不同养殖环境下罗非鱼肠道微生物的比较分析

为了比较不同养殖环境下罗非鱼肠道菌群结构和相对丰度变化规律,选取稻田和池塘两种养殖环境下的罗非鱼为研究对象,定期测定实验期间的水质指标(溶氧、水温、pH值和氨氮),取养殖202d的罗非鱼,通过16SrRNA高通量测序检测其肠道微生物,并分析不同养殖环境下罗非鱼肠道菌群的变化规律。实验结果表明,养殖水质参数均在正常范围内,但不同养殖环境的水质参数存在差异,可能会导致罗非鱼肠道微生物的结构组成和多样性发生变化。在两种不同养殖环境下,梭杆菌门(Fusobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)3个菌群相对丰度均较高。蓝菌门(Cyanobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和放线菌门(Actinobacteria)物种丰富度存在显著性差异,其中蓝菌门在稻田组的罗非鱼肠道菌群中所占比例高于池塘组,而拟杆菌门和放线菌门在池塘组的罗非鱼肠道菌群中所占比例高于稻田组;在属水平下,Cetobacterium,Paeniclostrdium和Romboutsia等菌属在稻田组罗非鱼肠道菌群相对丰度较高,池塘组罗非鱼肠道菌群相对丰度较高的菌属为Cetobacterium,Enterovibrio和Plesiomonas等。不同养殖环境下,罗非鱼肠道微生物菌群分布及丰度有显著差异,该变化可为罗非鱼肠道微生物的研究提供基础数据。     

支气管哮喘患者肠道菌群多样性变化

 为了阐释支气管哮喘患者肠道菌群多样性及结构组成特征,探究肠道菌群与哮喘病的相互关系,以52例哮喘急性发作期患者及25例对照开展病例-对照研究.采集粪便样品,运用PCR-DGGE指纹图谱技术分析粪便菌总DNA,得到反映肠道微生物菌群结构特征的DNA指纹图谱.结果表明,哮喘个体样本的肠道菌DNA条带数量7—31条不等,平均只有17条;对照组样本个体的DNA条带数量14—36条不等,平均24条.哮喘患者肠道菌群的Shannon-Wiener多样性指数显著低于对照组(P＜0.0001).多变量统计分析表明,哮喘组肠道菌群结构组成显著区别于对照组,两组样本分类明显.两组内不同民族、性别间的差异无统计学意义.研究表明,哮喘患者的肠道菌群在分子水平上发生明显改变,多样性显著降低,肠道菌群结构改变与哮喘病有关;PCR-DGGE技术结合PCA、PLS-DA多变量统计分析手段具有预测性、先行性的优势,适用于菌群结构未知样品的研究.     

4种鲍肠道菌群多样性比较

利用16S rRNA高通量测序技术比较皱纹盘鲍、黑足鲍、黑唇鲍和杂交鲍(皱纹盘鲍♀×黑足鲍♂)菌群结构特征、多样性.结果表明,OTU数量、Shannon指数和Chao1指数均为黑足鲍最大,黑唇鲍最小;4种鲍肠道中优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)和软壁菌门(Tenericutes),占比达到61.93％～95.78％.其中,皱纹盘鲍、黑足鲍和杂交鲍中绝对优势菌门为变形菌门,而黑唇鲍为软壁菌门;冷泥杆属(Psychrilyobacter)、弧菌属(Vibrio)和支原体属(Mycoplasma)为4种鲍肠道的优势菌属,占比达到39.70％～53.65％;4种鲍核心菌群共有175个OTU,相对丰度超过1％的共有11个OTU;Anosim和Adonis分析均发现杂交鲍与黑唇鲍、杂交鲍与黑足鲍、皱纹盘鲍与黑唇鲍肠道菌群存在显著性差异(P<0.05);经LefSe分析鉴定出4种鲍肠道菌群具有显著性差异的Biomarker共有7个,包括黑足鲍的6个和杂交鲍的1个.     

