH基因全序列与GenBank中发表的五指山猪、太湖猪及普通猪的GH基因全序列的同源性分别为99.4%、98.3%、93.9%。     

广西巴马小型猪促生长激素释放激素成熟肽的克隆及序列分析

目的扩增广西巴马小型猪促生长激素释放激素(GHRH),分析其序列结构特点。方法以广西巴马小型猪基因组DNA为模板,用特异性引物扩增GHRH外显子3,再用引物延伸悬挂PCR法扩增GHRH成熟肽,纯化后,连接、转化到大肠杆菌,筛选阳性克隆,测序。结果经测序证实广西巴马小型猪GHRH外显子3及其成熟肽的基因序列与相关文献报道一致。克隆得到的广西巴马小型猪GHRH序列全长为132 bp,其中外显子3基因序列长105bp。同源性比较发现,广西巴马小型猪GHRH外显子3基因序列与GenBank(NCBI)中报到的猪GHRH外显子3相比,同源性为97.14%,有3处发生碱基变化。结论本实验成功克隆了广西巴马小型猪GHRH成熟肽序列。     

广西巴马小型猪卵泡抑素(Follistatin)克隆及原核表达

目的通过RT-PCR扩增获得广西巴马小型猪Follistatin的cDNA全序列,经克隆测序分析其cDNA序列结构,进而构建pET-Fo原核表达质粒,使用IPTG诱导表达获得其融合蛋白,为将来进一步研究Follistatin对广西巴马小型猪肌肉生长和繁殖性能的影响奠定基础。方法从广西大学巴马小型猪卵巢中提取总RNA,并以其为模板,应用逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR),在合成的特异性引物引导下,扩增获得广西巴马小型猪卵泡抑素(Follistatin)cDNA的全序列,长度为1 035 bp。将PCR产物克隆到pMD18-T载体后进行序列测定及分析。结果广西巴马小型猪卵泡抑素cDNA序列与GenBank中已报道的家猪卵泡抑素同源性高达99.4%。同时,将目的基因插入到原核表达载体pET 32a 多克隆位点中,构建了Follistatin的原核表达载体,并转化于大肠杆菌BL21。转化菌经异丙基硫代半乳糖苷(IPTG)诱导,变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)和蛋白质免疫印迹(Western blotting)分析。结论实验已成功地表达了Follistatin的融合蛋白(约58.4 ku)。     

广西巴马小型猪活化素β_A/β_B基因cDNA克隆与序列分析

目的通过克隆广西巴马小型猪活化素(activin)βA/βB基因cDNA,分析其序列,为研究活化素的生物学功能打下基础。方法提取广西巴马小型猪发情母猪的卵巢总RNA,并以其为模板,以下游特异性引物为反转录引物,在AMV酶作用下合成cDNA;用LA-Taq进行PCR扩增出包括成熟肽在内的activinβA及βB基因的部分序列,把两个序列分别连接到PMD-18载体进行克隆和序列分析。结果包括成熟肽在内的activinβA及βB基因的部分序列长度分别为964 bp和791 bp,两个亚基的序列比较保守,与GenBank上发表的猪activin两个亚基同源性达到99.79%和99.62%。activinβA基因有两个碱基发生突变,其中一个在成熟肽序列上,一个在非编码序列上;βB基因信号肽序列上有三个碱基发生突变,其中一个是同义突变。     

中国小型猪FasL的cDNA克隆及序列分析

以广西巴马小型猪活化的外周血淋巴细胞为材料，抽提总RNA，反转录成cDNA，参照人FasL基因保守序列设计引物，扩增得到包括全长阅读框序列的特异性DNA片段，将其克隆于T-vector，以双脱氧法完成测序，在国际上首次完成中国小型猪FasL基因序列（GenBank登录号：AY033634），该序列全长846bp，编码282个氨基酸的CD95L分子，为Ⅱ型膜蛋白，其膜内部分含脯氨酸残基，通过比较分析发现，小型猪与人FasL基在的核苷酸序列同源性为87%，氨基酸序列同源性为88%，比人的FasL基因多一个氨基酸，这些数据将为进一步用小型猪作为实验动物进行生物学和免疫应答研究提供必要的资料。     

