东北粗皮蛙线粒体DNA遗传多样性分析

本文通过对东北粗皮蛙29个样本线粒体DNA控制区和细胞色素b基因部分序列分析,探讨其遗传多样性和种群遗传结构。PCR扩增和测序结果,获得587bp的线粒体DNA控制区序列和895bp的细胞色素b基因序列。合并线粒体DNA序列分析,共定义14个单倍型,16个变异位点,单倍型多样性(H)为0.704,核苷酸多样性(π)为0.001,平均核苷酸差异数为1.438,表明东北粗皮蛙遗传多样性较低。分子变异分析(AMOVA)结果表明,种群内变异占全部遗传变异的98.13%,群体间没有遗传分化(FST=0.0187),因此应加强对东北粗皮蛙野生种群的保护。     

基于线粒体控制区D-loop序列的洪泽湖翘嘴鲌遗传多样性分析

为掌握洪泽湖翘嘴鲌(Culter alburnus)种质资源遗传多样性状况，采集洪泽湖6个群体共233尾翘嘴鲌，采用线粒体控制区D-loop全序列进行遗传多样性分析.结果显示，翘嘴鲌线粒体D-loop序列长度为934 bp～936 bp,碱基(A+T)含量(66.0%)明显高于(G+C)含量(34.0%). 243条D-loop序列检出23个变异位点，其中有9个单一信息位点，14个简约信息位点. 6个群体发现22个单倍型，全部群体的单倍型多样性(H_d)和核苷酸多样性(P_i)分别为(0.794±0.019)和(0.002 51±0.000 14),呈现出高H_d和低P_i的遗传多样性模式. 6个群体中洪泽湖群体的遗传多样性最高(H_d:0.873±0.038,P_i:0.002 95±0.000 35),顾勒河群体的遗传多样性最低(H_d:0.709±0.064,P_i:0.002 03±0.000 31).分子方差分析表明，...     

大黄鱼线粒体DNA控制区遗传多样性分析

采用PCR-DNA测序技术测定、分析了闽-粤东族、岱衢族大黄鱼群体47个个体的线粒体DNA控制区基因序列.结果表明:所获序列长度为786～799 bp,具32个碱基替换位点和41个插入/缺失位点;控制区碱基组成中T、C、A、G含量分别为31.9%、15.8%、29.3%和23.0%,平均转换颠换比(R)5.5;共有10个单倍型,闽-粤东族8个和岱衢族3个,仅Hap03为共享单倍型;所有个体的平均单倍型多样性(Hd)为0.470,核苷酸多样性(Pi)为0.006 50;2个群体的遗传距离(D)为0.007 13,遗传分化指数(Fst)为0.181 6,基因流(Nm)为1.13.群体遗传分析结果表明,闽-粤东族、岱衢族大黄鱼野生群体遗传变异处于较低水平,闽-粤东族大黄鱼的遗传多样性水平稍高于岱衢族,群体间的遗传分化不明显.     

基于AFLP分子标记探讨福建近海竹荚鱼群体遗传多样性

为研究福建近海竹荚鱼群体的遗传分化,对竹荚鱼闽东(30尾)和闽南(30尾)群体进行了扩增片段长度多态性(AFLP)分析,8对选择性引物在2个群体60个个体中,共扩增出433条条带,其中多态位点286个.闽东和闽南群体的多态位点比例分别为63.28%、61.89%,Nei遗传多样性指数分别为0.171 8、0.172 2,Shannon多样性指数分别为0.267 3、0.267 3.与其他鱼类对比显示,福建近海竹荚鱼群体的遗传多样性水平较高,说明其种质资源尚未遭到明显破坏;遗传分化系数(Gst)和分子生物学方差分析(AMOVA)均显示竹荚鱼的遗传变异主要来源于群体内,而群体间无明显的遗传分化.基因流(Nm)显示2个群体间基因交流频繁,无明显独立的遗传结构.群体的位点差异数分布和显性基因型频率分布显示2个群体有相似的群体遗传结构.结果表明,竹荚鱼闽东和闽南群体间无明显的遗传差异,可将福建近海的竹荚鱼划归同一个管理保护单元.近期扩张、较强的扩散能力和洋流可能是造成福建近海竹荚鱼群体间遗传同质性较高的原因.     

