敏捷气热菌密码子及AUG侧翼序列保守性分析

比较敏捷气热菌和大肠杆菌等9种编码GC含量．以及各异生物的密码子使用情况．结果表明,与敏捷气热菌编码区GC含量比较接近的果蝇．在密码子使用上与之相差最小．它们在分类学上分别属于不同的域,与敏捷气热菌同属古菌．但GC含量相差较大的强烈炽热球菌．则相差较大．说明编码区GC含量对密码子使用偏好．比生物分类学(系统发育)地位更重要．碱基A．C在高、低表达基因中出现的概率差别较大．尤其在-1,-3,-4和7位点;碱基A,C在调控翻译起始效率中的作用．可能大于碱基G,U。因为碱基G,U在高表达和低表达基因中．其出现的概率差别不大．高表达和低表达基因起始密码子侧翼序列中．某些位点保守性存在差异．其中高表达基因-1位和-3全可能与其高表达特性有关．     

自洽聚类法识别大肠杆菌SD序列

用自洽聚类方法判定大肠杆菌蛋白质编码基因SD序列强弱,给出构成强SD序列的17种碱基关联模式.将全部SD序列按作用强弱不同分为三类:强、中、弱,发现强弱不同时最偏好模式不同,如GGAGG是弱SD序列的最偏好模式,AAGGA是强SD序列的最偏好模式.同一模式距起始密码子的距离不同时,所起的调控作用也不同,如GGAG模式中的A在强SD序列中位于-8位点,在弱SD序列中位于-7和-9位点.平均来说,各SD序列的-9位点上碱基G出现的概率最大.结果还表明SD序列越强,基因的表达水平越高,SD序列越弱,基因表达水平越低.SD序列与anti-SD序列的配对程度和相对位置影响起始密码子的识别和翻译效率.     

SD序列矩阵表示与保守性

提出用矩阵形式表示一组核酸序列的方法．以大肠杆菌ＳＤ序列（在起始密码子ＡＴＧ前－１～－２５位点的２５个碱基范围内）为例给出了表示各位点单碱基、相邻双碱基、相邻三碱基出现的矩阵形式，并计算了体现序列的保守性、关联性的Ｍ（ｌ）值，发现大肠杆菌ＳＤ序列保守性，相邻双碱基、三碱基关联性与基因表达水平成正相关关系     

用核糖体扫描模型预测翻译起始位点

真核生物翻译起始位点(TIS,translation initiation site)的正确预测对于基因的正确注释有着重大的意义.在真核生物中,翻译并不都是起始于第一个AUG密码子,还取决于AUG前后序列的信息.结合位置权重矩阵(PWM,position weight matrix)和开放阅读框架(ORF, open reading frame)的长度分布特征建立了简单的方法识别翻译起始位点,此方法能很好地区分上游AUG和TIS.对于脊椎动物以及人类的mRNA序列,运用核糖体扫描模型预测其翻译起始位点得到了很好的预测率.     

E.coli和Yeast基因起始与终止密码子邻近序列碱基保守性、关联性的对比研究

计算E.coli和Yeast基因起始与终止密码子邻近序列单碱基、相邻双碱基、相邻三碱基的碱基出现概率得出的M1(l)、M2(l)、M3(l)值,很好地体现了原核生物E.coli和真核生物Yeast翻译起始区域的显著差异;矩阵P的本征值之和,可作为衡量不同生物基因碱基保守性、关联性强弱程度的一个指标.     

E.coli和Yeast基因起始与终止密码子邻近序列碱基保 …

计算Ｅ．ｃｏｌｉ和Ｙｅａｓｔ基因起始与终止密码子邻近序列单碱基、相邻双碱基、相邻三碱基的碱基出现概率得出的Ｍ１（ｌ）、Ｍ２（ｌ）、Ｍ２（ｌ）值,很好地体现了原核生物Ｅ．ｃｏｌｉ和真核生物Ｙｅａｓｔ翻译起始区域的显著差异;矩阵Ｐ的本征值之和,可作为衡量不同生物基因碱基保守性,关联性强弱强度的一个指标。     

古菌起始密码子上游AUG和UAA三联体的频率分布

分析了三联体AUG和UAA(包括UAG和UGA)在古菌基因组起始密码子上游序列的三个阅读框中的频率分布.在阅读框1,三联体AUG在起始密码子上游有非常明显的缺失.与AUG的缺失相反,三联体UAA的频率在起始密码子上游显著增加.与细菌和真核生物基因组比较发现,古菌基因组的上述特征与细菌十分相似.在古菌基因组起始密码子上游序列中,三联体AUG的缺失和UAA频率的增加可以有效地避免古菌基因被错误的翻译起始,提高翻译效率.     