不同马铃薯基因型对根际细菌群落结构的影响

本研究旨在从根际细菌群落结构的角度阐述不同马铃薯基因型对根际细菌菌群的影响,探讨高山地方种根际细菌菌群特性,挖掘可能对地方种定殖起关键作用的细菌类型.本研究通过高通量测序数据对不同马铃薯基因型根际细菌16SrRNA基因进行操作分类单位(OTU)聚类,分析样品间细菌群落的多样性特征,并通过OTU丰度差异分析揭示引起基因型效应的根际细菌类型.测序结果经质量控制,共获得3 097 269条高质量序列(Clean tags)并依据97%的序列相似性聚类到1 565个有效OTUs,品种间OTU种类相差不大.群落多样性反映高山地方种乌洋芋和牛角洋芋根际细菌群落较其他基因型存在着显著差异.乌洋芋和主栽品种米拉间OTU丰度分析表明乌洋芋中55个OTU丰度上调,143个丰度下调,差异显著.本研究表明,马铃薯根际细菌群落多样性受马铃薯基因型因素的影响,高山地方种相较于自育种和主栽种其根际细菌群落结构表现出显著的差异.     

乳汁菌群对6月龄婴儿肠道菌群的影响初探

目的:基于16S rRNA测序技术初步探讨有菌乳汁对产后6月龄婴儿肠道菌群的影响。方法:本研究共纳入12例产妇及其婴儿,收集产妇产后6月乳汁及其6月龄婴儿粪便标本,根据产后6月乳汁有无菌群,将乳汁分为乳汁无菌组和乳汁有菌组,比较无菌乳汁和有菌乳汁喂养6月龄婴儿肠道菌群多样性与物种差异。结果:收集的12例产后6月乳汁样本中,7例乳汁样本中检测出菌群,乳汁样本中菌群检出率58.33%。有菌乳汁喂养的6月龄婴儿肠道菌群与无菌乳汁喂养6月龄婴儿肠道菌群α多样性和β多样性无显著性差异。有菌乳汁喂养的6月龄婴儿肠道中无害芽孢梭菌、未分类丹毒丝菌科、丹毒丝菌纲、丹毒丝菌目、丹毒丝菌科的相对丰度显著高于无菌乳汁喂养6月龄婴儿(P<0.05),无菌乳汁喂养婴儿肠道中乳酸菌科、乳酸菌属的相对丰度显著高于有菌乳汁喂养的婴儿(P<0.05)。结论:产后6月乳汁中可无菌群的存在,乳汁菌群的有无虽不能改变6月龄婴儿肠道菌群的多样性,但可改变6月龄婴儿肠道菌群的菌群结构。     

牦牛在低海拔寒冷山区生态适应牲的观察研究

牦牛是适应高海拔寒冷地区的特有畜种,在海拔2000米以下的寒冷山区,积极开展牦牛的引种饲养和风土驯化对低海拔山区自然资源的开发利用具有重要的意义。河北省围场县自七十年代起先后从青海,甘肃等高寒地区引进牦牛饲养于该县北部的红松洼牧场,引进的牦牛在该场生长发育良好,繁殖正常。为研究牦牛对低海拔生态环境适应性和风土驯化情况,扩大牦牛的饲牧范围和促     

贡嘎蝠蛾幼虫肠道菌群的分析

贡嘎蝠蛾(Hepialus gonggaensis)幼虫是名贵中药材冬虫夏草(Cordyceps sinensis)的优势寄主.研究贡嘎蝠蛾幼虫肠道菌群,对研究蝠蛾的营养生理,提高幼虫成活率,进而人工培殖冬虫夏草具有重要意义.实验以四川康定采集的贡嘎蝠蛾为实验材料,对贡嘎蝠蛾幼虫的肠道细菌进行了分离和鉴定.实验结果表明,贡嘎蝠蛾肠道细菌都属低温菌,最适生长温度15 ℃,在15 ℃培养2 d后才长出典型菌落.从肠道中分离纯化出12个不同菌群,其中优势菌群为葡萄球菌,菌群数量为2.05×109 mL-1,检出率100%,应为幼虫肠道中的常住菌群,其它菌群检出率均低于50%,可能为肠道中的过路菌群.生化鉴定大多数菌群的符合值都较低,这与蝠蛾生活于高海拔高寒地区,其肠道微生物与常见微生物菌群有较大差异一致.     

