基于高通量测序技术的大连低温海域细菌群落结构和功能分析

采用高通量测序技术研究大连低温海域细菌群落组成和功能。实验结果显示:在门的水平上群落中优势菌依次为拟杆菌门(47%)、厚壁菌门(23%)、变形菌门(13%)和螺旋体门(12%)的细菌;在属的水平上群落中优势菌依次为拟杆菌属(17%)、普氏菌属(13%)和密螺旋体属(12%)的细菌;注释到大量的与外源物降解相关的功能基因,如氯烷烃和氯烯烃、氯环己烷与氯苯、多环芳烃、DDT等外源物的降解相关基因。     

含铀凋落物腐解前后微生物群落结构特征及多样性分析

采集含铀凋落物腐解前后土壤样本,通过Illumina Miseq高通量测序技术研究腐解前后土壤微生物的多样性及群落结构,解析含铀凋落物腐解前后土壤微生物群落结构特征及其变化规律,为发掘潜在含铀生物质降解菌种提供理论基础。通过高通量测序,分别获得158 781条细菌和242 198条真菌的有效序列,菌群Alpha分析显示,腐解后细菌的多样性和丰富度增加,真菌的多样性和丰富度减少。通过微生物群落结构解析,发现腐解前后门水平上始终存在的优势菌群,细菌中为绿弯菌门(Chloroflexi)、放线菌门(Actinobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)和变形菌门(Proteobacteria);真菌中为子囊菌门(Ascomycota)、担子菌门(Basidiomycota)、unclassified_Fungi和被孢囊门(Mortierellomycota)。结果表明,含铀凋落物腐解后,凋落物内的铀被释放到土壤中,改变了土壤微生物群落结构。腐解后土壤中可识别的优势菌群功能主要集中在对纤维素、半纤维素、木质素的降解和铀的浸出。热酸菌属(Acidothermus)和软盘菌属(Mollisia)可能是降解凋落物和浸出铀较好的微生物组合。     

微山湖养殖区与非养殖区细菌多样性的研究与比较

细菌群落结构对湖泊生态系统的物质循环和能量流动起着非常重要的作用,所以微山湖湖泊生态环境中的细菌群落多样性的分析为通过细菌的环境修复功能改善微山湖的生态环境奠定了理论基础.采用了DGGE和16SrDNA建库相结合的方法对微山湖养殖区与非养殖区及其沉积物细菌群落结构进行了研究,并对养殖区和非养殖区细菌的群落结构进行比较.研究的结果表明,养殖区与非养殖区的细菌群落结构存在较大差异,养殖区的细菌种类明显比非养殖区的细菌种类多,养殖区主要分布为:变形菌门(Proteobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、绿弯菌门(Chloroflexi)、酸杆菌门(Acidobacteria)、螺旋体门(Spirochaetes)、绿菌门(Chlorobi)、拟杆菌门(Bacteroidetes).其中β-变形菌纲(Betaproteobacteria)为主要优势菌群.非养殖区主要分布为:变形菌门(Proteobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、拟杆菌门(Bacteroidetes),其中β-变形菌纲(Betaproteobacteria)和δ-变形菌纲(Deltaproteobacteria)种类最为丰富.     

基于高通量测序技术研究环境微生物群落结构特征

采用高通量测序技术对序批式反应器(R1、R2处理)中微生物群落结构的演变及多样性进行分析，同时对细菌群落与人工模拟番茄酱废水水质相关性进行分析，对微生物酶进行预测。结果表明：微生物菌群在门、纲和属水平上存在显著差异，其中门类水平上，Proteobacteria(变形菌门)和Bacteroidetes(拟杆菌门)为优势菌门；纲水平上，Betaproteobacteria(β-变形菌纲)、Alphaproteobacteria(α-变形杆菌纲)和Bacteroidia(拟杆菌纲)为优势菌纲；属水平上，Zoogloea(动胶菌属)和Flavobacterium(黄杆菌属)为优势菌属。在颗粒形成初期至稳定期，R1、R2中Proteobacteria、Bacteroidetes、Betaproteobacteria、Alphaproteobacteria、Bacteroidia、Zoogloea和Flavobacterium丰度变化分别为1.75%、-7.20%、35.49%、0.12%、-15.23%、-3.11%和-5.23%;1.78%、-2.00%、33.11%、-0.54%、-14.8...     

