基于互信息和文化基因算法的网络流量特征选择

利用文化基因框架的引导,提出一种结合了封装和过滤的混合型特征选择算法.该算法在传统的遗传算法中采用了基于互信息的局部搜索算法,全局搜索以分类器精度为适应度函数,保证得到全局最优解;局部搜索以联合互信息为评价指标,加快了寻找最优特征子集的收敛速度.实验表明,与现有算法相比,该算法在特征数量和计算复杂度上有显著改进,采用该算法的网络流量识别方法能以更少的特征获得更高的分类精度.     

从梨花迁粉蝶中所得微孢子虫的系统进化分析

从中国云南省野外采集的梨花迁粉蝶（Catopsilia pyranthe）中分离得到一株疑似微孢子虫,对该分离株的核糖体SSUrRNA（Small subunit ribosomal RNA）和α-tubulin基因进行克隆测序。通过序列分析及系统进化树构建,结果发现该分离株属于Nosema属的一种微孢子虫,命名为Nosema sp．CP。通过对SSUrRNA系统进化分析发现,Nosema sp．CP与家蚕微孢子虫（Nosema bombycis）、斜纹夜蛾微孢子虫（Nosema spodopterae）的亲缘关系相对于菜粉蝶微孢子虫Nosema sp．MPr更加接近。通过对α-tubulin基因的系统进化分析,结果表明Nosema sp．CP与N．bombycis聚在一支上,进一步证实了它们的紧密关系。因此,本研究首次在粉蝶科（Pieridae）的梨花迁粉蝶中分离得到的Nosema属微孢子虫是与家蚕微孢子虫非常近源的一类微孢子虫,并暗示了粉蝶科昆虫感染的微孢子虫具有潜在多样性。     

Dynamic analysis of DNA damage induced miRNAs in colon cancer cells

It is known that microRNAs （miRNAs） expression profile shows substantial changes in cells under DNA damage. Here, we did miRNA microarray and quantitative real-time PCR to comprehensively identify the differentially expressed miRNAs in colon cancer cell lines HCT116 p53＋/＋ and HCT116 p53-/-. Cluster analysis revealed a panel of differentially expressed miRNAs which are regulated by p53 and/or UV-C induced DNA damage. These altered miRNAs tend to be located in chromosomes 13, X and 17. Moreover, pathways enrichment analysis estimated that MAPK pathway, focal adheren pathway, p53 pathway and Wnt pathway were mediated by these miRNAs to exert their functions in DNA damage response. Additionally, we found that miR- 320a, one of the UV-C induced miRNAs, play a role in protecting cells from DNA damage. Taken together, our results show that miRNAs are dynamic regulated in p53- dependent or -independent manners in different cell contexts and different situations following DNA damage.     

基于判别分析的基因分类

利用基因表达序列识别肿瘤亚型,具有非常重要的临床意义.根据大肠杆菌基因图谱筛选出的信息基因,采用判别分析法,得到典型判别式函数,以阈值θ=-0.6935来进行分类,进而确定肿瘤基因"标签".     

基因识别问题及其算法实现（下）

利用序列的频谱曲线和信噪比曲线,建立基因识别的简化算法.提出可变窗宽的DFT算法,代数推导出Voss映射和Z-curve映射下频谱和信噪比的函数关系.运用Bootstrap算法,在精度指标下比较四组具有代表性的基因序列的阈值.     

智慧城市的生活图景

正随着大数据、云计算等新一代信息技术的发展,我们生活的城市以及我们的衣、食、住、行、娱乐、安防等,正在变得越来越智能化"数据驱动世界,软件定义世界,自动化正在接管世界,建设智慧城市将是下一波浪潮和拉动IT世界的重要载体。"信息管理专家、《大数据》一书作者涂子沛这样描述。实际上,随着大数据、云计算等新一代信息技术的发展,我们生活的城市以及我们的衣、食、住、行、娱乐、安防等,正在变得越来越智能化。     

