褐牙鲆耐热性状相关的微卫星分子标记筛选

采用微卫星分子标记技术分析褐牙鲆耐热相关特性,为耐高温褐牙鲆的分子辅助育种提供合适的分子标记.褐牙鲆经过热处理,将其区分为耐热组与不耐热组,用于实验分析.采用酚-氯仿抽提法抽提褐牙鲆肌肉组织的DNA,进行微卫星引物PCR(SSR-PCR)扩增,所用引物为已知的20个褐牙鲆微卫星位点的侧翼保守序列.对PCR扩增出的差异条带进行个体统计,最后进行微卫星位点与耐热性状的相关性分析.结果表明,有6个微卫星位点的某等位基因片段与褐牙鲆耐热性状存在一定的正相关性,其中位点Po13(AB046746)跟耐热性有极显著的正相关性,相关系数为0.466;有3个微卫星位点的某等位基因片段与耐热性存在负相关性,其中位点Po42(AB046754)与其有极显著的负相关性,相关系数为-0.408.微卫星位点Po13与Po42所扩增出的等位基因片段可作为分子标记指导耐热褐牙鲆的辅助育种.     

雌核发育棕点石斑鱼EST-SSR的开发验证

通过人工雌核发育棕点石斑鱼(Epinephelus fuscogutatus)的转录组序列,共获得了24 359个微卫星位点,棕点石斑鱼转录组的微卫星重复基序具有不同的分布特征,其中以单碱基(34.05%)、二碱基(37.58%)和三碱基(22.75%)为主要的EST-SSR基序重复类型.根据微卫星引物设计原则,随机筛选了93个EST-SSR位点来进行引物合成和多态性检测,最终开发了48个具有多态性的微卫星标记,并在不同棕点石斑鱼群体中进行了初步的验证.结果显示:每个位点等位基因数(Na)为2～22,平均等位基因数为9;观测杂合度(H_0)为0.111～1.000,期望杂合度(He)为0.636～0.940;多态信息含量(PIC)为0.538～0.922个,表明48个EST-SSR位点均表现出高多态性(PIC 0.5).结果表明:基于雌核发育棕点石斑鱼转录组数据,开发微卫星标记是可行的.本研究所开发的具有多态性的微卫星标记可应用于棕点石斑鱼及其近缘种的遗传多样性分析和分子标记辅助育种研究.     

玉叶金花(Mussaenda pubescens)SSR引物的快速开发

利用链亲和素磁珠吸附法捕捉能与生物素标记的探针(AC)15退火结合的玉叶金花(Mussaenda pu-bescens)微卫星序列的单链限制性酶切片段.获得的单链目的片段,经PCR扩增形成双链,然后克隆到pGEMT载体上,转化至DH5α中,得到一个微卫星序列文库.经测序统计,引物得率为12.5%;根据序列设计的SSR两侧引物PL和PR,共得到5对有多态性的SSR引物.玉叶金花微卫星引物的筛选将为下一步进行玉叶金花基因组结构的分析、分子进化和系统发育研究提供重要的微卫星标记.     

水稻抗条纹叶枯病分子标记在不同品种中的扩增比较

以感水稻条纹叶枯病品种＂日本晴＂、高抗品种＂kasalath＂以及14个目前在我国长三角地区水稻生产中被认为在抵抗条纹叶枯病方面具有较好效果的水稻品种为材料,分析比较了14对分子标记引物扩增16个水稻品种基因组获得的DNA产物.结果显示：在14对分子标记引物中,有8对在扩增感病品种＂日本晴＂和高抗品种＂Kasalath＂水稻基因组时可获得多态性条带.因此推断这8个标记可在以这两个品种为亲本的抗条纹叶枯病选育中使用;并且,本研究结果还将为利用本试验收集的14个水稻品种为亲本的分子标记辅助育种提供重要的背景信息.     

