支气管哮喘患者肠道菌群多样性变化

 为了阐释支气管哮喘患者肠道菌群多样性及结构组成特征,探究肠道菌群与哮喘病的相互关系,以52例哮喘急性发作期患者及25例对照开展病例-对照研究.采集粪便样品,运用PCR-DGGE指纹图谱技术分析粪便菌总DNA,得到反映肠道微生物菌群结构特征的DNA指纹图谱.结果表明,哮喘个体样本的肠道菌DNA条带数量7—31条不等,平均只有17条;对照组样本个体的DNA条带数量14—36条不等,平均24条.哮喘患者肠道菌群的Shannon-Wiener多样性指数显著低于对照组(P＜0.0001).多变量统计分析表明,哮喘组肠道菌群结构组成显著区别于对照组,两组样本分类明显.两组内不同民族、性别间的差异无统计学意义.研究表明,哮喘患者的肠道菌群在分子水平上发生明显改变,多样性显著降低,肠道菌群结构改变与哮喘病有关;PCR-DGGE技术结合PCA、PLS-DA多变量统计分析手段具有预测性、先行性的优势,适用于菌群结构未知样品的研究.     

肠癌患者肠道菌群中大肠埃希菌携带β-葡萄糖醛酸酶基因的鉴定与特征

目的探讨肠癌患者肠道菌群中大肠埃希菌携带β-葡萄糖醛酸酶(β-Glucuronidase,GUS)基因序列变化特征,为肠癌的防治与诊断提供新的思路.方法采集肠癌患者晨起粪便,常规方法分离大肠埃希菌,提取细菌基因组DNA,设计GUS基因特异性引物,进行PCR扩增及测序分析.结果 10例肠癌患者肠道菌群中大肠埃希菌均携带GUS基因,与Gen Bank(Acession No.S69414.1)uid A基因序列同源性为99%,分别在第1141和1148位A缺失,第1149位A突变成T,第1158位A突变成G.结论肠癌患者大肠埃希菌GUS基因同时出现基因突变和缺失,可成为肠癌诊断的新标记物.     

肠癌患者肠道菌群分析及携带β-葡萄糖醛酸酶基因特征

目的探讨肠道菌群紊乱及β-葡萄糖醛酸酶(β-Glucuronidase,GUS)与结直肠恶性肿瘤的相关性.方法收集肠癌、肠癌前病变患者及其同期健康人员粪便样本,进行细菌培养并计数.水煮法提取大肠埃希菌DNA后行PCR扩增,采用分子克隆技术构建重组质粒,进行DNA测序比对.结果细菌培养结果显示:大肠埃希菌、酵母菌、肠球菌、双歧杆菌、乳酸杆菌在肠癌、肠癌前病变患者及健康对照3组间比较差异具有统计学意义(P 0.05).测序结果显示:肠癌前病变患者大肠埃希菌uidA基因序列第1497位置G突变成A.结论肠癌前病变患者肠道菌群失调在癌变早期已发生改变,大肠埃希菌uidA基因存在突变,肠癌的发生风险增加.     

坡地放养成年三黄鸡肠道正常菌群的研究

@@@@【目的】研究肠道不同部位的pH值和正常菌群分布数量的规律以及肠道微生态平衡与禽类健康生长的关系.【方法】将肠道内容物样品稀释涂布于选择性培养平板进行目的菌计数；采用精密PH试纸测定肠道pH值和烛缸二氧化碳培养法培养厌氧菌.【结果】肠道中厌氧菌双歧杆菌(1010.1cfu/g～1011.51cfu/g)和乳酸杆菌(109.1cfu/g～109.7cfu/g)为优势菌群，需氧菌(107.2cfu/g～109.5cfu/g)在肠道内容物移动过程中有不同规律的变化，但厌氧菌和需氧菌在消化道中总体呈两头少中间多的分布规律.【结论】肠道pH值与微生物分布数量存在一定的关系；需氧菌、厌氧菌及各兼性菌在一定的环境中相互作用，得以共同生长，体现出不同的数量分布规律.     

