核定位蛋白的结构域特征分析

蛋白质的结构决定蛋白质的功能,结构域(domain)是蛋白质序列中具有独立功能的区域,而发挥功能的区域在结构上通常是保守的.根据Swiss-Prot建立亚核定位蛋白数据集,分为6个亚核区域共1505条蛋白质序列,对该数据集中的核蛋白进行结构域的搜索与功能的分析,通过提取细胞核内6种亚核定位蛋白含有的结构域信息,找到了染色体、核仁和核膜区域蛋白质的独特的结构域以及6种亚核定位蛋白共有的结构域,这些结构域特征信息可用于进一步预测蛋白质的亚核定位.     

蛋白质结构域划分方法及在线服务综述

蛋白质结构域是研究蛋白质结构、功能与进化的基本单位,不同的结构域可组合出更为复杂的蛋白质分子.划分蛋白质结构域后,可以从结构域的角度研究蛋白质的结构、功能与进化,降低了研究复杂度.根据已知结构的蛋白质统计,有约40%的为多结构域蛋白质,其中还存在一级结构上不临近的氨基酸序列出现在同一个结构域的情况,即不连续结构域.文章给出了当前国内外有关蛋白质结构域边界预测、不连续结构域检测及结构域数据库与在线服务的研究进展,供相关研究者参考.     

蛋白质结构域折叠类型的离散量理论预测

根据最近的SCOP库,依据2616个蛋白质结构域折叠类型的分类和PDB库中这些蛋白质的主二级结构序列,计算了这些蛋白质中α螺旋、β折叠和βαβ片段单元的数目,并以此为主要参数构成信息离散源,用离散量方法预测了这些蛋白结构域的折叠类型.结果表明,运用各种不同标准集和检验集,得到α类、β类、α/β类和α β类蛋白质结构域的预测成功率均在99%,92%,89%和87%以上.对标准集总的平均预测成功率为93.82%,对检验集总的平均预测成功率为94.35%.     

基于结构域理化性质的蛋白质相互作用方向预测

为了更好地理解蛋白质相互作用,用蛋白质相互作用间信号传递方向进一步注释蛋白质相互作用网络,提出了一种基于结构域理化性质预测蛋白质相互作用方向的方法。首先提取蛋白质结构域的10种理化性质,构成表示方向信息的特征向量;然后建立支持向量机预测模型,并利用网格搜索对模型进行参数寻优;最后用拥有最优参数的模型进行预测。实验结果表明,该模型准确率达到88.17%,AUC值为0.837.与PIDS方法比较结果表明,蛋白质结构域的10种理化性质能够有效用于蛋白质相互作用方向的预测,为预测蛋白质相互作用方向提供了一种新思路。     

基于距离最大熵值的蛋白质结构域边界检测系统

首次将蛋白质结构域边界检测问题归结为非平衡数据学习问题, 提出一种新的欠采样方法, 即在支持向量机特征空间中对与正类样本具有距离最大熵值的负类样本进行采样. 以经过筛选的蛋白质结构域数据库作为实验数据, 支持向量机学习系统的平均预测准确率可达80%, 同时具有较高的敏感性和特异性.     

抗凋亡与促凋亡蛋白质的结构分析

针对SwissProt数据库所建立的239条抗凋亡蛋白质与222条促凋亡蛋白质数据集进行结构域、模体信息的搜索与分析,发现抗凋亡蛋白质与促凋亡蛋白质所特有的结构域和模体结构,也发现有部分结构域、模体信息是抗凋亡蛋白质与促凋亡蛋白质所共有的.在PDB数据库中找到上述结构域的二级和三级结构,再利用MEME搜索序列模体,从而提取出具有凋亡作用的保守的高级结构特征与信息,这些特征信息可以为抗凋亡与促凋亡作用机制的研究提供帮助.     

从序列预测蛋白质折叠速率

基于序列预测二级结构的蛋白质折叠速率的成功预测暗示着折叠速率能够单独从序列中预测出来.为了追踪这一问题,提出了从序列预测折叠速率的一种方法,而不需要任何二级结构和拓扑的信息.残基对折叠速率的影响与氨基酸的性质有密切的关系.对双态和多态蛋白质实验测定的折叠速率的相关性达到了82.9%,这意味着蛋白质的氨基酸序列是决定折叠速率和机理的重要因素.     