利用多重PCR进行鸡全基因组扫描

应用多重PCR结合半自动化荧光标记DNA分析技术从328个微卫星标记中筛选出分布于23条常染色体及1条性染色体(Z染色体)、覆盖3080cM、包含在30个引物组合中的170个多态微卫星标记,平均标记密度为18cM,并优化了这些引物组合的反应条件.筛选出的这些多态微卫星标记在本实验群体中符合Mendel遗传定律,可应用于鸡的连锁图谱分析及重要经济数量性状的定位研究,     

利用AFLP技术筛选与银杏性别相关的分析标记

利用amplified fragment length polymorphism(AFLP)技术,应用48个引物组合,检测了雌雄银杏基因组DNA的多态性,筛选与银可性别相关的分子标记,其中3个引物组合各提供了1个与雌性相关的分子标记。经Southern点杂交证实有两个标记为银杏雌性基因组所特有。这些分子标记的获得,为寻找性别特异的探针或PCR引物,用于银杏的性别鉴定奠定了基础。     

DNA分子标记及其在作物遗传育种中的应用

本文总结了三类DNA分子标记：(1)以Southern杂交为基础的分子标记;(2)以PCR为基础的分子标记;(3)以串连重复的DNA序列为基础的分子标记。综述了这几类分子标记在作物品种鉴定与绘制指纹图谱,基因定位与辅助选择育种,杂种优势群的划分与杂种优势的预测和细胞学研究等方面中的应用现状。     

分子标记技术在水产动物研究中的应用

分子生物学的飞速发展及其各项技术的广泛应用,对水产动物的研究工作产生了很大的影响. 分子标记在水产动物研究中的广泛应用,对于优良品种的选育、亲缘关系和品系家系的鉴定、重要经济性状基因的定位克隆以及大规模疾病的防治有重要的作用. 本文就同工酶、扩增片段长度多态性(AFLP)和微卫星等常用分子标记在水产动物系统发育、遗传育种及疾病检测等领域研究上的应用进行了综述,旨在为今后的研究工作提供参考.     

分子标记及AFLP技术

分子标记类型可以基因表达的结果为基础,对基因的间接反映;分子标记则是DNA分子碱基序列变异的直接反映.早期利用限制性内切酶,酶切生物体DNA后来检测不同遗传位点等位变异(RFLP)和以一个碱基顺序随机排列的寡核苷酸序列为引物,利用对基因组DNA随机扩增来鉴别DNA多态性(RAPDs).真核生物基因组中普遍存在的重复序列产生了微卫星(microsatellites)标记技术.而RFLP与RAPDs有机结合形成了有着更为广阔的应用前景的AFLP技术.SNP标记利用大多数基因位点上都会有若干个等位型(alleles)为DNA芯片技术应用于遗传作图提供了基础.     

“黄海1号”中国对虾抗白斑病的SRAP分子标记

通过SRAP(sequence related amplified polymorphism)分子标记技术,筛选中国对虾抗对虾白斑综合症病毒(white spot syndrome virus,WSSV)的特异性序列.以中国对虾为对象,将WSSV感病组(人工投喂感染)和抗病组,使用筛选后扩增多态性良好的52对引物对其进行SRAP,并应用生物信息学方法对结果进行分析,共找到11条特异性序列可能与中国对虾WSSV抗性相关.将特异性序列在NCBI公共数据库上进行对比发现:编号为40.3,4.20和25.14的标记序列,分别跟参与表达大西洋鲑的重金属外排蛋白和表达绵羊的免疫球蛋白以及表达斑点叉尾的醛脱氢酶基因的部分序列同源性为93%,100%,87%.标记的特异性序列参与中国对虾表达相应的功能蛋白,不但可以间接提高对WSSV的抗性,而且能作为筛选中国对虾抗WSSV的分子标记进行苗种选育.     