西藏马线粒体DNA D loop区的遗传多样性

对西藏拉萨和泽当两个地区23匹西藏马的线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)部分片段进行序列分析, 检测出16个单倍型, 包括32个核苷酸多态性位点(其中转换位点31个, 缺失位点1个), 占所分析位点总数的9.27%. 单倍型多样性(h)和核苷酸多样性(π)分别为0.93±0.04和2.51%±0.16%, 表明西藏马的遗传多样性较丰富. 基于23匹西藏马序列以及现代欧亚马群的mtDNA序列, 进行了系统发育分析和多维尺度分析. 结果表明, 西藏马在母系遗传关系上与近东、 中亚以及欧洲家马有较近的亲缘关系, 与东亚的蒙古马以及韩国马亲缘关系较远.     

东北粗皮蛙线粒体 DNA 遗传多样性分析

本文通过对东北粗皮蛙29个样本线粒体DNA控制区和细胞色素b基因部分序列分析,探讨其遗传多样性和种群遗传结构。 PCR扩增和测序结果,获得587bp的线粒体DNA控制区序列和895bp的细胞色素b基因序列。合并线粒体DNA序列分析,共定义14个单倍型,16个变异位点,单倍型多样性（H）为0．704,核苷酸多样性（π）为0．001,平均核苷酸差异数为1．438,表明东北粗皮蛙遗传多样性较低。分子变异分析（AMOVA）结果表明,种群内变异占全部遗传变异的98．13％,群体间没有遗传分化（FST ＝0．0187）,因此应加强对东北粗皮蛙野生种群的保护。     

中国大陆杂色山雀遗传多样性

使用线粒体控制区(529bp)和核基因(9个微卫星位点)作为分子标记对杂色山雀(Parus varius)在中国大陆8个分布地的70个体进行遗传多样性研究.在所有样本线粒体控制区序列中共识别出10个单倍型,整体核苷酸多样性(Pi)为0.00176;单倍型多样性(Hd)为0.533;平均核苷酸差异数(k)为0.892.在线粒体水平上,杂色山雀中国大陆种群处于线粒体DNA多态性较低的范围内,遗传多样性较低.微卫星数据显示,70个样本在9个微卫星位点上的多态信息含量(PIC)为0.305～0.863,平均多态信息含量为0.755±0.1720;8个分布地样本各自平均等位基因个数(K)在1.4±0.53～9.4±2.46之间,平均期望杂合度(He)在0.444±0.5270～0.808±0.1929之间,平均多态信息含量在0.167±0.1976～0.738±0.1634之间.在核基因水平上,杂色山雀中国大陆种群遗传信息丰富,遗传多样性较高.基于线粒体控制区序列构建的系统进化树显示中国大陆地区杂色山雀指名亚种8个分布地样本混杂在一起;样本间的遗传分化指数Fst为0.0119,基因交流值为3.82.样本中的大部分变异是来自种群内且这种变异达到遗传分化的显著性水平,显示了中国大陆杂色山雀指名亚种8个分布地样本为一个地理种群.错配分布图以及中性检验结果显示中国大陆杂色山雀在过去的发展历程中发生过扩张事件.对于中国大陆地区杂色山雀的保护,应该将其作为一个进化显著单元进行保护.     

基于CR及Cytb基因序列的大泷六线鱼野生群体遗传多样性分析

为进一步了解山东省内大泷六线鱼(Hexagrammos otakii)群体遗传背景和分化情况,合理保护与开发利用渔业资源,选取线粒体控制区(CR)和细胞色素b基因(Cytb)对分布于山东省近海沿岸的3个大泷六线鱼野生群体以及北黄海1个离岸大泷六线鱼野生群体的线粒体基因序列进行对比,分析它们的序列特征、遗传多样性和种群历史动态情况。经PCR扩增得到大泷六线鱼野生群体的CR和Cytb基因序列,全长分别为485bp和651bp。基于CR基因序列共检测到40个多态位点,单倍型多样性平均值为0.908,核苷酸多样性平均值为0.006,定义了53种单倍型。基于Cytb基因序列检测到56个多态位点,转换颠换比值为19.04,种内单倍型多样性平均值为0.934,核苷酸多样性平均值为0.005,定义了38种单倍型。对比分析表明,4个大泷六线鱼野生群体均具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性。NJ系统进化树、群体间/内平均遗传距离、Fst值、基因流及AMOVA分析结果显示:山东省内近海沿岸大泷六线鱼野生群体和北黄海离岸野生群体遗传差异不显著,群体间存在频繁的基因交流,未形成显著的遗传分化。种群动态结果表明大泷六线鱼于更新世晚期经历了快速扩张,并形成了现有遗传格局。山东省内近海沿岸大泷六线鱼野生群体和北黄海离岸野生群体遗传结构之间不存在显著的地理隔离,这可能与人为增殖放流和秋冬季节黄海沿岸流及暖流有关,从而使得群体之间基因交流广泛。     

