基于线粒体控制区D-loop序列的洪泽湖翘嘴鲌遗传多样性分析

为掌握洪泽湖翘嘴鲌(Culter alburnus)种质资源遗传多样性状况，采集洪泽湖6个群体共233尾翘嘴鲌，采用线粒体控制区D-loop全序列进行遗传多样性分析.结果显示，翘嘴鲌线粒体D-loop序列长度为934 bp～936 bp,碱基(A+T)含量(66.0%)明显高于(G+C)含量(34.0%). 243条D-loop序列检出23个变异位点，其中有9个单一信息位点，14个简约信息位点. 6个群体发现22个单倍型，全部群体的单倍型多样性(H_d)和核苷酸多样性(P_i)分别为(0.794±0.019)和(0.002 51±0.000 14),呈现出高H_d和低P_i的遗传多样性模式. 6个群体中洪泽湖群体的遗传多样性最高(H_d:0.873±0.038,P_i:0.002 95±0.000 35),顾勒河群体的遗传多样性最低(H_d:0.709±0.064,P_i:0.002 03±0.000 31).分子方差分析表明，...     

河南省蛇鮈属新纪录种——光唇蛇鮈

自2012年至2021年，河南省鱼类资源调查队对省内鱼类资源进行了全面系统调查.在整理标本期间，发现在黄河与淮河采集的多尾蛇鮈属鱼类与此前河南已有记录的蛇鮈(Saurogobio dabryi)和长蛇鮈(Saurogobio dumerili)形态明显不同.运用形态学和分子系统学的方法对其进行分类鉴定，发现其唇薄简单，不发达，上下唇均无明显乳突，其他可量和可数性状也完全符合光唇蛇鮈(Saurogobio gymnocheilus)的鉴别特征.此外，基于Cyt b序列的分子系统学分析也显示其与长江流域的光唇蛇鮈具有最近亲缘关系，遗传距离仅为0.9%,应为同种，支持形态学鉴定结果.基于此，确定本次采集到的蛇鮈属鱼类为光唇蛇鮈，是河南省新纪录种，同时也是其在黄河流域和淮河流域分布的首次记录(此前记录仅在长江中上游分布).     

赤眼鳟线粒体D-loop和Cyt b基因序列的对比分析

 研究了长江和珠江野生赤眼鳟Squaliobarbus curriculus共4个群体24个个体的线粒体控制区（D-loop）和细胞色素b（Cyt b）基因序列,通过PCR扩增与测序,分别获得了长度为598 bp和752 bp的D-loop和Cyt b基因片段。分析表明,D-loop序列共定义了18个单倍型,存在34个简约信息位点,67个多态性位点,发生转换40次,颠换15次,插入/缺失14次。A、T、C、G平均含量分别为33.7%、35.1%、17.5%、13.7%。Cyt b序列共定义了18个单倍型,存在68个简约信息位点,72个多态性位点,发生转换60次,颠换15次,无插入/缺失位点。A、T、C、G平均含量分别为29.3%、26.4%、29.8%、14.5%。Cyt b除简约信息位点百分比大于D-loop外,多态位点百分比和单突变位点百分比均小于D-loop,说明D-loop具有较快的进化速率。D-loop序列的单倍型多样性(H)、平均核苷酸差异数(K)、核苷酸多样性(π)分别0.963 8、16.543 5和0.028 4,Cyt b的H、K和π分别为0.971 0、31.855 1和0.042 6,显示赤眼鳟具有较高的遗传多样性水平,且遗传变异主要存在于群体间。分析群体间的遗传距离和F_ST值,D-loop和Cyt b都一致表明：长江和珠江水系间存在明显的遗传分化,系统树和分子变异等级分析(AMOVA)也支持这一观点。同一水系群体间的遗传差异较小,Cyt b则更小;不同水系群体间的遗传差异较大,Cyt b则更大。故,Cyt b呈现出“小则越小,大则越大”的态势。分析其原因,可能与D-loop和Cyt b进化速率密切相关。     

