不同养殖环境下罗非鱼肠道微生物的比较分析

为了比较不同养殖环境下罗非鱼肠道菌群结构和相对丰度变化规律,选取稻田和池塘两种养殖环境下的罗非鱼为研究对象,定期测定实验期间的水质指标(溶氧、水温、pH值和氨氮),取养殖202d的罗非鱼,通过16SrRNA高通量测序检测其肠道微生物,并分析不同养殖环境下罗非鱼肠道菌群的变化规律。实验结果表明,养殖水质参数均在正常范围内,但不同养殖环境的水质参数存在差异,可能会导致罗非鱼肠道微生物的结构组成和多样性发生变化。在两种不同养殖环境下,梭杆菌门(Fusobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)3个菌群相对丰度均较高。蓝菌门(Cyanobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和放线菌门(Actinobacteria)物种丰富度存在显著性差异,其中蓝菌门在稻田组的罗非鱼肠道菌群中所占比例高于池塘组,而拟杆菌门和放线菌门在池塘组的罗非鱼肠道菌群中所占比例高于稻田组;在属水平下,Cetobacterium,Paeniclostrdium和Romboutsia等菌属在稻田组罗非鱼肠道菌群相对丰度较高,池塘组罗非鱼肠道菌群相对丰度较高的菌属为Cetobacterium,Enterovibrio和Plesiomonas等。不同养殖环境下,罗非鱼肠道微生物菌群分布及丰度有显著差异,该变化可为罗非鱼肠道微生物的研究提供基础数据。     

影响实验小鼠肠道菌群的多因素比较研究

目的比较研究影响实验小鼠肠道菌群的六种主要因素,为动物实验的设计和实验结果的解释提供参考,为肠道微生态菌群结构的干预与调控提供借鉴。方法采用珠磨法和酚-氯仿-异戊醇法提取肠道内容物中细菌基因组DNA,然后用16S rDNA V3区通用引物进行PCR扩增,扩增产物经DGGE电泳后用电泳条带数字化软件Quantity One和统计学软件SPSS对影响肠道菌群的六种因素(年龄、品种、饲养环境、饲料、个体差异和性别差异)进行比较研究。结果 Dice相关系数和主成分分析显示,年龄因素在早期(7和14日龄)对肠道菌群影响较大,到28日龄后,菌群结构趋向稳定,饲料和饲养环境成为主要的影响因素。品种和个体差异对肠道菌群也存在较大的影响,但性别差异影响相对较小,存在一定的随机性。结论以上六种因素均能在一定程度上影响肠道菌群,但其影响程度存在差异,在动物实验设计和实验结果解释时应充分考虑避免或利用这些影响因素。     

坡地放养成年三黄鸡肠道正常菌群的研究

@@@@【目的】研究肠道不同部位的pH值和正常菌群分布数量的规律以及肠道微生态平衡与禽类健康生长的关系.【方法】将肠道内容物样品稀释涂布于选择性培养平板进行目的菌计数；采用精密PH试纸测定肠道pH值和烛缸二氧化碳培养法培养厌氧菌.【结果】肠道中厌氧菌双歧杆菌(1010.1cfu/g～1011.51cfu/g)和乳酸杆菌(109.1cfu/g～109.7cfu/g)为优势菌群，需氧菌(107.2cfu/g～109.5cfu/g)在肠道内容物移动过程中有不同规律的变化，但厌氧菌和需氧菌在消化道中总体呈两头少中间多的分布规律.【结论】肠道pH值与微生物分布数量存在一定的关系；需氧菌、厌氧菌及各兼性菌在一定的环境中相互作用，得以共同生长，体现出不同的数量分布规律.     

肠癌患者与健康人群肠道菌群基因组DNA鉴定与特征

目的探讨肠道肿瘤患者与健康人群肠道菌群构成及基因组DNA的变化特征.方法分别采集肠癌患者与健康人晨起粪便,进行需氧和厌氧培养,鉴定菌株并进行菌落计数.采用试剂盒法提取粪便中肠道细菌总基因组DNA,进行琼脂糖凝胶电泳.结果肠癌组与健康对照组比较,肠杆菌数量增多,以大肠埃希菌数量显著,乳酸杆菌和双歧杆菌明显减少,厌氧菌和需氧菌的数量比例颠倒,两组数据比较差异均具有统计学意义(P0.05).粪便总基因组DNA经琼脂糖凝胶电泳在23 130 bp处有清晰、明亮的单一条带,且肠癌组与健康对照组均有相同大小的条带.结论肠癌组与健康对照组肠道菌群组成存在差异,肠道菌群总基因组DNA没有变化.     

骆驼肠道内3种含氮杂环化合物富集培养的微生物多样性

为研究骆驼(Camelus bactrianus)体内是否存在潜在的杂环化合物降解菌,采集3头骆驼肠道内容物,分别以吡啶、喹啉和吲哚3种含氮杂环化合物作为唯一碳源和氮源进行5代富集培养.通过高通量测序技术对肠道内容物和5代富集培养微生物进行了测序分析.结果显示:骆驼肠道中经过杂环化合物(吡啶、喹啉、吲哚)富集后,变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、浮霉菌门(Planctomycetes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)5个门类在富集的微生物中丰度最高;骆驼肠道内吡啶富集的优势菌属于芽孢杆菌属(Bacillus)、鞘氨醇杆菌属(Sphingo-bacterium)、苍白杆菌属(Ochrobactrum)和假单胞菌属(Pseudomonas),吲哚富集的优势菌属于芽孢杆菌属、棒状杆菌属(Corynebacterium)和赖氨酸芽孢杆菌属(Lysinibacillus),而喹啉富集的优势菌以鞘氨醇杆菌属为主.骆驼肠道内容物原始样品经过吡啶、喹啉、吲哚富集5代后,优势菌群发生了较大的改变,这暗示骆驼肠道内存在具有降解吡啶、吲哚和喹啉潜能的微生物,且涉及这3种杂环化合物的降解菌群不同.     