基于线粒体COI基因序列的丽文蛤群体遗传多样性和遗传结构分析

为了评估丽文蛤的遗传多样性,为丽文蛤的保护与开发提供基础遗传信息,本研究利用线粒体COI基因片段序列比较分析了我国沿海丽文蛤4个地理群体(漳州、珠海、海口和北海)的遗传多样性和遗传结构。4个群体共54个样本的线粒体COI基因部分序列经处理得到长度均为623 bp的核苷酸片段,检测到19个单倍型。群体遗传多样性分析显示,4个群体的单倍型多样性为0.464~0.889,核苷酸多样性为0.000 80~0.011 04。单倍型多样性较高的是漳州群体和海口群体,北海群体单倍型多样性相对较低。核苷酸多样性中漳州群体最高,而北海群体同样显示最低,北海群体多样性较低的原因可能是样本量小。分子变异分析(AMOVA)结果显示96.20%的变异来自群体内。群体间遗传分化指数显示漳州与珠海和北海群体之间存在较大的遗传分化(FST值分别为0.162 49和0.117 31),且均达到显著水平;而漳州与海口群体之间遗传分化小且分化不显著。珠海、海口和北海群体之间遗传分化小(FST值0.070 99~0.094 30)且分化不显著。聚类分析和单倍型网络图均显示丽文蛤漳州群体与珠海和北海群体分化明显,而珠海、海口和北海群体之间分化不明显,其结果与FST值相一致。     

白洋淀乌鳢线粒体D-Loop区序列遗传多样性分析

采集白洋淀野生鸟鳢(Channa argu)群体和养殖乌鳢群体62个样本.运用PCR技术对该62个样本的线粒体D-Loop区序列进行扩增,测序得到的序列进行比对.结果显示,线粒体D-Loop区片段中,T,C,A和G碱基平均含量分别为28.14％,22.36％,34.38％和15.12％,A+T的含量(62.52％)高于G+C含量(37.48％),具有明显的碱基组成偏向性.共检测到112个变异位点,占全部序列的12.3％,检测到单倍型9种,单倍型多样性(Hd)为0.783,核苷酸多样性(Pi)为0.054 09,2个群体的遗传距离为0～0.12,遗传分化指数(Fst)为0.943 44,基因流(Nm)为0.014 99.基于线粒体D-Loop区序列的研究表明:野生乌鳢群体的遗传多样性比养殖群体的遗传多样性低,同时2群体间具有明显的遗传分化现象.     

鸡公山和桐柏山连翘遗传多样性分析

利用核基因片段,对鸡公山和桐柏山连翘野生种群20个个体进行了遗传多样性分析.核基因数据得到6个单倍型(A～F),单倍型多样,性指数为0.479±0.083,核酸多样性指数为0.001 47±0.000 37.桐柏山种群遗传多样性水平较高,为0.516±0.132,核酸多样性指数为0.00205±0.00067,鸡公山种...     

基于线粒体Cytb基因序列的褐石斑鱼种群遗传多样性分析

为评估种质资源状况被世界自然保护联盟(International Union for Conservation of Nature, IUCN)评定为易危物种的褐石斑鱼(Epinephelus bruneus)野生种群的遗传多样性和遗传分化水平，采用PCR方法测定褐石斑鱼西太平洋海区的中国海南岛(HN)、福建厦门(XM)和韩国济州岛(HG)3个地理群体的线粒体细胞色素b(Cytb)基因的部分序列，并对其基因序列遗传变异、谱系结构和群体扩张历史特征进行分析。结果显示，褐石斑鱼3个地理种群(88个个体)共检测出18个多态位点，共有7种单倍型；各地理群体遗传多样性水平较低，而且单倍型在群体间分布不均，韩国群体遗传多样性最高，中国海南和厦门群体遗传多样性较低。地理距离最远的韩国群体和中国海南群体遗传分化最高(F_ST=0.177 5),地理距离最近的中国海南群体和厦门群体的遗传分化最低(F_ST=0.013 4)。Mantel检验结果显示，3个褐石斑鱼群体间遗传距离和地理距离间存在显著相关，距离隔离(Isolation by Distance, IBD)...     

