中药植物玉竹微卫星标记的筛选及遗传多样性分析

利用磁珠富集法构建玉竹的微卫星文库,用筛选出的微卫星引物对玉竹样品进行遗传多样性分析。根据链亲和素磁珠和生物素特异结合的特性,用3’端生物素标记的探针与两端连接已知序列人工接头的玉竹基因组DNA酶切片段杂交,杂交复合物结合到包被有链亲和素的磁珠上,洗脱并收集吸附在磁珠上的含有微卫星的片段。经过克隆和测序,再根据微卫星两侧的保守序列设计引物,最后利用从中筛选出的微卫星引物对玉竹种群进行遗传学分析。从基因组微卫星富集文库中分离出9个多态微卫星位点,来自3个玉竹种群的40个个体的多态性显示,每个位点的等位基因数从3到6个不等,观察杂合度范围为0000～0.875,预期杂合度范围为0.520～0.760,多态信息含量范围为0.066～0.687。9个多态位点经哈温平衡检测结果显示有5个位点符合哈迪-温伯格(Hardy-Weinberg)平衡,其余4个位点显著偏离哈温平衡(P0.05)。这可能是存在无效等位基因和或近亲繁殖效应的结果,鉴定出的微卫星遗传标记可以在玉竹的遗传多样性和种群遗传结构的评价中具有潜在的应用价值。     

基于转录组测序的波纹巴非蛤微卫星标记研究

应用MISA软件对波纹巴非蛤转录组测序数据进行分析,共获得7378个微卫星标记,从中选取95个位点设计引物,并在一个野生波纹巴非蛤群体中进行分析验证,结果显示:95个位点中能够扩增出清晰条带的位点有30个,其中15个位点表现为单态,15个位点呈现多态.使用15个多态位点进行波纹巴非蛤群体的遗传多样性分析,结果表明:这15个位点的等位基因数为2~9,平均等位基因数为4.733,平均有效等位基因数为2.438,平均观测杂合度和平均期望杂合度分别为0.270、0.516,平均多态信息含量为0.457.     

萼花臂尾轮虫(Brachionus calyciflorus)的ISSR引物筛选及其多态性检验

采用简单重复序列区间(ISSR:一种基于微卫星的分子标记,无需预知遗传背景即可研究基因组中微卫星序列的变异,适合大规模的种群遗传研究)的方法对萼花臂尾轮虫(Brachionus calyci florus)进行PCR扩增,优化出适宜的ISSR-PCR反应体系,并从100条引物中筛选出16条具有良好多态性和重复性的ISSR引物.研究结果显示,萼花臂尾轮虫简单重复序列以(AC)和(AG)的两碱基重复为主,筛选出的ISSR引物扩增共得到114个位点,66个多态位点,多态性高达57.89%,高于常用于该物种分子生态学研究的线粒体COI基因的多态性.     

贵州马铁菊头蝠群体遗传结构的微卫星分析

利用6对微卫星引物对贵州马铁菊头蝠的等位基因频率、基因杂合度和多态性信息含量进行了遗传检测。结果表明,6对微卫星引物共扩增出18个等位基因。基因频率分布在0.021 0～0.833 0之间。6个微卫星位点的平均杂合度为0.342 7,平均多态性信息含量为0.381 3。分析认为贵州马铁菊头蝠遗传多样性相对较低。     

中国对虾微卫星DNA多态性分析

根据建立的中国对虾部分基因组文库,对筛选的含微卫星序列的克隆设计了引物,并选择了8对多态性引物对中国对虾进行了分析.实验材料为中国对虾黄渤海群体(HB)、朝鲜半岛西海岸群体(KX)和朝鲜半岛南海岸群体(KN)3个野生群共计60个个体.结果表明:经8对引物对60尾中国对虾进行PCR扩增后,共获得了61个等位基因.对3个野生群体的8个基因位点共计24个群体位点进行了杂合度观测值(Ho)和杂和度期望值(He)计算,通过Hardy-Weinberg平衡偏离指数(D)检验,发现有5个群体位点处于杂合子缺失状态,其中HB群体有3个群体位点杂合子缺失,KC和KN群体各有1个群体位点杂合子缺失.其次,对中国对虾3个野生群体遗传分化指数Fst值进行了计算,两两群体之间的Fst值均小于0.05,说明中国对虾3个野生群体的遗传分化较弱.P检验也说明了这个结果,即3个群体的中国对虾遗传分化不显著,有99.27%的遗传变异是来自个体之间,只有0.73%的遗传变异是来自群体之间.最后,经过聚类分析,发现HB群体和KX群体的亲缘关系较近,而KN群体与前两者亲缘关系较远.实验还对8对微卫星引物的多态性信息含量(PIC)进行了评估,PIC值介于0.5984～0.9178之间,揭示了这8个微卫星位点在中国对虾中具有较高的信息含量.     