菲牛蛭肠道细菌的群落结构及功能

为了揭示肠道细菌对菲牛蛭(Hirudinaria manillensis)消化、代谢等生理活动的影响,采用二代测序技术测定了三个菲牛蛭个体肠道细菌的群落结构并推断了其功能。结果共鉴定出细菌7门,16纲,24目,29科,36属,40个操作分类单元(operation taxonomic units,OTUs);其中优势属分别为色杆菌属(Chromobacterium)、甲基菌属(Methylovorus)和Jonquetella。采用PICRUSt软件对菲牛蛭肠道细菌进行功能预测,结果显示其主要功能依次是膜转运、碳水化合物代谢、氨基酸代谢、细胞迁移、能量代谢、基因复制和修复、辅酶因子和维生素代谢、外源物质降解、细胞进程和信号转导等。     

再生水补给湿地香蒲根际细菌群落多样性分析

为了研究再生水补给湿地中水生植物根际细菌群落的多样性特征,进而分析根际细菌对水体污染的修复和净化机制,采用细菌培养构建的16S rRNA克隆文库与非培养的16S rRNA高通量测序相结合的方法,对生长于北京白河再生水补给湿地的香蒲根际细菌群落进行多样性分析.16S rRNA克隆文库结果表明:香蒲根际细菌主要有3个类群,最优势类群为变形菌门(74.51%);其次为拟杆菌门和芽单胞菌门,分别占总数的6.54%和5.88%.变形菌门中数量最多的是β-变形菌纲(59.80%).高通量测序结果表明:在门的分类水平上,香蒲根际细菌可分为13个类群,主要类群为变形菌门(34.71%)、拟杆菌门(16.20%)、放线菌门(15.20%)、芽单胞菌门(9.49%)和酸杆菌门(6.78%);在纲的分类水平上,香蒲根际细菌可分为26个类群,主要类群为4个变形菌纲(34.57%)和放线菌纲(11.15%).由此可见,构建克隆文库和高通量测序分析香蒲根际细菌群落的多样性结论基本一致,即变形菌门、放线菌门和拟杆菌门是香蒲根际细菌群落中的主要类群.     

英那河细菌群落结构及其与环境因子的相关性研究

利用高通量测序技术分析比较了英那河2018年5月、7月和9月的三个国控断面细菌群落结构及其与环境的相关性.序列比对结果显示,除分类地位不明确的菌群和稀有菌群外,英那河共发现细菌39门95纲173目311科583属,在门水平上,变形菌门(PROTEOBACTERIA),蓝菌门(CYANOBACTERIA),放线菌门(ACTINOBACTERIA),拟杆菌门(BACTEROIDETES)是优势菌门,在属水平上,HGCL-CLADE、鞘脂杆属(SPHINGOBIUM)、METHYLOVERSATILIS是优势菌属.细菌群落多样性指数(SHANNON WIENER指数)平均值为3. 74,细菌群落多样性从月份角度排序为9月 5月 7月.通过共有独有分析发现相邻的两个月份细菌群落结构相似,地理距离较近的两个断面群落结构相似.冗余分析(RDA)结果表明溶解氧(DO)、高锰酸盐指数(COD_(MN))、氨氮(NH_3-N)、化学需氧量(COD)和总磷(TP)对细菌的群落结构有影响.     

不同品种葡萄皮上细菌的多样性分析

以4种市面常见葡萄品种：黑提(H)、玫瑰香(M)、阳光玫瑰(Y)、红提(D)为研究对象，应用高通量测序技术对4种葡萄果皮上细菌的多样性进行分析研究.试验结果表明，细菌门水平上的优势菌群一般是：拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)这4个门类，细菌属水平的优势菌群一般为乳酸菌(Lactobacillus)、拟球菌(Bacteroides)、另枝菌属(Alistipes)、毛螺旋菌科＿NK4A136＿group(Lachnospiraceae＿NK4A136＿group)、链球菌(Streptococcus)、拟普雷沃菌属(Alloprevotella).研究表明：4种葡萄表皮的细菌多样性指数无显著差异，其中玫瑰香与红提的细菌群落相似程度较高.     