Genetic analysis of gynogenetic and common populations of Verasper moseri using SSR markers

The genetic structure and variation of the artificial meio- gynogenetic population and common population of barfin flounder (Verasper moseri) were analyzed using eight microsatellite markers. A total of 29 alleles were detected, of which 23 alleles were in the artificial gynogenetic population while 29 alleles were in the control group. The average observed heterozygosity (H _O) of eight loci in the control group (0.526 8) was several times higher than that (0.185 8) in the gynogenetic population. The results indicate that the genetic diversity of the control group was much higher than that of the gynogenetic population of barfin flounder (Verasper moseri). Most loci significantly deviated from Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) after Bonferroni correction (p < 0.005 56) in the gynogenetic population, while four loci deviated from HWE in the control group. The coefficient of gene differentiation (G _ST) was 0.131 0, and the genetic distance was 0.171 8 between the two populations, suggesting a significant genetic differentiation between the two populations. Biography: MA Hongyu (1979–), male, Ph. D. candidate, research direction: marine biotechnology and molecular genetics.     

刺参CT/AG微卫星标记的筛选

利用5’锚定引物PCT筛选刺参的CT/AG微卫星分子标记,测序的43个克隆子中,42条序列含有微卫星DNA序列,阳性克隆比率达到97.7%。去除重复序列后,共检测到56个微卫星位点,分布于26条序列中,其中25条序列检测到2个或2个以上微卫星位点。对所有筛选到的微卫星位点进行分类统计后表明,核心序列为(CT/AG)的有51个(91.1%),5个位点为其他类型的重复。结果表明:刺参CT/AG微卫星标记在刺参基因组中含量较丰富,5’锚定引物法在筛选特定标记的同时,还筛选了其他类型的微卫星标记,具有较强的筛选效率。     

小麦耐盐细胞系脯氨酸SOD酶核酸和蛋白质合成动态分析

对已筛选出的小麦耐盐细胞系的耐盐稳定性进行有关生理、生化分析。结果表明：耐盐细胞系脯氨酸含量不仅稳定,而且高于对照;ＳＯＤ活性在耐盐系增加,耐盐系对一定的盐浓度损伤ＤＮＡ修复能力大于对照系,耐盐系ＲＮＡ和蛋白质合成量分别是对照的５．４和４．５倍,并对小麦耐盐性的有关问题进行了讨论。     

RAPD tagging of a salt tolerant gene in rice

A salt tolerant rice mutant was obtained through tissue culture. The inheritance of salt tolerance in F2 population of mutant crossed with its original variety under salt stress was studied. According to the standard, the ratio of salt tolerant: sensitive was about 3:1 suggesting that there was a major gene related to salt tolerance in the mutant. By RAPD analysis with 220 10-mer primers, the gene was tagged by a 1.0 kb DNA fragment named OPS12-10 which was located on chromosome 7. The genetic distance between the major salt tolerant gene was 16.4 cm.     

大黄鱼群体遗传多样性分析及耐低温性状相关微卫星标记的筛选

耐低温性状是鱼类一种重要的经济性状。为进一步探索大黄鱼耐低温性状,本研究采用13个大黄鱼微卫星标记,以岱衢洋大黄鱼低温耐受组和正常对照组2个F2代群体各50个个体为研究对象,分析了群体耐低温性状的遗传差异。结果显示:13个微卫星标记位点在2个岱衢洋大黄鱼群体中共检测到109个等位基因,观测等位基因85个,平均有效等位基因6.49个,观测杂合度0.89,平均期望杂合度0.85,2个群体的平均多态信息含量值为0.81,全部为高度多态,表明13个微卫星位点在所选育的岱衢洋大黄鱼群体中均表现出较高的多态性,群体的遗传多样性比较丰富,可以作为良好的育种材料。耐低温性状相关微卫星标记的研究显示,标记LYC0015在两组样品中共扩增出5个等位基因(片段大小分别为112、110、108、106和104 bp),其中LYC0015112bp等位基因在低温耐受组的出现频率达48%,而在正常对照组中的频率为零,表明该等位基因对岱衢洋大黄鱼温度特性较为敏感,可能与某种耐低温基因存在一定的连锁关系,这一结果可以岱衢洋大黄鱼今后耐低温群体的选育研究提供基础资料。     