肥胖人群肠道菌群多样性研究

为了探讨肥胖人群肠道菌群多样性变化特征,招募34位志愿者,依照体重指数(中国标准)将志愿者分为四组,肥胖组、超重组、正常组、偏瘦组。获取志愿者新鲜粪便,提取肠道菌群总DNA。采用Illumina Miseq高通量测序平台,对粪便样本中所有细菌的16S rRNA V4-V5区进行DNA测序,对测序结果进行数据分析。结果发现,超重组的Chao指数显著低于正常组,Shannon指数显著低于偏瘦组,显示超重组的肠道菌群丰富度与多样性最低,正常组的肠道菌群丰富度最高,偏瘦组的肠道菌群多样性最佳;根据主成分分析与柱坐标分析发现,肥胖组的肠道菌群组成与其他三组差异较大,并且肥胖组内各样本距离较远,显示其组成也具有较大差异,提示肥胖人群的肠道微生物菌群构成不止一种模式。     

双歧杆菌对慢性腹泻猕猴肠道微生物组的影响

本研究旨在结合高通量测序和平板计数实验探索含活性双歧杆菌(Bifidobacterium spp)的饲料对慢性腹泻猕猴(Macaca mulatta)肠道微生物多样性及其腹泻症状的影响.通过16S rRNA高通量测序对比分析添加双歧杆菌前后饲料的菌群组成，发现添加组双歧杆菌的相对丰度显著高于未添加组(P<0.05).向慢性腹泻猕猴投喂该饲料，一个月后收集粪便进行宏基因组测序，并与前期研究获得的未添加组慢性腹泻猕猴和健康猕猴的肠道宏基因组数据对比分析，发现添加组的肠道菌群中乳杆菌(Lactobacillus spp)相对丰度较未添加组显著上调(P<0.05)，与健康组无显著差异(P>0.05).最后对饲喂双歧杆菌后好转及持续腹泻猕猴的粪便进行乳杆菌平板计数实验.发现经饲喂，猕猴肠道中乳杆菌数量增加，验证了宏基因组测序分析的结果.     

柚皮苷对DSS诱导结肠炎小鼠肠道菌群的影响

目的 探究柚皮苷( Naringin,NG)对 DSS 诱导的结肠炎小鼠肠道菌群的影响。 方法 用 C57BL / 6 雄性小鼠构建动物模型,将 15 只小鼠分为对照组、模型组和 NG 组,每组 5 只。 除对照组外,其它两组给予 4% ( m / v) DSS 自由饮用,第 2 天给予 NG 组小鼠 NG 干预。 第 9 天处死小鼠,留取结肠和粪便。 Western blot 检测炎症分子蛋白磷酸化核因子-κB-p65( p-NF-κB-p65)和凋亡蛋白 Bcl-2。 PCR-变性梯度凝胶电泳( PCR-DGGE) 技术分析小鼠肠道菌群结构。 结果 模型组 p-NF-κB-p65 和 Bcl-2 蛋白表达与对照组比较,有显著差异( P<0. 01) ,且 NG 干预后有不同程度的改变;对 PCR-DGGE 中的条带通过非加权成对算术平均( UPGMA)算法进行聚类分析,结果显示各组小鼠结肠菌群结构具有显著差异。 结论 NG 可以有效改善 DSS 诱导的结肠炎症状,改善小鼠肠道菌群。     

糯米酒发酵过程中微生物基因组提取方法比较

为了更加快速地获得糯米酒发酵过程中高质量的微生物基因组DNA,本实验通过测定基因组DNA浓度和进行聚合酶链式反应(PCR),利用溶菌酶-SDS-蛋白酶-K(A法),改良CTAB(B法)和改良CTAB-溶菌酶(C法)三种实验方法获得微生物基因组DNA,通过比较三种方法发现,C法提取效率最高,获得的基因组DNA浓度为1 573.97±711.51ng/μL;B法获得的基因组浓度为1 436.03±128.0ng/μL;A法效率最低,获得基因组浓度为411.67±133.29ng/μL.以基因组DNA为模板进行PCR,将扩增产物在0.6%琼脂糖凝胶中进行电泳检验.结果显示C法获得的条带最清楚明亮,表明DNA浓度最高、结构完整.基因组DNA浓度和PCR产物琼脂糖凝胶电泳条带的亮度表明,提取糯米酒发酵过程中微生物基因组DNA的最优方法为改良CTAB-溶菌酶法(C法).     

