重要海水养殖鱼斜带髭鲷和花尾胡椒鲷16S rRNA遗传变异研究

应用PCR技术扩增了我国南方重要养殖石鲈科鱼类斜带髭鲷(Hapalogenys nitens)和花尾胡椒鲷(Plectorhinchus cinctus)线粒体DNA(mtDNA)的16S rRNA基因片段,纯化后分别进行EcoRⅠ、MseⅠ、PstⅠ、SacⅠ和HindⅢ等5种限制性内切酶酶切和测序分析.酶切结果为:斜带髭鲷16S rRNA扩增片段被MseⅠ和SacⅠ两种内切酶酶切,花尾胡椒鲷16S rRNA扩增片段只被MseⅠ酶切.两者在MseⅠ和SacⅠ酶切图谱的差异可作为区分两者的遗传标记.16S rRNA序列分析结果表明,斜带髭鲷和花尾胡椒鲷的遗传相似度为86.94 %,遗传差异为13.06 %.进化上,两者分化年代大约为1.98×106年前.     

鲇16SrRNA基因扩增片段的RFLP研究

利用PCR技术进行了鲇(Silurus asotus)5个地理种群线粒体DNA(mtDNA)限制性片段长度多态性(RFLP)研究.这5个地理种群是长江上游支流(四川境内的攀枝花雅砻江、岷江、自贡、贵州遵义的乌江)和长江中游支流沅江上游的潕阳河.选用10种限制性内切酶水解,只有HaeIII产生了限制性片段长度多态性.在长江上游支流的各地理种群之间不存在限制性片段长度多态性,长江中游支流沅江上游的潕阳河地理种群与长江上游支流的各地理种群间在该基因片段上存在一定程度的多态性变异.     

编码普通野生稻磷酸盐转运蛋白基因片段的分离与克隆

以云南普通野生稻基因组DNA为模板，根据GeneBank中登记的编码小麦高亲和力磷酸转运蛋白基因保守序列设计一对特异引物，利用多聚酶链反应技术（PCR），扩增出目标基因（cwrpt)1002bp长度的基因片段并克隆到载体pGEM-T。经DIG标记探针杂交检测初筛，限制性内切酶酶切，PCR扩增，DNA序列分析与可能氨基酸序列同源性比较，此推定的氨基酸序列与小麦，水稻，拟南芥，番茄磷酸转运蛋白同源性很高，初步认为此基因片段为普通野生稻耐低磷胁迫相关磷酸盐转运蛋白的编码基因，获得全长序列与基因表达的进一步研究正在进行中。     

马立克氏病病毒疫苗CVI988株囊膜糖蛋白gI基因的序列分析

根据马立克氏病病毒(MDV)国际标准株GA株的基因序列设计合成了可扩增gI基因(1060bp)的引物.用PCR技术,以CVI988基因组为模板,扩增得到了预期大小的PCR产物.将此PCR产物和pUC18经同样的限制性内切酶KpnⅠ和BamHⅠ处理后,连接、转化、鉴定,得到了含有gI基因的质粒.将此质粒进行序列分析,比较了它与其他强毒和超强毒株的同源性.用DNAstar软件对其编码的氨基酸的疏水性和抗原性进行了预测.     

基于PCR-RFLP的西洋参和人参指纹特征鉴定

目的建立西洋参与人参限制性片段长度多态性聚合酶链式反应(polymerase chain reaction restriction fragment length polymorphism,PCR-RFLP)的鉴定方法.方法采用改良的CTAB法从西洋参和人参中提取基因组DNA.应用生物信息学软件设计西洋参与人参核糖体DNA ITS序列的特异性引物,利用PCR技术对指定序列进行扩增,并通过RFLP方法酶切后进行指纹图谱的鉴别比较.结果提取西洋参与人参基因组DNA19 kb,并扩增核糖体122 bp大小的基因片段,经酶切后西洋参为80 bp和42 bp长度的两条片段,而人参仍然为122 bp长度的单一片段.结论西洋参与人参DNA具有特异性酶切位点,可作为西洋参与人参鉴定的有效方法,该方法简便快速,结果可靠.     