舟山附近海域3个大黄鱼养殖群体遗传多样性的微卫星分析

利用8个微卫星多态标记分析舟山附近海域3个大黄鱼养殖群体共90个体的遗传多样性。结果显示,8个微卫星位点共检测到等位基因64个,各位点等位基因数(A)范围为5~10个,观测杂合度(Ho)的平均值为0.9111,期望杂合度(He)的平均值为0.8108,多态信息含量(PIC)平均值为0.7800,表明所选择的8个微卫星位点均表现出较高的多态性。群体的遗传多样性分析结果显示,3个群体的平均观测杂合度和平均期望杂合度分别为0.891 7、0.900 0、0.941 7和0.738 4、0.743 2、0.821 3,Shannon多样性指数分别为1.467 0、1.449 0、1.800 9,表明3个群体的遗传多样性处于较高水平。HardyWeinberg平衡检验发现只有LYC0015和LYC0009位点处于平衡状态(PHW0.05),其余6个位点都不同程度地偏离了平衡。3个群体的聚类分析表明,岱山和朱家尖西岙网箱2个养殖群体亲缘关系较近,而与舟山市水产所耐低温F2代群体亲缘关系较远。     

封闭群比格犬微卫星的筛选及初步应用

摘要:目的 筛选可用于比格犬遗传检测的微卫星位点,并对小型比格犬群体进行了遗传结构分析。 方法 选取来自文献的微卫星位点 120 个,包括比格犬位点 23 个和其他犬类遗传检测的位点 97 个。 用 DNA 池对这些位点进行 PCR 条件优化后,挑选扩增效果优良的位点对常用比格犬群体进行荧光标记 STR 扫描和群体遗传结构分析,依据期望杂合度( He)和香农指数挑选符合要求微卫星位点计算群体遗传参数。 结果 在候选的 120 个位点中共有73 个位点扩增效果优良,STR 扫描后选用 49 个位点进行遗传分析,结果显示该群体有效等位基因数、期望杂合度、平均杂合度、香农指数、多态性信息含量分别为 4. 9230、0. 7574、0. 7375、1. 6625、0. 7038,证明该群体遗传多态信息丰富,群体遗传多样性高。 结论 所选 49 个微卫星位点可用于比格犬遗传检测,这些位点还需用更多群体进行验证和优化。     

常用近交系小鼠微卫星DNA多态性的分析研究

摘要：目的用微卫星引物对常用近交系小鼠进行遗传监测和DNA多态性分析。方法通过Genome Database选 取位于小鼠不同染色体上的15个微卫星位点,应用PCR扩增技术对近交系小鼠C57BL／J、DBA／2、C3H、BALB／e、 129、FVB、SCID进行微卫星DNA多态性的分析。结果15个微卫星位点除D8Mitll3、D13Mit88无扩增条带外,其 余13个微卫星位点引物对七种近交系小鼠均有稳定扩增,同一品系不同个体之间表现为单态性;不同品系个体之 间表现为多态性。结论所用微卫星位点具有信息含量高、分布广、扩增稳定、高度多态性的特点,各位点PCR的 稳定扩增,依其DNA多态性的特点来判定各品系间的遗传差异,是一种准确客观、方便快速的遗传监测方法。     

白鹭脱落羽毛的微卫星个体识别研究

利用鹭科鸟类已有微卫星引物进行跨种扩增筛选,获得12对可用于白鹭(Egretta garzetta)的微卫星引物,结合非损伤采集的脱落羽毛样品,在物种分子鉴定和性别分子鉴定的基础上,建立适用于羽毛样品个体识别分析的微卫星基因分型技术体系.在中国沿海的3个白鹭繁殖种群的181样品中,19个羽毛样品由于DNA质量较差未能有效鉴定物种.119个羽毛样品成功地鉴定为白鹭个体,物种鉴定结果可重复率达93.8%.性别鉴定结果可重复率94.1%,119个白鹭羽毛样品当中的28.57%为雄性.基因分型得到各个位点的等位基因数7~22个,观察杂合度和期望杂合度分别为0.623~0.875和0.779~0.918,没有位点偏离哈迪-温伯格平衡,基因分型错误率为1.2%.个体识别分析发现其中的2个样品为相同基因型,为重复采集自同一个体脱落的不同羽毛.本研究结果将为深入研究白鹭种群遗传结构、扩散模式等保护遗传学问题奠定了基础,并且能够为其他鹭科鸟类的脱落羽毛的物种鉴定、性别鉴定、个体识别提供参考.     