广西巴马小型猪 ApoE 基因外显子 2 片段的多态性分析

摘要: 目的 克隆广西巴马小型猪载脂蛋白 E( ApoE) 基因外显子 2 片段并分析该片段的多态性,为建立广西巴马 小型猪动脉粥样硬化模型奠定基础。方法 以广西巴马小型猪基因组 DNA 为模板,PCＲ 扩增 ApoE 基因片段,应 用 PCＲ-SSCP 方法分析其多态性。结果 克隆获得长 237 bp 的 ApoE 基因外显子 2 片段,测序结果比对参考序列同 源性为 100% 。PCＲ-SSCP 分析发现在该片段的 229 位点存在多态性,表现为 AA 型、AT 型和 TT 型 3 种基因型。结 论 成功克隆广西巴马小型猪 ApoE 基因外显子 2 片段,该片段存在多态性,有 AA、AT 和 TT 3 种基因型,基因型频 率分别为 0. 302、0. 489 和 0. 209。     

粉尘螨Ⅰ、Ⅱ类抗原(Der f 1,Der f 2)的cDNA克隆测序

粉尘螨Der f 1、Der f 2 cDNA的克隆及测序分析.设计合成引物,常规抽提粉尘螨螨体总RNA,RT-PCR获得cDNA,经纯化回收后分别克隆至pMD-18T,转化大肠杆菌E.coli JM109,经PCR初筛挑选阳性克隆并测序.从粉尘螨基因组RNA中扩增出Der f 1、Der f 2 cDNA片段,分别测得其核苷酸序列.Der f 1 cDNA测序结果与GenBank提供的Der f 1基因(emb|X65196.1)去掉内含子后的序列经Blast分析,发现它们核苷酸同源性为99.52%,而Der f 2 cDNA序列与郝敏麒等报道的广州地区粉尘螨Der f 2的cDNA序列(AF346905)相比,未发现有插入序列.成功地对粉尘螨Der f 1、Der f 2 cDNA进行克隆测序,发现不同动物区系粉尘螨的Der f 1、Der f 2 cDNA序列存在差异.     

人乳铁蛋白基因克隆及表达载体构建

通过ＰＣＲ法扩增出２３６６bp的人乳铁蛋白cDNA、８００bp的山羊β－乳球蛋白基因５′端调控序列,经ＰＣＲ反应连接后,克隆到表达载体pLNCX中,测序结果表明,与ＧeneBank中登录的序列相比,所获人乳铁蛋白cDNA序列的同源性为９９．７４％,山头β－乳球蛋白基因５′端调控序列的同源性为９９．７５％。酶切结果证明得到了正确的重组载体,可用于乳腺生物反应器的研究。利用ＰＣＲ反应直接克隆目的片段,并通过同源序列进行ＰＣＲ连接,极大提高了克隆的速度和准确性,,为基因克隆及其表达研究带来了方便。     

猪肝脏和肌肉肉碱脂酰转移酶Ⅰ基因片段克隆及序列分析

分别从金皮F2代猪的肝脏、第十肋背最长肌中提取总RNA,并根据报道的猪L-CPT ⅠcDNA和M-CPT Ⅰ cDNA序列分别设计引物1和引物2,用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)进行cDNA扩增,获得两条长度分别为733 bp和510 bp的片段,克隆于pUCm-T Vector后进行序列分析.结果表明,长度为733 bp的片段为L-CPT Ⅰ基因cDNA的部分序列,编码243个氨基酸,而长度为510 bp的片段则为M-CPT Ⅰ基因cDNA的部分序列,编码169个氨基酸.得到的两条基因片段与报道的猪L-CPT Ⅰ cDNA和M-CPT ⅠcDNA部分序列同源性分别为99.59%和99.61%.     

