一个与鸭繁殖性能相关卵巢差异表达基因的分离分析

本文用mRNA差异表达显示技术,分离分析了繁殖准备期金定鸭（Anas platyrhynchos domesticus）和绿头野鸭（Anas platyrhynchos）卵巢差异表达基因.通过卵巢组织RNA提取、反转录、mRNA差异显示PCR扩增、PAGE和银染检测扩增产物、差异带回收纯化、T载体连接转化和克隆测序分析,获得一个可能与鸭繁殖性能有关的卵巢差异表达基因片段,片段大小882bp.同源性分析表明,其序列与发情期羊卵巢cDNA（同源性为96%）、褐家鼠睾丸cDNA（同源性为83%）有很高的同源性.基因家族摸体分析表明,该序列的部分片段分别与Sox-5基因、转录因子USF基因、性别决定因子SRY、Cdx A基因都有90%以上的同源性典型摸体.由上述分析,我们推测该cDNA片段与鸭繁殖性状有关.     

枸杞果实PSY和LCYB基因片段的克隆与序列分析

利用RTPCR技术从宁夏枸杞（Lycium barbarum L.）果实cDNA中分离出八氢番茄红素合成酶（Phytoene synthase,PSY）和番茄红素β环化酶（Lycopene β cyclase,LCYB）同源基因cDNA片段,分别命名为LybPsy和LybLcyb.测序结果表明,LybPsy序列长402 bp,编码134个氨基酸;LybLcyb序列长555 bp,编码184个氨基酸.BLAST结果显示,LybPsy和LybLcyb所推导的氨基酸与烟草、番茄对应序列同源性最高,分别为96%和92%,与其他物种对应区域也有86%~90%的序列同源性.     

鳜肌球蛋白轻链2基因cDNA的克隆及其发育表达分析

通过构建肌肉组织cDNA文库分离到鳜肌球蛋白轻链2基因(MLC2),基因登录号为FJ428249.MLC2基因cDNA序列全长1 206 bp,编码区长度为579 bp.MLC2基因开放阅读框编码170个氨基酸,具有EF-手相家族蛋白全部4个EF-手相结构.与已报道的其他动物MLC2相比较,所推导氨基酸序列同源性在66.3%～97.6%,其中与ca2+结合区域非常保守,7种鱼氨基酸序列同源性为100%.采用实时荧光定量PCR方法对鳜MLC2发育表达分析表明,MLC2在原肠期开始有低量表达,与原肠期相比,尾芽期、肌肉效应期和仔鱼阶段MLC2表达量随发育阶段渐进而升高.     

日本白鲫生长激素-Ⅱ基因编码区cDNA的克隆及序列分析

采用反转录．聚合酶链式反应(RT-PCR)方法，从日本白鲫脑垂体总RNA中扩增出生长激素-Ⅱ(GHⅡ)编码区cDNA，克隆到Pum-T载体上进行序列测定和分析．结果表明，克隆的cDNA的开放阅读框长度为630bp，其中包括22个氨基酸的信号肽和188个氨基酸的成熟肽．与得到的生长激素-Ⅰ(GHⅠ)的碱基序列和推测的氨基酸序列相比，同源性分别达到96．9％和98．5％．白鲫的GHⅠ的碱基序列和推测的氨基酸序列与国外已发表的金鱼GHⅠ比较，同源性分别为98．7％和100％，白鲫和金鱼的GHⅡ碱基序列和推测的氨基酸序列同源性分别为95．7％和95．2％．     

不同倍性鱼cdc2基因cDNA部分序列的克隆及其在卵巢中的表达分析

利用3-’RACE的方法分别从异源四倍体鲫鲤、三倍体湘云鲫、二倍体红鲫的卵巢中克隆了cdc2基因cDNA的部分序列.选取这3种鱼cdc2 cDNA中一段长为157 bp的保守片段设计特异引物,通过Real-time PCR检测cdc2 mRNA在这3种不同倍性鱼卵巢中的表达水平,结果表明cdc2转录量随着倍性的递增而相应升高.     