通过构建蛋白质结构域功能模版库做基于氨基酸序列的蛋白质功能位点预测(英文)

由蛋白质序列预测蛋白质功能位点对于理解蛋白质功能具有重大的意义,它同时也为生物学实验提供了重要依据.长期以来,基于知识库的方法一直是预测蛋白质功能位点的可靠方法.通过适当修改蛋白质结构分类库SCOP构建了一个附带功能注释的结构域模版库(fDPD),其中每个模版都包含一组序列和结构都非常相近的已知的蛋白质成员.fDPD通过隐马尔可夫模型方法HMMER由未知蛋白质的序列预测其功能位点.为了考察本方法的效果我们检测了两个通用的酶催化位点数据库,一个由约1 500个序列构成的钙离子结合蛋白数据库和从CASP9中提取出的数条蛋白质序列.我们的方法对于配体结合位点以及钙结合位点的预测取得了较高的精度和覆盖率,其催化位点的预测效果仅次于目前已知的最好的方法.我们的计算结果表明,结构上相似的蛋白质其功能位点倾向于出现在蛋白质表面上相似的位置.     

水稻蛋白质相互作用网络的预测与分析

通过同源映射的方法,利用6个模式物种的蛋白质相互作用数据预测水稻的蛋白质相互作用网络.预测到水稻中有4483个蛋白质参与了24942个蛋白质相互作用.通过GO注释,结构域相互作用,基因共表达等3个证据评估预测网络的质量,并对网络进行了拓扑属性分析.结果表明水稻的蛋白质相互作用网络符合scale-free属性.通过对网络中功能模块的分析,可以预测蛋白质的功能和亚细胞定位信息.     

一种融合多组学数据的关键蛋白质预测算法

关键蛋白质在维持生物体的生理活动中发挥着重要的作用，预测关键蛋白质有助于设计药物分子靶标.随着高通量技术的发展，基于蛋白质相互作用关系数据采用计算方法识别关键蛋白质成为当前的热门研究.研究表明，将蛋白质相互作用网络与其他生物学信息结合起来能够更有效地识别关键蛋白质.因此，本研究提出一种整合蛋白质相互作用数据、基因本体注释信息、蛋白质亚细胞定位信息及蛋白质结构域信息的识别关键蛋白质的新方法TGSD.为了评估新算法的有效性，选取4组常用的酵母测试数据集进行仿真实验，详细比较TGSD方法与其他7种经典方法的识别效果.数值结果显示，TGSD在预测正确关键蛋白质数目和准确率等统计指标上明显优于其他算法.     

面向供应链管理的行业信息系统问题域对象建模

基于供应链管理的结构模型和信息流传递模型,提出了一种行业信息系统问题域对象的建模方法.依照供应链的网络结构模型进行问题域的类结构设计,从供应链网络结构模型中的事物抽象出行业信息系统中的问题域类;依照供应链的集中式信息流传递模型进行问题域类的行为设计,将供应链信息流传递模型中的传递行为抽象为问题域的类行为.由此得出行业信息系统的问题域类结构模型和行为模型,并在一个实际应用系统中实现了该模型.     

基于频域的结构相似度的图像质量评价方法

基于结构相似度信息(SSIM)的图像质量评价方法结构简单、评价性能优于峰值信噪比(PSNR),但是在研究中发现SSIM不能很好地评价严重模糊的图像。该文提出一种基于频域的结构相似度(FSSIM)的图像质量评价方法。该方法将频域信息作为图像的主要结构信息,根据人眼视觉系统(HVS)对不同频率分量的敏感程度不同,对离散余弦变换后的各频率分量加权后得到图像的频域函数。由频域函数、亮度函数和对比度函数计算得到结构相似度。实验结果表明,FSSIM比SSIM和PSNR更符合人眼视觉系统特性,能较好的评价图像质量。     

一种基于离散余弦变换的OFDM信道估计方法

正交频分复用(OFDM)是实现无线多媒体通信的核心技术,信道估计是OFDM系统的关键技术之一.提出了一种改进的基于离散余弦变换(DCT)的OFDM信道估计算法.算法对序列尾部的插值进行了改进,将得到的信道估计变换到时域,通过平均的方法进一步提高了信道估计性能.仿真结果显示,改进的DCT插值信道估计方法比常规算法性能更优,系统性能得到改善.     

