新疆绵羊品种Ⅰ型IF基因的遗传多态性分析

为了筛选与绵羊羊毛性状相关联的分子标记,探讨Ⅰ型角蛋白中间丝蛋白基因多态位点在不同绵羊品种中的分布规律.采用PCR-RFLP技术对新疆6个绵羊品种Ⅰ型IF基因第1外显子的多态性进行了检测.结果显示,Ⅰ型IF基因第1外显子经MSP I 酶切后产生2种等位基因和3种基因型,呈现多态.各绵羊品种之间基因型频率和等位基因频率差异不显著(P＞0.05).和田羊和巴音布鲁克羊群体在该位点上处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05).平均He和PIC分别为0.2374和0.2079.     

绵羊ZBED6基因多态性检测及群体遗传结构分析

为了明确绵羊ZBED6基因的分子遗传特征及其在群体间的差异,采用DNA快速测序法对特克赛尔羊与阿勒泰羊杂交后代进行多态性检测,为下一步分析该基因与产肉性状的相关性奠定基础,进而为绵羊产肉性状的选育提供分子标记。结果显示:2个杂交群体在ZBED6基因编码区均存在两处多态性位点,2个位点发生的突变分别是位于第一外显子1723 bp的C→T突变和位于第一外显子2095 bp的A→G突变。这2个突变未导致氨基酸变化,为同义突变;经卡方检验分析,在C1723T位点,基因型TT在横交F2和回交F2群体中均表现为优势基因型,且T等位基因在2个群体中均为优势等位基因;2个群体的有效等位基因数接近2,说明此等位基因在群体中分布均匀;横交F2、回交F2绵羊多态信息含量分别为0.38、0.36,为中度多态,遗传变异较大;2个群体的基因型分布不存在差异(P0.05)。在A2095G位点,基因型AG在2个群体中表现为优势基因型,A等位基因为优势等位基因,且分布均匀;2个群体PIC为0.36(横交F2)、0.40(回交F2),呈中度多态,基因型分布亦不存在差异。这表明在ZBED6基因上检测到的2个多态性位点与供试绵羊群体基因型分布差异不显著。     

绵羊MTNR1A基因SNPs筛选及生物信息学分析

目的为了研究绵羊MTNR1A基因结构、多态性,以及其对繁殖功能的影响。方法以高繁殖力的湖羊、多胎萨福克羊和繁殖力相对较低的中国美利奴羊(新疆军垦型)为研究对象,采用PCR方法扩增MTNR1A基因exon2,通过测序和序列比对发现新的SNPs,应用MassARRAY技术对SNPs进行基因分型,通过生物信息学初步分析MTNR1A基因和新SNPs的功能。结果在3个绵羊品种中MTNR1A基因存在8个核苷酸变化(C378T、G405T、G564A、G658A、A735G、A753G、T843C、A845C),其中A658G导致第220位缬氨酸转变为异亮氨酸,A845C导致第282位天冬氨酸转变为丙氨酸。C378T位点在湖羊和多胎萨福克羊中只存在CC基因型和C等位基因,在中国美利奴羊中存在3种基因型,并处于哈代-温伯格不平衡状态;其余7个位点在3个绵羊品种中均存在3种基因型,并处于哈代-温伯格平衡状态,故C378T位点突变可能影响绵羊繁殖性能。生物信息学分析表明,MTNR1A为疏水性蛋白,属视紫红质样G蛋白偶联受体家族,二级结构以α螺旋和无规则卷曲为主。MTNR1A基因突变引起蛋白质二级结构的7处变化,但是没有改变翻译后修饰、拓扑结构以及三级结构。结论该结果为进一步研究MTNR1A基因在绵羊繁殖中的功能,以及多胎绵羊的标记辅助选择育种提供了参考依据。     