右旋柠檬烯对双酚A环境下荷MCF-7乳腺癌裸鼠粪便中生物多样性的影响

目的 观察右旋柠檬烯对荷MCF-7乳腺癌的裸鼠肠道微生物的影响。方法 30只裸鼠接种MCF-7后，随机分为5组，模型组(每天给予蒸馏水),双酚A+右旋柠檬烯低、中、高剂量组(80、160、320 mg/kg),双酚A组(1 mL/kg),每组6只；每天灌胃给药1次，连续6周，接取新鲜粪便，提取粪便基因组DNA,并进行PCR扩增，构建文库后上机测序，下机数据中拆分出各样本数据，经过严格的过滤处理得到高质量的Clean Tags,删除嵌合体序列后得到有效数据(effective tags)用于微生物多样性的分析。结果 接种肿瘤后细菌种类和丰度下降，右旋柠檬烯治疗后肠道菌群种类和丰度增加，肿瘤组在门水平上厚壁菌门与拟杆菌门比例接近，双酚A组和右旋柠檬烯组的拟杆菌门菌数量增加。在属水平上，与肿瘤对照组(H组)相比，双酚A及右旋柠檬烯组的乳杆菌显著下降，异戊酸杆菌属显著增加，狄氏副拟杆菌在肿瘤组和双酚A组显著下降，而喂食右旋柠檬烯后该菌增加。结论 右旋柠檬烯显著影响了乳腺癌裸鼠肠道菌群的数量和丰度，拟杆菌门和异戊酸杆菌是优势菌群。     

柴胡与4种伪品的DNA指纹研究

目的建立中药柴胡及其常见伪品数字指纹,并用于柴胡鉴别研究.方法采用改良CTAB法、SDS法和改良SDS法提取柴胡及其伪品基因组DNA,随机引物PCR扩增,琼脂糖凝胶电泳分离PCR扩增产物,对琼脂糖凝胶电泳结果进行数字处理.结果改良SDS法提取DNA纯度优于SDS法和改良CTAB法;琼脂糖凝胶图谱转化成数字指纹.结论运用改良SDS法能够提取到纯度较高的基因组DNA,数字指纹更直观、易懂.     

三种血液基因组 DNA 提取方法的比较研究

摘要: 目的 比较采用 3 种不同 DNA 提取方法提取豚鼠血液基因组 DNA 之间的差异。方法 分别用新鲜抗凝血 NaI 手提法、血凝块手提法和试剂盒 DNA 提取法提取 20 只豚鼠血液基因组 DNA,用分光光度计测定、琼脂糖凝胶 电泳、PCR 扩增等方法对提取的 DNA 片段的完整性、浓度、纯度和用于 PCR 扩增的效果等方面进行比较研究。结 果 新鲜抗凝血 NaI 手提法提取的 DNA 完整性、浓度和纯度均为最高; 血凝块法提取的 DNA 浓度和抗凝血提取的 DNA 浓度接近但纯度最低,有一定程度的断裂和降解; 试剂盒法提取的 DNA 浓度最低,纯度和完整性处于中间,但 三种方法提取的 DNA 都可用于 PCR 扩增反应。结论 3 种方法都可以提取基因组 DNA 并且所提取的 DNA 均能 满足后续 PCR 扩增实验的要求,但每种方法各有利弊,可根据具体的条件选择适宜的方法。     