6个蒙古牛微卫星DNA的克隆和筛选及特性分析

本研究以内蒙古通辽地区蒙古牛为材料,构建了富集CA、CAG、GACC重复的牛微卫星文库,从中选取6条微卫星DNA序列设计引物,应用优化后的多重PCR反应条件分析32个个体的基因型,结果表明,具有特异性PCR扩增产物的8个位点中2个位点在所检测的群体中未表现出多态,另外6个位点在所检测的群体中等位基因数为2-5个.     

微卫星标记预警实验红鲫对苯酚遗传毒性响应的研究

摘要: 目的探讨微卫星标记预警实验红鲫对苯酚遗传毒性的响应。方法选择5 个微卫星标记,观察4 个苯酚 染毒组经8 d 染毒实验,苯酚对实验红鲫C1HD 系微卫星多态性的影响。结果苯酚在实验红鲫C1HD 系体内的 富集提高了基因杂合度( H) 、基因多态性信息含量( PIC) 等群体遗传学指数。在1 /8 LC50苯酚浓度组染毒第6 天,基因杂合度( H = 0. 15 ± 0. 19) 和基因多态性信息含量( PIC = 0. 42) 均达到峰值。结论体内富集一定浓度的苯酚可致实验红鲫C1HD 系微卫星多态性改变。微卫星基因杂合度( H) 和多态性信息含量( PIC) 随苯酚染毒时间的延长和富集量的增加而升高。     

果子狸(Paguma larvata)的饲养与管理

１９９４－１９９７年，作者在陕西省动物研究所户县试验基地，对果子狸的食性、饲料、饲养技术与管理方法进行了研究．果子狸属杂食性动物．现已利用的饲料为４大类：（１）动物性饲料；（２）植物性饲料；（３）滋补性饲料；（４）补助添加剂．在年生活周期内５个不同时期，对饲料的供应与组合需求不同，饲养技术与管理方法亦有区别．准备配种期：饲养的重点是供给性器官发育所需的营养物质．动物性饲料不应低于２０％～２５％，供给充足的维生素Ａ及维生素Ｅ．配种期：因动物体力和营养消耗较大，日粮中动物性饲料不应低于２５％，增加肉、乳、蛋的饲喂量，保证维生素Ｅ，Ａ，Ｄ和矿物质的供给，妊娠期：营养水平应是全年最高的．日粮配合中注意钙、磷平衡供给，尤其是钙的供应要充足，动物性饲料应达２５％～４０％，但脂肪含量不宜超过１５％．产仔哺乳期：此期比较复杂，兽群相继换毛，要求饲料新鲜，适口性强，动物性饲料不低于３０％，日粮中要补充乳类或蛋类、豆汁等，按产期早晚合理分配饲喂量．恢复期：依据动物体况，及时调整饲料配比，日粮中增加多种维生素，乳酶生和骨粉等，促进体况迅速恢复．     

应用微卫星标记对海南和广西恒河猴遗传多样性的研究

目的研究微卫星DNA多态性在海南和广西恒河猴遗传多样性中的应用。方法利用11个微卫星位点,对来自这两个地区的恒河猴进行了遗传检测,并通过POPGEN32软件计算各个微卫星座位的等位基因频率、有效等位基因数目(Ne)、多态信息含量(PIC)和遗传杂合度(H)。结果所选择的11个微卫星位点均存在高度的遗传多态性,H为0.6848~0.8785;PIC为0.5826~0.8345;Ne为3.0000~7.1553。以11个微卫星标记为测度,广西恒河猴的Ne、PIC和H的平均值均高于海南猴,分别为4.2583、0.7090、0.7706(广西恒河猴)和4.2054、0.7025、0.7656(海南恒河猴)。结论这种差别可能与地域来源有关。这些研究为微卫星标记分析恒河猴遗传多样性提供理论基础。     

