蛋白质相互作用的网络分析

建立了蛋白质复合物的残基网络, 其中蛋白质的残基被视为节点, 残基之间的接触视为连接. 复合物残基网络可以分成两种类型, 即疏水和亲水残基网络. 分析网络参量发现, 正确结合的复合物比错误结合的结构具有更高的界面度加和值和更低的网络特征路径长度. 这些性质反映出正确结合的复合物结构具有更好的几何或残基类型互补, 同时正确的结合模式对于保证天然蛋白质复合物的特征路径长度具有重要作用. 此外, 两个基于网络的打分项被建立, 它们能够很好地考虑复合物整体形状和残基类型互补特性. 将基于网络的打分项与其他打分项进行组合, 提出了一个新的多项打分函数HPNCscore, 它能够改进RosettaDock组合打分函数的区分能力超过12%. 这些研究将加深我们对蛋白质-蛋白质结合机制的了解.     

聚吡咯-亚甲蓝薄膜修饰电极对细胞色素c直接氧化还原的电催化

蛋白质生物大分子在电极上的电子转移过程是生物电化学领域的重要研究课题。电化学家认为以蛋白质-电极之间的电子转移过程模拟生物体中蛋白质-蛋白质之间的电子转移有可能提供某些解释生物体中电子传递机理的信息。细胞色素c(Cyt.c)是一种典型的传递电子的蛋白质,其辅基血红素铁为氧化还原活性中心。     

2,6-萘二甲酸二甲酯与β-乙基萘形成的激基复合物的光物理过程

过去文献上报道的激基复合物,多数是由电离能比较小的电子给体和电子亲和力比较大的电子受体所组成。但是我们实验室研究了一系列电离能和电子亲合力都比较接近的“给体”和“受体”,它们也能形成激基复合物。因此我们曾经指出激基复合物应分为两类,在电离能和电子亲合力都比较接近的体系中,与生色团相连的侧基的亲电子能力的大小,对激基复     

2,6-萘二甲酸二甲酯与1,2-二苯乙烯形成的激基复合物

自从Weller在1963年发现激基复合物以后,近廿年来,对激基复合物的研究有了极大的发展,因为它在光化反应中起着十分重要的作用。已经知道,当形成激基缔合物(Excimer)时,需要形成夹心面包式的结构,但是当形成激基复合物时,给体和受体之间是否有几何构形     

2,6-萘二甲酸二甲酯及其高聚物的激基复合物的荧光光谱

pH对氨基酸的荧光光谱有较大的影响已是众所周知的事实,但有机酸和无机酸对非电离型的有机化合物荧光光谱的影响是近十年来才开始研究的课题。而其相互作用的机理尚不清楚。1969年,Smith报道甲氧基苯的荧光可以被酸淬灭,并用同位素交换法证明在激发态有质子交换。1978年Bunce等人研究了一系列化合物与三氟乙酸之间的相互作用,发现三氟乙酸能淬灭这些化合物的荧光。因此提出了这些化合物能与三氟乙酸形成激基复合物     

中心法则是延续开放的

本文从五方面阐述遗传信息的流动(脱氧核糖核酸→核糖核酸→蛋白质)并非终止于蛋白质.重点从脱氧核糖核酸、核糖核酸、蛋白质与糖复合物的生物合成过程分析它们间的相似性,与遗传信息是靠蛋白质/酶的空间/第二密码传递,最后并以ABO血型、RNA编辑为例说明糖复合物不应被排除在中心法则之外.结论是遗传信息并非终止于蛋白质,起码延续至糖复合物,由于蛋白质等的多种生物学功能进而推测中心法则是延续、开放的.     

苯甲酸乙酯的光物理过程

激基复合物的形成是很多荧光猝灭的中间过程,也是光化学反应和生物分子的光化学转变的中间状态,并且是有机光导体光生载流子的中间体,因此激基复合物的研究是一个十分活跃的领域。但对于有机分子和无机酸分子之间相互作用形成激基复合物,特别是形成三分子激基复合物还极少报道,而这一过程对深入了解生物分子的光化学转变,光合作用机理等有着重要的意义。本文研究了苯甲酸乙酯的光物理过程,发现了苯甲酸乙酯浓溶液可以形成激基缔合物。苯甲酸乙酯不仅能与硫酸分子作用形成1∶1的双分子激基复合物,还可以和硫酸分子形成2∶1的三分子激基复合物。并讨论了形成三分子激基复合物的两种途径。     

