油茶基因组微卫星特征分析

对油茶基因组约10%覆盖度的DNA序列进行微卫星查找,共获得11 344个重复单元长度为1～6碱基的微卫星。在此基础上,通过对这些微卫星序列分析发现:在油茶基因组中长度为二核苷酸的微卫星重复单元最为丰富,占27.1%;在单碱基重复和二碱基重复这两种类型中,最主要的优势重复单元分别是A/T以及AT/TA、AG/TC。三碱基、四碱基、五碱基重复类型中,(AAN)n、(AAAN)n和(AAAAN)n为对应的优势重复单元,这些优势重复单元中富含碱基A和T。油茶基因组中变异程度高的微卫星(长度≥20 bp)约占11.7%。分析还发现,除单核苷酸重复微卫星外,油茶基因组微卫星长度的变异速率与重复单元长度呈负相关,即油茶基因组中长度较短的微卫星变异速率较快,而较长的重复单元变异速度较慢,相对较为稳定。     

林木虫害大数据的网络科学分析方法

择取国家森防总站2009—2013年辽宁省林木虫害大数据,根据林木虫害时空复杂性,提出一种基于时空影响域的虫害关系网络构造方法.以昆虫生活习性确定时间影响范围,以虫害危害等级确定空间影响范围,并将松毛虫作为研究对象.结果表明,松毛虫虫害关系网络为无标度网络,服从幂律分布;松毛虫传播扩散快;虫害易聚集发生;网络拓扑具有鲁棒性.该建网方法能够反映真实世界,是解读林木虫害大数据的有效方法.期待通过本文对松毛虫虫害关系网络的复杂网络理论分析,能对实际林木虫害防治工作中防治策略的制定及防控力度的估计提供理论指导.     

甲苯咪唑对鱼的急性毒性试验及驱虫效果研究

甲苯咪唑浓度为0 4×10-6和0 8×10-6时,5种试验鱼(日本鳗Anguillajaponicus、欧洲鳗Anguillaan guilla、翘嘴鳜Sinipercachuatsi、红剑XiphophorushelleriHeckel和建鲤Cyprinuscarpiovar.Jian)是安全的;浓度为2×10-6时,前3种试验鱼全部存活,而红剑和建鲤的死亡率为6%和4%.用浓度为0 2×10-6、0 4×10-6和0 8×10-6的甲苯咪唑药浴患伪指环虫病(感染率为92%)的欧洲鳗,用药1次,120h后其阳性检出率分别为54%、10%和0%.说明甲苯咪唑对欧洲鳗伪指环虫病有显著疗效.     

养殖红鳍东方(鱼屯)中华拟德氏吸虫病的危害与流行

福建闽东海水网箱养殖红鳍东方鲀首次暴发流行中华拟德氏吸虫病,通过实地考察和解剖等研究中华拟德氏吸虫病的危害与流行.结果表明:其主要致病因子是成虫和虫卵,成虫寄生于肝门静脉,虫卵主要沉积于肝脏、胆囊、肠道等,引起组织病变如组织炎症、增生肥厚、形成纤维性结节等.虫卵比成虫的危害性更大.中华拟德氏吸虫病存在年循环流行,发生于每年5-9月中旬.6-8月期间感染率逐渐升高,最终达100%.并引起高死亡率,可达76%~83.1%.中华拟德氏吸虫是养殖河的重要病原体之一,严重危害河养殖.     

陕北野生羊肚菌母种分离研究初报

报道了用陕北野生羊肚菌子实体的组织和孢子分离母种的研究过程和结果。     

33个杨柳品种指纹图谱构建

【目的】构建杨树与柳树优良品种的指纹图谱,对不同品种进行准确鉴定。【方法】利用柳树EST-SSR标记对33个杨树与柳树优良品种进行通用性检测及基因分型,通过核心引物间的组合构建品种指纹图谱。同时采用非加权组平均法进行聚类,分析各品种间亲缘关系。【结果】12个EST-SSR标记共扩增出97条等位片段,每个位点等位基因数5~13个不等,平均为8.1个。12个位点的多态信息含量(PIC)变化范围为0.637 2~0.834 8,平均为0.781 7。优选的3对核心引物中,SALeSSR0340与SALeSSR0346组合可完全区分12个杨树品种,而SALeSSR0259、SALeSSR0340与SALeSSR0346的组合可完全区分所有的33个品种。聚类分析显示33个品种间的遗传相似系数为0.68~0.96,并分成杨属与柳属两大类,与传统的杨柳科系统分类学一致。各品种间亲缘关系聚类结果与遗传背景相吻合。【结论】对33个杨柳树优良品种进行指纹图谱构建与亲缘关系分析,表明EST-SSR标记可有效反映品种间的差异,建立的基因分型体系准确、高效,可为杨树与柳树品种鉴定、保护与推广工作提供科学依据。     

