甘肃腐霉新记录种Pythium carolinianum的分离鉴定及rDNA-ITS序列分析

将诱饵法与组织分离法相结合,对甘肃中部干旱地区菜豆根围土壤中的腐霉菌进行分离,共得到6株腐霉菌株.通过挑单菌丝的方法获得纯培养菌系,在对纯化菌株形态特征、培养特性、生长速度和温度的适应范围研究的基础上,对编号为18-51 D的腐霉菌株培养后提取DNA,采用真核生物核糖体基因(rDNA)转录间隔区(ITS)通用引物ITS1(5′-TCCGTAGGTGAACCTGCGG-3′)和ITS4(5′-TCCTCCGCTTATTGATATGC-3′)进行PCR扩增;扩增产物直接测序并输出全序列,获得947 bp的序列;将该序列在GenBank中进行比对,用DNAStar分析软件将同源性较高的登记菌株的序列与18-51D腐霉菌株用邻接法构建系统发育树,结果发现18-51 D与菌株DQ211524(Pythium carolinianum)和AY987038(P.carolinianum)聚为一类.依据形态学特征和分子鉴定,将这6株腐霉菌株鉴定为卡地腐霉P.carolinia num.这是第一次在菜豆根围土壤和在甘肃分离到卡地腐霉P.carolinianum,为甘肃腐霉新记录种.用平皿法测定该菌种对三科九种栽培植物的致病性,发现所有供试植物的胚根仅部分有轻微褐变,未见对生长有明显影响,说明P.carolinianum对这些植物基本无致病性.     

唐松草及近缘植物ITS序列和5S rRNA基因间隔区序列的分析

通过对毛茛科的唐松草(Thalicrum L.)及其近缘植物黄连、毛莨和芍药科的牡丹等植物的ITS序列和5SrRNA基因间隔区的克隆、扩增及构建系统发育树的分析研究,结果显示,唐松草扩增后ITS序列长607 bp,5SrRNA基因基因间隔区序列长323 bp;系统树证明唐松草属与黄连属和毛茛属的亲缘关系较近,结合形态学与化学等其它学科证据,本研究结论支持唐松草和黄连在进化上更接近,为含木兰花碱生物碱及毛茛甙植物的鉴别以及毛茛科相关植物的亲缘关系初步提供了分子依据.     

两株银杉根际土壤真菌的分离与分子鉴定

对银杉根际土壤中的真菌进行培养分离,得到了形态上很相似的两株真菌F-1和F-2.在基于形态特征鉴定困难的情况之下,对真菌F-1和F-2的rDNA ITS区进行PCR扩增和测序.真菌F-1和F-2的ITS序列与来自于10个属30个种的不同真菌的ITS序列进行序列比较和系统发育分析,结果表明:真菌F-1属于木霉属(Trichoderma),真菌F-2属于被孢霉属(Mortierella).结果表明,基于分子水平的鉴定方法具有快速、准确、简便、高效等特点,在真菌鉴定分类研究中起着重要作用.     

贵州地区蜘蛛抱蛋属植物ITS1区序列分析及其亲缘关系研究

从贵州不同地区采集的5株蜘蛛抱蛋属植物,采用直接测序对其核糖体DNA内间隔区(ITS)序列进行测定,用于分析蜘蛛抱蛋属植物间的亲缘关系。测序结果提示该植物的ITS1区域的GC%在62.7%～68.85%之间,有121个变化位点,提示可用于对形状相似的蜘蛛抱蛋属植物进行分子生物学分类和用于系统发育分析。     

基于ITS序列的竹亚科植物分子鉴定研究

利用ITS序列对竹亚科13个属76个竹种进行DNA条形码分子鉴定.该研究提取慈竹属、刚竹属、箬竹属、唐竹属、矢竹属、大明竹属、赤竹属、巴山木竹属、倭竹属、短穗竹属、簕竹属、酸竹属及少穗竹属共13个属62个竹种DNA,对其内转录间隔区ITS序列进行PCR扩增和双向测序,所得序列与GenBank数据库下载的14条ITS序列共76个竹种序列用Clustal X软件比对,再利用MEGA6.06软件构建K2P距离法的NJ系统发育树.结果显示,种内遗传距离为0~3.907,平均遗传距离为0.370;种间遗传距离为0~4.394,平均遗传距离为2.287,种内遗传距离远小于种间遗传距离.ITS序列可用于竹类资源的物种鉴定研究.     

