两个新的粟酒裂殖酵母box H/ACA snoRNA的鉴定、功能分析及进化意义

通过构建粟酒裂殖酵母核小分子RNA的cDNA文库,发现并鉴定了两个新的非编码RNA,分别命名为Sp15-70和Sp18-61.生物信息学分析揭示这两个RNA均具有典型的box H/ACA snoRNA二级结构特征和与rRNA互补的配对区,推测Sp15-70具有指导25S rRNA中U2401和U2298假尿嘧啶修饰的功能;Sp18-61具有指导18S rRNA中U208和25S rRNA中U2341假尿嘧啶修饰的功能.采用CMC-引物延伸法证实:在粟酒裂殖酵母rRNA中,这4个预测位点确实为假尿嘧啶修饰核苷酸.Sp15-70和Sp18-61均由单拷贝基因编码,分别位于粟酒裂殖酵母染色体工和Ⅲ上蛋白质基因的间隔区,在其5'端上游均发现了典型的TATA box元件,表明它们都是独立转录的基因.比较分析这两个snoRNA在不同生物中的功能性同源分子,发现snoRNA基因在进化的过程中发生了广泛的分子重组和转位.     

基于表达序列标签的萝卜ACA36基因簇鉴定

利用国际公用的表达序列标签（EST）数据库资源,运用生物信息学分析方法,在萝卜（Raphanus sativus）一条表达序列标签中发现一个新的snoRNA基因簇。此基因簇含有一个box H/ACA snoRNA基因和两个box C/D snoRNA基因,分别命名为RsACA36、RssnoR66和RsSNORD88。ACA36可形成典型的box H/ACA snoRNA双茎环二级结构;snoR66和SNORD88都具有典型的C盒与D盒保守元件,末端存在反向互补序列;三个snoRNA都含有能和核糖体RNA互补配对的反向互补序列。RsACA36和RsSNORD88均为在植物中首次发现。基于EST数据库、运用生物信息学方法鉴定snoRNA基因既保留了计算机RNA组学快捷、高效的优点,又使结果因为有了实验支撑而更直接、可信。     

两种相邻分布的水稻U14 BoxC/D snoRNA

通过对酵母U14BoxC/DsnoRNA保守元件的分析,推测出水稻BoxC/DsnoRNA可能具有的保守序列,进而在水稻第二号染色体上找到可能编码两种BoxC/DsnoRNA的序列.这两个BoxC/DsnoRNA在染色体上相邻分布,具有典型的BoxC和BoxD序列,末端形成茎环结构,这也是BoxC/DsnoRNA一个显著的特点.它们含有一段相同的“引导”序列,此序列能与水稻18S核糖体RNA(rRNA)第414位到第427位互补配对,这两者可能行使相同的功能:介导此配对区域内rRNA的核糖的甲基化.通过实验证明:(1)水稻18S核糖体RNA的配对区域内的确存在甲基化修饰;(2)这两种BoxC/DsnoRNA存在于水稻细胞中.通过序列同源性比较发现与玉米U14snoRNA有很高的同源性.将这两种在水稻中发现的BoxC/DsnoRNA命名为U14.1snoRNA和U14.2snoRNA.编码这两种BoxC/DsnoRNA的基因已被GenBank收录,其编号为AF332622.     

酵母snR72～78 snoRNA基因簇的研究

通过PCR分析发现Kluyveromyces delphensis中存在与酿酒酵母相似的snR72～78 snoRNA基因簇.对该基因簇进行序列测定并与酿酒酵母比较分析,发现基因簇中各个snoRNA编码区具有一定的保守性,但是基因间隔区却有完全不同的序列,这表明RNaseⅢ对snoRNA前体加工的识别信号存在于各snoRNA基因间隔区的高级结构中.进一步对另外4种酵母进行PCR分析,结果表明snR72～78 snoRNA基因簇是一种保守的基因组织,普遍存在于各种酵母中.     

酵母snoRNA基因簇启动子的比较分析

报道对酿酒酵母ｓｎｏＲＮＡ基因簇启动子序列的研究结果．通过计算机分析,发现酿酒酵母中Ｚ２Ｚ８和ＳｎＲ１９０Ｕ１４ｓｎｏＲＮＡ基因簇有相似的启动子结构．这两个ｓｎｏＲＮＡ基因簇都是由一个上游的启动子负责整个基因簇的转录,产生多个顺反子ｓｎｏＲＮＡ的前体,然后再加工成熟为各个独立的ｓｎｏＲＮＡ．在启动子保守序列ＴＡＴＡｂｏｘ的上游还发现２个ＲＡＰ１序列,表明ｓｎｏＲＮＡ基因簇的表达可以通过ＲＡＰ１元素与核糖体蛋白基因的表达协同调控．这是在ｓｎｏＲＮＡ基因的启动子中首次发现ＲＡＰ１调控元素．对ｓｎｏＲＮＡ基因簇的进化特点也进行了讨论．     