室内饲养松墨天牛幼虫不同肠段细菌的群落结构及功能分析

【目的】了解室内饲养松墨天牛(Monochamus alternatus)幼虫前、中、后肠段细菌的群落结构,比较不同肠段之间菌群多样性和优势菌群的差异,为揭示肠道细菌在松墨天牛获取营养、克服寄主植物化学防御的机理提供参考。【方法】分别提取室内饲养的松墨天牛4龄幼虫前、中、后肠各3组样本(每组5个前肠、5个中肠、5个后肠)的肠道DNA。利用Illumina HiSeq技术对松墨天牛幼虫肠道细菌的16S rDNA V3-V4区序列进行文库构建和高通量测序。原始序列使用Trimmomatic软件和FLASH软件分别进行质控和拼接。利用USEARCH软件对序列进行操作分类单元(OTUs)聚类,统计OTUs数量并绘制Venn图。在门和属分类水平上统计各样本的群落组成及物种丰度情况。通过Alpha多样性和Beta多样性分析反映不同样本的菌群多样性和相似性。采用PICRUSt软件预测松墨天牛幼虫肠道细菌映射到KEGG数据库上的功能,探究不同肠段细菌群落发挥的潜在功能。【结果】共获得643 404条高质量序列,在97% 相似度下将其聚类为1 614个操作分类单元(OTUs),共注释到35门、63纲、137目、250科、554属和844种。前肠OTUs最少,后肠OTUs最多,每个肠段的OTUs组成上既有相似性,也存在差异性。变形菌门(Proteobacteria)为3个肠段中最优势门;葡糖杆菌属(Gluconobacter)为前肠中最优势属,沙雷氏菌属(Serratia)为中肠的最优势属,葡糖杆菌属和沙雷氏菌属同为后肠的最优势属。Alpha多样性显示中、后肠群落多样性更丰富;Beta多样性分析表明,3个肠段的细菌群落组成存在差异,但中肠与后肠的群落组成较相近。功能预测表明,整个肠道菌群中代谢功能丰度最高,其中以糖类代谢和氨基酸代谢为主,这些功能集中在中、后肠。【结论】本实验中菌群功能是基于PICRUSt软件预测的结果,松墨天牛幼虫室内种群的前、中、后肠的细菌群落结构及不同肠段细菌的潜在功能存在差异,是由于不同肠段内的理化性质差异及其在消化中发挥的不同功能所致。肠道细菌与松墨天牛幼虫形成一个共生功能体,菌群在协助幼虫代谢物质、获取营养以及克服寄主植物化学防御方面发挥着重要作用。     

不同方法提取鳗鲡病原茵DNA模板的差异分析

利用吸光值、琼脂糖电泳及PCR差异扩增等指标,对酚一氯仿法、水煮法、碱裂解法3种方法制备的鳗鲡病原菌DNA模板进行了差异分析．结果表明：1）不同方法提取的病原菌模板DNA的浓度、纯度及分子质量大小存在差异,但以这3种方法提取的病原菌DNA为模板,均能成功扩增到细菌16SrD．NA和外膜蛋白的保守序列．其中,酚一氯仿提取的模板DNA浓度较低、纯度较高;水煮法和碱裂解法提取的模板DNA浓度较高、纯度较低．2）电泳显示,3种方法获得的模板DNA扩增出的16SrDNA保守序列条带均一,没有显著差异,但在外膜蛋白保守序列的扩增中却因菌种和模板提取方法的不同而存在差异．     

剑叶龙血树叶DNA三种不同提取方法的比较分析

采用CTAB法、改良SDS法、高盐低pH法提取了剑叶龙血树叶DNA,并通过紫外分光光度计、琼脂糖凝胶电泳检测了不同方法的提取效果.结果表明：CTAB法所提取的DNA浓度与纯度均高于其它2种方法,泳带分布集中,无拖尾现象,A260/A280=1.81,DNA浓度为735 ng/μL,能满足RAPD、SSR/ISSR扩增的要求,是提取龙血树叶片DNA的最佳方法.     