苜蓿花叶病毒复制酶基因的克隆、序列分析及其植物表达载体的构建

以侵染苜蓿的苜蓿花叶病毒中国分离株(Alfalfa mosaic virus Chinese isolate，A1MV—Ch)RNA2为模板，利用人工合成的特异性引物，进行反转录及PCR扩增，分两段分别扩增了复制酶基因的5′端1．32kb和3′端及其非编码区的1．23kb cDNA序列．用限制性内切酶切割PCR产物后，与pUCl9重组，转化大肠杆菌DH5α，筛选重组质粒，用限制性内切酶分析及PCR鉴定，得到分别含有5′端序列和3′端序列的重组质粒。已由上述两种重组质粒构建了含有完整复制酶基因的重组质粒．进行了全序列测定，并与国外报道的A1MV-425株系的相应序列相比较，其复制酶基因编码区核苷酸序列同源性达97．8％，推测的氨基酸序列的同源性达97．6％，3′端非编码区核苷酸序列同源性为98．2％．并将全长复制酶基因与植物表达载体pROKⅡ重组，得植物转化载体pAlMV—FL．     

澳洲淡水鳄线粒体基因组全序列的测定及结构分析

运用PCR和分子克隆的技术,获得了澳洲淡水鳄(Crocod ylus johnstoni)的线粒体基因组全序列(mtDNA).其序列全长为16,857bp,由22个tRNA、2个rRNA和13个蛋白编码基因及非编码的控制区(control region)组成,碱基组成为:31.99％A,28.82％C,14.90％G,24.29％ T.同其它鳄类一样,澳洲淡水鳄发生了基因重排,即tRNAPhe和tRNASer(AGY)的基因重排现象.虽然与典型的脊椎动物线粒体基因排列顺序不同,但在已测出的所有鳄类中,各基因的排序是一致的,显示了鳄类mtDNA的高度保守性.     

健康人外周血中A20基因3'UTR突变与多态性分析

目的:建立检测NF-κB负调控因子A20基因3'非编码区(3'UTR)单核苷酸多态性(SNP)和突变的方法和rs77191406的检测方法.方法:利用PCR扩增99名健康人外周血单个核细胞(PBMCs)DNA的A20基因3'UTR全长片段,并对PCR产物进行核苷酸序列分析.将所测A20 3'UTR序列与Gen Bank中的序列(NM_006290.3)通过BLAST程序对比,检出可能存在的基因突变.利用限制性片段长度多态性聚合酶链反应(PCR-RFLP)检测A20基因SNP rs77191406位点多态性.结果:在A20 3'UTR mRNA 3080位点检测出CT突变,该突变在基因库中已有作为SNP登记(rs77191406),该SNP在7例(7.07%)健康人样本中检测到,但并未发现其他突变和多态性.成功建立PCR-RFLP检测A20基因SNP(rs77191406)的方法.结论:首次报道中国健康人群中A20基因3'UTR存在rs77191406,其意义有待进一步明确.     

绒螯蟹线粒体细胞色素b基因的RFLP分析

对中国大陆4个水系的8个地理种群绒螯蟹样本的线粒体细胞色素b基因片段进行了PCR扩增，并应用6种限制性内切酶对该PCR产物进行RFLP分析．在应用的6种内切酶中，HinfⅠ，RsaⅠ和EcoRⅤ酶切该PCR片段后，在某些地区绒螯蟹之间表现出限制性片段长度多态性，为多态性的内切酶，但在本研究中尚未发现种群特异的RFLP标记．应用3种多态性的限制性内切酶对8个地理种群的绒鳌蟹个体样本的线粒体细胞色素b基因片段进行RFLP分析，共检测到5种复合限制性酶切类型，即AAA型、BBB型、ABA型、BAB型、ACA型．依据群体间的净遗传距离绘制的UPGMA分子系统树显示，合浦绒螯蟹形成了独立的一支．     

脑血管疾病患者IL-6基因调控区-174G/C多态性研究

目的:观察73例脑血管疾病患者的IL-6基因调控区-174位点的多态性与疾病的相关关系.方法:PCR扩增、限制性内切酶片段长度多态性(RFLP)分析和DNA序列测定,认识IL-6基因调控区-174位点的多态性;同时ELISA定量分析73例脑血管病患者和16例正常人血清白细胞介素-6含量.结果:73例脑血管疾病患者IL-6基因调控区-174位均为GG型;血清白细胞介素-6水平升高,与正常人血清对比,差异显著.结论:73例脑血管疾病患者未发现TL-6基因调控区-174位点的基因变异.     

