酿酒酵母基因组的研究进展

酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)是第一个完成全基因组测序工作的真核生物,目前在结构基因组学、功能基因组学、模式生物、最小基因组、比较基因组学等方面的研究已经获得了重大的进展,为人类更深入地研究高等生物基因组打下了坚实的基础。本文将从这几个方面着手对酿酒酵母基因组的研究进展进行综述。     

上海师范大学“功能基因组学”创新团队

“功能基因组学”创新团队为上海师范大学首批4个学术创新团队之一，该学术创新团队依托生命与环境科学学院，团队负责人杨仲南教授，团队成员有肖明教授、郭水良教授、董彦君教授和杨晓彤副教授，分别负责创新团队的5个学术方向：模式植物功能基因组学、作物功能基因组学、生态与进化功能基因组学、微生物功能基因组学和功能基因产物的立用研究，该创新团队具有以下特点。     

我国模式植物拟南芥研究在国际上占有一席之地

植物功能基因组学是当前植物学最前沿的领域之一，由于基因功能的研究涉及专利和知识产权，对一个国家的长远发展起战略性的作用，所以国际竞争日益加剧．美国1990年启动“植物基因组学”计划，2000年底公布了模式植物拟南芥的全部序列．2001年开始，美国“2010年计划”又全面启动，目标是到2010年确定拟南芥中所有基因的功能．由于拟南芥是国际上第一个完成全部基因组序列测定的高等植物，利用其作为模式植物进行植物功能基因组学研究，大量涉及重要生命过程的基因被发现．我国是农业大国，同时面临人口、粮食、环境和资源等多方面的压力，加强植物学研究，发现和克隆重要基因并加以应用是解决上述困难和矛盾的一条重要途径．     

哺乳动物谷胱甘肽转移酶研究进展

谷胱甘肽转移酶(谷胱甘肽硫转移酶)(GSTs)是一类广泛分布于微生物、植物、昆虫、鱼以及哺乳动物,在诸多生物学过程中发挥重要作用的蛋白超家族,具有解毒和清除过氧化物双重功能.近年来,国内外研究人员进一步对GST在生物化学、结构生物学、分子生物学、进化生物学以及基因组学等层面进行了大量的分析和研究.本文将针对有关GST的研究展开综述,以期为深入开展哺乳动物GST基因适应和进化研究提供借鉴.     

蛋白质组技术的研究进展

基因组学的研究已从结构基因组学转移到功能基因组学上来.以大规模分析蛋白质作为其主要内容的蛋白质组是功能基因组学研究的一个主要内容.综述了蛋白质组研究所使用的主要技术,包括:二维凝胶电泳技术、质谱技术、蛋白质芯片技术、蛋白质复合物纯化技术、酵母双杂交技术、嗜菌体显示技术.     

蛋白质组学的研究进展

蛋白质组学是近几年出现的生物学者研究的热点和新领域.人类基因组"工作框架图"的完成,标志着后基 因组时代的来临,在后基因组时代,研究的中心将从揭示生命的所有遗传信息转移到在整体水平上对功能的研究,主 要以蛋白质组为中心阐述了一些与其相关的概念、研究内容、技术及其应用方面的研究进展;在这其中,蛋白质组学 的相关概念包括结构基因组学和功能蛋白质组学;而研究技术主要有2-DE技术、生物质谱技术、蛋白质芯片技术以及 生物信息学技术等.     

蛋白质组技术的研究进展

基因组学的研究已从结构基因组学转移到功能基因组学上来。以大规模分析蛋白质作为其主要内容的蛋白质组是功能基因组学研究的一个主要内容。综述了蛋白质组研究所使用的主要技术，包括：二维凝胶电泳技术、质谱技术、蛋白质芯片技术、蛋白质复合物纯化技术、酵母双杂交技术、嗜菌体显示技术。     

酿酒酵母功能基因组学研究进展

随着各种微生物基因组序列信息的积累和测序工作的不断完成,酿酒酵母基因组学研究的重点已由传统的结构基因组学发展到了功能基因组学,并从单一的基因功能研究转向多个或整个基因组系统地去了解真核生物生命活动的本能。对基因组学水平上酿酒酵母功能基因的生物芯片分析,代谢通路和功能图谱,以及比较基因组学研究进行综述。     

第3届发育遗传国际学术会议

该会议由美国霍华德休斯医学研究所（HHMI）和复旦一耶鲁生物医学研究中心主办，复旦大学发育生物学研究所承办。大会以小鼠遗传和人类疾病学研究为主题，又称为“小鼠遗传学及人类疾病学研讨会和小鼠遗传技术发展应用讲习班”。由于许多疾病研究不能够在人体上直接进行，模式生物尤其是和人类最相似的小鼠已成为研究人类多种疾病分子机制不可替代的工具。目前世界上发达国家的生物医学研究机构中大多数科学家在研究中使用模式生物，     

高通量蛋白表达和纯化

随着全基因组测序技术日新月异的发展,科研人员现在可以很快捷的获得一种生物编码的所有蛋白的信息,这使得我们可以在细胞水平甚至生物体水平上研究蛋白结构、功能和蛋白质间相互作用。众多学科从中获益,从结构生物学、功能基因组学到药物发现等多个领域都将因此而获得长足的发展。     