南京椴群体遗传多样性和遗传结构分析

【目的】 南京椴(Tilia miqueliana)为江苏省重要的乡土树种,野外资源稀缺。南京椴野外群体遗传多样性和遗传结构的探索,可为资源保护、品种选育及遗传改良提供依据。【方法】 以南京椴5个天然群体[江苏宝华山(P1)、牛首山(P2)、安徽皇藏峪(P3)、安徽蜀山(P4)和浙江天台山(P5)]93个体为实验材料,选用15对多态性EST-SSR引物,进行遗传多样性及群体遗传结构分析。【结果】 ①用15对引物共检测等位基因数(A)总和为96,平均值为6.4,四倍体基因型(G)和四倍体特异基因型(G_i)总和分别为441和251,特异基因型比率(R₁)和种质鉴别率(R₂)均值分别为45.73%和17.99%。②在5个群体中,每个位点等位基因数(A_loc)和四倍体基因型丰富度均值(G_loc)分别为5.50±2.43和9.41±4.29;平均观测杂合度(H_o)和平均期望杂合度(H_e)为0.61±1.43和0.62±0.14。参考各群体G_loc和H_e值,确定遗传多样性较高的群体为P1和P3。③群体间遗传分化较小,遗传分化系数(G_st)仅为0.030;AMOVA分子变异分析显示,群体多样性水平变异来自于群体内(96%)。④聚类和遗传结构Structure分析显示,5个群体可划分为2组(组1包括P1、P2和P5;组2包括P3和P4)。Mental检验结果表明遗传距离与地理距离之间无显著相关。【结论】 南京椴群体均具有丰富的遗传多样性,其中宝华山群体和皇藏峪群体多样性较高,群体扩张可能是以这两个种群为中心,经人类活动迁移至其他区域。但南京椴群体间未形成明显分化,主要是由于植株寿命长,群体缺乏自然更新,加之群体间存在人为种子传播。因此,本研究提出通过建立隔离区,明确优先保护群体、加大植株异交,并采用人工繁育及种质回迁的方式保护南京椴野外群体。     

GENETIC DIVERSITY AMONG CHINESE SIKA DEER (CERVUS NIPPON) POPULATIONS AND RELATIONSHIPS BETWEEN CHINESE AND JAPANESE SIKA DEER

SIKA DEER,CERVUS NIPPON,WAS HISTORICALLY WIDE-SPREAD THROUGHOUT NORTHEASTERN ASIA,FROM THE USSURI REGION TO VIETNAM,INCLUDING THE KOREAN PENINSULA,MAINLAND CHINA AND TAIWAN,AND THE JAPANESE ARCHI-PELAGO,AND UP TO13SUBSPECIES HAVE BEEN DESCRIBED[1].THE FOS…     

增殖放流对石岛近海三疣梭子蟹遗传特征的影响

为了解增殖放流后山东石岛近海三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)遗传特征的变化情况,对采自石岛近海2016年和2020年两个年份三疣梭子蟹群体的遗传多样性和遗传结构进行分析。结果显示:两个群体的单倍型多样性均较高,表现出较高的遗传多样性;群体间遗传分化指数FST值显示群体内部遗传差异大于群体间,且统计检验不显著,表明两群体间无明显遗传分化;分子方差分析（AMOVA）结果和单倍型邻接系统发育树（NJ）也显示两群体间无明显遗传分化。由此可得,经增殖放流,石岛近海2016—2020年三疣梭子蟹群体遗传多样性较高并未发生显著的遗传分化,种质资源较好。     

Genetic diversity among Chinese sika deer （Cerrus nippon） populations and relationships between Chinese and Japanese sika deer

Sika deer （Cervus nippon） is a cervid endemic to mainland and insular Asia and endangered. We analyzed variation in the mitochondrial DNA （mtDNA） control region for four subspecies to understand the genetic diversity, population structure and evolutionary history in China. 335 bp were sequenced and eight haplotypes were identified based on 25 variable sites among the populations. Sika deer in China showed lower genetic diversity, sug- gesting a small effective population size due to habitat fragmentation, a low number of founder individuals, or the narrow breeding program. AMOVA analysis indicated that there was significant genetic subdivision among the four populations, but no correlation between the genetic and geographic distance. PhyIogenetic analyses also revealed that Chinese sika deer may be divided into three genetic clades, but the genetic structure among Chinese populations was inconsistent with subspecies designations and present geographic distribution. Including the sequence data of Japanese sika deer, the results indicated that Chinese populations were more closely related to Southern Japanese populations than to the Northern Japanese one, and the Taiwan population was closer to populations of Northeastern China and Sichuan than to those of Southern China.     