6个绵羊品种微卫星多态性分析

为了研究5个新疆当地绵羊品种与藏羊的遗传多样性及进化关系,本研究采用8个微卫星标记对策勒黑羊、多浪羊、巴音布鲁克羊、巴什拜羊、阿勒泰羊和藏羊6个群体共计263个血液DNA样品进行检测,通过计算基因频率、多态性分析含量(PIC)、有效等位基因数(Ne)和杂合度(He),分析以上绵羊品种群体的遗传多样性。同时采用Mega5.2分析软件对其遗传距离进行聚类分析。结果表明:8个微卫星位点在6个绵羊品种中共检测到130个等位基因,每个座位平均16.25个等位基因;6个群体的平均Ne为7.6882-9.8722。6个群体中藏羊的He与PIC最高值分别为0.8922和0.8715,其次是巴什拜羊,而巴音布鲁克的He和PIC都最低分别为0.8629和0.8350,但是6个群体均属于多态信息含量较高的遗传群体。由遗传距离构建的系统进化树也符合地理分布与育种历史。结果提示,6个群体都存在丰富的遗传多态性,而遗传距离有助于诠释品种之间的亲缘关系,预测杂交优势。     

新疆肉用绵羊抑制素βA基因多态性与产羔数关联分析

肉用绵羊的产羔数量低是制约新疆绵羊产业发展的一个重要因素.因此,对绵羊产羔数的分子标记研究也就具有了非常重要的现实指导意义.本研究选择了新疆本地品种哈萨克肉用羊、引进品种萨福克肉用羊和德中杂交肉用羊为实验对象,以抑制素βA基因为产羔数性状的候选基因设计了5对引物,采用聚合酶链式反应-单链构象多态技术(PCR-SSCP)检测该基因多态性,并分析其与产羔数的关联.结果表明:3种绵羊外显子5'调控区引物0-2扩增区域存在多态性位点,有3种基因型,分别定义为:AA、AB和BB.测序发现,基因型AA在外显子1的一43 bp和-44 bp处存在C→A和G→A的连续碱基突变,-38 bp处存在C→A的单个碱基突变,一25 bp处存在C→G的单个碱基突变.显著性分析显示,哈萨克羊基因型AA比基因型AB和BB产羔数分别多0.20个(P＜0.05)和0.26个(P＜0.05),德中杂交基因型AA比基因型AB和BB产羔数多0.25个(P＜0.05)和0.34个(P＜0.05),而萨福克羊3种基因型产羔数差异无统计学意义(P＞0.05).结论:绵羊抑制素βA是影响新疆哈萨克羊和德中杂交肉用羊产羔数的重要基因,可作为标记辅助选择的候选基因.     

绵羊褪黑激素受体1a基因第二外显子的多态性分析

采用2种限制性内切核酸酶MnlⅠ和RsaⅠ对常年发情的湖羊以及季节性发情的中国美利奴羊、罗米丽羊、罗米丽（Romilly Hills）×中国美利奴（新疆军垦型）褪黑激素受体1a（MTNR1A）基因外显子2的824bp扩增产物进行PCR-RFLP分析。结果表明：MTNR1A基因外显子2的在605位碱基处表现出MnlⅠ酶切多态性,在604位碱基处表现出RsaⅠ酶切多态性。χ^2适合性检验结果表明4种绵羊MTNR1A基因第二外显子在RsaⅠ和MnlⅠ酶切位点上都达到Hardy-Weinberg平衡状态（P〉0.05）;4种绵羊在RsaⅠ和MnlⅠ酶切位点上各基因型的分布通过χ^2独立性检验,结果表明差异极显著（P〈0.01）。     

基于全基因组选择的长牡蛎肥满度分布参数预测方法

全基因组选择是一种用于改良动植物育种群体中数量性状的方法,通过使用覆盖整个基因组的分子标记信息对复杂性状进行预测,从而帮助筛选出更适合培育的亲本.基于长牡蛎的单核苷酸多态性(SNP)位点信息,提出了一种预测长牡蛎肥满度分布参数的全基因组选择的新方法.首先,采用一种基于不同评价准则的二次特征选择方法,挑选与肥满度相关性较高的SNP位点;其次,利用所挑选的SNP位点信息构建具有正则化项的高斯通用加性模型对每个长牡蛎样本肥满度分布参数进行预测;最后,在长牡蛎数据上将所提方法和一些现有方法进行了验证比较.实验结果表明,所提方法具有更好的拟合精度和更低的均方误差,并能对样本性状稳定性进行有效的评估.     