Functional genetic analysis of mouse chromosome 11

Now that the mouse and human genome sequences are complete, biologists need systematic approaches to determine the function of each gene. A powerful way to discover gene function is to determine the consequence of mutations in living organisms. Large-scale production of mouse mutations with the point mutagen N-ethyl-N-nitrosourea (ENU) is a key strategy for analysing the human genome because mouse mutants will reveal functions unique to mammals, and many may model human diseases. To examine genes conserved between human and mouse, we performed a recessive ENU mutagenesis screen that uses a balancer chromosome, inversion chromosome 11 (refs 4, 5). Initially identified in the fruitfly, balancer chromosomes are valuable genetic tools that allow the easy isolation of mutations on selected chromosomes. Here we show the isolation of 230 new recessive mouse mutations, 88 of which are on chromosome 11. This genetic strategy efficiently generates and maps mutations on a single chromosome, even as mutations throughout the genome are discovered. The mutations reveal new defects in haematopoiesis, craniofacial and cardiovascular development, and fertility.     

Numerous potentially functional but non-genic conserved sequences on human chromosome 21

The use of comparative genomics to infer genome function relies on the understanding of how different components of the genome change over evolutionary time. The aim of such comparative analysis is to identify conserved, functionally transcribed sequences such as protein-coding genes and non-coding RNA genes, and other functional sequences such as regulatory regions, as well as other genomic features. Here, we have compared the entire human chromosome 21 with syntenic regions of the mouse genome, and have identified a large number of conserved blocks of unknown function. Although previous studies have made similar observations, it is unknown whether these conserved sequences are genes or not. Here we present an extensive experimental and computational analysis of human chromosome 21 in an effort to assign function to sequences conserved between human chromosome 21 (ref. 8) and the syntenic mouse regions. Our data support the presence of a large number of potentially functional non-genic sequences, probably regulatory and structural. The integration of the properties of the conserved components of human chromosome 21 to the rapidly accumulating functional data for this chromosome will improve considerably our understanding of the role of sequence conservation in mammalian genomes.     

植物差异表达基因克隆技术及研究进展

随着分子生物学技术的深入发展,植物基因组研究已经由以全基因组测序为目标的结构基因组学转向以基因功能鉴定为目标的功能基因组学研究,目前分离并克隆差异表达基因已成为生命科学研究的热点.近些年来,国内外学者发展了多种分析差异表达基因的技术来研究植物在不同发育阶段、不同生理状态下的基因表达状况,掌握了生命活动过程中的重要信息.文章对建立在RNA水平上克隆植物未知差异表达基因的几种关键技术及其研究进展进行了综述,阐述了各技术的原理、技术路线、优缺点及相应的改进方法,并对它们在植物抗逆研究中的应用现状及前景作了展望.     

RNAi技术及其在基因组学研究中的应用

RNA干扰（RNA interference，RNAi）是一种真核生物体内的基因调控机制．在介绍RNAi的作用机制及作用特点的基础上，综述了其在基因功能研究、基因组免疫系统、人类疾病的基因治疗及水产养殖病害的防治等基因组学研究领域的最新进展与应用．     

Prospects for the Chinese Human Genome Project (HGP)at the beginning of next century

Chinese Human Genome Project (CHGP) as part of the international human genome research has achieved significant progress and created a solid foundation for further development. While participating in the human genome sequencing and gene discovery, the emphasis of CHGP in the next century will be laid on functional genomics. The strategy, resources and some policy issues will be addressed.     

Full-genome RNAi profiling of early embryogenesis in Caenorhabditis elegans

A key challenge of functional genomics today is to generate well-annotated data sets that can be interpreted across different platforms and technologies. Large-scale functional genomics data often fail to connect to standard experimental approaches of gene characterization in individual laboratories. Furthermore, a lack of universal annotation standards for phenotypic data sets makes it difficult to compare different screening approaches. Here we address this problem in a screen designed to identify all genes required for the first two rounds of cell division in the Caenorhabditis elegans embryo. We used RNA-mediated interference to target 98% of all genes predicted in the C. elegans genome in combination with differential interference contrast time-lapse microscopy. Through systematic annotation of the resulting movies, we developed a phenotypic profiling system, which shows high correlation with cellular processes and biochemical pathways, thus enabling us to predict new functions for previously uncharacterized genes.     

Sequencing and comparison of yeast species to identify genes and regulatory elements

Identifying the functional elements encoded in a genome is one of the principal challenges in modern biology. Comparative genomics should offer a powerful, general approach. Here, we present a comparative analysis of the yeast Saccharomyces cerevisiae based on high-quality draft sequences of three related species (S. paradoxus, S. mikatae and S. bayanus). We first aligned the genomes and characterized their evolution, defining the regions and mechanisms of change. We then developed methods for direct identification of genes and regulatory motifs. The gene analysis yielded a major revision to the yeast gene catalogue, affecting approximately 15% of all genes and reducing the total count by about 500 genes. The motif analysis automatically identified 72 genome-wide elements, including most known regulatory motifs and numerous new motifs. We inferred a putative function for most of these motifs, and provided insights into their combinatorial interactions. The results have implications for genome analysis of diverse organisms, including the human.