基于叠加训练序列的FSO-OFDM系统时间同步算法

提出了一种可适用于自由空间光通信的非对称限幅正交频分复用系统的时间同步方法,通过在时域上叠加伪随机序列,将训练序列与用户数据同时发送,在接收端使用本地产生的序列与接收信号进行互相关运算获得同步信号.叠加训练序列仅将训练序列叠加在部分用户数据之上,改善了传统插入训练序列算法会降低频谱利用率和信息传输效率的特性.仿真结果表明,相较于传统的插入训练序列同步方法,提出的基于叠加训练序列的时间同步方法在大气湍流环境中同步正确率更高,同步性能更好,而且提高了频谱利用率及信息传输效率.     

基于知识表达系统的序列比对研究

序列比对是生物信息学中基本的信息处理方法,对于发现生物序列中的功能、结构和进化信息具有重要的意义。该文对典型的双序列比对算法以及多序列比对算法进行了描述和评价;针对目前序列比对算法普遍存在的不足,提出了一种新的思想--基于知识表达系统的序列比对研究,应用知识表达系统对序列比对相似性发现进行定义及其处理。     

双语词汇自动获取系统

介绍了一个基于Internet的双语词汇获取系统,提出了根据文本结构信息和内容信息进行对齐的方法,该方法的实现不依赖于任何语言的特点,从对齐结果中自动抽取双语词汇,系统最终的结果词汇又被用作鉴定未知词汇的依据,所提取出的词汇反映了大量的新词、专有名词和在不同上下文里的各种译文,可以应用在机器翻译呼多语种信息检索中。     

基于DCT域中频系数关系的冗余水印算法

提出了一种在DCT变换域中嵌入冗余信息的算法.用不同的密钥对水印信息进行置乱,得到不同的冗余水印信息,增强了安全性.根据ZigZag的扫描顺序,在DCT域中选取一串中频系数并进行分组,嵌入冗余水印信息.对提取的冗余水印信息用最大隶属原则进行判决,确定嵌入的水印信息.实验验证该算法具有较好的抗噪声攻击和几何变换的能力.     

基于DCT域中频系数关系的冗余水印算法

提出了一种在DCT变换域中嵌入冗余信息的算法.用不同的密钥对水印信息进行置乱,得到不同的冗余水印信息,增强了安全性.根据ZigZag的扫描顺序,在DCT域中选取一串中频系数并进行分组,嵌入冗余水印信息.对提取的冗余水印信息用最大隶属原则进行判决,确定嵌入的水印信息.实验验证该算法具有较好的抗噪声攻击和几何变换的能力.     

H.264视频压缩域水印嵌入位置的分析

视频水印技术按照水印与视频的结合形式,分为压缩域水印和原始视频水印。压缩域水印可以很好地利用视频序列在时间上的冗余,但嵌入水印信息量较小;原始视频水印技术没有充分利用视频序列时间冗余度,但嵌入水印的信息较多,耗费时间较多。HG算法可以不解码视频而快速嵌入水印信息,但嵌入容量有限。本文改进HG算法通过分析非关键帧运动矢量,选择关键帧嵌入位置,使得在压缩域嵌入水印时,水印嵌入速度和嵌入量有较大幅的改进。     

Insulin-like growth factor II receptor as a multifunctional binding protein

The primary structure of human insulin-like growth factor II receptor, predicted from the complementary DNA sequence, reveals a transmembrane receptor molecule with a large extracellular domain made up of fifteen repeat sequences and a small region homologous to the collagen-binding domain of fibronectin. The structural and biochemical features of the IGF-II receptor appear identical to those of the cation-independent mannose-6-phosphate receptor.