不同生理时期平菇(109)多糖质量分数比较研究

分析不同生理时期平菇(109)多糖的质量分数.测定了平菇(109)菌种的液体菌丝体阶段、菌丝满料阶段、子实体阶段的多糖质量分数,并进行了比较,分析不同生理时期平菇多糖产量的差异.平菇(109)液体培养阶段多糖质量分数最高,子实体阶段次之,菌丝满料阶段最少.实验为进一步开发利用食用菌多糖的原料提供理论依据.     

网络药理学结合GEO芯片探析黄连解毒汤治疗2型糖尿病的作用机制

运用网络药理学结合高通量基因表达(GEO)芯片数据探析黄连解毒汤治疗2型糖尿病的作用机制。基于GEO数据库筛选2型糖尿病与健康人差异基因，通过TCMSP筛选黄连解毒汤的活性成分及对应靶基因，取两者交集靶基因，借助R语言、Cytoscape软件中不同插件分别进行蛋白互作(PPI)及拓扑分析、基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析，采用薛定谔Maestro软件进行分子对接验证。结果显示：GEO数据库中实验平台为GPL6947的数据集GSE29231符合研究要求，内含24个样本数据，通过筛选得到差异表达基因1 549个；根据口服生物利用度(OB)与类药性(DL)筛选出黄连解毒汤83个活性成分和131个靶基因；获得15个交集靶基因、9个核心活性成分和7个核心基因；分子对接显示槲皮素、金合欢素、黄芩素、芹菜素、山奈酚与IL6、EGFR、FOS、MDM2有较好的结合活性；KEGG富集分析得到包括脂质与动脉粥样和PI3K-Akt的66条信号通路。研究表明，通过网络药理学结合生物信息学探析，黄连解毒汤的主要活性成分可能通过IL6、EGFR、FOS、MDM2等靶点...     

纤维素产生菌汉氏葡糖醋杆菌HDM1-3全基因组测序分析

为全面了解汉氏葡糖醋杆菌(Komagataeibacter hansenii,K.hansenii)HDM1-3的发酵特性，为提高纤维素产量提供基因组信息，对其基因组数据进行测序分析。采用PacBio RSⅡ平台对该菌株进行全基因组测序，基因组由1个3 659 612 bp染色体和2个质粒组成，编码3 820个蛋白质，含有7个纤维素合成酶基因。基于16S rRNA的系统发育分析表明了K.hansenii HDM1-3相对于醋酸杆菌科菌株的进化地位。在基因组中，共注释到碳水化合物活性酶88个。通过KEGG注释到代谢通路相关基因共3 132个，其中碳水化合物代谢相关基因287个。通过基因组测序获得了K.hansenii HDM1-3完整的基因组信息，为改造该菌株提供了基因组学基础。     

糙皮侧耳菌丝与子实体壳聚糖的提取与理化特征的比较

报道了从糙皮侧耳子实体、菌丝提取壳聚糖的方法,用红外光谱对所提取的样品进行鉴定和结构分析,并通过改良线性滴定法测定壳聚糖的氨基含量和抑菌效果的研究,比较了二者在理化性质和功能上的差异．发现两种壳聚糖在红外光谱图中酰胺Ⅰ吸收峰在1649．50-1588．05cm。范围内位置有区别;子实体偏低频,菌丝偏高频．壳聚糖氨基含量分别为6．78％和5．11％,两种壳聚糖对大肠杆菌（Escherichia coil）和枯草芽孢杆菌（Bacillus subtilis）的抑菌效果明显不同．用纤维素酶对其进行降解比较,结果表明：纤维素酶对以子实体制备的壳聚糖降解效果最为明显,而糙皮侧耳菌丝制备的壳聚糖不为纤维素酶所降解．     

叶柄粘球菌CA3的分离鉴定及其抗肿瘤活性初步研究

为寻找新的粘细菌次级代谢产物,分别采用滤纸片和大肠杆菌两种诱导法诱导粘细菌子实体的形成,挑取子实体多次转接以纯化菌株,从中筛选获得1株粘细菌CA3.通过菌体形态观察、生理生化试验和16S rDNA同源性分析的方法对其进行鉴定归类,确认其为叶柄粘球菌(Myxococcus stipitatus)新菌CA3.对粘球菌CA3发酵上清液进行细胞毒性试验,结果表明其对肿瘤细胞B16和SMMC-7721有很强的抑制效果,为后续的抗肿瘤活性组分结构解析和抗肿瘤机制的研究提供了重要基础.     