聚N-乙烯咔唑和苯二甲酸二甲酯所形成的三分子激基复合物

一、引言 激基复合物是当前光化学领域中非常活跃的课题,特别是三分子激基复合物,它的偶极矩很大,极易分解成离子,产生自由基,因而更加引起人们的注意,但迄今为止,所发现的体系屈指可数,主要原因是不了解形成三分子激基复合物时需满足什么条件。本文的目的就是     

萘二甲酸二甲酯与萘及萘的衍生物所形成的激基复合物

1963年,Weller等发现激基复合物以后,他提出了在形成激基复合物时,伴随着电子的转移,即在激发态时,电子由电子给体的最高满轨道转移到电子接受体的最低空轨道。他在总结形成激基复合物的条件时指出,“需要一个电离能低的物质作为电子给体,一个电子亲和力高的物质作为电子受体”。这一概念已被很多人采用,并用以研究激基复合物的其它性质,但是这一理论有它的缺点,它只考虑分子总体的性质,根本没有考虑在分子中电荷不同的     

固氮酶Fe—Mo辅基模拟物含氧Fe—Mo—S原子簇电子结构的研究

随着生物固氮研究的进展,许多金属酶的活性中心微环境的研究已经达到原子水平。人工合成固氮酶Fe-Mo辅基模拟物也是一个相当活跃的领域。最近,Fe-Mo辅基的研究得到在Mo原子上含有氧配位的信息。我校化学系固氮组合成出铁钼之比为一比二的模型化合物。在Mo原子上含有单键的氧原子和含有二个双键氧原子的原子簇。我们已经对一系列的Fe—Mo—S模型化合物的电子结构作过CNDO的研究。因此,进一步研究含氧配位的Fe—Mo—S原子簇的电子结构,对于我们深入了解固氮酶辅基的结构和性能的关系有着重要意义。     

激基复合物发光器件中三重激发态之间的湮灭过程

激基复合物中三重态湮灭形成单重态发光是一个相邻四分子间的相互作用过程,通常很难发生.本文通过近些年发展起来的有机磁效应这一灵敏的非接触式研究新方法,在单重态和三重态间的能量差(?EST)较小和给体分子三重态能量较高的激基复合物发光器件中观察到了三重态湮灭这一过程.器件光谱证明激基复合物激发态的形成,结果显示:温度大于100 K时,激基复合物器件的电致发光磁效应(?EL/EL)未呈现出高场下降现象;只有当温度降低到最低(20 K)时,器件才会呈现高场下降现象,且这一趋势,与器件的外加偏压(即注入电流密度)有关;?EL/EL随温度变化的这一趋势进一步证实了这一湮灭过程的存在.基于上述实验结果,初步探讨了在激基复合物发光器件中的三重态激发态间湮灭的形成条件.利用有机磁效应研究激基复合物发光器件中的微观机制对进一步提高器件的发光效率有重要的科学价值和潜在的应用前景.     

藻蓝胆素二甲酯水加成物的形成和结构

藻胆蛋白是红藻(Rhodophyta)、蓝绿藻(Cyanophyta)和隐藻(Cryptopbyta)中类囊体膜外光合辅助色素,它们由开链四吡咯发色团辅基和脱辅蛋白以共价键结合而成。研究这些发色团辅基的化学性质及其衍生物的形成对阐述藻胆蛋白的光生物现象是很有意义的。     

温度和共混浓度对激基复合物与电致激基复合物共存体系的磁效率调控

激基复合物(exciplex)和电致激基复合物(electroplex)经常同时产生于体异质结的有机发光二极管(organic light emitting diodes, OLEDs),有报道称利用这两种发射态共存的器件实现了高效率发光.器件高效率的物理机制与共存体系中自旋对态(spin-pair states)的微观过程有关,相关微观过程还有待深入研究.本文以特征的有机磁场效应(organic magnetic field effects)作为主要探测工具,通过改变器件的工作温度和给体与受体的共混比例来研究这种双发射态共存体系中自旋对态的演变过程.实验结果表明:降低发光器件的环境温度不仅会减弱从高能激基复合物到低能电致激基复合物的Dexter能量传递过程,而且因器件偏压增高还会引起电致激基复合物电荷转移(charge-transfer, CT)态的场致解离,使其数量较少,导致其CT态的反向系间窜越(reverse intersystem crossing,RISC)过程减弱.另外,增加发光层中给体的浓度会引起电荷注入更不平衡,增强过剩的空穴载流子与电致激基复合物的解离反应,这也会减...     