基于COⅠ基因和D-loop序列的东海鳓鱼种质资源遗传变异研究

以东海区鳓鱼背部肌肉的线粒体DNA作为模板,对16个个体的CO Ⅰ基因和D-loop序列进行了扩增,通过对PCR产物进行双向测序,最终得到了691 bp的CO Ⅰ基因片段和718 bp的D-loop序列片断.用DNASP软件分析得知,16个CO Ⅰ基因序列定义了6个单倍型(在GenBank登录号:HM030765-HM030768,HM030769-HM030770),在6个单倍型中,共检测到6个变异位点,其中有5个变异位点发生在第三密码子位置上,有1个变异位点发生在第一密码子位置上.东海区鳓鱼16个个体D-loop序列共定义了14个单倍型(GenBank登录号:HM030781,HM030783-HM030792,HM030794-HM030796).除去插入/缺失位点,14个单倍型共检测到30个多态位点,主要发生在D-loop序列的两端区域;D-loop序列还检测到80个插入或缺失位点,碱基插入主要发生在340～419 bp之间的中央区域,以40 bp重复片断插入的形式进行.每个个体含有2～4个连续重复片断.对鳓鱼进行了遗传多样性分析,CO Ⅰ基因序列的单倍型多样性为0.617,核苷酸多样性指数为0.001 37,平均核苷酸差异数为0.950.D-loop序列的单倍型多样性为0.983,核苷酸多样性指数为0.009 98,平均核苷酸差异数为6.367.综合分析,东海区鳓鱼的遗传多样性并不高,有必要采取综合措施对其进行种质资源保护.     

洞庭湖水系3种鮈亚科鱼的染色体核型分析

采用植物血球凝集素(PHA)和秋水仙素体内注射法直接制作肾细胞染色体标本,对洞庭湖水系3种鮈亚科鱼:棒花鱼、花骨、麦穗鱼的染色体核型进行分析。结果表明,3种鮈亚科鱼中期染色体二倍体数均为2N=50,但核型存在差异,棒花鱼的核型为2N=28NM+20 NSM+2 NST,染色体臂数NF=98;花骨的核型为2N=16NM+14NSM+16 NST+4 NT,染色体臂数NF=80;麦穗鱼的核型公式为2N=18 NM+22 NSM+10 NST,染色体臂数NF=90。同时,本文将洞庭湖水系与其它水域3种鮈亚科鱼的核型进行比较,探讨了鮈亚科鱼类的系统演化及亲缘遗传关系。     

灵空山褐马鸡种群遗传多样性研究

山西灵空山国家级自然保护区位于太岳山脉中段,近二百年来没有褐马鸡分布的记载和报道,2005年首次发现褐马鸡在此栖息。灵空山褐马鸡地理种群的来源和遗传背景的研究尚属空白。文章采用线粒体DNA分子标记技术,对灵空山褐马鸡种群的遗传多样性、遗传结构、系统发育进行了分析。结果显示:4只个体均获得长度为1 238 bp的mtDNA D-loop全序列以及1 458 bp Cyt b的全序列,分别定义了3个和2个单倍型。两条序列D-loop和Cyt b单倍型多样性(h)平均值分别为0. 833和0.5,核苷酸多样性平均值(π)分别为0.002 83和0.002 06,平均遗传距离分别为0.003和0.002。反映了灵空山自然保护区褐马鸡种群具有较高的单倍型多样性和较低的核苷酸多样性,种群遗传多样性较低。这与该地区褐马鸡的资源现状、分布范围相适应。     

洞庭湖水系沅水和澧水2种黄颡鱼的形态及染色体组型

采用常规生物学形态测量及PHA和秋水仙素活体注射方法,分别对洞庭湖水系沅水和澧水的长须黄颡鱼和光泽黄颡鱼的形态特征及染色体组型进行研究.形态测量表明,沅水和澧水的长须黄颡鱼在体长/体高、体长/头长、头长/眼间距等比例性状上存在显著差异(P＜0.05),而两条水系的光泽黄颡鱼在外形上则无明显差异.染色体分析表明,两条水系...     