大肠杆菌终止密码子前后序列碱基的统计分析

统计了大肠杆菌９８５个基因终止密码子前３１个碱基和终止密码子后３３个碱基在各个位点的碱基概率分布．发现终止密码子前３个碱基和终止密码子后３个碱基的概率分布与其它位点的概率分布有很大的差别．以ＴＡＡ结尾的基因序列和以ＴＡＧ或ＴＧＡ结尾的基因序列的碱基分布在终止密码子附近也有明显不同．我们又统计了高表达基因和低表达基因终止密码子前后序列的碱基分布,发现在紧邻终止密码子前后３个碱基范围内,某些碱基分布有明显的差别．还发现碱基Ｇ和碱基Ｔ的３周期分布贯穿整个编码区,碱基Ａ的３周期分布在编码终止区非常明显．     

大肠杆菌SD序列与基因表达水平的关系

依据基因表达水平的理论预测方法从１３７３个大肠杆菌基因中选出了７３个甚高表达基因和１００个甚低表达基因,研究了这两类基因编码区起始密码子ＡＴＧ前－１到－２１位点（包含ＳＤ序列）的碱基构成与基因表达水平的关系。结果表明,ＳＤ序列中的富嘌呤区（约在－７到－１２位点）Ｇ和Ｔ的概率分布曲线中心到ＡＴＧ的距离（记为ＬＨ）与基因表达水平有明显的关系。甚高表达基因ＬＨ约为１０,甚低表达基因的ＬＨ约为８,另外在－     

大肠杆菌编码区5′端碱基的统计分析

统计了大肠杆菌１２８８个编码序列开始的３３个碱基位点（１１个密码子）上各碱基出现的概率,发现第２、第３密码子各位点上的碱基概率分布与其它密码子上的碱基分布概率不一样;碱基Ｇ和Ｔ出现的概率从第４个密码子后呈现明显的３周期分布．我们还研究了这些位点上的碱基概率分布与基因表达水平的关系,发现高表达基因和低表达基因在第２、第３密码子各位点上,其各种碱基的概率分布是有区别的;高表达基因碱基Ｇ和Ｔ的概率分布３周期性更明显．     

不同花色品种蝴蝶兰花色素苷含量分析及相关基因表达研究

分析红色、黄色、粉紫色和白色蝴蝶兰品种不同开放度的花和叶花色素苷生物合成途径7个结构基因PAL、4CL、CHS、DFR、F3H、F3'5H和ANS基因和3个调节基因的表达.结果显示:10个基因的表达因不同花色、不同发育阶段而异.这10个基因在叶中的表达量相对花较低.黄金甲中PAL、4CL、CHS、F3H、F3'5H基因的表达量均较高,PAL、4CL、CHS和F3'5H在开花期达到峰值,粉色花空港红鹰花DFR、CHS、F3H、F3'5H表达量较高.白色花空港枫叶和黄色花富乐夕阳花中CHS、DFR、F3H、F3'5H和ANS表达量较低.CHS在6个品种花的不同阶段皆有表达.F3H基因在6个品种中表达量较低,与花色素合成不存在直接相关.调节基因b HLH 6个品种各发育阶段的表达量均较高,MYB表达量较低,这些结果表明,蝴蝶兰花色素苷积累是CHS、F3'5H、DFR和ANS等关键结构基因共同表达的结果,编码转录因子b HLH基因的表达可能在花色形成中作用较大.     

鄂尔多斯盆地甘泉地区烃源岩分子地球化学特征

GC、GC-MS分析表明,甘泉地区延长组长4＋5、长6和长7各烃源岩有机质饱和烃色谱为单峰型,Pr/Ph值较高,γ蜡烷指数较低,规则甾烷αααRC27-C28-C29构型均表现为“V”字型或偏“V”字型,即C27＞ C28＜ C29,表明生物来源为混源型,为低等水生生物和高等植物双重贡献,其中长7水体较深,且低等水生生物占比重大,有机质类型偏腐泥型;各烃源岩沉积环境为较低咸度水体,有机质演化程度为成熟-高成熟阶段.     