青檀基因组DNA提取方法的优化

以青檀(Pteroceltis tatarinowii Maxim.)的叶片为材料,采用改良高盐低pH值法、改良SDS法、改良CTAB法和试剂盒法4种不同方法提取其基因组DNA,并进行电泳分析、质量检测及ISSR引物扩增检测.结果表明,改良CTAB法优于其它方法,提取的DNA质量较好,纯度较高,能满足进一步的实验要求.     

用改进的CTAB法提取香菇基因组DNA

通过用改进的CTAB法提取27个香菇菌株的基因组DNA,并分别用紫外、琼脂糖凝胶电泳和PCR技术检测提取DNA样品的质量和产量,证明该方法可以用于香菇基因组DNA的提取,为香菇基因组DNA的提取建立了一种简单可靠的新方法.     

利用改良CTAB法提取雪莲果基因组DNA

阐述了利用改良CTAB法提取雪莲果（Smallanthus sonchifolius）基因组DNA的的过程,对提取的DNA经0.8%琼脂糖凝胶电泳和紫外分光光度计检测,表明此法提取的DNA的一级结构完整,浓度较高,其DNA可进一步用于其他分子生物学试验。     

4种提取水稻基因级DNA方法的比较

对于含有大量硅质及多糖如酚、酯、萜等其它次生代谢产物的水稻,要从其组织中提取高质量的基因组DNA,一般比较困难,作者以水稻叶片为材料,分别采取了简易提取法,CTAB法,QIAGEN公司Dneasy Plant Mini Kits法,Shanghai Sangon公司Genomic DNA Isolation Kits法4种方法提取水稻基因组DNA;并通过质量分数为0．8％琼脂糖凝胶电泳和PCR扩增的方法所提取的DNA样品进行检测,将它们在DNA的产量、质量和耗费等方面进行简要比较,并根据分子生物学研究工作的实际特点,确定了CTAB沉淀法为最佳方法。     

稀有植物蒜头果基因组DNA提取方法的研究

 分别用改进的CTAB法、SDS法和高盐低pH法从蒜头果种仁中提取基因组DNA,通过琼脂糖凝胶电泳和紫外分光光度法检测所提取基因组DNA的纯度.结果表明:用改进的CTAB法、SDS法和高盐低pH法所提取的蒜头果基因组DNA的OD₂₆₀/OD₂₈₀值在1.8~2.0之间,带型清晰无拖尾,说明所提取的DNA保持完好.其中改进的CTAB法所提取的基因组DNA质量最好、纯度也最高,为蒜头果分子生物学研究及下游操作奠定了基础.     

不同养殖环境下罗非鱼肠道微生物的比较分析

为了比较不同养殖环境下罗非鱼肠道菌群结构和相对丰度变化规律,选取稻田和池塘两种养殖环境下的罗非鱼为研究对象,定期测定实验期间的水质指标(溶氧、水温、pH值和氨氮),取养殖202d的罗非鱼,通过16SrRNA高通量测序检测其肠道微生物,并分析不同养殖环境下罗非鱼肠道菌群的变化规律。实验结果表明,养殖水质参数均在正常范围内,但不同养殖环境的水质参数存在差异,可能会导致罗非鱼肠道微生物的结构组成和多样性发生变化。在两种不同养殖环境下,梭杆菌门(Fusobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)3个菌群相对丰度均较高。蓝菌门(Cyanobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和放线菌门(Actinobacteria)物种丰富度存在显著性差异,其中蓝菌门在稻田组的罗非鱼肠道菌群中所占比例高于池塘组,而拟杆菌门和放线菌门在池塘组的罗非鱼肠道菌群中所占比例高于稻田组;在属水平下,Cetobacterium,Paeniclostrdium和Romboutsia等菌属在稻田组罗非鱼肠道菌群相对丰度较高,池塘组罗非鱼肠道菌群相对丰度较高的菌属为Cetobacterium,Enterovibrio和Plesiomonas等。不同养殖环境下,罗非鱼肠道微生物菌群分布及丰度有显著差异,该变化可为罗非鱼肠道微生物的研究提供基础数据。