正交设计优化太子参ISSR-PCR反应体系

利用正交设计实验对影响太子参ISSR-PCR扩增的重要因素(d NTPs、引物、Taq酶、模板DNA浓度)进行优化,以建立太子参ISSR-PCR的优化反应的最佳体系,25μL反应体系中包含d NTPs300μmol/L,引物500nmol/L,Taq酶1U及模板DNA 50ng.适宜的扩增程序为94℃预变性5min;94℃变性40s,46℃退火45s,72℃延伸2min,41次循环;最后于72℃延伸7min,4℃进行保存.该正交体系的建立,将为太子参种质资源鉴定及遗传多样性的研究提供技术支持.     

山药基因组DNA的提取和RAPD反应条件的优化

研究了山药基因组DNA的提取方法;对Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度和Taq酶用量进行了优化,建立了最佳的RAPD反应体系:在25μL反应体系中Mg2+浓度为2.0 mmol.L-1,dNTPs浓度为0.25 mmol.L-1,引物浓度为20 pmol.L-1,Taq酶1.5 U,模板DNA为200 ng.扩增程序为:95℃预变性7 min;94℃变性30 s,36℃退火45 s,72℃延伸2 min,共35个循环;72℃终延伸10 min.     

柚ISSR-PCR反应体系的建立与优化

以柚类种质资源为材料,对影响其ISSR-PCR反应结果的模板浓度、Taq酶浓度、dNTPs浓度、引物浓度、循环次数进行了探讨.结果表明,25μL的反应体系为：20-80ng的DNA,0.2mMdNTPs,2.0mM MgCl2,1μM引物,1.5UTaq酶.PCR扩增程序为：94℃预变性4min,94℃变性40sec,48-58℃（视引物而定）1min,72℃延伸2min,35个循环,72℃延伸7min.     

海南普通野生稻ISSR-PCR反应体系的优化

通过不同浓度的Mg2+、模板DNA、dNTPs、Taq酶、引物、退火温度和循环次数的单因素试验,筛选海南普通野生稻最佳ISSR-PCR反应体系为:15μl反应体系中含2.0 mmol/L MgCl2,50 ng模板DNA,200μmol/L dNTPs,1.20 U Taq酶,1.5μmol/L ISSR引物,50 mmol/L KCl 10 mmol/L Tris-HCl(pH8.3).反应程序:94℃预变性5 min;94℃,1 min,52℃,1 min,72℃,2 min,35个循环;72℃延伸10min,4℃保存.     

赤松ISSR-PCR反应体系的建立与优化

为了建立赤松ISSR-PCR反应体系,利用正交试验分别对影响赤松PCR反应的dNTP浓度、Mg~(2+)浓度、Taq酶浓度、引物浓度、模板浓度进行了优化,并通过梯度PCR确定引物的最佳退火温度和循环次数.最终确定赤松ISSR-PCR最佳反应体系及扩增条件为:25μL反应体系中含2.5μL 10×PCR Buffer、3 mmol·L~(-1)dNTP、1.5 mmol·L~(-1)Mg~(2+)、0.5 U Taq酶、0.3μmol·L~(-1)引物、9 ng模板;扩增程序为:94℃预变性5 min,然后进行94℃变性30 s,55℃退火45 s(退火温度随引物不同而变化),72℃延伸2 min,35个循环,最后72℃延伸7 min.这一ISSR-PCR反应体系,为今后利用ISSR技术对赤松进行物种分类鉴定奠定了基础.     

干用辣椒RAPD—PCR反应体系正交优化的研究

以干用辣椒幼苗为材料,研究了干用辣椒RAPD分析过程中的Taq酶、Mg^2＋,dNTPs、引物、模板DNA浓度、退火温度等影响因素,建立适合干用辣椒RAPD反应的PCR体系,即25μL反应体系中含有解体Taq酶1．5U、Mg^2＋2．5mmol／L,dNTPs0．6mmol／L、引物0．8μmol／L、模板DNA60ng．扩增程序为：94℃预变性4min;94℃变性1min,37℃退火1min,72％延伸1．5min,40个循环;最后72℃副延伸5min．     

流苏石斛ISSR-PCR反应体系的优化

以流苏石斛为材料,对影响ISSR-PCR扩增结果的因素进行了探讨,建立了适合流苏石斛ISSR-PCR分析的最佳反应体系.在20μL反应体系中含1×buffer,2.0 mmol/L Mg2+,1.0 mmol/L dNTP s,1.0μmol/L引物,0.5 UTaqDNA聚合酶,10 ng模板DNA.扩增程序为:94℃预变性5 min;94℃变性45 s,50℃退火45 s,72℃延伸45 s,共35个循环;最后72℃延伸7 min.     