核盘菌(Sclerotinia sclerotiorum) arom基因3''''-末端的克隆与分析

根据五功能AROM蛋白保守区域设计简并引物,从核盘菌基因组中获得了一段大小为1626bp的DNA片段.结合Southern杂交结果,用反向PCR克隆了arom基因3'-末端4104bp的序列.序列分析结果表明,该DNA片段推测的氨基酸序列与烟曲霉、粗糙脉孢霉、构巢曲霉和粟酒裂殖酵母等的AROM蛋白同源,包含了部分5-烯醇丙酮酰莽草酸-3-磷酸合成酶(EPSP合成酶)结构域、莽草酸激酶结构域、脱氢奎尼酸脱水酶(脱氢奎尼酸酶)结构域和脱氢莽草酸脱氢酶结构域,其中含有EPSP合成酶模式2(255-273)、莽草酸激酶模式(426-453)和Ⅰ型脱氢奎尼酸酶活性位点模式(659-687).     

斑鳜轻链3基因(MLC3)cDNA的克隆及纵向表达分析

提取斑鳜肌肉组织总RNA,逆转录得到cDNA,然后利用常规PCR法扩增得到斑鳜肌球蛋白轻链3基因(MLC3)序列.斑鳜MLC3基因cDNA序列的全长为532 bp,编码150个氨基酸.通过PROSITE tools软件预测显示该序列具有2个EF-手相结构.通过实时荧光定量PCR法对斑鳜MLC3纵向表达进行分析发现,ML...     

核盘菌(Sclerotinia sclerotiorum)arom基因3′-末端的克隆与分析

根据五功能AROM蛋白保守区域设计简并引物,从核盘菌基因组中获得了一段大小为1626bp的DNA片段。结合Southern杂交结果,用反向PCR克隆了arom基因3′-末端4104bp的序列。序列分析结果表明,该DNA片段推测的氨基酸序列与烟曲霉、粗糙脉孢霉、构巢曲霉和粟酒裂殖酵母等的AROM蛋白同源,包含了部分5-烯醇丙酮酰莽草酸-3-磷酸合成酶(EPSP合成酶)结构域、莽草酸激酶结构域、脱氢奎尼酸脱水酶(脱氢奎尼酸酶)结构域和脱氢莽草酸脱氢酶结构域,其中含有EPSP合成酶模式2(255—273)、莽草酸激酶模式(426—453)和Ⅰ型脱氢奎尼酸酶活性位点模式(659-687)。     

马尾松苯丙氨酸解氨酶基因cDNA全长克隆与序列分析

苯丙氨酸解氨酶(Phenylalanine ammonia-lyase,PAL)是连接植物初级代谢和次级代谢途径关键酶、限速酶,催化苯丙氨酸转化为肉桂酸,促进黄酮、木质素等次生代谢产物的合成,在植物抗病过程中有重要意义.采用RT-PCR和RACE技术,从马尾松中克隆到PAL基因的cDNA全长.此cDNA全长2 700 bp,包括2 154 bp的完整ORF,编码717个氨基酸的蛋白,相对分子质量与等电点分别为78 200和5.81.其推导的蛋白序列与火炬松(Pinus taeda)、欧洲赤松(Pinus sylvestris)和海岸松(Pinus pinaster)的苯丙氨酸解氨酶同源性分别为98.2%、99.4%和97.8%.     

草鱼(Ctenopharyngodon idella)组织蛋白酶L基因克隆及表达特性分析

为探究组织蛋白酶L(Cathepsin L,CtsL)是否在草鱼(Ctenopharyngodon idella)体内发挥免疫功能,根据已构建的草鱼肌肉转录组数据库中unigene序列,采用RACE技术首次克隆得到全长为1 496 bp的草鱼组织蛋白酶L基因(CiCtsL)cDNA序列。序列分析和同源建模显示该基因编码的蛋白具备组织蛋白酶前体抑制结构域I29和木瓜蛋白酶家族半胱氨酸蛋白酶Pept_C1结构域。系统进化分析表明,CiCtsL与斑马鱼CtsL聚为一支。CiCtsL mRNA在7个组织中均有表达,其中肝脏中的相对表达水平最高。感染GCRV后,CiCtsL在各组织中的表达量显著上调,呈现先上升后下降的趋势。研究表明CiCtsL参与了草鱼抵抗GCRV的免疫应答反应,可在草鱼先天免疫调控中发挥重要作用。     

