胡卢巴种质资源RAPD遗传多样性分析

在优化随机引物扩增多态性DNA标记（RAPD）反应体系和条件的基础上,利用筛选的多态性引物分析了胡卢巴种质资源的遗传多样性．结果表明,19条RAPD引物显示了40份胡卢巴种质资源的遗传距离为0．02～0．70,来源上变幅从大到小为：宁夏和国外种质间、国外种质间、宁夏种质间、国内其他省份种质间．40份胡卢巴种质资源分为两类,即Ⅰ类包括3份国外种质;Ⅱ类包括37份种质,可大体上分为宁夏、国内其他省份和国外种质3个亚类．     

茄子种质资源的农艺性状与SSR标记的遗传多样性研究

为了明确茄子种质资源的遗传背景,对从国内搜集,并在云南试种表现良好的37份茄子种质资源进行9个农艺性状和6个SSR标记的遗传多样性分析.结果表明,茄子9个农艺性状的变异系数在8.99%~44.69%之间,变异系数最高的是果形,最低的是果实横径;SSR标记共检测到13个等位变异,平均每个SSR位点的等位基因数为2.166 7个,平均有效等位基因数为1.862 0,Shannon’s信息指数为0.659 1,多样性指数为0.4399.非加权算术平均法(UPGMA)聚类分析表明,9个农艺性状将37份茄子种质资源划分为4个类群;6对多态性SSR引物也将所有种质划分为4个类群.虽然2种聚类方法把37份种质基本分开,但大部分种质的分子标记与农艺性状的聚类结果一致性不高.同时,农艺性状和SSR标记的结果均表明,37份茄子种质资源遗传多样性并不丰富,亲缘关系较近.以上结果可为茄子种质资源的进一步研究和利用提供理论依据.     

开口箭种质资源及其混伪品的SSR指纹图谱研究

利用SSR分子标记技术研究开口箭种质资源的DNA鉴定方法,构建其指纹图谱,为开口箭及其混伪品鉴定提供参考依据。应用7对多态性丰富的SSR引物对10份开口箭种质资源和5份混伪品进行了PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳检测。结果表明,开口箭种质资源及其混伪品的遗传多样性丰富,7对SSR引物共检测出21个多态性位点,平均每对引物的多态性位点数为3.0;基于SSR分子标记的DNA指纹图谱可将开口箭种质及其混伪品完全区分开。该研究建立的SSR指纹图谱可用于开口箭种质资源标准化分析及市场化检测。     

杉木育种群体SSR分子标记遗传多样性分析

杉木的育种群体中,维持合理的遗传多样性和清晰的遗传背景,是长周期、多世代遗传改良采用的核心策略之一。基于基因组分子标记,利用自主开发的52对杉木SSR引物,对国家级杉木种质资源库保存的遗传材料——杉木第1代遗传改良收集的93份种质资源进行了遗传多样性分析。结果表明:52对SSR引物在93份材料中共检测到254个等位变异,等位变异范围为2～8个,平均等位基因数为4.88个,平均有效等位基因数为2.32个,平均观察杂合度为0.43,平均Nei’s多样性指数为0.50,平均Shannon信息指数为0.98,这5个评价遗传多样性水平的指标具有较大程度的一致性。不同引物的等位基因数、有效等位基因数、观察杂合度、多样性指数和Shannon信息指数等均表明杉木育种群体中存在较大的遗传差异,其变异系数分别为24.88%、44.75%、34.20%、34.89%和33.59%。93份种质资源间遗传相似系数的平均值为0.693 3,变化范围为0.490 0～0.919 3; 遗传距离的平均值0.370 3,变化范围为0.086 3～0.713 4。当距离阀值为20时,可将杉木第1代育种群体中的93份种质资源划分为5大类; 当距离阀值为15时,第5大类的77份种质资源可细分为16个亚类。SSR分子标记聚类的结果可为种质资源的管理及提高育种效率提供重要依据。     

茄子种质资源SSR鉴定及遗传多样性分析

应用 SSR 技术对 83 份茄子种质资源进行了遗传多样性分析,从 23 对引物中筛选出15 对多态性高、稳定性好的引物进行扩增分析,共检测到 148 个位点,每个 SSR 位点的等位变异范围为 3～19 个,平均每对引物有9.8个扩增位点.83份种质的 Jaccard's 相似系数值最大为 0.989(2～7),最小...     