柽柳沙鼠Cytochrome b基因的克隆和进化分析

目的对柽柳沙鼠线粒体Cyt b基因全序列进行测定,并对其进行鉴定及进化分析。方法根据已知柽柳沙鼠基因序列设计引物,采用PCR产物测序法,对目的片段进行测序鉴定。结合已公布啮齿类动物Cyt b基因序列,分析其碱基组成、遗传距离、并基于极大似然法和最大简约法构建系统进化树。结果获得柽柳沙鼠线粒体Cyt b基因全序列,其与长爪沙鼠和子午沙鼠均具有较高的同源性;进化分析结果显示,柽柳沙鼠与沙鼠属和仓鼠科动物遗传距离较近。柽柳沙鼠Cyt b基因碱基组成与沙鼠属和家鼠属动物相似,具有哺乳动物mt DNA基因特点。结论本研究为以柽柳沙鼠Cyt b基因序列为参考,初步计算了柽柳沙鼠与沙鼠属、家鼠属、仓鼠科及其它啮齿动物的进化关系,本研究为柽柳沙鼠及沙鼠属动物进化、线粒体的结构和功能研究奠定基础。     

种鲿科鱼类基于线粒体DNA控制区序列的比较研究

采用PCR技术,对外形上易混淆的鲿科Bagridae 4种初级淡水鱼:中间黄颡鱼Pelteobagrus intermedius、普通黄颡鱼Pelteobagrus fulvidraco、粗唇鮠Leiocassis crassilabris和Pseudobagrus kyphus进行线粒体控制区489 bp序列的分析. 结果显示:4个种间的碱基差异为12.88%,28个样品共得到7个单倍型,通过遗传距离和系统发育分析可见,粗唇鮠和Pseudobagrus kyphus的亲缘关系比较近,而中间黄颡鱼、普通黄颡鱼和另外2种鱼的亲缘关系较远.     

光唇鱼的形态特征和血液生化指标

运用传统的形态测量方法结合分类特征研究了采自浙江省新昌县的光唇鱼样本。结果显示:背鳍为3,8;胸鳍为1,14-16;腹鳍为1,8;臀鳍为3,5;体长/体高、体长/头长、体长/吻长、体长/眼径、头长/吻长、眼径/头长数值分别为3.18±0.47、4.22±0.42、13.02±4.55、20.56±3.00、3.08±1.03、0.21±0.03。其体侧有纵条;唇后沟的间隔距离较宽,大于口宽的1/3;并对其血液生理生化等指标进行了测定,结果表明光唇鱼血液中红细胞、白细胞和中性粒细胞的平均数目分别为1.20×107个/mm3、1.74×104个/mm3、4.50×102个/mm3;检测的13项血清生化指标中除尿素氮、磷、肌酐和谷草转氨酶等几项指标外其余指标均不存在显著差异;总蛋白为44.00 g/L,葡萄糖为15.87 mmol/L,总胆固醇为7.32 mmol/L,甘油三酯为6.61mmol/L,钙为2.37mmol/L,镁为1.12mmol/L,铁为6.00mmol/L,尿酸为15.00μmol/L,谷丙转氨酶为180.00 U/L;其中血清铁的含量要明显高于钙、磷、镁,谷草转氨酶的活性要高于谷丙转氨酶;与一些不同食性淡水鱼类相比,光唇鱼血液中甘油三酯、总蛋白、血糖和钙、镁离子含量较高;结果可作为光唇鱼的正常生理常数参考值。     