小花棘豆(Oxytropis glabra DC.)11株内生真菌的分离培养及鉴定

用小花棘豆(Oxytropis glabra DC.)单株植物叶和茎切段做外植体,体外分离并培养内生真菌,研究菌落和分生孢子的微生物形态特征,对培养出的内生真菌的5.8SrDNA/ITS区进行扩增及序列测定,序列输入GenBank并与已发表的小花棘豆内生真菌序列进行同源性比对,并利用DNASTAR软件包中MegAlign软件构建系统发育树,结合分子生物学及微生物学研究推测内生真菌所属类群.结果显示:11株小花棘豆内生真菌的菌落和分生孢子的微生物形态特征与埃里砖格孢属真菌Embellisiasp.L12特征一致;小花棘豆内生真菌间ITS1和5.8SrDNA区序列相同,与Embellisiasp.L12相比只有一个变异位点,位于5.8SrDNA区,在ITS2区另有两个变异位点.推测小花棘豆内生真菌应与埃里砖格孢属亲缘关系密切,对其物种种属分类地位还须深入研究.     

两株产人参皂苷糖苷酶酵母菌株的18S rDNA和ITS序列分析

对两株产人参皂苷糖苷酶的酵母菌株进行核糖体18S rDNA和ITS序列克隆测定,获得了长度分别为1 477和1 478 bp的18S rDNA序列和长度分别为791和727 bp的ITS序列,对获得的基因序列进行比对及同源性分析,结果显示,两株酵母菌的18S rDNA序列的相似性达100%,而ITS序列的相似性则为66%,均与NCBI数据库中登录的啤酒酵母的相应序列同源性最高.从GenBank中选取部分不同种属的酵母菌ITS序列,以ITS为对象构建系统发育树,从分子生物学角度确定了两株酵母菌为酵母菌属的不同种类.     

木霉属中国新记录种Trichoderma paratroviride

从山东保护地土壤中分离得到木霉菌Y15,结合ITS、tef1 α和形态学特征进行鉴定。 结果发现Y15菌株为近深绿木霉（Trichoderma paratroviride）。该菌株在PDA上菌落稠密,老熟后毡状,灰绿色;分生孢子梗主轴长,着生短的二次分枝,再次分枝少,分枝成对或轮生。瓶梗通常2~4个轮状排列,烧瓶形或锥形,直或弯曲;分生孢子亚球形至卵圆形,绿色,光滑。tef1 α序列与近深绿木霉模式菌株S489和S385序列同源性高达99%,在系统进化树中与其亲缘关系也最近。该种在国内首次报道和描述,为木霉属中国新记录种。     

哈茨木霉复合种内3个中国新记录种的分离和鉴定

采用THSM选择性培养基,从西藏、山东和云南等地的土壤中分离获得木霉菌株Z19、CX58-4 和CY358-5。通过形态学特征、ITS rDNA和TEF-1α序列对菌株进行鉴定。结果表明,3个菌株属于哈茨木霉(Trichoderma harzianum)复合种,分别是非洲哈茨木霉(T. afroharzianum)、深褐木霉(T. atrobrunneum)和西蒙斯木霉(T. simmonsii),均为木霉属中国新记录种。     

基于ITS序列研究当归属、前胡属间的关系与紫花前胡的分类地位

采用PCR直接测序的方法,测定了当归属(Angelica)、前胡属(Peucedanum)等2属23种的核糖体DNA ITS(不含5.8S)序列,并结合GenBank中2属6种的ITS序列,以羌活属的羌活(Notopterygium incisum)作为外类群,根据ITS序列,应用遗传距离值与系统发生树分析法对当归属、前胡属之间的亲缘关系及紫花前胡(Angelica decursiva/Peucedanum decursivum)的系统地位进行了研究.结果表明:(1)当归属与前胡属的亲缘关系很近; (2)结合形态学与化学等其它学科证据支持将紫花前胡归属到当归属.