粗壮女贞RAPD-PCR实验体系优化的研究

以粗壮女贞嫩芽为材料,对粗壮女贞RAPD分析中一些重要影响因素,包括模板DNA浓度、dNTPs浓度、Mg2 浓度、Taq酶用量、退火温度、延伸时间以及循环次数等因子进行了比较系统的摸索和优化.建立了适合粗壮女贞RAP-PCRD分析的优化反应体系:即25μl 反应体系中Mg2 浓度为2.5mM,dNTPs浓度为200μM,Taq酶用量为2.0U,引物浓度为10pmol,模板浓度为80ng.PCR扩增程序为:94℃预变性4min,然后按94℃变性30s,37℃退火45s,72℃延伸120s,进行40个循环,最后于72℃延伸10min.以该优化的RAPD条件进行重复实验,其实验结果重现性良好.     

均匀设计优化黑木相思ISSR-PCR体系

采用均匀设计,对影响黑木相思ISSR-PCR体系的引物、Mg2 、dNTP、Taq DNA聚合酶和模板DNA浓度等进行5因素5水平和5因素3水平两轮优化,建立了适合于黑木相思ISSR-PCR的体系:在20μL反应体系中,含引物0.30μmol.L-1,Mg2 3.00 mmol.L-1,dNTP 0.15 mmol.L-1,Taq DNA聚合酶0.75U,模板DNA 2.00 ng.μL-1.在此基础上对扩增程序中的循环次数、退火温度、退火时间进行筛选,获得的扩增程序为:94℃预变性5 min;接着进行33个循环:94℃变性35 s,52~61.5℃退火52 s,72℃延伸90 s;循环结束后,72℃延伸10 min.同时筛选得到10个扩增稳定、多态性丰富的ISSR引物.     

濒危植物长柄双花木ISSR-PCR反应体系的优化

采用改进的CTAB法提取长柄双花木(Disanthus cercidifoliusvar.longipes)基因组DNA,并以此DNA为模板,对ISSR-PCR的反应体系进行了优化,建立了适合长柄双花木ISSR-PCR的反应体系和程序,即20μL的反应体系中,含模板DNA20 ng,Mg2+2.0 mmol.L-1,引物0.25μmol.L-1,dNTPs 0.20 mmol.L-1,TaqDNA聚合酶1.0 U;扩增程序:94℃预变性5 min,94℃变性30 s,48~54℃复性45 s;72℃延伸90 s;共36个循环;循环结束后,72℃延伸7 min.本研究为利用这一分子标记对长柄双花木进行遗传多样性分析奠定了基础.     

阔叶十大功劳ISSR-PCR反应体系的建立与优化

采用单因子试验和正交设计方法,对影响阔叶十大功劳ISSR-PCR反应体系的引物、Taq DNA聚合酶、dNTPs、模板DNA及退火温度5个因素进行优化,为探讨阔叶十大功劳种质遗传多样性奠定基础.结果表明:阔叶十大功劳ISSR-PCR的最佳反应体系为:在20μL反应体系中,0.5μmol/L引物、0.5UTaq酶、150μmol/L dNTPs和20ng模板DNA.在最佳反应条件下,从80条引物中筛选出15条扩增稳定、多态性丰富的ISSR引物,并经过9份阔叶十大功劳种质检验,证明该体系具有扩增条带清晰、稳定、重复性好等优点.综上所述,本文所建立的ISSR-PCR反应体系可用于阔叶十大功劳的种质鉴定及遗传多样性分析.     