禾谷炭疽菌磷脂酰肌醇特异性磷脂酶C生物信息学分析

磷脂酰肌醇特异性磷脂酶C(PI-PLC)作为植物病原菌G蛋白信号转导过程中的重要调节因子,在对植物侵染、定殖、扩展等致病过程中发挥着重要作用。禾谷炭疽菌侵染玉米、小麦等农作物引起炭疽病,给各国农业生产造成了巨大经济损失。基于酿酒酵母典型PI-PLC序列,利用Blastp以及关键词对禾谷炭疽菌蛋白质数据库进行比对、搜索,以及通过SMART保守结构域分析,明确该菌存在7个典型的PI-PLC;同时,通过对上述氨基酸序列进行细胞信号肽、跨膜结构域以及二级结构等生物信息学分析,明确上述PI-PLC在蛋白质二级结构组成、信号肽等方面均具有一定差异,除Cg PLC1具有信号肽外,其他均不含有;7个PI-PLC中4个定位在细胞质中,其他则定位在细胞核、高尔基体上。此外,通过对禾谷炭疽菌中的7个PI-PLC与其他物种中的30个同源序列进行遗传关系比较分析,发现禾谷炭疽菌中的PI-PLC与C.higginsianum、C.fioriniae等炭疽菌属中的病菌具有较高的同源序列,较近的亲缘关系。该研究为深入开展禾谷炭疽菌PI-PLC定位、功能研究打下坚实的理论基础,同时,也为进一步开展其他炭疽菌的研究提供重要的理论指导。     

Analysis of components of conserved “backbone sequences” among genomes of<Emphasis Type="Italic">Shigella</Emphasis> spp. strains

Difference in the genomic compositions of prokaryotes is the basis of the diversity in their biological characters. However, besides their flora- or strain-specific genes, those floras with closer relationship in the evolution also have conserved “backbone sequences”, which reveal the marks of their origin and evolution, and these “backbone sequences” are just the basis of their elementary living abilities and common biological properties. Shigella is very closely related to E. coli in the origin and evolution, and may turn out to belong to the same genus. In this study, a microarray containing E. coli K-12 whole genome and SG01 specific ORFs is used to investigate the genomic components of four Shigella strains. The results indicate that 16%–22% K-12 ORFs sequences are not detected in the genome of Shigella strains while the genome of Shigella contains at least 2800 conserved ORFs, which compose the common “backbone sequences”. Advanced analysis indicated that the “backbone sequences” are the essential components in maintaining the normal physiological activities of intestinal bacteria. Furthermore, only 20% SGO1-specific ORFs exist in other strains simultaneously, which demonstrate the great genome heterogeneity and the genetic diversity among the strains. the first two authours made equal contribution to this work.     

水源水中2-MIB降解菌的筛选

针对特定水处理工艺,研究了投加2-MIB前后水中微生物种群的变化,建立了筛选分离2-MIB降解菌的方法.以生物膜生长成熟的活性炭连续处理含有较高浓度2-MIB水样,然后从活性炭表面取样,用2-MIB为惟一碳源的无机盐培养基筛选和驯养,最后进行划线分离,成功得到2-MIB降解菌种.通过16SrRNA分析,该菌株属于假单胞菌属(Pseudomonas spp.).     

三种海洋微藻抗肿瘤活性的研究

利用不同的溶剂提取紫球藻、小球藻、等鞭金藻胞内和胞外产物，采用MTT（Methylthiazoly pheny-tetrazolium bromide）比色法检测胞内外产物对HeLa和K562肿瘤细胞活性的影响，以筛选和研究其中的抗肿瘤活性物质。结果表明：紫球藻胞外水相和破碎后上清液经石油醚：乙酸乙酯（V：V=1：1）的萃取物、小球藻破碎后上清液经乙酸乙酯、正己烷：环己烷（V：V=1：1）、三氯甲烷、甲醇：甲苯（V：V=1：1）、石油醚的萃取物和等鞭金藻破碎后上清液经石油醚、乙醚、正已烷、乙醇的萃取物都有明显的抑制肿瘤细胞的效果，显示了从海洋生物微藻中开发新的抗肿瘤药物的潜力。