簸箕柳SPL基因家族分析

【目的】确定SPL基因家族在不同物种之间的选择性保留和丢失情况,为后续研究被子植物花发育提供参考。【方法】通过在拟南芥(Arabidopsis thaliana)、毛果杨(Populus trichocarpa)、簸箕柳(Salix suchowensis)、葡萄(Vitis vinifera)、番木瓜(Carica papaya)、水稻(Oryza sativa)6种被子植物基因组中查找SPL结构域,寻找6个物种的SPL同源序列。对所找到的SPL序列进行BLASTN比对鉴定同源基因类型。使用自编Perl脚本结合KaKs_Calculator计算SPL同源基因的非同义突变(K_a)以及同义突变(K_s)值,采用共线性分析确定该基因家族的复制和扩张方式。【结果】在6种被子植物基因组中,共发现120个SPL基因。根据种内和种间旁系同源、直系同源基因以及这些同源基因选择压的计算显示:杨柳科SPL同源基因最多,共有旁系同源基因24对,直系同源基因50对; 番木瓜没有旁系同源基因。6个物种中,木本植物比草本植物直系同源基因更多,双子叶植物比单子叶植物直系同源基因更多; 所有旁系同源和直系同源基因的K_a/K_s值均小于1。系统发育树的分析结果与基因同源性分析基本吻合,证明了这两种分析方法具有较高的可靠性。此次研究选取了簸箕柳同一植株上开花和不开花的枝条进行了转录组测序分析,差异表达分析发现了1个SPL基因(willow_GLEAN_10025160)在两种枝条的转录组中表达差异显著(P≤0.01),其在开花枝条中的表达量显著高于未开花枝条,该基因被选为SPL基因家族中参与簸箕柳开花调控的候选基因。【结论】通过对6个物种SPL基因家族的分析,发现6个物种中所有直系同源和旁系同源基因都经历了纯化选择(K_a/K_s<1),基因功能保守。这6个物种除了经历过全基因组复制事件,还发生过大规模的基因丢失或者通过其他方式产生的基因扩张,阐明了它们在进化历史上的复制事件及SPL基因在不同物种中的选择性保留与丢失情况,为进一步研究其在调控簸箕柳开花中的作用提供了有力证据。     

《文山师范高等专科学校学报》2008年总目次

文化研究从共同的易学理念看人类文明同源———人类文明同源研究之一黄懿陆(2·1)特稿广南县牡宜木椁墓与句町古国杨帆曾跃明(3·1)从共同的易学表现形式看人类文明同源———人类文明同源研究之二黄懿陆(3·10)从共同的文字符号看人类文明同源———人类文明同源研究之三黄懿     

面向同源蛋白质探测的一种新型混合深度学习模型

根据蛋白质氨基酸链探测其同源蛋白质,进而预测蛋白质的功能,是生物信息学研究领域的一个重要挑战,也是众多生物医学研究领域的基础研究内容,有着重要的科研价值和广泛的应用需求。其研究难点在于:(1)如何学习对同源蛋白质预测有效、有用的蛋白质特征信息;(2)如何更好地运用蛋白质特征信息,实现同源蛋白质的探测与识别。为了解决同源蛋白质探测与识别研究中的关键难点,本文提出一种基于混合深度学习架构的同源蛋白质探测与识别模型(HDLM-PHP)。通过采用统一的"管道式"深度学习架构,将蛋白质特征学习和探测识别统一为一个整体,提高同源蛋白质探测与识别的效能。采用多组并行的深度卷积神经网络,学习蛋白质的各种属性信息,以期获得丰富的待检测蛋白质和靶蛋白质的高级相关性特征,并通过全连接方式使用多层RBM结构融合和精炼这些相关性特征为全局相关性特征。通过统一的深度网络连接方式,以探测和识别任务为导向,学习到对于同源蛋白质预测最有效、最全面的蛋白质特征信息。在标准数据集SCOPe上,对所提模型进行性能与效率评测,结果表明:本文提出的模型能有效地学习到符合任务导向的蛋白质特征数据,提升同源蛋白质探测与识别的准确度和召回率,优于现有的模型和算法。     

同源重组法敲除酵母snoRNA基因的初步探讨

以3个粟酒裂殖酵母核仁小RNA为对象,通过同源重组法构建相应的基因缺失株,并对影响同源重组效率的因素进行分析.结果显示:载体骨架的切除可以显著提高同源重组效率;增加两侧同源片段的长度也能提高同源重组效率;另外,利用粟酒裂殖酵母野生型单倍体菌株进行snoRNA 基因敲除是可行的.     