朱顶红转录组SSR标记的开发与遗传多样性研究

为开发朱顶红SSR标记并用于种质资源遗传特征分析,本研究从漳红2号朱顶红转录组共48 355条unigenes中搜索得到11 055个SSR位点,出现频率为25. 13%. SSR类型以一、二、三核苷酸重复为主,占总SSR比例的92. 80%,其中三核苷重复为主要基序类型,占总SSR的43. 73%.设计合成的50对SSR引物中有7对引物在51份朱顶红种质中得到有效性验证,表现扩增条带清晰、多态性好.基于SSR标记进行51份朱顶红种质的遗传多样性分析表明,在遗传相似系为0. 166时可将其分为6个类,来源于相同地域或亲缘种质大多成簇分布.研究结果表明,漳红2号朱顶红转录组测序产生的unigenes信息可作为开发SSR标记的有效来源,获得的大批量SSR标记可为朱顶红及其近缘种的遗传多样性分析和遗传图谱构建提供更加丰富可靠的标记选择.     

棉花种质资源多样性的ISSR聚类分析及主成分分析

利用ISSR分子标记对48份棉花种质资源的亲缘关系及遗传多样性进行分析,结果显示,筛选出的10个ISSR引物扩增出的112条带中,多态性条带占101条,为总条带的90.18%.每个引物均可扩增4～21个多态性位点,平均10.10个,引物平均多样性信息指数(PIC)和多态性谱带百分率(PPB)分别为0.76和87.88%.利用NT-SYSpc 2.1统计分析软件中的UPMGA法对48份棉花种质资源构建亲缘关系树状图,在遗传相似性系数(GS)为0.66水平上可将所有参试材料聚成两大类,且与主成分分析(PCA)结果基本吻合.ISSR标记揭示出这48份棉花种质资源遗传多样性较小,遗传基础比较狭窄.     

云南栽培灯盏花遗传多样性RAPD分析

对采自云南大理、泸西、玉溪等地的12份灯盏花种质资源进行遗传多样性RAPD(random amplified polymorphic DNA)分析和NTSYS2聚类分析.10个RAPD引物在12份灯盏花种质资源种共产生43条DNA片段,其中32条带具有遗传多态性,约占74.41%,12个地方种质资源被聚为2个大类,野生居群被聚为一类,栽培灯盏花聚为一类,其中栽培灯盏花有4大亚类.云南栽培灯盏花种质资源遗传多样性丰富,遗传关系与其采集地的地理分布具有密切关系,但并非严格按地理界限聚在一起.     

红花EST-SSR分子标记开发与初步验证

旨在开发红花EST-SSR标记,为红花分子辅助育种和种质资源评价提供有力工具.先对红花转录组进行测序,选用MISA软件筛选鉴定SSR位点.在云南红花(YH)转录组中,共获得46 016个SSR位点,分布频率为32.09%,平均每3.11 kb有一个SSR.云南红花SSR位点以二,三核苷酸重复基序为主,其优势重复基序分别为AG/CT(44%)和AAG/CTT(24%).SSR位点重复次数相差较大,其中重复为5次比率最高,SSR位点数为9 369(26.63%),其次为6次(8 148, 23.16%).同时,利用Primer3.0进行引物设计,随机筛选27对引物,在60份不同来源红花种质中进行多态性验证,获得12对具有多态性稳定的引物,多态性引物比率为44.4%.结果表明,基于红花转录组序列开发SSR标记是可行的,开发的标记具有稳定扩增性,丰富多态性等优点,开发的SSR标记将有助于红花功能基因挖掘,遗传连锁图谱构建和遗传多样性分析.     

青海白菜型油菜资源遗传多样性分析

为明确青海白菜型油菜资源遗传多样性,本研究以58份白菜型油菜资源为研究材料,采用AFLP标记对其遗传多样性进行分析,以期为特早熟白菜型油菜杂交育种的资源创建及亲本选配提供参考依据。结果表明:16对多态性引物共扩增出124条多态性条带,多态性比率为58.49%。遗传距离变幅在0.073～0.375,平均为0.224。在遗传相似系数0.74处,白菜型油菜资源可分为A、B两大类群,其中A类群包含4份来源于青藏高原及印度的黄籽油菜;在遗传相似系数0.76处,B类群可进一步分为4个亚类,第一、三亚类基本上为具有加拿大及欧洲遗传成分的品种(系),第二亚类只包含一个西藏品种,第四亚类大部分为青海省特早熟油菜品种。聚类分析结果显示青海省特早熟白菜型油菜资源的遗传差异较小,遗传系统独立且遗传基础单一。     