人NOD8基因启动子绿色荧光蛋白表达载体的构建与鉴定

目的:构建人NOD8基因启动子的绿色荧光蛋白表达载体.方法:用特定的限制性内切酶位点,以人基因组DNA为模板,PCR扩增含有人NOD8基因启动子不同长度2段序列,并进行酶切以切除启动子的pEGFP-C2作框架结构,插入表达载体pEGFP-C2中,构建含有人NOD8基因启动子驱动的绿色荧光蛋白载体pEGFP-C2-NOD8(520 bp)、pEGFP-C2-NOD8(760 bp),用Vsp Ⅰ和Nhe Ⅰ双酶切和PCR鉴定重组质粒,再将重组质粒进行DNA序列分析.构建的重组质粒经脂质体(lipofectamine)TM2000介导转染HEK293、K562和HeLa细胞,转染48 h后在倒置荧光显微镜下观察.结果:pEGFP-C2-NOD8(520 bp)、pEGFP-C2-NOD8(760 bp)分别经酶切鉴定和序列测定证实目的基因已插入重组质粒;细胞转染结果表明,构建的2段重组质粒转染HEK293、K562及HeLa细胞均能表达绿色荧光,其中构建的pEGFP-C2-NOD8(760 bp)重组质粒绿色荧光表达强于pEGFP-C2-NOD8(520 bp).结论:成功构建2段不同长度的人NOD8基因启动子绿色荧光蛋白表达载体.     

分子标记及AFLP技术

分子标记类型可以基因表达的结果为基础,对基因的间接反映;分子标记则是DNA分子碱基序列变异的直接反映.早期利用限制性内切酶,酶切生物体DNA后来检测不同遗传位点等位变异(RFLP)和以一个碱基顺序随机排列的寡核苷酸序列为引物,利用对基因组DNA随机扩增来鉴别DNA多态性(RAPDs).真核生物基因组中普遍存在的重复序列产生了微卫星(microsatellites)标记技术.而RFLP与RAPDs有机结合形成了有着更为广阔的应用前景的AFLP技术.SNP标记利用大多数基因位点上都会有若干个等位型(alleles)为DNA芯片技术应用于遗传作图提供了基础.     

人RIP2基因启动子绿色荧光蛋白表达载体的构建与鉴定

目的:构建人RIP2基因启动子的绿色荧光蛋白表达载体。方法:根据特定限制性内切酶位点,以人基因组DNA为模板,PCR扩增含人RIP2基因启动子不同长度2段序列,构建含人RIP2基因启动子驱动的绿色荧光蛋白载体pEGFP-C2-RIP2(750 bp)wt、pEGFP-C2-RIP2(941 bp)wt,用VspⅠ和NheⅠ双酶切鉴定重组质粒,进行DNA序列分析,重组质粒经阳离子聚合物JetPeiTM介导转染HEK293细胞48 h后观察。结果:酶切鉴定和序列测定证实目的基因已插入重组质粒;细胞转染结果表明,重组质粒转染HEK293细胞均能表达绿色荧光,其中构建的pEGFP-C2-RIP2(750 bp)wt重组质粒绿色荧光表达强于pEGFP-C2-RIP2(941 bp)wt。结论:成功构建2段不同长度的人RIP2基因启动子绿色荧光蛋白表达载体。     

PCR法克隆卤虫（Artemia franciscana） Artemin基因上游调控序列

利用限制性内切酶(Dra I和Hpa I)对卤虫(Artemia franciscana)基因组DNA进行酶切后，连上接头构建基因组“DNA文库”(即未克隆，带接头的DNA片段)，再以TD-PCR(Touch-down PCR)的方法扩增卤虫的Artemin．基因的上游调控序列，得到一段大为750bp的片段，将这一上游序列片段克隆到pMDl8-T载体中，以获得包括启动子、增强子等顺式作用元件在内的Artemin基因的上游调控序列，为进一步研究Artemin基因的表达模式及其功能提供依据。     

日本血吸虫卵壳蛋白编码基因的扩增及克隆

目的:扩增和克隆日本血吸虫卵壳蛋白编码基因(SjESG),以研究其作为候选疫苗分子和药物靶点的可能性.方法:合成引物,以日本血吸虫雌、雄虫cDNA第一链为模板,RT-PCR扩增日本血吸虫卵壳蛋白编码基因,与带有硫氧还蛋白(Trx)基因的高效原核表达质粒pET32a(+)定向重组,构建原核表达重组质粒,并经限制性核酸内切酶酶切分析和PCR鉴定.结果:从雌虫cDNA中扩增出624bp SjESG基因,原核表达重组质粒pET32a(+)-SiESG经限制性核酸内切酶酶切和PCR均获得624bp的DNA片段.结论:成功构建原核表达重组质#ipET32a(+)-SjESG.     