欧洲甜樱桃RAPD反应体系的建立与优化

以欧洲甜樱桃萨米托品种为研究对象,利用改进的CTAB法提取基因组DNA,并通过单因素多水平梯度试验,筛选了模板、Mg2＋、TaqE、dNTPs和随机引物的浓度及用量,建立了欧洲甜樱桃RAPD技术扩增体系．研究结果表明,在25出反应体系中,各组分最佳的浓度分别为：10×Buffer2．5μl,2．5mmol·L^-1Mg2＋2．5μl,Taq E0．06U·μl^-1,0．2mmol·L^-1dNTPs,0．2μmol·L^-1Primer,模板DNAl．2ng·μl^-1．PCR循环程序为：94℃预变性4min。94℃变性40s,36℃退火45s,72℃延伸1min,共36个循环,最后72℃延伸7min．     

长蛸ISSR-PCR优化反应体系的建立及优化研究

以长蛸DNA为模板,利用单因子试验分别对影响长蛸ISSR-PCR反应的DNA浓度、Taq DNA聚合酶、Mg2+、dNTPs和引物的浓度进行了优化,并通过梯度PCR确定最适退火温度,最终确定长蛸最佳反应体系和PCR扩增程序为:25μL体系,其中包括Taq DNA聚合酶1.5 U,Mg2+2 mmol/L,dNTPs 0.15 mmol/L,引物0.4μmol/L,DNA模板量约50 ng确立退火温度为52℃。利用所建立的ISSR-PCR反应体系,通过对24份野生长蛸样本的检验,获得了清晰、重复性好、多态性高的条带,研究结果对于把ISSR标记技术引入研究长蛸不同地理群体遗传多样性和遗传结构具有重要意义。     

利用正交设计优化一品红SRAP反应体系

运用L16（4^5）正交设计对影响一品红SRAP反应的5个因素（DNA模板浓度、M矿’浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq酶）在4个水平上进行优化试验,PCR结果采用DPSV3．01软件分析。结果表明,各因素对SRAP反应的影响依次为：Mg2＋〉引物〉dNTPs〉DNA模板〉Taq酶;一品红SRAP反应最佳体系为：50μL的PCR体系中含有Mg2＋ 2．5mmol·L-1．引物500pmol·L-IdNTPs 0．20mmol·L-1．DNA模板100ng、Taq酶1．0U;应用最佳反应体系对PCR程序中的退火温度进行优化,得出SRAP—PCR反应适宜的第一步退火温度为36℃,第二步退火温度为50℃。     

仁用杏SRAP-PCR体系的正交设计优化

改良CTAB法提取仁用杏基因组DNA,用于建立SRAP-PCR体系。采用L16（44）正交设计试验,对影响仁用杏SRAP-PCR反应体系的4因素（dNTPs浓度、Mg^2＋浓度、引物浓度、Taq聚合酶量）4水平进行筛选,PCR结果经统计软件SPSS V13.0分析,并对退火温度进行了摸索,确立了仁用杏SRAP-PCR的优化体系：总体积为20 L,dNTPs浓度为0.2 mmol/L,Mg^2＋浓度为2.5mmol/L,引物浓度为0.9μmol/L,Taq聚合酶量为1.5 U,退火温度为52℃。本优化体系为仁用杏资源遗传分析奠定了技术基础。     

中国鲎微卫星引物扩增圆尾鲎DNA的PCR反应体系优化

采用正交设计法,从dNTPs浓度、引物浓度、Mg2+浓度、Taq DNA聚合酶用量4个因素3个水平出发,优化设计圆尾鲎DNA的PCR反应体系(引物为中国鲎微卫星引物).并采用直观分析方法分析正交试验结果,最终建立了圆尾鲎SSR-PCR最佳反应体系:总体积20μL,Taq DNA聚合酶1.5 U、dNTPs 0.16 mmol/L、引物0.2μmol/L、Mg2+2.0 mmol/L;并通过PCR梯度实验进一步优化模板DNA质量浓度、退火温度及退火时间,获得最佳反应条件:模板DNA质量浓度为30 ng/μL,退火温度为48℃,退火时间为20～25 s.对最佳反应体系和反应条件进行了检验,结果显示该反应体系稳定性高、重复性好.     

极度濒危植物猪血木RAPD反应体系的优化

采用改进的CTAB法提取中国特有极度濒危植物猪血木(Euryodendron excelsum H.T.Chang) 嫩叶总DNA,并对其进行RAPD分析.分别检测了模板DNA、引物、dNTP、Mg2+和Taq DNA聚合酶用量对反应结果的影响.筛选并建立了适合于猪血木RAPD扩增的反应体系:总体积25 μL,其中10×PCR 缓冲液(500 mmol/L KCl,100 mmol/L Tris-HCl,110% Triton X-100,20 mmol/L MgCl2) 2.5 μL,引物( 1.5 μmol/L) 0.3 μL,dNTPs (10 mmol/L) 0.5 μL,模板2 μL (25 ng),Taq 酶0.2 μL (0.5 U).