RecA介导的特异性DNA片段捕获

外显子捕获联合高通量测序技术在检测新的致病基因,特别是罕见的基因变异时,表现出很高的检测效率.但在具体使用过程中,探针易出现非特异性杂交,设计探针时需考虑Tm值均一性、所需初始样品量较大等问题.RecA是原核生物同源重组的中心分子,参与DNA损伤的重组修复.通过在体外模拟RecA蛋白在原核生物体内重组寻找同源序列的途径,用以捕获目标DNA分子,以期提高外显子捕获过程中的探针杂交效率和特异性.根据RecA在体内同源重组中的作用模式,先将基因组染色质片段化,再纯化DNA,设计生物素标记的特异性探针,在RecA蛋白的介导下以捕获基因组中的目的同源片段.结果显示:设计的和目标片段互补的探针高效而特异地捕获了目标DNA片段,ATP和水能够破坏RecA介导形成的三链复合体的稳定性,可以作为很好的杂交后洗脱试剂,而且水直接作为洗脱试剂可以提高洗脱目的 DNA片段的效率和纯度.     

核酸分子杂交检测黄瓜花叶病毒

为检测黄瓜花叶病毒的存在,应用Northernblot,将提取的黄瓜花叶病毒RNA样品,经甲醛变性凝胶电泳分离,使RNA解离成单链,然后用上行毛细管转移法,将凝胶上的单链RNA片段转移到尼龙膜上.经适当洗涤、干燥后,在烤箱中80℃保温2h,用于杂交.以带有黄瓜花叶病毒目的片段的细菌质粒制备DNA探针,用放射性同位素32P标记探针DNA,100℃变性处理用于杂交的探针,然后进行杂交.结果表明,在杂交膜上显示与特异性探针结合的阳性RNA条带,检测到了黄瓜花叶病毒的存在.     

一个诱动接合性柯斯载体的构建及其应用

用ｐＨＺ１３２在大肠杆菌中构建基因文库,并用特异的探针进行菌落杂交获得了有意义的ＤＮＡ片段,可将其衍生质粒转化到携带接合性大肠杆菌质粒如ＲＰ４的细胞中。通过与萌发后的链霉菌孢子进行两亲本杂交,或将携带ｐＨＺ１３２的大肠杆菌细胞和携带ＲＰ４衍生质粒ｐＰＫ２０７３的大肠杆菌细胞与萌发后的链霉菌孢子混合起来进行三亲本杂交,在接合性质粒ＲＰ４的转移功能的诱导下,携带插入片段的ｐＨＺ１３２衍生质粒即可转移到     

PCR技术在动植物检疫中的应用

一、PCR技术基本原理多聚酶链式反应,英文缩写为PCR,又称无细胞分子克隆法,是近年发展起来的一种快速的特定DNA片段体外扩增法,即一种特异性DNA序列的体外酶促合成方法.PCR利用两个寡聚核苷酸杂交对应链目的区域的侧翼上,一连串反应包括模板变性作用、引物退火和由DNA聚合酶酶促退火、引物延伸的周期性重复产生特定片段的指数积聚.该片段的末端由引物的5′末端决定.因为一个周期所合成的引物延伸产物可作为下一个周期的模板,所以靶DNA拷贝数目在每个周期中近似地呈倍数增加.这样,20个PCR周期可得约百万(2~(20))倍扩增.把扩增产物放进电泳,经溴化乙锭染色后,在紫外灯照射下,肉眼能看见扩增特异区段的DNA带.     

微孔板杂交技术检测乙肝病毒X基因及其临床应用价值

目的 建立微孔板杂交技术检测乙肝病毒X基因的方法,研究其临床应用价值.方法 在微孔板上包被HBV X基因片段的捕获探针;PCR扩增被检标本中目的片段,其引物用Bio-Ⅱ-dUTP修饰,在微孔板上杂交后用链霉亲和素碱性磷酸酶系统显色.结果 该方法检测HBV X基因灵敏,特异;乙肝后肝细胞癌患者X基因阳性率明显高于急、慢性乙肝和肝纤维化组.结论 检测HBV X基因对HCC具有辅助诊断价值.     

