麦长管蚜AFLP银染分析体系的建立与优化

以麦长管蚜Sitobion avenae(Fabricius)为研究材料,以AFLP技术为基础,采用限制性内切酶EcoRI和MseI,对影响麦长管蚜AFLP技术体系中的关键技术,如DNA的提取质量、酶切与连接、扩增条件、引物选择、染色方法等进行了优化处理,构建了麦长管蚜AFLP银染技术体系。酶切与连接分步进行,预扩增与选择性扩增同体系完成。在此优化体系下,可以得到重复性好、稳定性和多态性高的麦长管蚜AFLP条带。该体系的构建为蚜虫种间分子遗传学研究提供了新的技术手段。     

大黄鱼(Larimichthys crocea)fAFLP方法的建立

以大黄鱼为材料,探索及优化了影响荧光标记AFLP(fAFLP)分析体系的主要因素.结果表明:内切酶EcoRⅠ与MseⅠ各0.35 U,双酶切350 ng大黄鱼基因组DNA,依次反应4 h可得最佳效果;T4DNA连接酶2.5 U,16℃过夜连接3μL酶切产物与接头时效果最佳;以1μL连接产物作底物,EcoRⅠ与MseⅠ预扩引物分别为0.3μmol/L与1.5μmol/L时预扩效果最佳;预扩产物稀释超过100倍作为选择性扩增的模板时致使某些样品的电泳条带缺失.使用该体系分析了一个野生大黄鱼群体的AFLP片段的多态水平,结果证明该方法简便有效,可用于群体遗传多态性分析.     

黄嘴白鹭遗传多样性AFLP分析方法的建立

以黄嘴白鹭为研究对象,探讨并建立其遗传多样性分析的Pst I/Mse I AFLP分子标记方法.采用黄嘴白鹭13个样品作为一个种群的池DNA,通过对AFLP方法中DNA提取、酶切、连接、预扩增、选择性扩增、电泳和银染等条件进行优化,建立了一套适合黄嘴白鹭的AFLP技术优化体系,为黄嘴白鹭遗传多样性的分析奠定研究基础.     

重楼属植物AFLP实验体系的建立

通过对影响重楼AFLP-银染技术体系的关键因素作对比研究,建立了一套优化的重楼AFLP分子标记体系.优化的关键因素为:1)DNA采用CTAB法提取更适于重楼的AFLP分析,且从幼叶中提取的DNA纯度和质量最高;2)酶切时间为9h时效果最佳;3)选择性扩增时退火温度为56℃;4)从15对引物中筛选出4对进行选择性扩增,得到扩增条带276条,其中多态性带201条(占72.83%).     

大白菜EST-SSR反应体系优化及引物筛选

 探讨了大白菜EST-SSR反应体系的优化,利用优化的体系筛选部分引物。采用L16(44)正交设计,研究各主要参数的适宜浓度,建立适合大白菜EST-SSR反应的最佳体系。结果表明,各因素不同水平浓度对扩增结果均有一定影响,其中以引物浓度影响最大,其次是dNTP和Taq DNA聚合酶,最小是模板DNA用量。优化后的最佳体系（20?滋L）为：引物浓度1.0μmol/L,dNTPs 0.25mmol/L,Taq酶0.5U,模板DNA 70ng。利用优化的体系,根据大白菜EST序列设计引物126对,分别以2对抗、感病毒病的大白菜材料的基因组DNA为模板进行扩增,筛选出至少在一份材料中扩出多态性的引物19对。该优化体系可用于大白菜EST-SSR扩增,初步筛选的引物可用于大白菜病毒病分子标记的进一步研究。     

唇鱼骨基因组DNA提取与ISSR-PCR的优化

以唇鱼骨为材料,分别采用4种不同方法(CTAB法、SDS法、ROSE法及试剂盒)提取基因组DNA,并对影响PCR反应的模板DNA、引物、dNTPs、Mg2+、Taq酶浓度等主要因子进行了优化,建立了适合唇鱼骨基因组DNA的ISSR-PCR反应体系.25μL的PCR反应液含有的组分和终浓度分别为:约60 ng模板DNA,1.2 U Taq酶,0.4 μrnol/L引物,2.0 mmol/L MgCl2,0.2 mmol/L dNTPs,2%甲酰胺.结果表明,利用优化反应体系对4种不同方法提取的DNA进行PCR扩增,均能得到较好的PCR扩增条带,以试剂盒法最佳,为淡水溪流性同属鱼类遗传多样性分析奠定了技术基础.     