鳜鱼生肌调节因子MyoD的克隆及其发育表达分析

生肌调节因子是肌肉形成的关键控制因素.通过RT-PCR方法克隆得到鳜鱼主要生肌调节因子MyoD序列.鳜鱼MyoD基因cDNA长度为813 bp,编码270个氨基酸,推导的氨基酸序列含有1个bHLH结构.经与其他动物MyoD氨基酸序列比对发现不同动物MyoD的bHLH结构域保守性高.通过合成地高辛标记的反义RNA探针对鳜鱼不同发育阶段的胚胎进行整体胚胎原位杂交,结果发现:MyoD最早在肌节早期被检测到信号.伴随着鳜鱼体节从头部往后发育,MyoD也从头部往尾部表达.在体节期,MyoD在中后部表达.尾芽期MyoD的表达量达到最大值.然而,尾芽期过后,头部MyoD的表达量急剧减少,但尾部仍然有强烈的信号.在血流期仍然能在鳜鱼尾部检测到MyoD的微弱信号.到孵出期在鳜鱼鱼眼的后方和胸部腹侧检测到MyoD的强信号,而身体其他地方检测不到信号.仔鱼期没有检测到MyoD表达的信号.     

马尾松亲环素基因全长cDNA的克隆与原核表达

亲环素(Cyclophilins,CyPs)具有肽酰脯氨酸顺反异构酶活性,催化蛋白质折叠过程,并且起着分子伴侣的作用,同时参与mRNA加工和信号转导等生物学过程.本研究采用RT-PCR技术和RACE-PCR技术,从马尾松(Pinus massoniana)中分离了亲环素基因cDNA全长,命名为cyp-pml(GenBank登录号:GQ497815).该基因全长1002 bp,编码区全长为519 bp,编码172个氨基酸,在5'端有106 bp非编码区,在3'端含有377 bp(其中含有26 bp的polyA)非编码区.生物信息学分析表明该基因编码的蛋白质等电点和相对分子质量为8.82和18 212,含有典型的亲环素肽酰脯氨酸顺反异构酶蛋白功能域.序列分析表明该基因与植物亲环素家族基因有较高的同源性.通过亚克隆技术把cyp-pml的开放读码框克隆到表达载体pET-24a(+)中,成功构建了pET-cyp-pml重组表达载体,并在IPTG诱导下在大肠杆菌中成功表达了与推导相一致的蛋白,相对分子质量约1.8×104.     

日本白鲫生长激素-I基因编码区cDNA的克隆

从日本白鲫(carassius cuvieri)脑下垂体中提取总RNA，采用逆转录PCR法扩增出日本白鲫生长激素—Ⅰ cDNA编码区，克隆到Pucm-T载体上，序列测定表明日本白鲫生长激素—Ⅰ基因的开放阅读框含有630bp，其中包括22个氨基酸的信号肽和188个氨基酸的成熟肽，日本白鲫生长激素—Ⅰ基因的克隆成功为该基因的功能及应用研究奠定了基础。     

金鱼胰岛素样生长因子2基因克隆与组织表达

采用PCR方法,扩增并克隆了金鱼的IGF2基因.序列分析结果显示:金鱼的IGF2基因共包括有4个外显子和3个内含子,开放阅读框长606 bp,编码201个氨基酸;编码序列与斑马鱼有85%一致性;蛋白质序列与斑马鱼的有80.9%的一致性.RT-PCR证明金鱼IGF2基因在鳃、心脏、肾、肌肉、尾鳍、雌雄性腺等组织中均有表达.     