北京市北神树生活垃圾填埋场细菌群落结构和分布特征

填埋场垃圾堆体的细菌群落在垃圾降解中发挥着重要作用.选择北京市北神树生活垃圾填埋场,通过钻井的方法对填埋深度6~36.1m,填埋时间2~15年的垃圾进行了分层采样,采用变性梯度凝胶电泳、测序、荧光定量PCR对垃圾的细菌群落进行了检测,同时测量了相关的环境因子.分析了垃圾堆体细菌群落结构,细菌数量和多样性沿深度分布特征及其环境因子的关系.结果表明,堆体内菌群主要来自厚壁菌门(47.6%)和变形菌门(35.3%),优势属为Natronoanaerobium(20.1%)、志贺氏菌属(20.0%)、梭菌属(14.0%);细菌多样性沿填埋深度增大,细菌数量则降低;细菌多样性与淀粉、pH值、纤维素、含水率呈现正相关,与总磷、总有机碳、半纤维素、蛋白质呈现负相关.垃圾降解水解酸化阶段在2年内基本完成,填埋9年以上的垃圾已基本趋于稳定.     

果洛地区冻土细菌群落的多样性分析

为研究冻土中细菌群落的多样性,采用变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析技术,对青海果洛地区的冻土样品进行了研究。结果表明:冻土中含有丰富的细菌类群,且样品间细菌群落结构存在差异。4个冻土样品中,细菌分属于2个门,即拟杆菌门(Bacteroidetes)和变形菌门(Proteobacteria)。在属分类水平属于6个细菌类群,噬几丁质杆菌属(Chitinophagaceae bacterium)、不粘柄菌属(Asticcacaulis)、阿菲波菌属(Afipia)、生丝微菌属(Hyphomicrobium)、土微菌属(Pedomicrobium)和鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas),其中Chitinophagaceae bacterium和Sphingomonas为优势类群。Chitinophagaceae bacterium对于加速果洛地区冻土中的C,N循环具有重要意义。Sphingomonas具有耐受极端贫营养条件的特性使其在果洛地区冻土这种特殊环境中能够生存并成为优势类群。     

信江上游鱼类资源及物种多样性分析

2016年6月底～2019年7月中旬,对信江上游及其支流的鱼类资源进行了系统地调查。共采集到野生淡水鱼类66种,隶属于5目16科50属,其中以鲤形目鱼类种类最多,共计3科34属45种,占总采集种类数的68.2%;科级水平以鲤科占优势,共有39种,占总种类数的59.1%;鳅科和鲿科各5种,分别占7.6%;鮨科、塘鳢科、虾虎鱼科和太阳鱼科各两种,分别占3.0%;其他9科各1种,共占13.6%。鱼类生态类型以湖泊定居型鱼类、杂食性占优。这些鱼类隶属于五个区系复合体,以江河平原区系复合体和南方平原区系复合体为主,分别占种类数的40.9%和24.2%。在调查过程中采集到食蚊鱼、斑点叉尾鮰、太阳鱼及大口黑鲈等外来养殖品种,这些鱼多为凶猛肉食性鱼类,严重威胁土著鱼类的生存繁殖,需加强监管。     

人工绿洲外围荒漠植物组成与生活型研究

通过调查，在克拉玛依农业综合开发区外围共采集到高等植物119种。分属27科，90属，以藜科和菊科植物为主，大部为旱生或超旱生灌木、半灌木、多年生草本和一年生草本以及中生的一年生短命植物。植物生活型以草本植物为主，高达81．51％。其中短命植物16．81％，1年生草本植物占29．41％。多年生草本植物占35．29％；木本植物种类较少，灌木占6．72％，小灌木和半灌木占10．08％，小乔木占1．68％。     