新疆4个品种绵羊群体遗传结构的研究

采用垂直聚丙烯酰胺凝胶电泳法，对巴什拜羊(43只)、哈萨克羊(41只)、中国美利奴羊(新疆军垦型)(42只)、罗姆尼羊(45只)的3个血清蛋白位点进行了多态性分析，计算了血清转铁蛋白(Tr)、酯酶(Es)及白蛋白(Alb)的基因型和基因频率及各位点的杂合度、群体平均杂合度及群体信息度。结果表明：4个品种绵羊在3个位点均为多态，在多态座位中，Tr、Alb和Es分别出现了4、3和3种表型，分别受4、2和2个共显性等位基因控制。X^2检验显示，4个品种绵羊在3个座位上均处于哈代-温伯格平衡状态(P≥0．05)，并且均表现出较高的杂合度，其值分别是：巴什拜羊0．588l、中国美利奴羊(新疆军垦型)0．5352、哈萨克羊0．5290、罗姆尼羊0．4964。     

新疆3个地方品种绵羊微卫星遗传分析

利用10个微卫星标记对新疆北疆地区3个品种绵羊品种遗传多样性进行了检测。统计了各品种的等位基因组成、平均有效等位基因数(E)和平均基因纯合率(Ph),利用等位基因频率计算出各品种的平均遗传杂合度(h)、多态信息含量(PIC)和品种间的遗传距离。结果表明：10个微卫星位点在3个绵羊品种中的多态信息含量除BM1824、MAF65、OarAE101、OarFCB48为低、中度多态外,其余6个微卫星均为高度多态,可作为有效的遗传标记用于绵羊品种之间遗传多样性和系统发生关系的分析;各品种绵羊总的平均PIC、h和E均低于、Rh高于国外其他品种的绵羊,其基因多态性和遗传多样性相对贫乏;各品种的分子系统发生关系与其来源、育成史、分化及地理分布基本一致。     

绵羊KAP1.3基因的多态性及其与羊毛性状的关系

利用PCR-RFLP分子标记技术,研究KAP1.3基因与新疆5个不同绵羊品种之间的遗传关系.得出5种绵羊均处于中度多态,不同绵羊品种间遗传信息有所不同;选取在羊毛品质上具有不同表形值的中国美利奴羊,分析KAP1.3基因与毛性状之间的相关性,经多重比较分析得出:AB基因型标记的羊毛平均长度最长为13.54±0.4303cm,但各基因型间差异不显著;AA基因型标记的羊毛细度最细为18.13±0.4529μm,AA基因型与AB基因型间差异达到了显著水平(P<0.05),因此角蛋白关联蛋白的多基因家族的高硫蛋白辅助基因KAP1.3与羊毛细度间可能存在相关性.     

绵羊(0vis aries)线粒体DNA的遗传变异类型研究

通过PCR-RFLP和DNA序列测定发现绵羊线粒体基因组内存在的HinfⅠ酶切多态是COⅠ基因第234位的T-C碱基替换的结果.DNA序列分析表明该位点碱基的替换不导致氨基酸的改变,为一同义突变.依据这一单核苷酸多态可直接进行绵羊线粒体基因组的分型鉴定,并可作为绵羊核质基因互作研究、核外基因效应分析及转基因、动物克隆研究中胚胎及个体识别的分子标记.     

新疆4个绵羊群体MHC-DRB1基因外显子2多态性的遗传分析

采用PCR-RFLP的方法研究了哈萨克羊、多浪羊、中国美利奴羊(新疆军垦型)及哈萨克羊与中国美利奴羊(新疆军垦型)杂交一代的MHC-DRB1基因外显子2遗传多态性。结果显示,4个绵羊群体的MHC-DRB1基因外显子2表现出丰富的多态性,共检测到28种基因型和14个等位基因,其在4个绵羊群体间的分布存在不一致。对4个群体的遗传参数检测结果显示,MHC-DRB1基因外显子2的基因杂合度较大,遗传变异程度较高。根据MHC-DRB1基因外显子2在5个酶切位点的等位基因频率对4个绵羊群体进行了聚类分析,结果反映了4个群体间就MHC多态性建立的遗传关系,并初步探讨了4个群体间抗病性的相互关系。     