入侵植物春飞蓬DNA的提取及ISSR-PCR反应体系的建立

以菊科入侵植物的春飞蓬为研究材料,采用CTAB法提取植物总基因组DNA,通过琼脂糖凝胶电泳与紫外分光光度法检测提取的总DNA质量良好,蛋白质、RNA等杂质去除彻底,适合进行ISSR分析;将提取的DNA进行ISSR-PCR扩增,筛选出特异性高的引物,利用单因素和正交试验,建立并优化了入侵植物春飞蓬ISSR-PCR反应体系,20μL优化体系中DNA模板为20 ng、引物为0.2μmol/L、Mg2+为2.5 mmol/L、d NTP为0.2 mmol/L.     

两种荒漠小灌木RAPD反应条件优化与引物筛选

分析了模板DNA、引物、Taq酶、dNTP、Mg2+浓度对红砂和长叶红砂RAPD扩增的影响,筛选并建立了适合红砂和长叶红砂的RAPD扩增反应体系:反应体积25μL,内含20 ng模板DNA,0.16μmol/L引物,0.5 U Taq DNA聚合酶,2.5 mmol/L MgCl2,0.1 mmol/L dNTP,2μL10×buffer.用60个引物进行扩增,筛选出扩增效果好的18个引物,为进一步研究红砂和长叶红砂的遗传多样性奠定了基础.     

三角梅SRAP-PCR反应体系的建立及引物筛选

利用L9(34)正交试验设计,对影响PCR反应的TaqDNA聚合酶量、dNTP浓度、Mg2+浓度和引物浓度4个因素以及模板DNA浓度进行了三角梅SRAP-PCR扩增反应条件优化研究,并对引物进行了全面筛选.三角梅SRAP-PCR优化反应体系结果为:2.5μL 10×PCR buffer、60ng模板DNA、TaqDNA聚合酶1.0U、dNTP 0.25mmol/L、Mg2+2.5mmol/L、引物0.3μmol/L,总体积25μL.运用该结果从208对引物组合中共筛选出扩增条带清晰,多态性丰富的SRAP引物27对.优化体系的建立及其引物的筛选为今后利用SRAP标记技术进行三角梅遗传分析、图谱构建、基因定位与种质资源鉴定奠定了技术基础.     

小麦抗病性研究的AFLP分析体系的建立

利用小麦抗白粉病材料，通过对AFLP反应体系中几个主要条件的优化，建立了适合于小麦抗病性研究的AFLP反应最佳体系．实验结果表明，40μL酶切连接反应体系中，用于酶切的基因组DNA为500ng，20μL预扩增反应体系中Mg抖终浓度为1．5mmol／L，引物量为30ng时，其预扩增结果最好，这为下步选扩实验提供了实验条件；同时对扩增产物的银染检测方法进行了探索，获得了最佳的银染方案，所获图谱条带清晰，无背景干扰，便于分析．     

扁桃基因组DNA的制备和AFLP技术体系的建立

AFLP技术对DNA模板的质量要求较高。桃属果树扁桃的叶片含有较高的糖分、多酚类等物质,基因组DNA的纯化比较繁琐。笔者采用3×CTAB缓冲液提取基因组DNA,并加以纯化,使DNA质量达到AFLP技术的要求。在AFLP分析中,筛选出合适的引物组合:采用E+3/M+3选择性引物组合时,扩增条带少;改用E+2/M+3引物组合后,扩增产物主要分布在600～100bp内,且扩增条带数目适中,多态性适宜,电泳图谱清晰。     