激基复合物的溶剂效应

分子受光激发以后,变成激发态的分子,在回到基态之前,可以与相同的基态分子相互作用,形成激基缔合物(Excimer),也可以与不同的基态分子相互作用形成激基复合物(Exciplex)。由于在光化反应和光电导过程中,激基复合物常常成为中间产物,因而受到人们的重视。weller提出形成激基复合物伴随有电子的转移,因此随着溶剂极性的增强,有离子形     

细胞色素b5 Phe58在稳定蛋白质结构中的作用

为了解细胞色素b5血红素疏水袋中芳香性氨基酸残基和卟琳环之间π-π电子云堆积对蛋白质结构和性质的影响，用蛋白质工程的定点突变技术，分别以Tyr和Trp取代Phe58残基。用UV—vis和荧光光谱研究了F58Y，F58W突变体蛋白盐酸胍诱导的去折叠过程；研究了突变体蛋白与脱辅基肌红蛋白血红素转移反应的动力学，结果表明，用不同的芳香性氨基酸取代Phe58残基，减弱了血红素辅基与蛋白质肽链之间的结合、导致蛋白质的热变性中点温度Tm和盐酸胍变性中点浓度Cm下降、血红素转移反应速率增加以及氧化还原电位移动。     

放大了的生物分子

对病毒结构和生物分子在细胞内装配的研究,使我们认识了这些大分子在复杂的生物系统中的功能。在生物体细胞内进行着各式各样的生物化学过程。生物大分子,特别是蛋白质和核酸,参予或控制着这些过程。这种大分子一旦分离,便失去了功能。它们常常相互作用,形成了有序的聚合体或复合物,它们有时在形式和功能上竟是如此的富有特色,以致决定了细胞器的名称。30多年来,我对核酸和蛋白质以及     

系列氰化物与双卤分子间卤键的结构和性质

在MP2/aug-cc-pVDZ理论水平上对一系列卤键复合物R-C≡N...BrY(R=F,Cl,Br,C≡CH,CH==CH2,CH3,C2H5;Y=F,Cl,Br)进行了系统的理论研究,采用量子化学从头算、电子密度拓扑分析方法,从分子静电势、复合物的稳定构型、振动频率、电子密度拓扑性质等方面,探讨了卤键作用的本质和性质特征.研究表明,RCN与BrY之间形成n型卤键,属于闭壳层静电相互作用.复合物与单体相比,电子受体Br-Y键的键长增加,振动频率红移.氰化物上取代基的诱导效应对复合物的几何构型、卤键强度、电子密度拓扑性质和原子积分性质等都产生显著影响.分子静电势与卤键强度、键鞍点处电子密度拓扑参数值(ρ(rc),▽2ρ(rc),Gc,Hc,-Gc/Vc)等密切相关.在卤键复合物形成过程中,电荷从RCN向BrY转移,BrY总积分净电荷减小,溴原子能量降低,溴原子偶极矩和原子体积均变小.     

液相自蚀生长CuTCNQ微晶中的纳米通道

自1979年Potember与其合作者首次报道了铜的四氰基苯醌对二甲烷(7,7’,8,8＇-tetracyanoquinodimethan,简称TCNQ)的电荷转移(CT)复合物有机薄膜具有电流控制的电学开关现象以来,陆续发现了过渡金属(Cu,Ag)TCNQ及其一系列衍生物有机薄膜的电学或光电阈值开关与存贮特性.这些具有极重要应用前景的特性缘于材料中发生的部分场致相变.由这些部分相变形成了所谓的高电导畴或低阻通道.已有结果表明,促使形成这些通道的条件与测量用金属电极/有机薄膜的界面以及薄膜的微观形貌有着十分密切的关系.界面条件     

2,6-萘二甲酸二甲酯与苊形成的激基复合物

激基复合物在光化学的基础研究中占有主要地位。1987年,在匈牙利布达佩斯召开的第十三届国际光化学学术讨论会上,将光化学分为14个课题。如光谱学与理论光化学;光物理与多光子效应,选态过程和反应动态学,其中第五项就是激基缔合物和激基复合物,其所以如此重视激基复合物的研究,这是因为它是大多数光化反应的中间产物,它的形成、分解、发光对了解光化反应机理有极大的帮助。虽然国际上对此课题的研究十分活跃,但国内则属近期才     

咔唑类化合物与对苯二甲酸二甲酯所形成的激基复合物

咔唑是典型的杂环化合物,聚N-乙烯基咔唑又具有光导性,因此对咔唑类化合物性质的研究吸引了很多人的注意,在1978年,Guillet等人曾报道乙基咔唑(EtCz)与对苯二甲酸二甲酯(DMTP)可以形成激基复合物,但我们发现DMTP仅能淬灭咔唑的荧光,而不能与咔唑形成激基复合物,因此本文将系统研究甲基咔唑(MeCz),乙基咔唑(EtCz),丙基咔唑(PrCz),丁基咔唑(BuCz)与DMTP之间的相互作用,另一方面我们曾经提出当给