水稻中ACOS5同源基因在小穗中的表达分析

ACOS5是控制拟南芥雄性育的关键基因之一,它也是编码花粉素合成必需的酶.利用氨基酸同源序列分析,在数据库中检索与拟南芥ACOS5同源性较高的植物同源蛋白.将检索出的水稻中同源氨基酸序列与ACOS5进行比对,两者一致性为64%.并且通过同源蛋白系统发生分析,两者在进化上关系也较为密切.根据水稻中同源蛋白基因组序列设计引物,进行低温处理下该基因在小花发育各时期的表达量分析.半定量RT-PCR显示,在水稻小孢子母细胞形成期其表达量较低,而当小孢子开始减数分裂时,表达量急剧增高.在这两个时期,低温(20℃)会诱导OsACOSmRNA积累增加;但当处于小孢子形成阶段时,低温下积累量却呈现相反的降低趋势.这说明环境温度显著影响水稻中ACOS5同源基因的转录表达,而这种影响与小花发育时期有关,提示水稻ACOS基因可能参与环境温度调控水稻雄性育性的过程.     

鳔和肺是否为同源器官?

(一)問題的提出根据馬特維也夫著动物学教程中譯本下卷第一分冊104頁講:“鰾与肺都是咽的后部突出而發生的,并且显然与最后一个鰓囊同源,但是肺和鰾彼此却不同源,因为肺是鰓囊的腹部形成的,而鰾則是它的背部形成的。”但是,在其他教本上,如初中动物学教本講,鰾变成肺。又在一般比較解剖学教本上,都提到肺是由魚类的鳔發展而来。     

广西典型药食同源植物开发利用价值的综合评价

为筛选出适合广西推广种植的典型药食同源植物品种，对51种典型药食同源植物的开发利用价值进行综合评价。实验运用层次分析法确定评价指标，建立药食同源植物综合评价模型，然后计算食用价值、药用价值、抗性及引种难易等指标的权重，按照评价标准对51种典型药食同源植物进行排序并划分等级。评价结果表明，51种典型药食同源植物分为4个等级：Ⅰ级(分值≥2.5)为最适宜推广种植的典型药食同源植物，共15种；Ⅱ级(2.3≤分值<2.5)为比较适宜推广种植的典型药食同源植物，共15种；Ⅲ级(2.0≤分值<2.3)为一般适宜推广种植的典型药食同源植物，共20种；Ⅳ级(分值<2.0)为推广种植受限的典型药食同源植物，共1种。综合考量，金银花Lonicera japonica Thunb.、金槐Sophora japonica‘Jinhuai’、八角Illicium verum Hook.f.、山银花Lonicera hypoglauca Miq.、佛手Citrus medica‘Fingered’、葛根Pueraria edulis Pampan.、罗汉果Siraitia grosvenorii...     

基于多重长PCR靶向捕获测序技术的高同源SNP鉴定

为建立一种高同源区段的单核苷酸多态性(SNP)基因分型技术,通过构建本地Blast对SNP所在的200和400 bp区段进行同源性评估,并筛选出高同源区段的SNP。利用第一轮多重长PCR(polymerase chain reaction)捕获329个样本的9个高同源区段SNP所在的长片段,使用纯化后的第一轮PCR产物作为模板进行扩增子建库测序,检测样本共得2 928个SNP位点信息,测序成功率高达98.885 6%。利用Hardy-Weinberg(HWE)法则计算试验研究的9个高同源区段SNP位点的基因频率(p值均大于0.05,符合HWE法则),并与NCBI(national center for biotechnology information)中千人基因组数据库中获取的基因频率相比对,发现二者单碱基基因频率一致(误差限<0.15)。研究表明,利用多重长PCR靶向捕获技术结合二代测序技术为高同源区段的SNP分型提供一个准确、快速、大样本检测方案。     

甘蓝抗病基因同源序列分离的初步研究

根据已分离植物抗病基因N(烟草)、RPS2(拟南芥)和L6(亚麻)的保守区域设计简并引物,从抗TuMV甘蓝材料84075第1链cDNA中扩增出1个与植物抗病基因同源的序列,经克隆测序结果表明,该基因片段与许多NBS类抗病基因同源,Southem杂交分析表明甘蓝抗病基因同源序列在基因组中以多基因家族的形式存在.     