川西北高原野生垂穗披碱草遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR分子标记技术对25份来自川西北高原的野生垂穗披碱草(Elymus nutans Griseb.)种质进行遗传多样性研究.研究结果如下:(1)筛选出10条ISSR引物对25份材料共扩增出120条清晰的条带,其中多态性条带85条,多态性条带比率为70.8%;每条引物扩增条带数变化为9-17条,平均每条引物总扩增的带数为12条,其中多态性的条带数变幅为3-16条,平均每条引物的多态性条带数为8.5条.(2)供试的25份垂穗披碱草种质间的遗传相似系数变幅为0.703-0.974,平均值为0.828,供试材料间表现出了丰富的遗传多样性.(3)基于遗传相似系数对供试材料进行了聚类分析和主成分分析,聚类分析结果可以将供试的野生垂穗披碱草种质资源分明显分成3类,聚类分析结果与材料的地理来源间具有一定的相关性.     

老芒麦野生种质资源遗传多样性的SSR分析

采用SSR标记技术,对来源于内蒙古5个盟市的7个样点的35份老芒麦（Elymus sibiricus）野生种质资源进行了遗传多样性分析．从筛选出多态性强、重复性好的20对引物中,检测出326个等位位点,平均每对引物产生12．55个多态位点;多态位点百分率为76．99％,遗传距离的变化范围在O．0000—0．3079之间,说明供试材料问亲缘关系较近;35份老芒麦种质的Nei’S遗传多样性指数（h）为0．2223,Shannon指数（I）为0．3288,意味着供试的35份材料间的遗传多样性相对丰富．在O．71水平处,测试材料大致分为两大类,来源于内蒙古东部、中部和西部区的材料交叉明显,表现出地理非同源性．本研究为探讨老芒麦遗传变异与环境的关系及老芒麦野生种质资源的保护提供了理论依据．     

息半夏种质资源遗传多样性的ISSR分析

对信阳息县道地药材息半夏种质资源遗传多样性进行研究，利用ISSR技术对24份半夏进行扩增。共挑选出了8条扩增条带清晰的引物，并检测到117条明显的条带，多态性条带为110条，平均多态性信息指数(PIC)为0.850 8,平均观测等位基因数(N_a)为1.927 9,平均有效等位基因数(N_e)为1.481 1,平均Nei氏基因多样性(H)为0.292 7,平均香农信息指数(I)为0.448 1。利用UPGMA方法进行聚类分析，24份半夏在遗传相似系数0.590 1处被分为3个类群。结果表明，24份半夏种质资源具有较高的遗传多样性。     

柳杉无性系指纹图谱的构建及遗传多样性分析

【目的】为了构建柳杉无性系的DNA指纹图谱,准确区分柳杉无性系。【方法】利用SSR标记分析了柳杉89个无性系的遗传多样性和指纹图谱。【结果】11对引物共检测出53个等位点,平均每个SSR位点有5个,变化范围为3～6个; 有效等位基因数(N_e)变化范围为1.887 0～4.295 6,平均为3.041 1; Shannon信息指数(I)变化范围为0.774 9～1.556 3,平均为1.208 1。表明SSR标记具有较高的多态性。根据SSR标记特点及引物的顺序,将SSR引物扩增统计的“0”、“1”转换成基因型,通过不同基因型组合,构建了柳杉89个无性系的 DNA 分子指纹图谱,使每个无性系都获得了 1 个 22 位数的指纹图谱号码,同时基于个体间的遗传距离将柳杉89个无性系分为 5 类。【结论】SSR标记适用于柳杉无性系遗传多样性分析及鉴定,柳杉的遗传多态性处于中等偏高水平。     

西藏石榴野生群体的SSR遗传多样性分析

【目的】调查西藏地区野生石榴种质资源,分析西藏野生石榴群体的遗传多样性和遗传结构,为野生石榴资源的保护和利用提供理论依据。【方法】使用13对SSR引物对3个自然群体共42份西藏地区野生石榴种质资源材料DNA进行PCR扩增,毛细管电泳检测扩增片段长度,使用GenAlEx和Arlequin等软件对SSR数据进行分析。【结果】13对引物共检测到44个等位基因,平均3.385个,引物的平均有效等位基因数(N_e)、香农信息指数(I)、期望杂合度(H_e)和多态信息量(PIC)分别为1.971、0.771、0.481和0.393。3个野生群体的平均有效等位基因数(N_e)、平均香农信息指数(I)和平均期望杂合度(H_e)分别为1.867、0.646和0.421,林芝b(LZb)群体的遗传多样性水平高于其他2个群体。AMOVA分析表明,群体内遗传变异高达88.43%,3个群体间的遗传分化系数(F_st)为0.116。种质聚类分析将供试种质划分为3个亚群,结果与种质地理来源具有一定关联性。遗传结构分析显示西藏野生石榴有4个可能的基因库来源。【结论】13对SSR引物可用于西藏野生石榴种质的遗传多样性等研究。西藏野生石榴种质的遗传变异主要存在于群体内;林芝b(LZb)群体遗传多样性最高,遗传结构复杂,且含有最多的野生种质采样点,可予以优先保护。     