基于线粒体DNA控制区的新疆北鲵种群遗传多样性分析

以线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)控制区为分子标记,对分布于新疆温泉县6处自然栖息地的新疆北鲵(Ranodon sibiricus)遗传多样性进行研究.共采集新疆北鲵尾端肌肉组织样本60份,通过PCR扩增获得853bp的mtDNA序列,含D-loop序列747bp、tRNA-Pro序列72bp及部分tRNA-Thr和tRNA-Pro之间基因间隔区(ISR)序列34bp,其中D-loop序列中A、T、G和C 4种核苷酸所占百分比分别为31.92%,35.04%,15.02%和18.02%,A+T所占百分比为66.96%.经MEGA软件比对发现,所得60个样品的扩增序列(853bp)完全一致,共享一个单倍型,所有扩增序列仅在控制区的第449位碱基(均为A)与GenBank(AJ419960)中新疆北鲵线粒体该位点碱基(为G)不一致.结果表明,国内现存6处自然栖息地内的新疆北鲵遗传多样性极低,在近缘同属种及脊椎动物中都极为罕见,显示该种近期经历过严重的瓶颈效应,可能由一个单倍型扩散至目前的分布格局.研究结果可为该物种保护提供分子遗传学依据.     

侧条光唇鱼和宽鳍鱲的两个地理种群形态比较

对采集于广东南岭和海南五指山的侧条光唇鱼和宽鳍鱲进行外部形态比较研究.侧条光唇鱼和宽鳍鱲的两个地理种群,五指山的种群生长速度大于南岭种群,但其形态差异不大,两个地理种群仍是同一种.     

基于Cyt b基因序列变异探讨鲱形目系统发育关系

鲱形目内科间分类关系一直以来存在较多争议,为探讨鲱形目系统发育关系,对黄鲫、凤鲚的线粒体Cyt b基因全序列进行扩增、克隆及测序,得到1 141 bp序列。结合Genbank中已发布的鲱形目鱼类Cyt b基因全长序列利用生物信息学软件进行比较分析后,共检测到553个变异位点,总变异为48.5%,其中含504个简约信息位点,未见序列插入或缺失。碱基的替换多在密码子第三位,序列中转换多于颠换,Ts/Tv为2.448,基因突变未达到饱和。基于K2P模型计算的遗传距离表明,宝刀鱼科同鲱科及鳀科的科间遗传距离(0.042~0.072)小于鲱科内属间遗传距离(0.065~0.106)。在以南美肺鱼为外群构建的NJ分子系统树中,齿头鲱科最先分化,是鲱形目中原始类群;鳓属、多齿鳓属独立聚为一支,且具较高的自举检验值,支持将其归入锯腹鳓科;宝刀鱼科并入到鲱科一支中去,与鲱科亲缘关系更近。     

厚唇光唇鱼(Acrossocheilus labiatus)和侧条光唇鱼(A.parallens)的比较研究

通过对其形态、解剖及部分同工酶表型的比较研究,发现厚唇光唇鱼(Acrossocheiluslabiatus)和侧条光唇鱼(A.parallens)的差别比较显著,认为二者都是有效种,但它们各自占领不同的水域,其分布受到南岭的阻隔.     

生命的旋律——“DNA音乐”

细胞是生命的基本单位。任何生物的细胞核中,都含有一套由遗传物质去氧核糖核酸(DNA)组成的染色体。分子生物学家已经探明,染色体是由两条 DNA 长链缠绕而成的双螺旋结构。DNA 含有4种类型的碱基,即腺嘌呤(A)、鸟嘌呤(G)、胸腺嘧啶(T)和胞嘧啶(C)。每条 DNA 长链上的腺嘌呤和胸嘧啶配对互补,而鸟嘌呤则和胞嘧啶配对互补。互补的碱基间以氢键联结,成为两条 DNA 长链间的纽带。DNA 上的碱基排列,就是生命世界最奥妙的“遗传密码”。每3个碱基决定一种氨基酸。一段去氧核糖核酸链,能够决定一组氨基酸排列顺序。按这个顺序合成的氨基酸长链,就是支配生物某一性状表现的一种蛋白质分子。所以遗传决定性状,说到底就是碱基排列顺序     

黄河鮈Cytb基因克隆及其在鮈属中的系统发育

采用聚合酶链式反应克隆黄河鮈线粒体细胞色素b基因 (Cyt b),首次报道了该基因的全长序列(1140bp,FJ904648) ,并与鮈属中其他6个物种的Cyt b 基因进行同源性比较,分析了碱基组成和变异情况,以马口鱼属的马口鱼和鯝属的云南鯝作为外群构建了ML和NJ系统发育树.遗传距离和分子系统学分析表明,黄河鮈与犬首鮈具有较低的遗传距离(6.30%),在系统发育树上两者聚在一起,提示黄河鮈与犬首鮈存在较近的亲缘关系.     

