大黄鱼血清抗病功能蛋白分析

利用蛋白质组学技术筛选大黄鱼(Pseudosciaena crocea)血清中的抗病功能蛋白,通过对比两组抗病能力差异大的大黄鱼血清的双向电泳图谱,得到了21个显著的差异点,并用质谱获得上述差异点肽质量指纹图谱.进一步检索发现10号差异点是诱导型一氧化氮合成酶(iNOS),其催化产物NO可结合病原体的特定靶点,协助大黄鱼体内的免疫系统共同抵御病原体入侵,显著提高了大黄鱼的抗病能力,所以iNOS与大黄鱼抵抗病原体入侵密切相关.     

GDO I酶阻断对芳烃降解途径的影响

产碱假单胞菌NCIB9867株（P25X）能够通过龙胆酸途径降解芳香烃．研究显示P25X在龙胆酸途径可能产生一组同工酶-其中一种酶是保守型，另一种则为严格诱导型表达．龙胆酸降解途径主要的酶是龙胆酸加双氧酶（GDO），它促进芳香环的裂解，产生顺丁烯丙酮酸，并通过一系列的反应最终进入TCA循环．目前，仅有保守型的龙胆酸加双氧酶及其下游片段被克隆．P25X的衍生株SNZ28，它的龙胆酸加双氧酶的基因（GDOI）被链霉素／奇霉素抗性基因所打断．本研究运用二维蛋白电泳法分析降解菌株SNZ28的蛋白提取物，并用考马斯亮兰染色鉴别．经软件比对分析，由龙胆酸诱导与无龙胆酸诱导菌株的蛋白表达提取物存在明显的蛋白质表达差异，其中有15个蛋白质点被识别．这一结果为诱导型龙胆酸酶的进一步研究打下了基础．     

植物功能基因组研究进展

基因组学研究已开始从结构基因组学转向功能基因组学。对功能基因组学研究的重要意义及内容、方法进行了综述，并对植物功能基因的研究进展及应用前景作了介绍。     

阿尔茨海默病的基因组学与功能基因组学研究进展

 阿尔茨海默病（AD）是最常见的神经退行性疾病与最主要的痴呆类型，其发病率随着年龄增加而呈指数式增长。随着人口老龄化，AD造成的社会经济负担愈趋严重。AD的遗传力接近80%，其人群易感程度、表型差异等性状特征受机体遗传变异的极大影响。总结了基于家系连锁分析、病例对照全基因组关联分析、全基因组测序等基因组学分析手段鉴定与AD发生发展相关的遗传变异与风险基因，梳理了基于各种组学数据的功能基因组学研究手段，解析遗传变异背后的调控元件、效应基因及其分子过程的研究进展。对风险基因及其转录与蛋白水平改变的揭示，可为AD的发病机制解析、药物开发、精准诊断与早期预测提供直接的靶点。     

GDO Ⅰ酶阻断对芳烃降解途径的影响

产碱假单胞菌NCIB 9867株(P25X)能够通过龙胆酸途径降解芳香烃.研究显示P25X在龙胆酸途径可能产生一组同工酶-其中一种酶是保守型,另一种则为严格诱导型表达.龙胆酸降解途径主要的酶是龙胆酸加双氧酶(GDO),它促进芳香环的裂解,产生顺丁烯丙酮酸,并通过一系列的反应最终进入TCA循环.目前,仅有保守型的龙胆酸加双氧酶及其下游片段被克隆.P25X的衍生株SNZ28,它的龙胆酸加双氧酶的基因(GDO I)被链霉素/奇霉素抗性基因所打断.本研究运用二维蛋白电泳法分析降解菌株SNZ28的蛋白提取物,并用考马斯亮兰染色鉴别.经软件比对分析,由龙胆酸诱导与元龙胆酸诱导菌株的蛋白表达提取物存在明显的蛋白质表达差异,其中有15个蛋白质点被识别.这一结果为诱导型龙胆酸酶的进一步研究打下了基础.     

A proteome-wide screen identifies valosin-containing protein as an essential regulator of podocyte endoplasmic reticulum stress

To investigate proteins expressed in the renal tissue of the passive Heymann nephritis (pHN) rat model,we prepared pHN rat models with anti-FxA1 serum and analyzed the proteins differentially expressed in the kidney tissue with label-free liquid chromatography-tandem mass spectrometry.We then analyzed in depth the endoplasmic reticulum stress (ERS)-related protein using an online bioinformatics platform.Forty-one differential proteins and their annotations were obtained.Gene Ontology (GO) function analysis showed that 16 proteins were involved in cellular metabolism and 22 were proteins related to catalytic activity,including protein folding or ATPase.Protein-GO networks indicated that VCP could interact with the ERS marker HSPa5,with both involved in a single pathway.On inhibition of podocyte VCP by RNAi under normal conditions,the HSPa5 expression level did not change,but when the cell was subjected to ERS by tunicamycin,HSPa5 expression significantly increased with RNAi of VCP when compared with the tunicamycin-treated group.Our results showed that ERS plays an important role in podocyte injury of membranous nephropathy and is mediated by an HSPa5-VCP signaling pathway,in which the most predominant proteins are those related to cellular metabolism and catalytic activity.     

一种二次投影识别蛋白质谱数据的新方法

 作为一种蛋白组学工具,质谱法的使用对疾病的早期诊断和治疗带来了革命性的变化。然而,由于面临“维数灾难”问题,大部分机器学习方法不能直接用于识别蛋白质谱数据,同时这些方法也面临着识别性能较低的问题。借鉴主分量分析（PCA）与局部线性判别嵌入（LLDE）在人脸识别方面取得的较好效果,提出了用于蛋白质谱数据识别的二次投影法(DTP)及改进的二次投影法(MDTP)。该方法先对数据去噪并用T检验降维,再提取均方误最小的第一次投影特征向量与可分性最好的第二次投影特征向量,最后将预处理过的数据先后在二次特征向量空间投影并分类。在卵巢癌蛋白质谱数据上的实验表明,二次投影及其改进方法识别性能较好,优于现有各方法。     

芳烃污染胁迫下产碱假单胞菌的蛋白质表达

微生物降解是环境中芳烃类污染物处理的重要手段与方法，研究降解菌暴露在污染物下蛋白差异表达的情况，可以揭示微生物利用有机物做为碳源与能源的途径与方法．本项目以蛋白质二维电泳研究结果为基础，对产碱假单胞菌在污染物胁迫下表达的蛋白质点进行N端测序分析，对诱导性的同工酶进行了克隆与测序分析．结果显示，产碱假单胞菌在污染物胁迫下能表达与细菌的趋化性密切相关的蛋白，在研究的菌株中存在同工不同源的酶系统．