戊型肝炎病毒ORF2片段在毕赤酵母中的分泌表达及活性鉴定

为了寻求新型表达系统来研制戊型肝炎病毒基因工程疫苗，利用Pichia pastoris表达系统表达戊型肝炎病毒(HEV)结构区ORF2基因．利用PCR扩增HEV ORF2基因，然后将ORF2基因按正确的阅读框融合到Pichia postoris分泌型表达载体pPIC9K的a-因子信号肽编码序列3’端，重组表达载体在电击转化毕赤酵母，经过含G418的营养缺陷型培养基(RDB)筛选、重组酵母基因组总DNA进行PCR鉴定后，证实HEV ORF2基因已经整合到酵母基因组中并得到重组转化子．表型鉴定后对G418具有不抗性的重组菌株诱导表达，用双抗体夹心法ELISA筛选了表达外源蛋白的重组菌株，再经SDS-PAGE与Western blot证实ORF2基因在Pichia pastoris中实现了分泌表达，而且重组蛋白具有较强的特异性与生物学活性；同时用双抗体夹心法证实在Pichia pastoris表达的上清中存在衣壳蛋白聚体．     

一个与鸭繁殖性能相关卵巢差异表达基因的分离分析

本文用mRNA差异表达显示技术,分离分析了繁殖准备期金定鸭（Anas platyrhynchos domesticus）和绿头野鸭（Anas platyrhynchos）卵巢差异表达基因.通过卵巢组织RNA提取、反转录、mRNA差异显示PCR扩增、PAGE和银染检测扩增产物、差异带回收纯化、T载体连接转化和克隆测序分析,获得一个可能与鸭繁殖性能有关的卵巢差异表达基因片段,片段大小882bp.同源性分析表明,其序列与发情期羊卵巢cDNA（同源性为96%）、褐家鼠睾丸cDNA（同源性为83%）有很高的同源性.基因家族摸体分析表明,该序列的部分片段分别与Sox-5基因、转录因子USF基因、性别决定因子SRY、Cdx A基因都有90%以上的同源性典型摸体.由上述分析,我们推测该cDNA片段与鸭繁殖性状有关.     

Lrrc10蛋白的表达、纯化及多克隆抗体的制备

Lrrc10是一个心脏特异表达基因.为了深入研究Lrrc10在心脏发育中的功能,需要获得Lrrc10蛋白并制备其抗体.以小鼠心脏cDNA文库为模板进行PCR扩增得到Lrrc10部分编码区序列,然后将其连接到pGEX-4T-1载体上获得原核表达载体.重组子经酶切及测序鉴定后,转化大肠杆菌(E.coli) BL21,并用I...     

集胞蓝细菌PCC 6803中非生物胁迫响应的核心基因分析

以集胞蓝细菌PCC 6803的多组转录组数据为对象，鉴定蓝细菌在非生物胁迫下共同表达的核心差异基因（CDGs））．结果表明，9个对氮、铁、碳、磷缺乏响应的CDGs被鉴定．京都基因和基因组百科全书（KEGG）分析表明，氮代谢、ABC转运蛋白和氨基酸代谢与营养缺乏有关．研究还鉴定了热激处理下共同表达的CDGs，并且代谢通路ABC转运蛋白和碳固定也与热胁迫相关．同时构建了CDGs的蛋白质-蛋白质相互作用网络，以预测基因在应对胁迫可能的响应机制．这些候选基因库将有助于加速理解蓝细菌在应激中的调控模式．     

在心脏组织表达的一个人类新基因

KRAB／C2H2型锌指蛋白是一类具有重要功能的转录调节因子，初步克隆了一个新的人类KRAB／C2H2型锌指蛋白基因，经国际基因命名委员会批准命名为ZNF382，此基因长2824bp，含5个外显子，4个内含子，在基因组DNA上长约23kb，它编码548个氨基酸，在氮末端含一个KRAB框，碳末端含一个未成形的锌指(VZF)和9个锌指(ZF)，Northern杂交结果表明，ZNF382mRNA在早期胚胎时期(至少在妊娠34d之前)就开始表达，在不同时期人类胚胎组织中广泛表达，包括小脑、肾、大脑、肺、心脏、骨骼肌、舌和肾上腺，在成人组织其表达限制在心脏，其结构和表达特征预示着ZNF382在心脏发育和功能的发挥起着潜在的作用。     