上海九段沙国家级湿地自然保护区昆虫多样性及其影响因素研究

在九段沙不同沙体和不同等级潮沟梯度下的5种主要植物群落中,在科和目层次上开展了昆虫多样性及其影响因素研究.调查区域共采集昆虫35444头,隶属于13目64科,按所含种数多少,主要的科有杆蝇科（42）、姬小蜂科（29）、金小蜂科（24）、茧蜂科（22）、姬蜂科（15）和缘腹细蜂科（12）;主要的目有膜翅目（137）、双翅目（85）、鞘翅目（32）和半翅目（10）.分析表明：（1）夏季昆虫的物种种数明显高于其他3个季节;（2）在上沙芦苇群落（夏季）,低潮滩的昆虫个体数最多,其次是高潮滩,中潮滩的最小.低潮滩中杆长蝽科、秆蝇科、瓢虫科和蚁形甲科的个体数极明显地多于中潮滩和高潮滩;随着由低潮滩向高潮滩高程的变化,杆长蝽科和飞虱科的昆虫个体数由少变多趋势明显.中潮滩与低潮滩相比,与高潮滩的昆虫组成更相似;（3）在中沙（夏季）,与芦苇群落相比,互花米草群落中昆虫个体数多,出现科数也多,互花米草群落中主要是啮虫目的种类和杆蝇科,两者占了互花米草群落昆虫总个体数的86.83%,而在芦苇群落中,以杆蝇科、蚁形甲科、瓢虫科3科为主,占芦苇群落昆虫总个体数的79%;在江亚南沙,藨草（海三棱藨草）群落中的昆虫主要是管蓟马科、叶蝉科、杆蝇科、茧蜂科和摇蚊科等5个科的昆虫,个体总数占了该类群落昆虫总个体数的96.82%,而菰群落中同样的5个科的昆虫个体数仅占菰群落昆虫总个体数的31.53%;（4）多样性指数以中生化群落最高,其次为芦苇和互花米草群落,最小为菰群落,物种丰富度则芦苇群落最高,其次为互花米草和中生化,最小为菰群落;（5）排序分析表明,植物群落中昆虫科的组成相似性反映了植物群落的演替方向,即菰群落、藨草/海三棱藨草群落的昆虫组成较相似,其次是互花米草与芦苇群落的,与中生化群落类型中的差异最大.     

海南吊罗山热带山地雨林植物种类多样性研究

海南吊罗山热带山地雨林扫把青冈 鸭脚木群落共出现44个科,95个属的乔木树种190种,其中种类数量大于5个的有樟科(24种),茜草科(17种),山毛榉科(17种),山矾科(11种)和山茶科(11种),主要属为新木姜属(6种),蒲桃属(6种),山矾属(12种)和栎属(13种).群落以热带分布型物种占优势,为895%.其中,又以热带亚洲分布成分最多,占358%;其次是泛热带分布,占274%;其它热带分布型占253%,群落中存在一定比例的温带分布型,约95%,中国特有分布属所占比例极低,仅为11%说明其物种的分化程度较低,同时,也说明山地雨林可能是一个广泛分布于东亚的常绿阔叶林的原始代表类型.样地1共有单个体种45种,双个体种20种,分别占物种总数的304%和135%;样地2共有单个体种46种,双个体种26种,分别占物种总数的383%和217%,这些低密度的或小种群的偶见种相对群落的主要种来说,更容易受到各种胁迫的影响而在群落中绝灭,从而使群落的物种多样性降低.     

GC-MS结合直观推导式演进特征投影法(HELP)分析大茴香和小茴香挥发性化学成分

采用GC-MS联用技术结合直观推导式演进特征投影法(HELP)对大茴香和小茴香挥发性化学成分进行比较分析.此外,程序升温保留指数用来辅助定性.共定性出17种挥发性化学成分,其中大茴香13种,小茴香11种,分别占二者挥发油总相对含量的89.43%和99.53%.共有组分7种.大茴香和小茴香的挥发油主要成分为茴香烯,含量分别为70.72%和85.82%.     

云南松林在云南的分布研究

采用云南省森林资源连续清查样地数据,对云南松林的水平分布、垂直分布、土壤分布、坡向分布、坡位分布等进行了系统研究.结果表明:在云南省境内,云南松林水平分布范围北至28°23′33″N,南至23°01′20″N,东至97°46′39″E,西至105°54′05″E;垂直分布海拔跨度在710～3320m之间,其中分布面积最多的海拔区间为1500～2500m,占云南松林总面积的66.66%;云南松林下的土壤包括8个土类,其中红壤分布面积最多,占61.58%,其次为紫色土和黄棕壤;就分布的坡向而言,在阳坡的分布多于阴坡,前者占58.29%,后者占41.71%,但分布于阴坡的云南松林质量总体上优于阳坡,前者平均单位面积蓄积量为79.1m3/hm2,后者平均为74.0m3/hm2;坡位分布方面,分布于中坡位的云南松林最多,其次为上坡位,下坡位的居第3,分布于山脊的居第4;从林分质量上看,山脊上的优于上坡位的,上坡位的优于下坡位的,出现了林分质量与立地质量相背离的情况,但下坡位到山脊受到的人为干扰不断减少.这表明在现存云南松林中,人为干扰因素取代立地质量等自然因素,成为影响云南松林质量的主导因素.     