ISSR markers based on GA and AG repeats reveal genetic relationship among rice varieties tolerant to drought, flood, or salinity

Drought, flood, salinity, or a combination of these limits rice production. Several rice varieties are well known for their tolerance to specific abiotic stresses. We determined genetic relationship among 12 rice varieties including 9 tolerant to drought, flood, or salinity using inter-simple sequence repeat (ISSR) markers. Based on all markers, the nine tolerant varieties formed one cluster distinct from the cluster of three control varieties. The salt-tolerant varieties were closest to two flood-tolerant varieties, and together they were distinct from the drought-tolerant varieties. (GA)₈YG was the most informative primer, showing the highest polymorphic information content (PIC) and resolving power (Rp). The drought-, flood-, and salt-tolerant varieties grouped in three distinct clusters within the group of tolerant varieties, when (GA)₈YG was used. Sabita was the only exception. The two aus varieties, Nagina22 and FR13A, were separated and grouped with the drought- and flood-tolerant varieties, respectively, but they were together in dendrograms based on other primers. The results show that ISSR markers associated with (GA)₈YG delineated the three groups of stress-tolerant varieties from each other and can be used to identify genes/new alleles associated with the three abiotic stresses in rice germplasm.     

克隆西农莎能奶山羊的微卫星DNA分析

目的利用微卫星DNA技术对通过体细胞克隆技术获得的两只西农莎能奶山羊进行鉴定。方法提取两只克隆西农莎能奶山羊、两只受体西农莎能奶山羊母羊、西农莎能奶山羊供体细胞和两只对照组西农莎能奶山羊母羊的基因组DNA,通过5对具有显著多态性差异的引物扩增微卫星DNA序列,并对其进行微卫星DNA分析。结果两只克隆西农莎能奶山羊和供体细胞的基因型完全一致,受体母羊和对照组母羊的微卫星DNA多态性则与前两者均不相同。结论两只克隆西农莎能奶山羊基因组DNA来源于供体细胞。     

黄河三角洲湿地木霉分离与耐盐活性鉴定

木霉菌可以提高植物的抗逆性。为了获得耐盐活性好的木霉菌株,本研究从盐渍化严重的山东东营黄河三角洲湿地中采集土样和水样,分离并筛选了耐盐的木霉菌株,鉴定木霉菌株的耐盐活性。结果表明:黄河三角洲湿地48个样品共分离获得64株木霉,木霉数量与土壤深度呈负相关,与盐度没有明显相关性;通过不同浓度Na Cl胁迫下木霉菌株在固体培养基(PDA)和液体培养基(PDW)中的生长和产孢情况观察,从64株木霉中鉴定出6株具有高耐盐活性的木霉菌株;其中3株木霉(TW-304、TW-327和TW-353)在1 000 mmol/L Na Cl胁迫下,菌丝生长与对照相比,耐盐活性达到50%以上,具有极高的耐盐性;通过形态学和分子学鉴定显示TW-304、TW-327和TW-353三株木霉分别为哈茨木霉、深绿木霉、哈茨木霉。该研究筛选获得的耐盐木霉菌株为耐盐微生物菌剂的开发利用提供新的种质资源。     

冬鲽抗冻多肽的分子生物学

前文“鱼类抗冻多肽的结构与功能”已介绍了对抗冻体的存在、分布、分类以及结构和功能的研究工作,本文将着重冬鲽抗冻多肽(Winter Flounder AFP)的分子生物学方面作介绍。冬鲽鱼AFP作为探讨真核生物的分子生物学模型有下列优点: 1.该多肽分子量小,约3300。只含有9种不同的氨基酸,其中丙氨酸占60％。