ACTN3基因多态性与运动能力和基因选材的研究

探讨运动基因ACTN3基因R577X多态性频率分布对运动能力的预测、评定以及科学选材的相关性。文中对测试组和对照组进行ACTN3基因R577X多态性分析,经检测,两组间ACTN3基因R577X多态位点分布频率符合Hardy-Weinberg平衡,均具有群体代表性。两组间ACTN3基因R577X基因型和等位基因频率差异均有统计学意义(P0.05),腿部爆发力与ACTN3基因R577X,R等位基因有关,该位点基因可作为预测腿部爆发力的基因标记,从而为运动员基因选材提供参考依据。     

中国美利奴羊(新疆军垦型)超细品系微卫星多态性的研究

选择分布在绵羊第6号染色体上的4个微卫星基因座OarDB6、BM1824、BM6438、BM6506,利用PAGE凝胶电泳检测微卫星在中国美利奴羊（新疆军垦型）超细品系中的等位基因数,计算等位基因频率（Pi）、遗传杂合度（H）和多态信息含量（PIC）,分析了中国美利奴羊（新疆军垦型） 微卫星DNA的多态性.4个微卫星位点OarDB6、BM1824、BM6438、BM6506在中国细毛羊品种超细品系中PIC平均值为0.6074,该4个微卫星位点可以用于中国细毛羊遗传多样性的评估.遗传杂合度平均值为0.86145,表明该品系绵羊遗传多态性丰富,群体遗传变异较大,并且4个微卫星基因座适用于绵羊的遗传连锁分析研究.     

中国美利奴羊PRLR基因外显子10SSCP多态性与部分繁殖性状的关联分析

以催乳素受体基因(PRLR)作为绵羊繁殖性状的候选基因,运用PCR-SSCP方法对PRLR外显子10的多态性进行检测,并对其多态性与绵羊部分繁殖性状进行了关联分析。结果表明:在PRLR外显子10的2个基因片段存在PCR-SSCP多态,PRLR1扩增片段存在3种基因型,PRLR2扩增片段存在4种基因型;Hardy-Weinberg平衡检验显示,中国美利奴羊群体在2个位点都处于平衡状态;CE和DD基因型中国美利奴羊产羔数均值比CD和DE型多0.31只(P<0.05);AA基因型中国美利奴羊初生重均值比BB型重0.66 kg(P<0.05);DE基因型中国美利奴羊3月龄重均值比CD型重2.42 kg(P<0.05)。     

BMP7基因多态对大白猪生长性状的影响

目的为了筛查猪BMP7基因SNP位点及分析其对猪生长性状的影响。方法通过PCR产物测序确定BMP7基因外显子上的5个潜在多态位点,用sequenom法对实验猪群进行基因分型并开展基因型与猪生长性状的关联分析。结果在BMP7基因5个潜在SNP位点中检测确定了2个SNP位点:A83509G和G84966A,且均属错义突变。A83509G位点AA型校正达100 kg日龄显著低于AG型和GG型(P0.05),GG型校正达100 kg眼肌面积显著高于AG型(P0.05); G84966A位点GG型校正达100 kg日龄和达100 kg眼肌面积都显著高于AA型(P0.05);在A83509G和G84966A位点单倍型中,AGGA、AAAA型个体校正达100 kg日龄显著低于AGGG基因型个体(P 0.05); AGGA基因型个体校正达100 kg眼肌面积显著高于AGAA基因型个体(P0.05)。结论 A83509G、G84966A变异位点对大白猪眼肌面积及生长速度具有显著影响,可作为猪生长性状选择的潜在分子标记。     

新疆7个绵羊品种MHC区段微卫星遗传多样性的分析

为分析新疆北疆地区主要绵羊品种的遗传多样性和系统发生关系,利用SSR Hunter软件寻找5个微卫星标记,采用PCR扩增,1%琼脂糖凝胶电泳,对新疆7个品种绵羊群体遗传多样性进行了检测分析,统计了各群体的等位基因组成、平均有效等位基因数和平均基因纯合率,利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度、多态信息含量和群体间的遗传距离。结果显示新疆7个绵羊群体共发现28个等位基因,实验证明在5个微卫星位点的平均多态信息含量为0.5569~0.7335,平均杂合度为0.6208~0.7437,有效等位基因数为2.7118~4.4203,均属于高度多态性位点。聚类分析和主成分分析结果与其起源、育成历史及地理分布基本一致。这5个位点作为与生产性能相关的遗传标记较为理想。     