雉科鸟类肠道微生物的多样性与功能及其对食性的适应

肠道菌群对动物的生命活动有着极其重要的影响.本研究利用高通量测序手段,对雉科(Phasianidae)鸟类粪便进行16S r RNA基因测序,并结合其自身的杂食性饮食结构,探究了雉科鸟类肠道菌群的情况,共得到189 860条有效序列并定义4 305个OTU(Operational Taxonomic Unit).结果发现雉科鸟类肠道菌群中变形菌门的相对丰度高于许多已知的其他鸟类.尽管食性相同,但雉科鸟类肠道菌群依然存在部分分化的现象,说明宿主系统发生地位对肠道菌群结构起到了重要的作用.不仅如此,更深入的宏基因组研究显示,雉科肠道菌群功能中,分解雉科摄入的有害物质的通路被富集,以此来确保雉科鸟类的正常生命活动.     

基于高通量测序的液态奶中微生物多样性研究

目的 为探究不同液态奶样品中微生物的菌群组成和其多样性。方法 采用高通量测序技术对液态奶中细菌16S rRNA的V₃-V₄区进行测序,研究了四组液态奶样品在门水平和属水平的菌群结构。结果 四组样品中共有分类操作单元(Operational Taxonomic Unit, OTU)数目为119个,独有的OTU数分别占15.0%、6.85%、8.86%和12.35%。在门水平,厚壁菌门和变形菌门是四组液态奶的共有菌门,其中4组样品中厚壁菌门的相对丰度分别为38.9%、73.8%、20.9%、29.6%,变形菌门的相对丰度分别为46.9%、10.0%、28.0%、17.2%;在属水平,4组液态奶中的优势菌属分别是芽孢杆菌属、短波单胞菌属;芽孢杆菌属;Cloacibacterium和寡养单胞菌属;芽孢杆菌属、微杆菌属和异常球菌属。结论 四组样品在门水平的菌群组成基本相似。属水平上,液态奶中含有的不动杆菌属、芽孢杆菌属和克雷伯氏菌属属于嗜冷菌,这些菌属可以导致液态奶发生腐败变质等现象。这为今后探索液态奶中腐败菌防治措施提供重要依据。     

牦牛瘤胃纤毛虫与其营养代谢

选用２０头装置永久性瘤胃瘘管的健康成年母牦牛和未装瘤胃瘘管的２２头生长期牦牛，分别于高山灌丛、高原草甸和川西平原地区，进行了牦牛瘤胃纤毛虫与其营养代谢的研究．结果表明，牦牛瘤胃液中纤毛虫在采食绿色植物时双毛虫属含量高，在牧草淀粉量增高时，均毛虫属增加，其头毛虫与密毛虫在青枯期大量增加；在高海拔向低海拔迁移的过程中，其纤毛虫消失与恢复，成年牦牛比生长期牦牛适应快；瘤胃内营养代谢物的含量，代表瘤胃代谢强度和机体对营养的需求．食糜中纤维素在瘤胃到真胃运送过程中分解速度仅次于瘤胃     