松属树种种苗鉴定中AFLP指纹技术的研究

AFLP(扩增片段长度多态性)标记技术是高效而可靠的标记技术之一，特别对于那些基因组序列信息很少的物种更为有效。笔对基因组较大的松属树种的AFLP实验程序进行了优化，提供了松树树种AFLP分析中DNA酶切、引物连接、预扩增及选择性扩增的优化实验程序。结果显示．预扩增反应中利用选择碱基数不同的预扩增引物(E/M 1，E／M-2)制备的模板对后续的选择性扩增结果没有显影响；在选择性扩增反应中，对碱基数目选择进行了细致的优化．分别测试了15个E-3M-3引物组合，6个E 4/M 3引物组合及15个E 3/M 4引物组合。对于有相同选择碱基数的引物．扩增结果随选择碱基的组合不同而有较大差异。据总的扩增结果发现，选择碱基增加时．扩增谱带数明显减少，谱带清晰度增加，即当选择碱基增加到E引物末端时(M十4／E 3)，大多数引物组合的扩增谱带数要比选择碱基增加到M引物末端(E 3/M 4)的引物组合扩出的谱带数少且带型清晰。总体来看，E 4/M 3的引物组合比较适合于松属树种的AFLP分析。笔还利用单株树种子的胚乳组织对AFLP标记的遗传方式进行了研究，在所用的两个引物组合获得的标记中，约有30％左右的分离标记．分离标记中偏分离比例约为6％。另外．选用3个松属树种对选出的14个AFLP引物组合进行的验证显示，这些组合在不同种间均获得了较好的扩增结果．说明在不同松属树种中筛选出的引物组合可以为其它松属树种AFLP分析引物组合的选择提供借鉴。     

阔叶榧总DNA的提取及其RAPD反应条件的研究

在阔叶榧新鲜针叶DNA提取过程中，应用pH值较低，无机盐浓度较高的提取缓冲液可沉淀蛋白质，其中加入2％的β-颈基乙醇可有效地防止次生代谢物质使DNA变色。提取出的DNA样品产率在83．7－197．5ng/mg.f.，DNA质量和纯度较高，260nm/280nm光密度比值在1．8－1．9之间。所得DNA可直接用于限制性内切酶酶切，并可用于随机引物PCR扩增，在优化RAPD各种反应条件研究中，确定 了阔叶榧最佳RAPD反应体系为：15μL反应体系中含有50mmol/L KCl．10mmol/L Tris-HCl(pH9.0）．0．1％Triton-100、3nmolμL MgCl2、0.6nmol/μLdNTPs、6μg/μL BSA、1U Taq酶、60ng引物、50－100ng左右的阔叶榧DNA。     

地石榴ISSR扩增体系优化及应用

以地石榴为材料,通过单因素试验,对ISSR-PCR反应体系中各种影响因子,如引物浓度、dNTPs浓度、Mg2+浓度、Taq DNA聚合酶用量、模板DNA浓度、退火温度等进行了优化和筛选,建立了适合地石榴的IS-SR-PCR反应体系:20μL体系中,10×buffer 2.0μL,引物0.50μmol.L-1,dNTPs 0.15 mmol.L-1,Mg2+1.2mmol.L-1,Taq DNA酶1.25 U,模板DNA 25 ng.确定了适宜的退火温度为52℃.利用该优化后的体系从60条ISSR引物中筛选出了12条,随机选取2条对10份分布于不同地区的地石榴标本基因组DNA进行扩增,证实了该体系稳定可靠,可用于进一步分析地石榴居群遗传多样性.     

观赏海棠SSR-PCR体系优化及引物筛选应用

【目的】为探究适用于观赏海棠SSR反应分子标记研究的最佳PCR反应条件,采用正交设计法对观赏海棠SSR-PCR体系进行优化,并利用优化体系筛选适于观赏海棠的多态性SSR引物。【方法】以6个二倍体观赏海棠DNA模板为材料,采用L₁₆(4⁵)正交试验对DNA模板浓度、Taq酶浓度、引物浓度、Mg²⁺浓度和dNTP浓度进行优化实验,确立了观赏海棠SSR-PCR最佳反应体系。【结果】得出15 μL优化体系各成分为:DNA模板5 mg/L、Taq酶1.25 U、引物0.3 μmol/L、Mg²⁺ 2 mmol/L、dNTP 0.25 mmol/L、1×Buffer1.5 μL。利用优化体系在73对苹果属SSR引物中筛选出15对条带清晰、多态性丰富、重复性好的SSR 引物并确定各引物的退火温度,其多态信息含量均大于0.25。【结论】正交试验结果达到优化目的,利用优化体系筛选的15对多态性引物可直接应用于观赏海棠SSR分子标记实验中,为观赏海棠品种鉴定、分类以及遗传育种等研究提供了有效工具。     