应用SNaPshot技术对桉树SNP的检测

【目的】SNaPshot是一种单核苷酸多态性(SNP)检测的多重分析技术,具有检测速度快、准确性高、成本低廉等特点。利用多重PCR技术,结合SNaPshot分型方法,在桉树中构建SNP复合分型检测体系,促进SNP技术在桉树遗传图谱构建和无性系鉴定的应用。【方法】利用桉树已有的EST序列设计引物,通过PCR产物直接测序进行SNP标记位点的开发,利用多重PCR技术和SNaPshot分型方法建立SNP复合分型检测体系,并在尾叶桉和细叶桉作图群体的两亲本和6个F₁子代,以及16个国内常用的桉树无性系中进行分型检测。【结果】共设计合成12对SNP引物,分为3组(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ)建立了SNP复合分型检测体系,SNP分型情况与测序结果一致。对桉树作图群体的两个亲本和6个F₁子代的分型结果进行统计,发现12个SNP标记在6个子代中均发生了分离; 对桉树无性系进行多态性的分析,期望杂合度(H_e)为0.11～0.51、观测杂合度(H_o)为0.11～0.56,多态性信息含量(PIC)为0.10～0.37,表现为中度或低度多态性。【结论】利用多重PCR和SNaPshot技术可以快速地对桉树进行基因分型,其结果准确可靠,可以用于桉树遗传图谱的构建以及桉树无性系的鉴定等方面研究。     

新疆3个地方品种绵羊微卫星遗传分析

利用10个微卫星标记对新疆北疆地区3个品种绵羊品种遗传多样性进行了检测。统计了各品种的等位基因组成、平均有效等位基因数(E)和平均基因纯合率(Ph),利用等位基因频率计算出各品种的平均遗传杂合度(h)、多态信息含量(PIC)和品种间的遗传距离。结果表明：10个微卫星位点在3个绵羊品种中的多态信息含量除BM1824、MAF65、OarAE101、OarFCB48为低、中度多态外,其余6个微卫星均为高度多态,可作为有效的遗传标记用于绵羊品种之间遗传多样性和系统发生关系的分析;各品种绵羊总的平均PIC、h和E均低于、Rh高于国外其他品种的绵羊,其基因多态性和遗传多样性相对贫乏;各品种的分子系统发生关系与其来源、育成史、分化及地理分布基本一致。     

我国药用价值地方鸡种的遗传多样性研究

通过选用30个多态性较好的微卫星标记,检测了9个药用价值地方鸡品种:郧阳白羽乌鸡、乌蒙乌骨鸡、盐津乌骨鸡、腾冲雪鸡、余干乌骨鸡、兴文乌骨鸡、石棉草科鸡、沐川乌骨鸡、泸宁鸡的遗传多样性。利用等位基因频率计算各群体平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和群体间的遗传距离(Ds)。结果表明:30个微卫星位点中有24个微卫星位点在9个鸡群体中PIC均为高度多态,可作为有效遗传标记用于各鸡品种的遗传多样性和系统发生关系的分析。在9个品种中,杂合度最低的是郧阳白羽乌鸡,为0.640;杂合度最高的是腾冲雪鸡,为0.690。因此药用价值地方品种鸡的H都偏高,据分析可能是这些药用价值地方品种鸡都产于交通闭塞的山区,形成了家禽品种的多种多型,而且杂合度的高低与PIC值的大小体现了较高的一致性;对Ds的计算表明:体格较大的泸宁鸡与萁它品种距离较远;用UPGMA法进行聚类分析,结果9个鸡品种被聚为3类:郧阳白羽乌鸡、沐川乌骨鸡、盐津乌骨鸡和腾冲雪鸡聚为一类;余干乌骨鸡、兴文乌骨鸡、乌蒙乌骨鸡和石棉草科鸡聚为一类;泸宁鸡独自聚为一类。这与几个鸡品种的来源、分化、选育历史及地理分布是一致的。     

大黄鱼群体遗传多样性分析及耐低温性状相关微卫星标记的筛选

耐低温性状是鱼类一种重要的经济性状。为进一步探索大黄鱼耐低温性状,本研究采用13个大黄鱼微卫星标记,以岱衢洋大黄鱼低温耐受组和正常对照组2个F2代群体各50个个体为研究对象,分析了群体耐低温性状的遗传差异。结果显示:13个微卫星标记位点在2个岱衢洋大黄鱼群体中共检测到109个等位基因,观测等位基因85个,平均有效等位基因6.49个,观测杂合度0.89,平均期望杂合度0.85,2个群体的平均多态信息含量值为0.81,全部为高度多态,表明13个微卫星位点在所选育的岱衢洋大黄鱼群体中均表现出较高的多态性,群体的遗传多样性比较丰富,可以作为良好的育种材料。耐低温性状相关微卫星标记的研究显示,标记LYC0015在两组样品中共扩增出5个等位基因(片段大小分别为112、110、108、106和104 bp),其中LYC0015112bp等位基因在低温耐受组的出现频率达48%,而在正常对照组中的频率为零,表明该等位基因对岱衢洋大黄鱼温度特性较为敏感,可能与某种耐低温基因存在一定的连锁关系,这一结果可以岱衢洋大黄鱼今后耐低温群体的选育研究提供基础资料。     