双氧水氧化淀粉的机理初探

研究了用双氧水为氧化剂制备氧化淀粉的反应条件，并通过对氧化程度和粘合剂性能的研究，初步探讨了双氧水氧化淀粉的机理．     

九龙牦牛肉质性状测定及肌肉蛋白质双向电泳的初步分析

肉质性状是畜禽最主要的经济性状.为阐明九龙牦牛(Bos grunniens)肉质的特性,对不同年龄和性别的九龙牦牛(n=107)肉的部分性状进行了测定.结果表明,0.5岁犊牦牛背最长肌的蛋白质、肌内脂肪(IMF)和肌红蛋白(Mb)含量、剪切力等均显著低于成年牦牛,而这些指标在成年公牦牛与成年母牦牛之间差异不大.不同年龄成年九龙牦牛背最长肌IMF含量接近,提示其IMF沉积受年龄影响相对较小.另外,牦牛背最长肌剪切力存在较大的个体间差异.与成年黄牛相比,牦牛背最长肌IMP含量低,蛋白质含量高,熟化后p H下降幅度小.本研究还建立了九龙牦牛肌肉双向电泳方法,为阐明肌肉差异表达蛋白提供了方法.九龙牦牛肉的蛋白质、IMF和Mb含量以及剪切力等与黄牛有明显差异.     

室内饲养松墨天牛幼虫不同肠段细菌的群落结构及功能分析

【目的】了解室内饲养松墨天牛(Monochamus alternatus)幼虫前、中、后肠段细菌的群落结构,比较不同肠段之间菌群多样性和优势菌群的差异,为揭示肠道细菌在松墨天牛获取营养、克服寄主植物化学防御的机理提供参考。【方法】分别提取室内饲养的松墨天牛4龄幼虫前、中、后肠各3组样本(每组5个前肠、5个中肠、5个后肠)的肠道DNA。利用Illumina HiSeq技术对松墨天牛幼虫肠道细菌的16S rDNA V3-V4区序列进行文库构建和高通量测序。原始序列使用Trimmomatic软件和FLASH软件分别进行质控和拼接。利用USEARCH软件对序列进行操作分类单元(OTUs)聚类,统计OTUs数量并绘制Venn图。在门和属分类水平上统计各样本的群落组成及物种丰度情况。通过Alpha多样性和Beta多样性分析反映不同样本的菌群多样性和相似性。采用PICRUSt软件预测松墨天牛幼虫肠道细菌映射到KEGG数据库上的功能,探究不同肠段细菌群落发挥的潜在功能。【结果】共获得643 404条高质量序列,在97% 相似度下将其聚类为1 614个操作分类单元(OTUs),共注释到35门、63纲、137目、250科、554属和844种。前肠OTUs最少,后肠OTUs最多,每个肠段的OTUs组成上既有相似性,也存在差异性。变形菌门(Proteobacteria)为3个肠段中最优势门;葡糖杆菌属(Gluconobacter)为前肠中最优势属,沙雷氏菌属(Serratia)为中肠的最优势属,葡糖杆菌属和沙雷氏菌属同为后肠的最优势属。Alpha多样性显示中、后肠群落多样性更丰富;Beta多样性分析表明,3个肠段的细菌群落组成存在差异,但中肠与后肠的群落组成较相近。功能预测表明,整个肠道菌群中代谢功能丰度最高,其中以糖类代谢和氨基酸代谢为主,这些功能集中在中、后肠。【结论】本实验中菌群功能是基于PICRUSt软件预测的结果,松墨天牛幼虫室内种群的前、中、后肠的细菌群落结构及不同肠段细菌的潜在功能存在差异,是由于不同肠段内的理化性质差异及其在消化中发挥的不同功能所致。肠道细菌与松墨天牛幼虫形成一个共生功能体,菌群在协助幼虫代谢物质、获取营养以及克服寄主植物化学防御方面发挥着重要作用。     

五指山不同海拔、光照条件下枫香的RAPD分析

为了解五指山不同海拔下枫香居群之间的遗传差异,用50个随机引物,应用随机扩增多态性DNA(RAPD)方法,分别对7个海拔梯度、相同光照条件下的枫香样品和710m海拔高度的6个枫香样品(3个阴性条件样品和3个阳性条件样品)进行了分子生态学研究.结果发现:生长于海拔100～300m的枫香的扩增谱带与生长于高海拔(400～700m)的略有差异,而在相同海拔(710m)的3个阴性条件样品和3个阳性条件样品间,其扩增谱带没有明显差异.这说明长期低海拔的生长环境对枫香的遗传物质有一定的影响,然而在710m海拔的不同光照条件下,虽然枫香生长表现出巨大差异,但在遗传物质方面却没有发现明显差别.     