高F值寡肽对小鼠肠道菌群影响探究

为探究高F值寡肽对改善肠道吸收状况的影响。选用昆明种小鼠为实验对象,将其分为高F值寡肽酶解液组、超滤组和对照组,分别每天灌胃,10 d后收集小鼠肠道内容物,通过试剂盒提取DNA并利用16S rRNA技术获得各组小鼠肠道的优势菌群并采用Anosim、OTU Venn、OTU PCA、PCoA和LDA EffectSize (LEfSe)等进行分析。结果表明,酶解液组优势菌群为蛭弧菌科与毛螺菌科,超滤组为肠球菌科与嗜冷杆菌属,而对照组为拟杆菌门的黄杆菌目和拟杆菌科、β-变形菌纲的黄杆菌科与产碱杆菌科。高F值寡肽酶解液可以改变肠道菌群的整体结构,并能增加肠道内的有益菌种,从而维持肠道菌群的结构和稳定。     

基于高通量测序的不同养殖系统下凡纳滨对虾肠道和水体中微生物的多样性

【目的】研究不同养殖系统对凡纳滨对虾肠道及水体微生物多样性的影响。【方法】以循环养殖系统和非养殖系统下凡纳滨对虾养殖水体及其肠道为研究对象,在养殖30d后采集样品,采用Illumina MiSeq高通量测序样品细菌16SrRNA基因V3+V4区,通过RDP11.3、Greengenes13.8、NCBI 16S Microbial和Customized batabase等数据库进行分析,阐述循环养殖系统的意义和微生物在其中的作用。【结果】养殖期间,不同养殖系统凡纳滨对虾均正常存活。将原始序列优化后对Clean序列进行分析,非循环系统下水体优质序列百分比约81%,肠道中约89%;循环系统下水体优质序列百分比为92%,肠道中为94%。两种养殖系统下水体和肠道细菌在纲水平占绝对优势的是变形菌纲,但各菌群丰度不同;不同的Alpha指数显示出物种间的差异性;通过系统发育树可以看出,不同养殖系统改变了凡纳滨对虾生境中的物种及发育关系,间接阐述微生物在养殖生境中的作用和意义。【结论】通过高通量测序揭示不同养殖系统中微生物菌群的差异以及多样性,对于凡纳滨对虾实际养殖具有指导作用,对阐述养殖过程中微生物和相关疾病的关系具有重要意义。     

铅及益生菌对发育期大鼠肠道菌群结构的影响

文章探究慢性铅暴露对发育期SD大鼠肠道菌群结构的影响,并采用益生菌定殖的手段进行稳态修复。从围产期开始对母鼠给予含醋酸铅(125 mg/L)的饮用水,暴露持续至子代鼠出生后第21天(断奶期)。益生菌摄入同期完成,摄入量为每日10~(10) CFU。铅暴露结束后收集幼鼠盲肠内容物,提取微生物总DNA,进行荧光定量聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)分析,检测盲肠内容物中各菌的相对丰度。幼鼠体重在各组间未呈现显著差异。慢性铅暴露引起厚壁菌(Firmicutes)与拟杆菌(Bacteroidetes)的优势地位发生翻转,厚壁菌相对丰度升高,拟杆菌相对丰度下降,γ-变形菌(γ-Proteobacteria)的相对丰度升高。益生菌定殖可逆转上述菌群结构的失衡,使所述细菌相对丰度恢复到非暴露组的水平,帮助维持肠道菌群稳态。     

肠癌患者肠道菌群分析及携带β-葡萄糖醛酸酶基因特征

目的探讨肠道菌群紊乱及β-葡萄糖醛酸酶(β-Glucuronidase,GUS)与结直肠恶性肿瘤的相关性.方法收集肠癌、肠癌前病变患者及其同期健康人员粪便样本,进行细菌培养并计数.水煮法提取大肠埃希菌DNA后行PCR扩增,采用分子克隆技术构建重组质粒,进行DNA测序比对.结果细菌培养结果显示:大肠埃希菌、酵母菌、肠球菌、双歧杆菌、乳酸杆菌在肠癌、肠癌前病变患者及健康对照3组间比较差异具有统计学意义(P 0.05).测序结果显示:肠癌前病变患者大肠埃希菌uidA基因序列第1497位置G突变成A.结论肠癌前病变患者肠道菌群失调在癌变早期已发生改变,大肠埃希菌uidA基因存在突变,肠癌的发生风险增加.     

工厂化循环水养殖珍珠龙胆石斑鱼和红鳍笛鲷肠道菌群的多样性

鱼类肠道菌群的组成与宿主健康紧密相关,且受众多因素的影响.为分析工厂化循环水养殖珍珠龙胆石斑鱼(Epinephelus fuscoguttatus♂×E.lanceolatu♀)和红鳍笛鲷(Lutjanus erythropterus)肠道细菌组成及其与养殖环境菌群的关系,本研究采用高通量测序的方法对两种鱼肠道和养殖水...