客家话的"(女哀)姐"及与其相关的同源词

《现代汉语词典》认为“娭毑”是汉语方言,它有两个意义:一是指称祖母;一是尊称老年妇女。综合各地汉语方言以及苗、瑶、畲、壮侗语的情况来看,“娭毑”有如下几种意义:称呼母亲;称呼祖母;称呼外祖母;对祖母辈的妇女的尊称;族人对外婆的尊称。“娭毑”主要在湘方言中使用;“(女哀)姐”主要在客家话中使用。就“娭毑”、“(女哀)姐”和“依呀”而言,至少可以说客家方言与湘方言、畲语、苗语、瑶语、壮侗语同源。     

供体同源臂长度对ZFN介导的同源重组效率的影响

应用锌指核酸酶(Zinc Finger Nuclease,ZFN)和序列同源的供体(Donor)作为模板,借助DNA的同源重组修复机制能够对动物基因组实现精确的遗传修饰。目前关于供体长度与ZFN介导的同源重组修复效率相关性的报道相对较少。本研究构建了一对靶向EGFP的ZFN并鉴定了活性,同时设计了一系列不同长度的供体,应用流式细胞分析术,在稳定整合了带有移码突变的EGFP基因的CHO细胞中系统分析了供体长度对ZFN介导的同源重组修复效率的影响。结果发现当同源臂单臂仅有50 bp时,即可有效支持ZFN介导的同源同组,随着同源臂长度的延伸,同源重组的效率有所提高,但要实现高效率的同源重组(较传统方法提高104倍),同源臂单臂长度需要延长至1 000 bp以上。这为今后如何设计合适的Donor,以提高ZFN等基因组编辑工具介导的同源重组效率提供了借鉴。     

用CRISPR/Cas9系统构建原位表达dXPR1-GFP的果蝇品系

XPR1是最近鉴定出的一个原发性家族性脑钙化症(primary familial brian calcification,PFBC)的致病基因,它在果蝇体内的同源基因是CG10483(dXPR1).使用CRISPR/Cas9系统,构建原位表达dXPR1-GFP的果蝇品系,在CG10483终止密码子之前插入绿色荧光蛋白(green fluorescent protein,GFP)的编码序列,使果蝇表达dXPR1-GFP融合蛋白.该融合蛋白既可以被CG10483编码蛋白的抗体和GFP的抗体识别又能在激发光下发出绿色荧光,能为dXPR1编码蛋白提供准确的定位,从而为研究XPR1基因的功能提供方便.     

冠状病毒主蛋白酶及其化学抑制剂研究进展

一个新的冠状病毒已经被鉴定为急性呼吸道综合症(SARS)的病原体,控制该病毒复制复合体活性的主蛋白酶(Mpro或3CLpro)将很可能成为开发针对SARS特效治疗药物的靶位点.综述了人冠状病毒株229E(HCoV 229E)和一种在猪体内引发传染性胃肠炎的病毒(TGEV)的Mpro的晶体结构以及以此为基础构建的SARS冠状病毒(SARS-CoV)同源蛋白酶的空间结构模型.通过对这些同源蛋白酶的结构及其与已知的蛋白酶化学抑制剂的结合特征进行分析后发现Mpro的底物结合位点具有惊人的保守性,这种保守性也被重组SARS-CoV Mpro能介导的TGEV Mpro的底物剪切实验所进一步证实.分子模型表明已有的鼻病毒3Cpro抑制剂经过改进后或许能用于SARS的治疗.     

酵母中青蒿素作用靶点的探索

为了验证前人提出的青蒿素在疟原虫中靶点蛋白的可信性并寻找其直接作用的靶点,用酵母作为模式生物,对候选靶点在酵母中的同源蛋白进行基因改造,研究其对青蒿素抑制作用的影响,并利用与琼脂糖偶联的二氢青蒿素(DHA)寻找与之特异性紧密结合的酵母蛋白.研究发现酵母中的同源蛋白似乎没有在青蒿素抑制中起关健作用; 并且未找到能与DHA特异性紧密结合的酵母蛋白.结果表明: 过去提出的青蒿素作用靶点可能不正确,并暗示青蒿素可能没有特异专一的蛋白靶点或同时作用于多个靶点.     