应用PCR—SSCP技术从显微切割的人染色体17q11—12探针池批量分离单拷贝片段的研究

将ＤＮＡ单链构象多态（ＳＳＣＰ）检测的原理，应用于“显微切割的人染色体１７ｑ１１—１２探针池”批量分离单拷贝片段，取得了很好效果。从筛选出的７４个次级单拷贝中有效地鉴定出３７个非同源的单拷贝片段。这比传统的仅限于长度比较而确认的非同源单拷贝片段（１２个）多出２５个．其中部分已经ＤＮＡ测序证实。结果提示：采用ＳＳＣＰ技术区分相似分子量单拷贝片段的同源性，可显著地提高从“显微切割探针池”分离和克隆非同源单拷贝片段的效率。本文还将一部分单拷贝片段作为探讨，与人基因组ＤＮＡ的限制性片段作Ｓｏｕｔｈｅｒｎ印迹杂交，结果均只显示单一杂交带，说明单拷贝ＤＮＡ片段的结论是可靠的。     

仙台病毒的结构和感染动物的诊断

仙台病毒是引起啮齿类动物呼吸道疾病的病原，它是具有包膜、线性、非片段的负链RNA病毒，可通过血清学方法和分子生物学技术进行检测。     

一种DNA侧翼序列分离技术--TAIL-PCR

在分子生物学研究中，基因克隆和分子杂交的探针制备等操作常需分离与已知DNA序列邻近的未知序列，热不对称交错PCR(简称TAIL—PCR)反应技术能够较好地解决上述难题。该技术通过3个嵌套的特异性引物分别和简并引物组合进行连续的PCR循环，利用不同的退火温度选择性地扩增目标片段，所获得的片段可以直接用做探针标记和测序模板。TAIL—PCR技术简单易行，反应高效灵敏，产物的特异性高，重复性好，能够在较短的时间内获得目标片段，已经成为分子生物学研究中的一种实用技术。笔综述了TAIL-PCR反应的原理、引物设计、反应条件设置及产物分析。     

神经网络中的退火：非时齐情形

本文考虑神经网络经过非时齐退火后的极限行为,我们给出了神经网络经过非时齐退火后的分布,证明了经过非时齐退火后网络在组态空间的一个子集上是遍历的。从而网络经非时齐退火后并不能以概率为1地恢复起一个记忆,进一步地,我们证明了既使只贮存了一个最强的记忆η,网络经非时齐退火仍不能以概率为1地恢复它。     

“松材线虫SCAR标记与系列分子检测技术及试剂盒研制”项目通过鉴定

2006年5月，我校森林资源与环境学院叶建仁教授主持完成的“松材线虫SCAR标记与系列分子检测技术及试剂盒研制”通过了江苏省科技厅组织的科技成果鉴定。该项研究对松材线虫与拟松材线虫特异片段进行了系统筛选，共获得了7个松材线虫DNA特异片段与5个拟松材线虫DNA特异片段，为松材线虫与拟松材线虫的分子鉴定奠定了基础。首次将2个松材线虫与2个拟松材线虫的DNA特异片段成功转化为SCAR标记，丰富了松材线虫与拟松材线虫分子标记方法。首次采用SCAR标记方法成功构建了松材线虫检测试剂盒，PCR检测过程仅需2．2h。首次成功标记了一个可用于检测松材线虫的非放射性探针DlG—F2／R1。用该探针对线虫基因组DNA点杂交，松材线虫均表现有较强的杂交信号，而拟松材线虫、霍夫曼尼伞滑刃线虫、大核滑刃线虫、长尾属线虫等均无杂交信号。成功设计、合成了TaqMan探针与其配套的引物对F11／R11。     

Cloning and expression of a cDNA encoding ribosomal protein S4 from Rice (Oryza sativa)

A cDNA clone, pS4, has been isolated from a cDNA library prepared from rice anthers of about 1.0 mm in length. DNA sequence analysis and database search show that the cDNA encodes a protein which is highly homologous to eukaryotic 80S ribosomal protein subunit 4 (S4). Northern hybridization indicates that this gene expresses in all tissues analyzed although the expression level varies and it cannot be induced by mechanical wounding in leaves. Southern blot analysis demonstrates that this rice S4 gene is from a multigene family.     