腺病毒反向重复序列ITRs的人工合成与克隆

为获得高GC含量(72%)的腺伴随病毒AAV反向末端重复序列ITRs(178 bp),以自行设计的4段寡核苷酸引物(约59 bp)为模板,采用融合PCR方法将其人工合成.回收目的片段后,通过TA克隆、PCR和酶切鉴定获得8个阳性转化子.经测序鉴定,得到了5个序列完全正确的克隆.本实验为研究含有ITRs的重组杆状病毒介导外源基因在哺乳动物细胞中表达持续时间的影响奠定了基础.     

果蝇Nrt基因的一个人同源异型基因NLGN-4的研究初报

运用计算机克隆的方法获得了一个新的人同源基因，经国际人类基因命名委员会批准命名为NLGN－4（Neuroligin4）。该基因位于X染色体，有一个含有TATA框的典型启动子序列，mRNA全长约5．6kb,3‘末端含有ATAAA的加尾信号，编码一段长816个氨基酸的蛋白质，相似于其家族成员的NLGN－3基因产物，其神经系统（主要是大脑）的EST数目占正常组织EST总数的45%,表明它在大脑和其他神经组织中有高度表达，可能与大脑的功能有关，这与其家族成员的功能相一致。而它在胎儿心脏中也有较多表达（占正常组织的20％），提示该基因可能与心脏发育有关。     

PadR对须糖多孢菌丁烯基多杀菌素生物合成及转运相关蛋白表达的影响

为研究padR基因表达对须糖多孢菌(Saccharopolyspora pogona)次级代谢产物生物合成及相关蛋白表达的影响,在对须糖多孢菌基因组测序结果的基础上,从基因组中克隆了padR基因上、下游同源臂,利用融合PCR将硫链丝菌素抗性基因插入上、下游同源臂之间,将融合片段与穿梭载体pOJ260连接,构建敲除载体pOJ260-UHA-tsr-DHA。通过接合转移将其导入野生型须糖多孢菌中,通过同源臂双交换获得须糖多孢菌敲除菌株S.pogona-ΔpadR。经HPLC检测分析,敲除菌株次级代谢产物丁烯基多杀菌素产量与原始菌株相比提高了27.3%,且有7个转运相关蛋白出现表达上调。这一研究表明padR基因的敲除能够有效促进须糖多孢菌丁烯基多杀菌素的生物合成。该研究对优化须糖多孢菌丁烯基多杀菌素的生物合成途径具有一定的指导意义,为研究padR基因表达在链霉菌次级代谢产物合成中的作用打下了基础。     

马尾松苯丙氨酸解氨酶基因cDNA全长克隆与序列分析

苯丙氨酸解氨酶(Phenylalanine ammonia-lyase,PAL)是连接植物初级代谢和次级代谢途径关键酶、限速酶,催化苯丙氨酸转化为肉桂酸,促进黄酮、木质素等次生代谢产物的合成,在植物抗病过程中有重要意义.采用RT-PCR和RACE技术,从马尾松中克隆到PAL基因的cDNA全长.此cDNA全长2 700 bp,包括2 154 bp的完整ORF,编码717个氨基酸的蛋白,相对分子质量与等电点分别为78 200和5.81.其推导的蛋白序列与火炬松(Pinus taeda)、欧洲赤松(Pinus sylvestris)和海岸松(Pinus pinaster)的苯丙氨酸解氨酶同源性分别为98.2%、99.4%和97.8%.     