麻疯树干旱诱导差异表达基因片段的分离与功能分析

运用mRNA差异显示技术(DDRT-PCR),并结合反向Northern杂交筛选麻疯树(Jatropha.curcus)干旱胁迫下差异表达基因,最终从麻疯树叶片中分离出8条干旱胁迫诱导下表达上调的差异片段.经克隆、测序和基因信息分析后发现其中4个片段与GenBank中已知序列有较高同源性.对这4个差异表达片段的序列分析表明:JcDD-3和JcDD-13分别与1-磷酸-肌醇合成酶(MIPS)基因及甜菜碱醛脱氢酶(BADH)基因序列有较高同源性;JcDD-16与白杨中度抗旱叶片中提取的表达序列标签(CU230383)核酸序列同源;JcDD-25与植物富含亮氨酸重复序列型类受体蛋白激酶(LRR-RLK)基因序列同源.     

水稻半胱氨酸蛋白酶抑制剂cDNA的克隆和序列分析比较

应用PCR技术,首次从我国水稻品种中作8604的未成熟种子中,特异地扩增并克隆测序了半胱氨酸蛋白酶抑制剂的cDNA。它共有430个核苷酸,编码102个氨基酸,序列分析表明,本文克隆的水稻半胱氨酸蛋白酶抑制剂的cDNA与水稻其他品种的同类基因的同源率均为100％;与水稻不同类型的半胱氨酸蛋白酶抑制剂的同源率为61.8％;与玉米、大豆、马铃薯和紫藤同类基因的氨基酸同源率分别为66.0％、51.1％、45.9％和46.9％;与动物的同类基因相比,也有较高的同源性。     

3BP2的SH2结构域的晶体结构和与来源于FRS2的肽的复合物的晶体结构

3BP2最初被作为一个Abl SH3结合蛋白被分离,但是其功能并不确定。除了富含脯氨酸区域和间接与SH3结合外,3BP2还有一个PH和Src同源区2结构域(SH2)。 Src同源区2结构域(SH2)是一个很大的家族,它们通过人体基因组编码的模块间的相互作用来识别酪氨酸磷酸化序列,由此在细胞信号转导和控制中发挥中心作用。肽基可以被SH2识别从而形成一种复合物.这篇文章的内容是关于3BP2的SH2结构域的晶体结构和与来源于FRS2的肽的复合物的晶体结构。依照表面电荷性质,这个结合袋的特异性是半极性半中性的。这个结构的特点明显的表现在,对于亲和性来说,Glu(p+1)比Ala (p+1) 或 Val (p+1)更为重要。     

先天性巨结肠和巨结肠同源病的TH免疫组织化学研究

目的 了解酪氨酸羟化酶(Tyrosine hydroxylase, TH)在先天性巨结肠(Hirschsprung's disease,HD)和巨结肠同源病(allied Hirschsprung's disorder,HAD)肠组织中的表达,观察TH与先天性巨结肠及其同源病的相互关系,进一步探讨两种疾病的发病机制.方法 用鼠抗人TH单克隆抗体通过免疫组化法对15例先天性巨结肠,11例巨结肠同源病肠组织TH 的表达进行研究,10例正常结肠组织作对照.结果 结肠狭窄段肌间神经丛和黏膜下神经丛TH阳性纤维在HD、HAD和对照组三者间两两比较均有统计学意义(P < 0.01).结论 TH可能与HD和HAD的发病机制均有关;TH在HD和HAD间的差异表达提示,HD和HAD的发病原因可能不同.     

铸源直销新征程

正从最初的野蛮生长到如今的渐进式规范,经过几年时间的蛰伏,如今,铸源迎来了直销新征程。2014年10月22日,天津铸源健康科技集团有限公司(以下简称铸源)发布直销申明,大多数行业人士开始以新进入者的身份审视这家企业。事实上,铸源并非行业新兵,相反,它已经在行业蛰伏多年。只不过,此前它是以天津同源堂的身份开展运营。早在2008年,天津同源堂便在沈阳起盘,向市场     

柑桔种子贮藏蛋白基因部分序列的克隆

应用染色体步移技术从柑桔优良品种锦橙(Citrus sinensis cv．Jincheng)的总DNA中获得一条长度为2054bp的片段．序列分析结果表明，该片段含有柑桔种子贮藏蛋白基因(citrin)的5’端部分序列，并且它与同一物种的伏令夏橙(C．sinensis cv．Valencia)的citrin是高度同源的．从而证明，已克隆并获得了锦橙种子贮藏蛋白基因的部分序列．