新疆7个绵羊品种MHC区段微卫星遗传多样性的分析

为分析新疆北疆地区主要绵羊品种的遗传多样性和系统发生关系,利用SSR Hunter软件寻找5个微卫星标记,采用PCR扩增,1%琼脂糖凝胶电泳,对新疆7个品种绵羊群体遗传多样性进行了检测分析,统计了各群体的等位基因组成、平均有效等位基因数和平均基因纯合率,利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度、多态信息含量和群体间的遗传距离。结果显示新疆7个绵羊群体共发现28个等位基因,实验证明在5个微卫星位点的平均多态信息含量为0.5569~0.7335,平均杂合度为0.6208~0.7437,有效等位基因数为2.7118~4.4203,均属于高度多态性位点。聚类分析和主成分分析结果与其起源、育成历史及地理分布基本一致。这5个位点作为与生产性能相关的遗传标记较为理想。     

杉木EST-SSR与基因组SSR引物开发

利用已经公布的杉木444条EST序列和未公布的杉木基因组文库中1 142条基因序列,进行引物开发效率的比较。去冗余后,利用MISA 搜索SSR 位点,分别得到109个和39个含有SSR的 位点。杉木EST序列中SSR分布密度为964.58个/Mbp,基因组中平均每Mbp出现1 037.24个SSR。在两个独立来源的数据库序列中,六核苷酸重复均为最多的重复类型,且AT-rich的重复类型占较大比例。AGC/CTG是杉木EST序列和基因组库中最多的三碱基重复,通过Primer 3.0分别设计出SSR引物95对和37对。为考察设计引物在杉木不同种源(群体)中的有效性,取12个种源(个体)的优良个体, 利用随机抽取的10个EST-SSR和8个gSSR(基因组SSR)进行引物筛选,结果表明:EST-SSR和gSSR各有4对引物在12个种源(个体)中表现出明显的多态性,多态率分别为40%和50%。8对多态性的SSR引物共扩增出 25 个多态性等位位点,平均每个引物产生 3.125 个多态性等位位点,平均有效的等位位点为2.399 5,PIC平均值为0.519 1; Hot平均为0.307 4。其中gSSR标记在检测群体间存在较大的分化,4个gSSR比4个EST-SSR扩增出更多的等位位点数、平均等位位点数,以及更大的PIC值。     

美洲黑杨种质材料倍性鉴定

【目的】对美洲黑杨种质资源库保存的种质材料进行倍性评估,并对候选多倍体进行倍性鉴定。【方法】利用9对用于多倍体鉴定的SSR引物检测448份美洲黑杨种质材料,根据每个引物扩增位点的等位基因数目对种质材料的倍性进行评估,基于初步鉴定结果筛选出候选多倍体材料。在此基础上,使用流式细胞仪(FCM)对候选多倍体种质材料的倍性进行鉴定。【结果】分子标记基因型分型统计结果显示,9个SSR位点共扩增出129条多态性条带,每个位点的等位基因数为5(Ploidp-10)~25(Ploidp-07)个,平均每个位点的等位基因数为14.33个。9个SSR位点的多态性信息含量(PIC)变动范围为0.46~0.93,平均PIC值为0.76。在检测的448份美洲黑杨种质材料中,440份美洲黑杨种质材料在9个引物位点上扩增出的等位基因数不多于2个;有8份种质材料在2个引物位点上扩增出了3个不同的等位基因,其中编号为1346、16-42、17-49、18-25的4份种质材料在Ploidp-02引物位点扩增出了3个等位基因,而编号为5-43、5-45、15-14、19-37的另外4份种质材料在Ploidp-04引物位点上也扩增出了3个等位基因。分子检测结果表明:该8份种质材料在对应的染色体区域发生了遗传物质增加现象,为候选三倍体种质材料。用FCM对8份三倍体候选种质材料进行倍性鉴定发现,编号为1346的种质材料为三倍体,其余7份种质材料疑似为发生局部染色片段增加的候选非整倍体。【结论】9对SSR分子标记均具有较高的多态性信息含量,可用于美洲黑杨种质资源多倍体初步筛选,结合FCM检测,可在大量样品中快速筛选出多倍体种质材料。