盐胁迫下西伯利亚蓼蛋白质双向电泳分析及质谱鉴定

通过蛋白质双向电泳和质谱技术,对盐胁迫前后西伯利亚蓼的蛋白质组进行了比较分析.在pH3~10范围内,在西伯利亚蓼地下茎蛋白表达图谱中发现23个蛋白质点胁迫后的表达量与对照有明显差异(±2倍以上),其中包括一个新增蛋白点.对表达量变化较大的11个蛋白点进行质谱分析,并通过数据库检索进行蛋白质鉴定与功能预测,确定了4种蛋白质.其中的两种蛋白甘油醛-3-磷酸脱氢酶(Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase)和丙酮酸正磷酸二激酶(Pyruvate,ortho-phosphate dikinase)胁迫后高表达,说明地下茎细胞内正进行着旺盛的呼吸代谢,以提供维持植物生长发育以及抵抗外界胁迫所需的能量.     

转录因子AP-2α与ACTN1、TES的相互作用

AP-2α是转录因子AP-2家族中的重要一员,与发育和细胞生长、分化和凋亡都有密切的联系.本文用酵母双杂交的方法筛选得到两个与转录因子AP-2α相互作用的蛋白,经测序鉴定分别为ACTN1与TES基因.在先前对AP-2α与TES基因分别克隆并在表达的基础上,进一步克隆并表达了ACTN1基因,并证实了ACTN1蛋白与AP-2α能够在体外相互作用.而且免疫共沉淀的结果表明在HeLa细胞系中过表达的AP-2α与TES蛋白能够处于同一复合体中.同时发现HeLa细胞系中,内源表达的ACTN1蛋白与GFP-TES有明显的共定位.结果提示这3种蛋白可能存在于同一个大的复合体中,通过这样的结合完成复杂的调节功能.     

斑马鱼hand2基因的克隆、抗体制备及分析

为利用斑马鱼动物模型进一步研究bHLH转录因子家庭重要成员hand2基因在心脏发育中的功能,采用生物信息学结合RT-PCR的方法获得了斑马鱼hand2基因.将所得片段插入原核表达载体pGEX-4T-1中,并通过IPTG诱导表达出GST-Hand2融合蛋白,经GST亲和层析法纯化后,免疫新西兰大白兔制备了多克隆抗体,利用western blotting和免疫组化的方法对抗体进行分析.分析表明:斑马鱼hand2基因成熟肽编码区含有627 bp,编码208个氨基酸,与人Hand2蛋白的同源性达到83%;IPTG诱导表达后,表达的融合蛋白占菌体总蛋白的71%,经GST纯化获得SDS-PAGE电泳下单一条带.融合蛋白相对分子质量约为49 000.分析表明,制备的抗体具有很好的特异性.     

甜菜M14品系特异表达基因ESTs的生物信息学分析

甜菜M14品系具有无融合生殖特性,为了获得M14品系特异表达的基因,本实验室前期利用抑制消减杂交(SSH)和mRNA差异显示(DDRT-PCR)技术对M14品系和能够进行有性生殖的栽培甜菜A2Y品系进行了基因特异表达研究,获得了298条M14品系特异表达基因的ES-Ts。对这些ESTs进行生物信息学分析并进行了GO分类,筛选出5条可能与基因表达调控和细胞周期调控相关的ESTs,为进一步获得这些基因的全长序列并研究其功能奠定了基础,也为今后能在甜菜M14品系中寻找并克隆与无融合生殖相关的基因提供了可靠的保证。     

东北红豆杉紫杉二烯合成酶cDNA克隆及其与紫杉醇产生菌基因组DNA的Southern杂交(英文)

为进一步研究紫杉二烯合成酶的作用机理和紫杉醇生物合成代谢调控机制,采用RT-PCR技术从东北红豆杉(Taxus cuspidata)树叶中获得了紫杉二烯合成酶基因片段,将该片段克隆在载体pGEMT-easy vector上,并转化到E.coliJM109中,经EcoRI酶切鉴定后,对阳性克隆进行序列测定,获得紫杉二烯合成酶基因片段长度为909 bp,编码303个氨基酸,与GenBank中收录的紫杉二烯合成酶的同源性达到98%;对获得的紫杉二烯合成酶基因和紫杉醇产生菌HQD33基因组DNA进行了Southern杂交。结果初步证实了紫杉二烯合成酶存在于通过内生真菌发酵生产紫杉醇的生物合成途径中。为利用分子生物学手段研究通过内生真菌发酵生产紫杉醇生物合成的代谢调控和构建高产紫杉醇基因工程菌株提供了强有力的理论指导。