拉布拉多犬与金毛猎犬毛色基因MC1R(R306ter)与TYRP1(Q331ter)SNP位点的检测

目的建立犬毛色基因MC1R R306ter(c.C916T)与TYRP1 Q331ter(c.C991T)SNP位点的检测方法。方法采用PCR/测序的方法,对19只拉布拉多犬和15只金毛猎犬的MC1R基因c.C916T SNP位点及TYRP1基因c.C991T SNP位点的多态性进行检测,根据MC1R和TYRP1的多态性对犬的毛色基因型进行分析。结果 PCR/测序法能够对TYRP1基因c.C991T SNP位点进行明确和有效的检测。但MC1R基因c.C916T SNP位点的测序结果出现了特殊峰,经克隆/测序法确认该特殊峰型为杂合性SNP位点。毛色基因型分析表明,金毛猎犬的毛色基因型皆为纯合的eeBB(15只),未见其他基因型。拉布拉多犬的毛色基因型分别为:黑色犬EeBB(6只)、EeBb(2只);黄色犬eeBB(9只)、eeBb(2只)。未发现其他如EEBB和EEBb(黑色)、eebb(黄色)的毛色基因型。另外,拉布拉多犬样本中没有巧克力色犬,也未检测出其相应的Eebb和EEbb基因型。结论本研究成功建立了犬毛色基因MC1R R306ter(c.C916T)与TYRP1 Q331ter(c.C991T)SNP位点的检测方法,为分析毛色基因型与导盲犬培训成功率之间的相关性提供了前期工作基础。     

JAK2基因单倍型46/1对中国人群骨髓增殖性肿瘤易感性的影响

从91例骨髓增殖性肿瘤(MPNs)患者及1 028例健康志愿者(均为中国人)外周血中提取基因组DNA,应用等位基因特异性PCR(ASP)技术,检测作为蛋白质酪氨酸激酶JAK2单倍型46/1标签的rs12343867和rs10974944位点的基因型,并结合临床资料,应用SNPstats软件进行统计学分析.实验结果表明:MPNs患者JAK2单倍型46/1出现的几率明显高于健康志愿者(P0.000 1);MPNs患者的JAK2单倍型46/1更易在JAK2V617F突变阳性MPNs患者(n=70)中出现(P0.000 1);具有JAK2单倍型46/1的中国人群患MPNs的风险增加显著,该结果与测试欧美人群的结果一致.     

CD44基因调节炎症的研究进展

CD44是一种Ⅰ型跨膜糖蛋白,广泛表达于内皮细胞、间充质细胞及中胚层来源的细胞和组织。由于CD44在机体内的广泛表达以及多种可变剪切体的存在,使得研究所涉及的炎症模型不同,CD44在炎症过程中所起的作用也不一样。明确CD44在炎症过程的作用,不仅有助于进一步认识炎症的作用机制,还可为研发治疗炎症的新型生物阻断制剂提供思路。     

“黄优1号”条斑紫菜新品系遗传背景和营养成分分析

【目的】丰富我国北方紫菜(Pyropia)栽培种质,培育优良新品系。【方法】以山东长岛县砣矶岛野生紫菜作为亲本,经过选育,分别采集在南通、日照和砣矶岛海区栽培的"黄优1号"紫菜成体进行遗传背景(rbcL和细胞色素C氧化酶Ⅰ亚基(Cycochrome oxidase subunitⅠ,COⅠ)基因)和营养成分(藻胆蛋白、叶绿素a Chl a、类胡萝卜素Car和可溶性蛋白TSPs)分析。【结果】依据rbcL基因序列(约1 200bp)进行遗传多样性分析,仅砣矶岛养殖绳上全沉水生长的野生紫菜群体与其他品系(群体)具有1.1%的遗传差异,而其栽培群体("黄优1号")的rbcL基因序列与对照条斑紫菜品系完全一致;依据COⅠ基因序列(约680bp),仅南通的两栽培品系("黄优1号"和培育品系2)具有2bp差异,其他品系(群体)的COⅠ基因序列与对照条斑紫菜完全一致。日照海区栽培的"黄优1号"紫菜其营养物质含量比其他海区栽培的"黄优1号"紫菜、野生亲本以及培育品系2高;南通海区栽培的"黄优1号"条斑紫菜品质一般,大部分营养物质含量均低于日照栽培藻体。【结论】由rbcL和COⅠ基因序列推断砣矶岛岸边和养殖绳上的野生紫菜大部分为条斑紫菜,选育品系"黄优1号"为条斑紫菜;在不同海区进行栽培的"黄优1号"条斑紫菜营养成分均优于其野生亲本;初步研究结果表明该品系更适于在日照海区栽培。