粗糙脉孢菌U3 snoRNA基因的鉴定及其表达和功能分析

通过对粗糙脉孢菌（Neurospora crassa）小RNA的cDNA文库筛选及基因组分析,鉴定了3个U3snoRNA基因,命名为NcU3A、NcU3B和NcU3C,这3个基因表达的U3snoRNA的大小分别为262,270和275nt．同时,Northern杂交还揭示出不同大小的U3snoRNA剪切变体,表明U3 snoRNA的表达存在复杂的转录后加工．粗糙脉孢菌U3snoRNA都具有物种间保守的与18SrRNA配对的功能区;NcU3A及其剪切变体还具有一段过去没有报道的与26SrRNA互补的反义序列,这段反义序列并不指导对应的rRNA位点的甲基化修饰,可能具有rRNA分子伴侣的作用．粗糙脉孢菌U3 snoRNA都是独立转录的基因,每个基因中均包含一个小内含子序列,其插入位点与酵母U3相似,表明它们古老的起源．研究结果对阐明U3 snoRNA的结构进化及功能多样性具有重要意义．     

家蚕新的非编码RNA功能初探

构建了家蚕50～500 nt非编码RNA的cDNA文库,发现了189个新的ncRNA,其中一个小RNA-Bm-86在家蚕幼虫和蛹中的表达量显著高于卵和成虫.利用生物信息学软件对该ncRNA的特性及其与上下游基因的关系进行了深入分析,并利用Northern杂交和半定量RT-PCR技术对该ncRNA与其宿主基因在家蚕不同组织的表达情况进行了研究.结果发现,该ncRNA属于H/ACA box snoRNA家族,是由家蚕eIF5A基因的第二个内含子转录产生的,且在家蚕中没有明显的靶标位点.分析其上下游基因结构发现,在其上游263 bp处存在着一个可能的启动子位点,表明其有独立转录的倾向.进一步分析Bm-86与其宿主基因eIF5A在家蚕不同组织部位的表达情况发现,二者在表达上存在着负相关的关系,且该现象在丝腺中尤其明显.推测Bm-86可能通过影响eIF5A基因的表达参与到家蚕丝腺发育调控过程中.     

Z25，哺乳动物核仁蛋白基因编码的一个新的内含子snoRNA

通过计算机分析和实验鉴定,发现了哺乳动物中一种新的内含子snoRNA． Z25．Z25 snoRNA长为69个核苷酸,具有典型的boxC／D结构元件和末端配对区,一 段长为11个核苷酸的序列与18S rRNA互补,其下游紧接boxD’．按照理论计算,Z25 snoRNA具有指导18S rRNA中A1678(按人18S rRNA编号)2’．0．核糖甲基化的功能． Z25基因位于人、小白鼠和大鼠核仁蛋白(Nucleolin)基因第5个内含子中,揭示出哺 乳动物核仁蛋白基因是一种多内含子snoRNA编码的宿主基因．     

水稻Hsp70基因第一个内含子中snoRNA基因簇的保守性及分布 …

对水稻,野生稻和茭白Ｈｓｐ７０基因第一个内含子进行ＰＣＲ分析及部分序列测定,分析结果表明植物Ｈｓｐ７０基因内含子编码多个ｓｎｏＲＮＡ的基因组织具有一定的保守性和分布范围,揭示了植物内含子编码的ｓｎｏＲＮＡ在进化过程中具有比脊椎动物和酵母更加丰富的多样性和移动性。     

酵母snR72￣78snoRNA基因簇的研究

通过ＰＣＲ分析发现ｋｌｕｙｕｅｒｏｍｙｃｅｓ ｄｅｌｐｈｅｎｓｉｓ中存在与酿酒酵母相似的ｓｎＲ７２～７８ｓｏｎＲＮＡ基因簇。对该基因簇进行序列测定并与酿酒酵母比较分析,发现基因簇中各个ｓｎｏＲＮＡ编码区具有一定的保守性,但是基因间隔区却有完全不同的序列,这表明ＲＮａｓｅⅢ对ｓｎｏＲＮＡ前体加工的识别信号存在于各ｓｎｏＲＮＡ基因间隔的高级区的高级结构中。进一步对另外４种酵母进行ＰＣＲ分析,结果表明ｓ     

C1 SnoRNA，水稻中一种新的核仁小分子RNA

通过计算机分析国际分子生物学数据库和ｃＤＮＡ序列分析等方法，在水稻（Ｏｒｙｚａｓａｔｉｖａ）中发现了一种新的核仁小分子ＲＮＡ：Ｃ１ＳｎｏＲＮＡ．该ＲＮＡ具有ｂｏｘＣ，ｂｏｘＤ和末端碱基配对区等典型的核仁小分子ＲＮＡ结构特征；并有１４个核苷酸与水稻１８ｓｒＲＮＡ中一段保守序列互补．推测Ｃ１ＳｎｏＲＮＡ可能在１８ｓｒＲＮＡ甲基化过程中起重要作用．编码Ｃ１ＳｎｏＲＮＡ的基因位于水稻Ｈｓｐ７０基因的第一个内含子中．这是在水稻中发现的第一个由基因内含子编码的ＳｎｏＲＮＡ．     