拟穴青蟹CrusSp的克隆表达纯化及抑菌活性测定

从拟穴青蟹血淋巴细胞提取总RNA,经RT-PCR扩增编码CrusSp成熟肽的cDNA序列,将其克隆至pMD18-T载体进行扩增,然后克隆至pET-32a(+)表达载体中,转化至E.coli OrigamiTM(DE3)中表达CrusSp蛋白,通过Ni2+亲和层析柱纯化获得CrusSp蛋白,表达出的CrusSp蛋白分子量约10.27 kDa,等电点为8.54,采用滤纸片扩散法检测该蛋白的抑菌活性.滤纸片扩散法显示CrusSp蛋白对绿色木霉具有抑制活性.     

PRV广东株gE基因去信号肽片段的克隆与序列测定

根据伪狂犬病病毒（PRV）Rice株gE基因的序列设计并合成了1对引物,以我国PRV地方毒株广东株的基因组DNA为模板,通过PCR方法获得了一大小约1.6kb的DNA片段,并将其克隆到pMD18-T载体上进行测序,序列测定结果显示,该片段长1665bp,编码555个氨基酸,与PRV Rice株gE基因的核苷酸序列同源性为97.7%,氨基酸序列同源性为95.9%。     

产微球茎菌琼胶酶基因的克隆及生物信息学分析

以琼脂为唯一碳源的培养基分离出一株产琼胶酶的海洋菌株AG1,16S rRNA基因序列分析显示,该菌株为产微球茎菌（Microbulbifer sp.）。以菌株AG1的基因组为模板,使用琼胶酶特异性引物进行PCR扩增,将扩增产物克隆至pMD18-T载体后进行测序。结果显示,克隆基因的大小为1302 bp,预测编码含有433个氨基酸残基的蛋白质。对该蛋白质进行生物信息学分析,结果表明,该蛋白质序列与来自耐热微泡菌（Microbulbifer thermotolerans）的琼胶酶氨基酸序列相似性为100%,预测本研究克隆的基因编码琼胶酶。该琼胶酶的理论分子质量大小为48.2 ku,理论等电点为5.42。采用同源建模法建立Microbulbifer sp.AG1琼胶酶的三维结构,富含β-折叠。     

Pseudomonas koreensis JDM-2株ACC脱氨酶基因的克隆和表达

应用PCR从杜仲内生Pseudomonas koreensis JDM-2株基因组中扩增出ACC脱氨酶基因acdS,将其克隆到pMD18-T载体并段进行DNA测序,通过BamHⅠ和HindⅢ酶切从重组质粒pMD18ACDS中切下acdS基因序列,将其连接到pQE30质粒的BamHⅠ和HindⅢ位点,构建表达质粒pQE30ACDS,转化大肠杆菌BL21,利用比色法测定ACC脱氨酶活力.测序结果表明,JDM-2菌株acdS基因大小为1 017 bp,与已报道不同菌种acdS基因的同源性在86％～99％之间.SDS-PAGE结果显示在大肠杆菌BL21中表达了分子量为38 kDa的ACC脱氨酶.酶活性检测结果显示重组菌ACC脱氨酶的酶活力为0.214 U/mg.     

利用CODEHOP设计简并引物克隆红色红曲霉丝氨酸羧肽酶基因片段和序列分析

利用CODEHOP(Consensus-Degenerate Hybrid Oligonucleotide Primers)软件设计了红色红曲霉丝氨酸羧肽酶基因片段的简并引物,选取1对简并引物进行逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR),得到348 bp的聚合酶链式反应产物,经pMD18-T载体克隆转化至大肠杆菌DH5α中,测序后进行BLASTX比对,发现此DNA产物与其他丝氨酸羧肽酶基因序列有相似性,推断所克隆的产物即为红色红曲霉的丝氨酸羧肽酶基因片段.