褐飞虱谷胱苷肽转移酶基因cDNA片段的克隆、测序及表达分析

谷胱苷肽转移酶是昆虫体内重要的解毒酶系之一，研究水稻害虫褐飞虱的谷胱苷肽转移酶基因在褐飞虱与水稻互作中的表达变化，可为有效防治褐飞虱提供新的理论依据。利用反转录多聚酶链式反应（RTPCR）技术克隆了褐飞虱谷胱苷肽转移酶基因编码区的eDNA片段，并使用Northern杂交技术检测了该基因对两种不同抗性水稻的分子反应。结果表明，所克隆到的eDNA片段长度为201bp，该片段所编码的氨基酸序列与来自大劣按蚊、细小按蚊、冈比亚按蚊、果蝇和木瓜果实蝇的谷胱苷肽转移酶的片段存在高度同源性。Northern杂交显示，在褐飞虱取食抗性水稻后，谷胱苷肽转移酶基因表达水平明显升高，但褐飞虱取食感虫水稻TN1后，该基因的表达水平没有明显变化。     

Cloning and expression of a cDNA encoding ribosomal protein S4 from Rice (Oryza sativa)

A cDNA clone, pS4, has been isolated from a cDNA library prepared from rice anthers of about 1.0 mm in length. DNA sequence analysis and database search show that the cDNA encodes a protein which is highly homologous to eukaryotic 80s ribosomal protein subunit 4 (S4). Northern hybridization indicates that this gene expresses in all tissues analyzed although the expression level varies and it cannot be induced by mechanical wounding in leaves. Southern blot analysis demonstrates that this riceS4 gene is from a multigene family.     

数字岩心建模及其准确性评价

介绍了模拟退火算法构建数字岩心的方法,指出了该方法建模时存在的问题,并对算法进行了改进;引入格子Boltzmann方法,并用其对所建岩心的传导性进行了评价.研究表明:模拟退火算法所建数字岩心具有良好的各向同性,但因其渗透性过低而与真实岩心差异较大;通过在退火过程中适时清除孤立的岩石颗粒可进一步降低系统能量、优化孔隙空间、加快退火速度,最终建立的岩心具有良好的各向同性、孔隙连通性和渗透性;格子Boltzmann方法计算数字岩心的渗透率简便易行、结果准确,可对岩心是否各向同性和渗透性的好坏给出合理评判,因而可作为数字岩心建模准确性评价的重要标准.     

水泥生料X萤光分析中元素间相互影响的研究

对利用Ｘ萤光分析水泥生料元素含量产生的元素间相互影响和测量数据的校正进行了研究，经分别采用直线法和卢卡斯－图思－派恩法的两种数学模型进行处理和分析的结果表明，后者的准确度优于前者，由此可校正元素间的相互影响，能使测量精度更好地满足生产的要求。     

Construction of cDNA library from iron-deficiency induced maize roots and screening and identification of iron-stress gene Fdr3

To isolate Fe-deficient related (Fdr) genes, an expression cDNA library of 4.5×105 pfu/μg has been constructed from maize roots in iron-stress. 6 clones have been screened from the cDNA library by differential hybridization screening. It is proved that an Fdr3 cDNA clone expressed stronger under iron-deficient condition than under iron-sufficient one by Northern blot and Western blot.     

形变退火工艺对GCr15轴承套圈球化组织和性能的影响

本文研究了ＧＣｒ１５轴承套圈的形变球化退火工艺，分析了不同工艺参数对球化效果的影响，并探讨了产生这种影响的原因．试验结果表明，采用合适的形变球化退火工艺，可以得到满足机加工要求的组织和硬度．与普通球化退火工艺相比，形变球化退火工艺不仅大大缩短退火所需时间，而且可以获得细、匀、圆的碳化物颗粒，是一种适用于中小型轴承套圈的先进生产工艺     

人p16~(INK4) cDNA探针在非小细胞肺癌研究中的应用

制备总RNA ,RT PCR克隆p16 INK4 cDNA ,测序验证 ,制备探针 .进行PCR产物Southern杂交检测非小细胞肺癌组织标本中p16 INK4 基因第二外显子阴性杂交率为 12 .9% (4 / 31) .原位杂交显示p16 INK4 基因转录阴性率为2 2 .6 % (7/ 31) .结果说明克隆的p16 INK4 cDNA是正确的 ,可用于临床基因诊断 ,p16 INK4 基因变异及表达在非小细胞肺癌的发生、发展中起作用     

Characterization of a calmodulin binding protein kinase from<Emphasis Type="Italic">Arabidopsis thalian</Emphasis>

A full-length calmodulin binding protein kinase cDNA ,AtCBK1 ,from Arabidopsis has been isolated by screening of an Arabidopsis cDNA library and by 5′-RACE-Northern blot and in situ hybridization indicated that the expression of AtCBK1 was more abundant in the vascular bundles and the meristems than in other tissues,The phylogenetic analyses revenl that AtCBK1 is different from animal CaMKs and it falls into CRK subgroup,indicating that they may come from different ancestors,The result suggests that AtCBK1 encoldes a CaM-binding serine/threonine protein kinase.