应用 COMT 基因 SNP 位点鉴别拉布拉多和金毛猎犬胆量行为的研究

摘要:目的 检测拉布拉多和金毛猎犬儿茶酚-O-甲基转移酶( Catechol-O-methyltransferase,COMT)基因 SNP 位点的多态性,并统计分析 SNP 位点的基因型及单倍型与犬胆量行为间的关联性,以期为工作犬培训的前期筛选提供有效的遗传学分子标记。 方法 选取 91 只拉布拉多和 27 只金毛猎犬,共计 118 只,采用犬胆量评估( dog courage assessment,DCA)测试方法对犬的胆量行为进行评估,用高分辨率熔解曲线法( high resolution melting,HRM) 对该118 只犬的 COMT 基因的 4 个 SNP 位点:-1 666 bp C>G、c. 39 A>G、c. 216 G>A 和 c. 482 G>A 进行基因型鉴定,应用SPSS 19. 0 和 PHASE 2. 1 软件统计分析 4 个 SNP 位点的基因型和单倍型与犬胆量行为之间的相关性。 结果 拉布拉多和金毛猎犬的品种、性别和年龄与犬的胆量行为之间没有显著关联性( P>0. 05) 。 COMT 基因的 4 个 SNP 位点的基因型与拉布拉多和金毛猎犬的胆量行为之间存在显著相关性( P< 0. 01) 。 COMT 基因 4 个 SNP 位点的单倍型与拉布拉多和金毛猎犬的胆小性情显著相关( P<0. 01) ,并且 c. 216 G>A 和 c. 482 G>A 位点的 A 等位基因在犬的胆小行为上起主导作用。 结论 COMT 基因的 4 个 SNP 位点的基因型和单倍型与拉布拉多和金毛猎犬的胆量行为之间存在显著相关性,提示 COMT 基因对犬的胆量行为具有显著的影响,可作为胆小犬早期鉴定的有效遗传学分子标记。     

齐兴肉兔和伊拉兔MC4R、GHR基因SNP的检测

为了探索兔黑素皮质素受体-4 (MC4R)、生长激素受体(GHR)基因的部分单核苷酸多态性(SNP)及其与不同兔品种生长速度之间的关联,试验采用Chelex 100从齐兴肉兔和伊拉兔(n=60)血中快速提取基因组DNA,用PCR扩增MC4R、GHR基因部分片段并直接测序.结果发现:两品种兔GHR基因检测出1个SNP位点g.63343609 TG,为同义突变,该位点仅检测到G等位基因;MC4R基因检测出5个SNP且均为同义突变,各个位点的基因型频率在齐兴肉兔和伊拉兔之间存在不同程度的差异.推测MC4R基因的单核苷酸多态性可能与兔的生长速度有关联.     

青海八眉猪DRD1基因多态性与其生长性状和产仔数的关联分析

为揭示八眉猪DRD1基因多态性对其繁殖性能及生长性能的影响,以青海八眉猪为研究对象,对DRD1基因多态性与生长性状、产仔数进行相关性分析;利用生物信息学工具分析猪及其他近缘物种DRD1蛋白结构的保守性,作为评估八眉猪DRD1基因功能的基础。结果表明:猪DRD1蛋白在一、二、三级结构上与人等哺乳动物存在大量相似性结构;在遗传进化上和牛关系较近。青海八眉猪DRD1外显子区域存在一个多态性位点,但存在2种突变类型:Type1(g. 1159C T)和Type2(g. 1159C G),其中Type1位点是主要突变类型,在整个检测群体中处于哈代-温伯格平衡状态,Type2型分布不平衡。Type1和Type2型突变有利于青海八眉猪产仔数提高,其中Type1型突变纯合型TT产仔数显著高于野生纯合CC和杂合CT型(P 0. 05)。Type1和Type2的多态性引起了体高、体长等生长性状变化,但未达到显著水平(P 0. 05)。因此,青海八眉猪DRD1基因的此SNP位点可考虑作为其产仔性状相关分子标记的候选基因位点,为青海八眉猪的分子辅助选育工作提供基础。