一种原位生成的原子转移自由基聚合的新型引发剂

通过元素溴与偶氮二异丁腈（AIBN）在二甲基甲酰胺（DMF）中反应合成了一种新型的原子转移自由基聚合（ATRP）引发剂α-溴代异丁腈（B IBN）,B IBN的DMF溶液（B IBN-DMF）可直接作为引发剂引发甲基丙烯酸甲酯和苯乙烯的原子转移自由基聚合.考察了B IBN-DMF分别与不同的催化体系CuB r/PMDETA,FeC l2.4H2O/MA5-DETA及FeC l2.4H2O/PPh3等相匹配时聚合的情况.动力学研究表明：以ln（[M]0/[M]）对反应时间作图,图线呈直线,证明聚合反应过程符合一级反应动力学.聚合产物分子量分布窄（Mw/Mn=1.1-1.3）.实验结果证实反应具有良好的可控性,不经分离可直接使用B IBN的DMF溶液,B IBN-DMF作为引发剂引发ATRP是一种高效而便捷的方法.     

Amplification of the miR-181c/d cluster is inversely correlated with PDCD4 expression in gastric cancer

miR-181c/d is dysregulated in gastric cancer （GC）. We investigated the amplification and expression of miR-181c/d and its predicted target genes in GC. Amplification of miR-181c/d was quantified by genomic real-time PCR in GC and adjacent normal tissues, as well as the levels of mature miR-181c/d was performed by real-time PCR in the same tissues. The potential target genes of miR-181c/d were predicted using bioinformatics software. Expression of one potential target gene, PDCD4, was measured by semiquantitative RT-PCR, real-time PCR, and immunohistochemistry. Next, the relationship between miR181c/d expression and PDCD4 expression was analyzed. Results indicated that the amplification and expression of miR-181 c/d were significantly higher in GC than in adjacent normal tissues （primary miR-181 c/d, P 〈 0.001; miR-181 c,P = 0.0344; miR-18 ld, P = 0.0153）, and there was a strong correlation between mature miR-181c/d and primary miR-181c/d. Thirty-two target genes were predicted, including PDCD4 which is a known tumor suppressor gene. Expression of PDCD4 was significantly down-regulated in GC as compared to adjacent normal tissues and was inversely correlated with miR-181c/d expression in GC （miR-18lc and PDCD4： R = -0.496, P = 0.008; miR-181d and PDCD4： R = -0.454, P = 0.003）. Therefore, miR-181c/d may play a pivotal role in the pathogenesis of GC by down- regulating PDCD4 expression.     

甘蓝型油菜BnbHLH92基因的克隆与表达分析

为研究甘蓝型油菜bHLH转录因子的功能,采用同源克隆技术从甘蓝型油菜中克隆了5个BnbHLH92基因全长cDNA序列,分别命名为BnbHLH92-1、BnbHLH92-2、BnbHLH92-3、BnbHLH92-4、BnbHLH92-5,其编码区长度分别为738,657,684,741,717bp.qRT-PCR实验表明,除BnbHLH92-1外,其它的BnbHLH92基因主要在抽薹期和花期的根中表达,BnbHLH92-1主要在抽薹期和花期的根以及二叶一心期的叶中表达.非生物胁迫显著影响BnbHLH92基因的表达,使其表达量升高.低温胁迫下,BnbHLH92基因分别在胁迫后4、6、6、6、6 h表达量达最高.高温胁迫下,5个BnbHLH92基因分别在胁迫后2、6、6、8、4 h表达量达最高.盐胁迫下,BnbHLH92基因分别在胁迫后6、6、24、24、24 h表达量达最高.在ABA诱导下BnbHLH92基因表达量也有不同程度的增加,分析发现BnbHLH92基因的启动子序列上存在ABA响应元件(ABRE).     

Exploring Codon Usage Patterns of Alternatively Spliced Genes in Human Chromosome 1

Introduction A large number of species (prokaryotes and eukaryotes) have been used to study the pattern of codon usage bias, and it has also been demonstrated that inter- and intra-genomic variation of the pattern of codon usage is a widespread phenomenon, which may result from various factors. Alternative synonymous codon usage does not modify the amino acid sequence encoded in DNA among species and often among genes from the same genome. It has been suggested that the pattern of codon usag…