荒漠草原土壤微生物16SrDNA扩增反应条件的优化

以荒漠草原土壤微生物总DNA为材料,分析模板DNA量、Mg2+、引物和dNTP的浓度对16SrDNA-PCR扩增结果的影响,经系统的优化实验建立了土壤微生物PCR反应体系: 25μL体系中含0.1mmol/L dNTP、2.5mmol/L MgCl2、1U Taq酶、0.4μmol/L引物和4ng的DNA模板.     

地毯草ISSR反应体系的建立与优化

在利用ISSR技术对地毯Axonopus compessus(Sw.)Beauv.种质资源的遗传多样性进行研究的实验过程中,对影响PCR扩增效果的一些因素诸如DNA的提取、模板DNA质量浓度、Taq酶的选择及其用量、Mg2 浓度、dNTP的用量以及退火温度等指标进行筛选和优化,筛选优化出可用于地毯草ISSR-PCR分析最适宜的PCR反应条件:10μL PCR反应体积中,10×Taq酶配套缓冲液(10 mmol/L Tris-HCl,ph9.0,50mmol/L KCl,0.1%Triton X-100),0.75 U Taq DNA聚合酶(上海申能博彩),0.375 μmol/L引物,180μmol/L dNTP,1.5～2.0 mmol/LMgCl2,10ng模板DNA.     

藜ISSR-PCR反应体系的优化

采用TaKaRa的PCR反应系统,以从藜(Chenopodium album L)幼叶中提取纯化后的总DNA为模板,进行UBC 859号引物的ISSR-PCR扩增实验,分别测试了镁离子、模板DNA和Taq DNA聚合酶含量对反应结果的影响,通过各因子的浓度梯度组合实验,确定了在25 mL体积的PCR反应中:酶配套缓冲液2.5μL,dNTPs0.2μmmol/L,引物0.2 mmol/L,Mg2+1.5 mmol/L,模板含量为40 ng,Taq DNA聚合酶为1.5 U是藜最佳的ISSR-PCR反应体系。     

苔藓植物RAPD应体系的建立及遗传多样性分析

以多枝青藓为材料优化RAPD反应条件,在此基础上对11种苔藓植物进行遗传多样性分析.结果表明:苔藓植物RAPD反应(25μl体系)的最佳条件为,Taq酶,1.0U;Mg2+浓度,2.0 mmol/L;dNTP浓度,0.2 mmol/L;模板DNA,60 ng;引物浓度,10 pmol.用40条引物进行扩增筛选,有6条引物扩增条带清晰,重复性好,共扩增出77条带.通过SPSS11.5分析软件对扩增结果进行聚类分析,结果与形态学分类基本一致,说明RAPD技术可用于苔藓植物的遗传多样性研究.     

太行菊SRAP-PCR反应体系的建立与优化

相关序列扩增多态性（SRAP）是一种新发展起来的分子标记技术,在太行菊中还未见相关的报道。为建立优化适合太行菊SRAP分析的扩增体系,以太行菊DNA为模板,对影响SRAP-PCR反应体系的5个重要参数设置梯度进行单因素实验分析,以确定最佳的反应条件。经过大量的重复性实验确定了适合太行菊SRPA-PCR反应体系：20μL的反应体系中,模板DNA量50ng,1.25mmol/L的Mg2＋浓度,0.5μmol/L的上下游引物,0.2mmol/L的dNTPs以及Taq酶1U。该体系在太行菊个体中均能扩增出清晰稳定的条带,为后续的太行菊遗传多样性分析奠定了基础。