基于深度卷积神经网络的RNA三维结构打分函数

非编码RNA的三维结构对于人们理解和干预其生物功能具有重要的意义，从计算的角度发展RNA结构预测方法可以加速结构获取过程，对三维结构进行评分是进行结构预测的关键步骤.近年来，基于机器学习的方法，如AlphaFold2，已在分子结构预测领域取得了革命性的进展.基于深度卷积神经网络，建立了一个对RNA三维结构进行评估的方法 .为了训练这一网络，建立了一个非冗余的含有422个RNA以及126600个decoys结构的数据集.训练得到的模型在RNA-Puzzles数据集上进行了测试，结果表明，在28个RNA中，网络从众多decoys中挑选出实验结构的正确率约为71.4%，这一结果比之前有所提高.另外，还对网络的工作机制进行了分析，发现神经网络对结构评分的倾向性和已知的物理化学知识相一致.     

利用pGenesil-1.0构建人Dna2真核表达干扰载体

目的:构建人基因Dna2干扰(RNAi)的真核表达载体.方法:根据GenBank上人Dna2的cDNA序列设计并合成两条单链寡核苷酸,退火以后,插入质粒pGenesil-1.0多克隆位点的BamH I和Hind III之间进行重组,构建重组干扰载体,转化DH5α后测序鉴定出阳性菌株.重组质粒以脂质体法转染HeLa细胞,提取Dna2蛋白以免疫印迹法检验干扰效果.结果:设计的目的干扰序列5’-catagccagtagtattcgatg-3’可明显抑制Dna2在HeLa细胞的表达.结论:利用pGenesil-1.0构建的人Dna2干扰载体适用于该基因功能研究.     

应用RNAⅢ抑制肽防治大鼠皮下内植物葡萄球菌感染的实验研究

研究RIP防治内植物葡萄球菌感染的效果,将32只Wistar大鼠随机分为空白组、RIP组、左氧氟沙星组(左氧组)、左氧氟沙星+RIP组(联合组).将在金葡菌菌液浸泡过的涤纶材料植入到大鼠皮下囊内,观察各组动物的生命体征和存活情况.7 d后处死各组存活动物,取出内植物,对其表面附着的细菌进行计数分析.术后7 d,空白材料表面有大量细菌存活,并形成生物被膜;而RIP组和左氧组涤纶表面细菌明显低于对照组,结果有显著性差异(P＜0.01);但RIP组和左氧组之间无差别;联合用药组只检测出极少量细菌,明显低于其余三组(P＜0.001).说明RIP与抗生素联用可有效降低模型动物的死亡率,抑制金葡菌引起的内植物感染.     

好好芭叶片RNA提取方法和cDNA干旱消减文库的构建

介绍了从好好芭成熟叶片中提取总RNA的方法;用含有SDS的裂解液裂解细胞,用DNase除去可能出现的DNA干扰,再经植物提取试剂盒纯化后,获得了高质量的完整RNA,可用于基因编码序列的克隆和基因表达的mRNA分析等精细研究,并进一步构建了好好芭干旱消减文库.     

Survivin基因沉默对鼻咽癌CNE-2细胞株恶性表型的影响

目的:探讨RNA干扰技术沉默Survivin基因对鼻咽癌细胞CNE-2恶性表型的影响.方法:设计、合成针对Survivin基因的干扰序列,并将干扰序列构建至pGCsi/U6/GFP载体,稳定转染CNE-2细胞;逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)、Western blot鉴定干扰效果;经四甲基偶氮唑蓝(MTT)法、流式细胞术、平板克隆形成实验分析沉默Survivin基因后,CNE-2细胞生长速度、细胞周期及恶性表型的改变.结果:沉默Survivin基因后,CNE-2细胞Survivin mRNA、蛋白质表达水平均明显下调;细胞生长速度下降,G1期细胞增多,S期细胞减少,克隆形成能力明显减弱.结论:Survivin基因在CNE-2细胞生长、细胞周期及恶性表型等方面都起着重要的作用.     

利用PCR-DGGE技术鉴定硝基甲苯类物质降解菌株

为鉴定光催化-厌氧好氧固定化微生物方法降解2,6-DNT和4-MNT的优势菌株,取连续运行40d的厌氧好氧反应器出入口的微生物样品.采用PCR-DGGE技术分离微生物,得到对2,6-DNT和4-MNT具有良好降解特性的优势菌种;发现厌氧反应器内不同位置微生物种类差别很大,好氧反应器内差别很小;反应器内有5种优势菌株:Delta proteobacterium,Pseudomonas stutzeri,Pseudomonas trivialis,Burkholderia cenocepa-ciaand Chryseobacterium sp.AKB-2008-VA6和1个未知菌株,以兼性厌氧和好氧方式生存.反应器运行期间,水质指标良好.     

番茄CDT2同源基因RNA干涉载体的构建及遗传转化研究

真核生物CDT2是CUL4-DDB1 E3泛素复合体的组成部分,在细胞周期调控、DNA复制与损伤修复中起到重要作用.本研究克隆了番茄CDT2同源基因片段并构建了CDT2基因RNA干涉植物表达载体pBI121-CDT2-RNAi.通过根癌农杆菌介导转入番茄子叶,经组织培养成功获得转基因植株.半定量RT-PCR分析显示,转基因植株叶片内CDT2的表达量明显低于野生型植株.转基因植株叶片叶绿素含量比野生型明显升高.该研究结果揭示番茄CDT2基因的功能做出了新的尝试.     

从RNA走向DNA——细胞基因组的发生与形成

基因和基因组的发现为研究物种的进化提供了物质基础,物种进化的本质是细胞基冈组的进化,以此可完美地阐明达尔文的进化论,但细胞基因组本身是如何发生与形成的.目前尚未阐明,甚至有的科学家还认为生命最初是一堆有机分子偶然聚集在一起形成的.     

棉花抗逆性状表达调控相关的小分子RNA功能分析及利用

棉花是我国重要的经济作物和纺织工业原料,但是我国有1／3以上的棉花需要进口,为了保证棉花供应主体上依靠自给,确保粮食安全的前提下,必须利用干旱一半干旱地区、盐碱地等耕地资源,在不适于粮食种植的地区扩大棉花生产。由此,获得棉花优良基因,培育耐旱、     

植物RNA病毒寄主因子基因的研究进展

文章综述了植物RNA病毒寄主因子基因的研究进展.