广西兰科植物的物种多样性及区系特征研究

广西是我国兰科植物生物多样性特别丰富的省区之一,同时也是兰科植物生物多样性受威胁特别严重的省区之一。摸清广西兰科植物资源的家底,分析广西兰科植物资源的优势以及广西兰科植物的区系特征,有助于为广西兰科植物就地保护和迁地保护提供科学依据。通过整理广西兰科植物近20年的文献资料,对广西目前兰科植物资源的状况进行编目和分析。结果表明：广西已发现野生兰科植物129属510种,分别占中国兰科植物总属数和总种数的67.89%和31.88%,其中石斛属Dendrobium、羊耳蒜属Liparis、石豆兰属Bulbophyllum、兰属Cymbidium、虾脊兰属Calanthe和玉凤花属Habenaria是本区兰科植物中的优势属。从区系来看,广西兰科热带分布类型94属,占广西兰科植物总属数的72.87%,其中热带亚洲分布有44属,占广西兰科植物总属数的34.11%;广西兰科植物以热带成分为主,受温带成分影响,保留了较多特有性、古老残遗性的特点。     

苏木山药用植物资源多样性分析及开发利用

首次比较全面地对内蒙古兴和县苏木山药用植物进行实地考察,进一步摸清其资源状况,并进行多样性分析,为苏木山药用植物资源的合理开发利用和保护提供科学依据.结果显示:苏木山现有药用植物资源丰富,共有75科368种,以种子植物菊科、豆科和蔷薇科为主.药用部位主要以全草和根类为主,分别有171种和62种,占该地药用植物总数的46.47%和16.85%.功效应用以清热药居多,占药用植物总数的36.96%,其次是利水渗湿药、补虚药和解表药.其中入典种仅有92种,占总种数的25.00;栽培种52种,占总种数的14.13%.说明苏木山药用植物资源虽然丰富,但开发利用程度低,引种栽培少,所以具有很大的开发潜力.今后要处理好旅游开放和药用植物保护之间的关系,强化药用植物的综合利用,实现资源的合理开发和可持续利用.     

梵净山野生观果植物果实性状及种子萌发试验

通过对30种野生观果植物果实性状及种子萌发试验观察,发现具有核果、浆果或梨果的植物在秋、冬季具有较高的果实观赏价值;尤以具鲜红色、红色、亮紫色、亮蓝色核果的植物观赏价值最高。野生观果植物种子自然萌发率较低,未萌发13种,占总种数的43.33%,萌发率30%以下11种,占总种数的36.67%;仅有6种植物萌发率在30%以上,占总种数的20.00%。     

Spatial distribution of black carbon emissions in China

Based on the official statistics, locally measured emission factors, and the vehicular emission factor model most suitable for China, we developed a black carbon (BC) emission inventory for 2008 in China and at a spatial resolution of 0.5°×0.5°. In 2008, the total BC emissions in China were 1604.94 Gg. Industry and the residential sector were the dominant contributors, estimated at 695.03 Gg and 636.02 Gg of BC, respectively. Together, these two source types contributed 82.9% of the total emissions. Emissions from transportation were 194.63 Gg, accounting for 12.1% of the total. Since emission contributions from different sectors showed significant spatial diversity among the 31 administrative districts, we divided the districts into four categories: industry contribution district, residential contribution district, industry and residential contribution district, and transportation contribution district. As for energy consumption, coal and biofuel contributed 51.0% and 32.2%, respectively, of the total emissions. Spatially, BC emissions in China were unevenly distributed, higher in the east and lower in the west, corresponding to regional economic development and rural population density. High emission districts, covering 5.7% of the territory, contributed 41.2% of the total emissions. Shanxi, Hebei, Shandong, Henan, and Sichuan were the largest contributors to national BC emissions.