翘嘴鲌染色体核型分析及遗传学特性研究

对翘嘴鲌(Erythroculter ilishaeformis)肾细胞染色体的核型进行了分析.核型分析结果表明,翘嘴鲌的肾细胞染色体组是由48条染色体组成,染色体组型按着丝粒位置可分为四组,分别是中部着丝粒染色体、亚中部着丝粒染色体、端部着丝粒染色体.其中中部着丝粒染色体9对,亚中部着丝粒染色体5对,亚端部着丝粒染色体9对,端部着丝粒染色体1对,每对染色体均由二条同源染色体组成.这些研究结果表明,翘嘴鲌是一种二倍鱼,其染色体数目为2n=48,核型公式为2n=18m+10sm+18st+2t ,NF=76.     

湘云金鳙染色体组型分析

采用PHA和秋水仙素活体注射法,对洞庭湖区人工养殖湘云金鳙的染色体组型进行分析.结果表明:湘云金鳙的染色体二倍体数为2N=48,核型公式为:24 m+18 sm+6 st,NF=90.未发现端部着丝粒染色体,也未发现带有特殊标志性特征如随体和次缢痕等的染色体.同时,本文将洞庭湖区与其他水域鲢亚科鱼的核型进行比较,探讨了鲢亚科鱼类的染色体遗传多样性.     

北江侧条光唇鱼的个体生殖力

于2007年7月—2009年6月,在北江随机采集侧条光唇鱼(Acrossocheilus parallens)样本358尾,均测量其体长(L)、体质量(W)、净体质量(Wn)和性腺质量(Wo)等生物学指标.从样本中选取卵巢成熟度为IV期的雌性个体73尾,用质量法计数个体绝对生殖力,并对体长相对生殖力(FL)、体质量相对生殖力(FW)进行计算,用5种数学模型及多元回归方程拟合个体生殖力与生物学指标的关系.结果表明:样本由1+~5+龄5个龄组组成;个体绝对生殖力(F)在578~12621粒之间,平均为3303粒,体长相对生殖力在73~908粒/cm之间,平均为282粒/cm,体质量相对生殖力在42~203粒/g之间,平均为87粒/g;个体绝对生殖力及个体体长相对生殖力均与全长、体长、体质量、净体质量、体长体质量复合关系和卵巢质量等呈幂函数相关,两者均与成熟系数和年龄呈指数函数相关,而体质量相对生殖力与各生物学指标相关性不显著.根据生殖力与生物学指标的关系,可以利用体长或体质量预测种群生殖力.根据侧条光唇鱼卵径分布频率特征,初步推测其为分批产卵鱼类.     

5种蟹类线粒体Cyt b基因序列分析及其系统发育

为研究浙江沿海蟹类系统发育情况,对5种常见蟹类(n=28)的线粒体细胞色素b基因进行扩增,获得650 bp序列片段,其中8个红星梭子蟹样品中检测出4个单倍型,锐齿蟳、锈斑蟳和日本蟳样品中分别检测出2个单倍型,绵蟹中检测出1个单倍型;碱基T、C、A、G和A+T的平均含量分别为37.3%、19.8%、26.5%、15.8%和63.8%,A+T平均含量(63.8%)明显高于G+C(36.2%),符合后生动物线粒体基因碱基偏倚特性;5种蟹类种内遗传距离处于0.000~0.050,种间遗传距离为0.194~0.366,锐齿蟳与绵蟹种间遗传距离最高(0.366),锈斑蟳与日本蟳遗传距离最低(0.194)。通过邻接法构建分子系统树发现蟳属物种首先聚类,然后与同属于梭子蟹科的梭子蟹属物种聚类,最后与绵蟹科绵蟹物种聚类,与相应蟹类形态学分类结果一致。