青海47份藜麦种质资源农艺性状分析

为探索青海藜麦种质资源的遗传多样性,本研究利用47份青海藜麦种质资源,对其13个农艺性状进行测定,并进行遗传多样性分析、相关性分析、聚类分析和主成分分析。结果表明:47份藜麦种质资源具有丰富的遗传多样性,变异系数为16. 39～71. 93,其中千粒重的变异系数较小,单株产量、单株总重的变异系数较大,遗传多样性指数为1. 17～2. 05;相关性分析发现,13个农艺性状之间相互影响与制约,其中主茎直径、单株总重、经济系数和千粒重与单株产量呈极显著正相关(P 0. 01),主成分分析将13个农艺性状简化为4个主成分,累计贡献率为85. 70%;有效穗数与有效分枝数呈极显著正相关(P 0. 01);聚类分析发现,当欧式距离为55时,47份藜麦种质资源可以被划分为5类,表明所收集的藜麦种质资源遗传差异大,亲缘关系远。本研究结果可为青海藜麦种质资源创新利用和新品种选育提供理论基础。     

基于SSR标记的白栎天然居群遗传多样性分析

[目的]利用SSR分子标记,对白栎天然居群进行遗传多样性分析,为其种质资源的合理开发与保护提供指导.[方法]采用筛选出的SSR引物对3个群体进行遗传多样性与遗传结构研究,并计算遗传参数;基于个体间的遗传距离进行主成分分析,运用GenAlEx 6.5进行遗传距离与地理距离的相关性Mantel检验,软件Arlequin用于...     

山樱花群体遗传多样性的SSR分析

【目的】分析山樱花不同居群遗传多样性,为其种质资源保护与利用提供理论依据。【方法】利用SSR分子标记对8个山樱花自然居群共224份样本进行遗传多样性分析。【结果】17对SSR引物共检测到113个等位基因,平均每个位点6.647个等位基因,多态位点百分率为92.65%; 物种水平上Nei's遗传多样性指数为0.634,居群水平上Nei's遗传多样性指数、Shannon信息指数分别为0.498、0.939。Structure分析显示8个山樱花居群来自3个基因库,与主坐标分析结果较为一致。【结论】SSR标记可以用于山樱花群体遗传多样性分析,山樱花群体间与群体内遗传多样性均较高。     

蓖麻种质遗传多样性的SRAP分析

蓖麻(Ricinus communis L.)是一种重要的工业油源作物,具有多种经济价值.为了解蓖麻的遗传多样性,本研究对50份蓖麻种质的遗传多样性进行SRAP分析.结果表明50份种质之间多态性低,其多态条带比率、平均基因多样性和每对引物的多态性带,分别为29.97％、0.0904和5.41,遗传相似系数介于0.6469至0.9739之间,香农指数为0.1379;华北种质群比其它种质群的遗传变异相对丰富,而华南种质群的各种质则紧密地聚在一起.采用不加权算术平均组对法(UPGMA)将50份种质分为三大类群,与二维主成分分析(PCA)的结果相一致,一些来自相同地区的种质紧密聚在一起,表现出一定的地域性;7个种质群分别聚为两大类群.     

基于SRAP分子标记的孔雀草种质资源遗传多样性分析

为有效利用孔雀草种质资源、促进新品种选育，本研究利用SRAP技术对18份孔雀草材料进行遗传多样性分析和聚类分析。结果表明：利用24对SRAP引物检测到多态性条带数平均为117.39条，多态性条带比例平均为38.70%,Shannon多样性指数平均为0.290,选用的SRAP分子标记可有效鉴别孔雀草种质在分子水平上的遗传变异。18份孔雀草材料的遗传相似系数在0.608以上，平均为0.793,表明供试材料有一定的遗传背景差异，但丰富度不高。UPGMA聚类分析表明，聚类结果与孔雀草的花色、株高、冠幅有一定的联系，可部分反映参试株系的遗传背景差异，在田间依据植株表型性状进行亲本选配时，花色、生长势、冠幅可作为区分孔雀草种质的参考指标。本研究结果对孔雀草品种鉴定、杂交育种中亲本选配和分子标记辅助选择具有重要意义。