基因治疗及其研究进展情况

本文综述了基因治疗的步骤,基因治疗的对象及基因治疗的现状及前景。基因治疗的步骤包括基因诊断;治疗基因与载体的连接;基因转移。其中载体是基因治疗中的一个重大关键技术问题。目前基因治疗已进入理性化阶段,世界上许多国家对基因治疗前景看好,投资加强。     

基因的研究发展

随着生命科学的发展,人们对基因的认识越来越深入,＂基因＂一词经过一个世纪的演变,已经可以从分子水平上进行更精准的解释。基因概念历史渊源的研究不仅可以从本质上揭示生命现象的奥秘,也可以促进商业和计算机等具有＂生命＂现象的领域的发展。这里综述了基因概念的发展历程,介绍了应用量子化学工具研究核酸的方法,分析了量子化学方法在遗传学领域的应用前景。     

重组PAI—2基因在NIH3T3细胞中的活性表达

构建了人ＰＡＩ—２ｃＤＮＡ睥达质粒，以ＮＩＨ３Ｔ３为转染宿主细胞，ＮｏｒｔｈｅｒｎＢｌｏｔ，ＷｅｓｔｅｒｎＢｌｏｔ和ＰＡＩ活性扩散试验结果表明人ＰＡＩ—２ｃＤＮＡ可以在ＮＩＨ３Ｔ３细胞中正确表达出ＰＡＩ—２蛋白，且具有抑制ＰＡ的活性，同时未能检测到ＮＩＨ３Ｔ３细胞表达ＰＡＩ—２蛋白质．为探讨ＰＡ—ＰＡＩ—２系统的调控机制打下基础．     

基于语义路径覆盖的Gene Ontology术语间语义相似性度量方法

进行GO(gene ontology)语义相似性度量是解决生物学数据集成中语义异构问题的重要方法. 传统方法主要是基于距离的度量和基于信息量的度量.文中提出了一种基于语义路径覆盖的度量方法，并实现了其中Combine算法.该算法首先计算出每个节点的信息量，然后分别计算两个节点的语义路径的交的节点信息量之和以及这两个节点语义路径的并的节点信息量之和，将这两者之间的比率作为相似性度量值.实验结果表明该算法具有较高的相关系数.     

人类基因治疗的研究进展

人类基因治疗是遗传工程在人类疾病治疗方面的应用，该方法是应用遗传工程的方法，将正常基因导入患者的体细胞内，使其在细胞内得到一定的表达，产生正常的基因产物以补尝或修正突变基因的功能，从而使人类的遗传病得到根治，本文对人类基因治疗研究中受体细胞的研究、基因转移方式等方面的最新研究进展作一综述，并对其存在的问题及应用前景进行了初步展望．     

植物基因工程研究现状与展望

植物基因工程与人类生活密切相关,它将给植物育种带来革命性的变革。植物基因工程研究的关键问题是向植物中转移外源基因,它主要涉及植物受体的选择和基因转移方法的探索。由于Ti质粒载体的建立和应用,双子叶植物中的应用性研究已经取得了突破性的进展。单子叶植物方面的工作尚处于基础理论研究阶段。     

基因导入技术及其应用

电融合和电导入技术是八十年代发展起来的一种新的生物技术。其转换率是用化学方法所得不到的。LN-101基因脉冲导入仪能提供2500伏脉冲电压和160安培电流。无论在高阻的和低阻的介质中(如盐和蔗糖缓冲剂)均能使用该仪器。     

Cloning and expression profiles of 15 genes encoding WRKY transcription factor in wheat （Triticum aestivem L.）

WRKY proteins are involved in various physiological processes, including biotic and abiotic stress responses, hormone responses and development. However, no systematic identification, expression and function analysis of WRKY genes in wheat were reported. In this study, we isolated 15 wheat cDNAs with complete open reading frame （ORF） encoding putative WRKY proteins using in silico cloning. Phylogenetic analysis indicated that the 15 wheat WRKY genes belonged to three major WRKY groups. Expression analysis revealed that most genes expressed drastically in leaf, except Ta WRKYIO which expressed in crown intensively. Four genes were strongly up-regulated with the senescence of leaves. Eight genes were responsive to low temperature, high temperature, NaCl or PEG treatment. Moreover, differential expression patterns were also observed between wheat hybrid and its parents, and some genes were more responsive to PEG treatment in the hybrid. These results demonstrated that wheat WRKY genes are involved in leaf senescing and abiotic stresses. And the changed expression of these WRKY genes in hybrid might contribute to the heterosis by improving the stress tolerance in hybrids.