基于cpDNA trn L-F 序列数据分析海南陆均松种群的冰期后扩张

针对热带树种陆均松Dacrydium pierrei de Laubenfels分布在海南的12个天然种群进行取样,测定了叶绿体DNA(cpDNA) trn L-F非编码区序列.序列长度介于868～876 bp,显示出长度多态性.碱基组成A T含量较高,百分比值为64.17%～64.95%.通过统计简约算法共鉴定出30个单倍型.根据种群间分化度FST(=0.00)、基因流Nm(介于1.92～2.50)、AMOVA(24.17%的遗传变异发生在种群间,P＞0.05)以及邻接树中单倍型的分支式样,发现海南的陆均松种群尚未发生遗传分化.另一方面,依统计简约算法构建的单倍型网图具"星状"特征,而且邻接树中多数单倍型合并于树的顶端.这些基因谱系结果提示海南陆均松种群在近期历史上发生过种群扩张.Tajima的 D 检验和错配分析结果也支持这种推测.结合地质和古孢粉学证据,认为残存于"避难所"的陆均松种群在全新世时,伴随全球气候转暖,在海南岛内可能实行了扩张.     

基于SSR标记的福建省闽楠代表性群体遗传多样性分析

【目的】闽楠(Phoebe bournei)是珍贵的用材树种,被列为国家Ⅱ级重点保护野生植物。以福建省内保存较好的3个代表性闽楠自然群体为对象,研究其群体间及群体内的遗传变异水平及遗传结构特征,探究其成因,为闽楠天然群体的保护和利用提供依据。【方法】利用自行开发的18个多态性SSR标记,对3个群体共计88个样本进行检测,利用Popgene 32软件,分析群体的有效等位基因数(N_e)、观测杂合度(H_o)、期望杂合度(H_e)、基因分化系数(F_st))等,利用Structure软件研究群体的遗传结构。【结果】3个闽楠群体的平均期望杂合度为0.629,表明遗传多样性较丰富;3个群体的平均观测杂合度明显低于期望杂合度,群体内近交程度较高[近交系数(F)=0.280)],尤其是罗卜岩群体H_o/H_e差异大(0.399/0.608)、近交程度高(F=0.378);分子变异分析显示,闽楠的变异主要来源于群体内,群体间存在中等程度的分化(F_st=0.197)。聚类分析结果表明,3个群体闽楠样本可明显区分为两类,两类间存在明显的遗传分化,福建罗卜岩和福建顺昌群体为第Ⅰ类,且两者地理位置较近;福建政和与其距离较远,为第Ⅱ类。【结论】福建闽楠3个代表性群体具有较高的遗传多样性,但具有小群体特征,群体内近交程度较高,而地理隔离和人为活动使闽楠具有一定程度的遗传分化;应采取措施使群体内充分异交,以维持闽楠群体较高的遗传多样性。     

中国野猪核DNA SANDX-2位点遗传变异分析

研究测定了89个中国野猪和1个家猪未知功能核基因SANDX-2位点的序列.在序列比对后长510 bp左右,发现有2处4种类型碱基缺失,30个位点发生碱基替换,共定义了19种单元型.在野猪中共发现18种单元型,其中7种只在某一地方种群中发现,11种为地方种群间共享单元型.用邻接法基于核苷酸 Kimura 2-parameter模型构建系统发生树中,19种单元型被明显分为2大枝.尽管各枝得到的Bootstrap值均较低,且各地方种群中出现的单元型散布在不同的进化枝中,但单元型在野猪亚种内的分布已出现了一定的地理分布格局.若不考虑碱基的插入/缺失,用TCS构建19种单元型网络表明,HAP2单元型为一古老单元型,其他为衍生单元型.