中国部分地方牛种mtDNA D-loop区全序列的遗传多样性与系统进化分析

利用PCR测序及生物信息学分析技术,对我国5个地方黄牛品种、5个地方水牛品种及2个地方牦牛品种的mtDNA D-loop区全序列进行PCR扩增以及核苷酸多样度、单倍型多样度分析,发现中国地方黄牛、水牛与牦牛具有丰富的遗传多样性.对试验牛mtDNA D-loop区全序列与牛亚科代表性物种黄牛、水牛、家牦牛、野牦牛、欧洲普通牛、印度瘤牛以及摩拉水牛相应序列进行系统发育分析.结果显示:黄牛与牦牛的亲缘关系较近,它们与水牛的亲缘关系较远;中国水牛属于沼泽型水牛,也有少量江河型水牛渐渗入中国水牛群体;中国黄牛为普通牛和瘤牛的混合母系起源;进化树显示高原牦牛与野牦牛的亲缘关系较近,环湖牦牛与家牦牛的亲缘关系较近.     

薄层色谱扫描法测定鹿龟酒中栀子甙的含量

用薄层扫描法测定鹿龟酒中栀子甙的含量，加样回收率为９８．５４％，ＲＳＤ＝２．３％（ｎ＝６）．     

滇西北哈巴雪山不同海拔长苞冷杉径向生长对气候变化的响应

全球气候变化背景下森林生态系统对气候的响应是被广泛关注的科学问题。以滇西北哈巴雪山为研究区,利用不同海拔长苞冷杉树轮宽度资料建立树轮宽度差值年表,并与气候因子进行分析,以揭示影响哈巴雪山不同海拔长苞冷杉径向生长的关键气候因子。结果表明:高海拔长苞冷杉主要受上年11月最高温和当年2月降水影响,低海拔树木主要受当年5月干旱限制,当年10月温度升高促进树木生长;低海拔树木径向生长与气候因子关系相对高海拔更加稳定,气候重建潜力更高。未来气候变化将有利于高海拔树木生长,低海拔树木可能会受到暖干气候的限制出现生长下降。     

盐度影响珠江口浮游细菌形成特殊生态位

通过对珠江口水域进行水样的高通量测序, 获得 16S rRNA 基因序列, 分析结果表明, 盐度是影响珠江口浮游细菌Alpha和Beta多样性的主要环境参数之一, 并且低盐度样品中浮游细菌具有相对高的遗传多样性。将盐度分为低、中、高3个组, 通过群落组成分析验证表明, 该研究区域内总样本与盐度分组样本浮游细菌的优势菌和核心菌的分类学信息差异较大。总样本中优势菌是变形杆菌门, 核心菌多为酸杆菌门。低盐度组样本中核心菌主要为C111科, 中盐度和高盐度组均为OCS111科, 来自酸杆菌门。低盐度浮游细菌与中高盐度浮游细菌的核心菌物种完全不重合。对盐度进行交叉细分, 并对浮游细菌进行共发生网络分析, 结果表明, 细分的盐度分组下, 珠江口浮游细菌群落形成紧密联系且彼此独立的模块, 且模块内部物种组成关系复杂。     

高寒牧区牦牛子宫脱出的防治

手术整复和后海穴注射２％盐酸普鲁卡因是治疗子宫脱出的有效方法，加强怀孕牦牛的饲养管理，组织优良的改良群，正确的助产方法等预防措施可以减少该病的发生．