扬子鳃蛭线粒体基因组全序列测定及其系统学地位——基于Pacbio和Illumina技术

利用Illumina和Pacbio测序技术对扬子鳃蛭（Ozobranchus jantseanus）线粒体基因组全序列进行测序及注释，并与NCBI数据库中蛭纲（Hirudinea）其他物种的线粒体全序列的排列方式和系统进化关系进行了比较，以确定其系统学地位.结果显示：获得的线粒体基因组序列长度为14 868 bp，蛋白编码基因存在2种起始密码子，分别为ATG和ATT；终止密码子共有4种，分别为TAA，TAG，TA和T；蛭纲10个物种的线粒体基因组全序列基因排序可分为2种类型，其差异表现在tRNAs的互换和长非编码区的长度的不同；扬子鳃蛭所属的吻蛭目（Rhynchobdellida）均为b型，绝大部分无吻蛭目（Arhynchobdellida）的排列方式为a型.基于蛭纲物种的13个蛋白编码基因(PCGs)的Neighbor-Joining（NJ）树进化分析显示，扬子鳃蛭与其他吻蛭目物种聚类.     

50例中国人IX因子基因的限制性片段长度多态性

用IX因子基因内探针F9(VⅢ)对TaqI,BamHI和EcoRI酶切的50例中国人基因组DNA进行杂交分析。结果表明,所有个体经TaqI酶切的杂交片段为4.5kb和1.8kb,BamHI和EcoRI酶切的杂交片段分别为23kb和5.0 kb。基因组DNA样本中未发现限制性片段长度多态性(RFLP),这与欧美国家的民族群体中存在着IX因子基因内TaqI和BamHI的RFLP的结论不同。造成不同种族间DNA水平差异的原因,很可能与长期在不同地理环境中的进化适应有关。     

基于线粒体DNA多态性鉴定烟台海鲜市场鱼种

由烟台海鲜市场随机采集具有相对重要商业价值的10种海鱼(小黄鱼、牙片、鲅鱼、面条鱼、鲐鱼、鲳鱼、鲈鱼、偏口、黑鱼、白姑鱼),利用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)技术对鱼种进行鉴定.首先提取10种海鱼的基因组DNA,利用自行设计的通用引物对其线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅲ基因(MT-co3)进行PCR扩增,对扩增产物克隆、测序,用NCBI数据库检索,确定了10种海鱼的鱼种.依据测序结果进行限制性内切酶酶切分析,选用NlaⅢ和HinfⅠ2种内切酶进行酶切,获得了各种鱼类特异的酶切片段图谱.研究结果表明,PCR-RFLP能有效地区分以上10种海鱼,在鱼种鉴定上具有简便、准确的优势,可为鱼类食品检测提供科学依据.     

红腹锦鸡线粒体基因组全序列及其结构分析

采用PCR扩增方法测定红腹锦鸡Chrysolophus pictus线粒体基因组全序列:序列全长16 678 bp,共有13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因和22个tRNA基因.基因组的组成、顺序、编码链的选择、tRNA的结构都与绝大多数鸟类相同或相近.红腹锦鸡线粒体基因组碱基组成分别为:A(30.4％)、T(24.8％)、C(31.2％)、G(13.6％).总的A+T含量为55.2％.除了COⅠ基因起始密码子是GTG,其余12个蛋白质编码基因的起始密码子都是ATG.tRNA基因核苷酸长度为65～76 nt,12S rRNA和16S rRNA基因分别为968和1 604 nt.     

扬子鳃蛭线粒体基因组全序列测定及其系统学地位——基于Pacbio和Illumina技术

利用Illumina和Pacbio测序技术对扬子鳃蛭（Ozobranchus jantseanus）线粒体基因组全序列进行测序及注释，并与NCBI数据库中蛭纲（Hirudinea）其他物种的线粒体全序列的排列方式和系统进化关系进行了比较，以确定其系统学地位.结果显示：获得的线粒体基因组序列长度为14 868 bp，蛋白编码基因存在2种起始密码子，分别为ATG和ATT；终止密码子共有4种，分别为TAA，TAG，TA和T；蛭纲10个物种的线粒体基因组全序列基因排序可分为2种类型，其差异表现在tRNAs的互换和长非编码区的长度的不同；扬子鳃蛭所属的吻蛭目（Rhynchobdellida）均为b型，绝大部分无吻蛭目（Arhynchobdellida）的排列方式为a型.基于蛭纲物种的13个蛋白编码基因(PCGs)的Neighbor-Joining（NJ）树进化分析显示，扬子鳃蛭与其他吻蛭目物种聚类.