黑麦草漆酶编码基因片段的克隆与序列分析

黑麦草中木质素的结构、含量是决定其饲用品质的主要因素。漆酶是木质素生物合成中的关键酶之一,属于多铜氧化酶基因家族。根据报道的植物漆酶编码基因的氨基酸序列中铜离子结合域及N-端糖基化位点两个保守区设计4对引物,以黑麦草总DNA为模板,经PCR扩增、克隆、测序后得到3个有效序列,分别命名为Lac10-1、Lac8-1和Lac11-1。序列分析表明,3个基因片段的编码蛋白不仅含有保守的蓝铜氧化酶结合区域HAH和N-末端糖基化位点,而且分别与黄杨、黑麦草中分离的漆酶编码蛋白的氨基酸序列具有较高的同源性。因而,推断克隆到的3个基因片段是黑麦草漆酶基因家族的成员。     

人类新基因ZNF323研究初报

人的锌指蛋白是重要的转录抑制因子,运用计算机克隆的方法获得一个新的人类基因,被命名为ZNF323,该基因的cDNA全长2333bp,编码一个长209个氨基酸的多肽（分子量约为22kD),在肿瘤组织中高度表达,表明其可能与肿瘤的发生有关。     

人类新基因RMND5A的克隆及功能研究

克隆了一个新的人类Lish/CTLH结构域基因,经国际基因命名委员会批准命名为RMND5A.该基因位于染色体2p11.2,长3 239 bp,编码391个氨基酸,其结构域从N端起依次为LisH、CTLH与CRA.RT-PCR分析表明该基因在人类早期胚胎的多个组织中有表达,在心脏、肝和肾中的表达水平较强.对该基因的蛋白进行了表达并制备了多克隆抗体.荧光素酶活性测定分析表明,在COS7细胞中过表达蛋白可以使MAPK信号途径的两个下游转录因子ELK-1和AP-1的转录活性显著下降,表明RMND5A通过MAPK信号途径参与了对细胞生命活动的调控过程.     

长白蝮蛇类凝血酶基因(Ussurase)的克隆及分析（英文）

从长白蝮蛇（Agkistrodon halys Ussuriensis）毒腺中抽提总RNA,采用RT-PCR扩增其类凝血酶基因,经全序列测定,类凝血酶基因ussurase全长为699个核苷酸,即编码233个氨基酸;根据同源性,推测它的活性中心为His40,Asp85和Ser179;二硫键为Cys7-Cys138,Cys25-Cys41,Cys73-Cys231,Cys117-Cys185,Cys149-Cys164和Cys175-Cys200。该蛇毒类凝血酶cDNA序列及推导的氨基酸序列均为首次报道。     

黄鳝α-L-岩藻糖苷酶基因克隆及其在雌雄个体间的表达分析

FUCA1是糖基水解酶家族的成员之一,参与糖蛋白、糖脂等生物活性大分子的分解代谢反应.为了进一步了解α-L-岩藻糖苷酶在鱼类生殖发育中的功能,首次分离了黄鳝FUCA1基因,利用在线软件SMART对所克隆出来的FUCA1基因部分核苷酸序列及其推导的氨基酸序列进行对比分析,其结果表明该序列包含了3个跨膜结构域和4个低拷贝区域.通过RT-PCR检测了FUCA1在黄鳝性腺组织特异性表达状况,FUCA1基因在黄鳝雌性性腺中的表达量高于在雄性性腺的表达量.FUCA1基因在黄鳝雌雄个体间的差异性表达表明,FUCA1基因可能参与黄鳝性逆转生殖发育调控.     

α-L-岩藻糖甘酶1基因在小鼠不同组织中的表达分析

为了研究不同组织中α-L-岩藻糖苷酶1 (α-L-fucosidase1, FUCA1)特异性表达的调节机制,运用实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR, qPCR)和蛋白免疫印迹(Western Blot)在mRNA水平和蛋白水平上分析了Fuca1基因在小鼠成体不同组织中的表达特点,还利用Clustal Omega分析了氨基酸序列在不同物种的同源性和系统进化树。qPCR检测结果显示,Fuca1基因在小鼠不同组织中存在表达差异,在睾丸中表达最高,其次是肾脏与卵巢;而Western Blot检测结果显示FUCA1主要在小鼠肾脏和卵巢高表达;对FUCA1氨基酸序列进行同源性分析,结果显示FUCA1保守性低。以上研究表明,FUCA1可能与小鼠的组织特异性表达调节有关,其在性腺中的具体表达机制还有待研究。