拟南芥和大白菜LUG蛋白家族的生物信息学分析

LUG蛋白属于WD40超家族基因,具有7个重复的WD40结构域,参与花器官的发育.本项研究系统鉴定了7个拟南芥和5个大白菜的LUG基因,并对这些基因编码的蛋白质序列进行了序列保守性和系统进化分析.结果表明,除了AtLUG6含有5个重复的WD40结构域之外,其余所有的LUG蛋白都具有7个重复的WD40结构域.在进化上,LUG蛋白家族可分为两个不同的亚家族,并且这种特征在拟南芥和大白菜分离之前就已经形成     

磷脂酰肌醇转移蛋白质家族的研究进展

脂类的单体转移是由一娄蛋白质来执行的，这组蛋白质把脂类结合到疏水腔，从而使脂娄避开了含水环境、其中的这样一组蛋白质是磷脂酰肌醇转移蛋白质家族(PITPs)，能结合磷脂酰肌醇和磷脂酰胆碱，把它们从一个膜区转移到另一膜区．PITPs是在单细胞和多细胞组织中发现的，但在细菌中没有发现．在鼠和人类中，人们发现负责脂类转移的PITP结构域有五个蛋白，按照序列分成两类：类型I PITPs由两个家族成员α，β构成，它们是小蛋白35kDa，有一个PITP结构域，可以普遍表达；类型Ⅱ A PITPs(RdgBαI和Ⅱ)是很大的蛋白质，有另外的结构域，把蛋白质靶向膜，仅能结合脂类，但不能介导转移．类型Ⅱ B PITP(RdgBβ)与类型I在大小(38kDA)上相似，也是普遍表达的．类型Ⅲ PITPs，以secl4P家族为代表，是在酵母和植物中发现的，但是在序列和结构上与类型I和类型Ⅱ PITPs相似．讨论了PITP蛋白是被动转运蛋白辽是调节蛋白，在行使肌醇酯类和膜转换的专门的生物功能时，能否把转运和结合性质偶连起来．     

金鱼蛋白磷酸酶2A—B＂家族Alpha和Gamma调节基因的cDNA克隆及mRNA表达

以金鱼卵巢组织作为材料,运用RTPCR和cDNA末端快速扩增（RACE）技术克隆得到蛋白磷酸酶2A（PP2A）调节亚基B＂家族中γ基因（GSPR）cDNA全序列和α基因（PR130）cDNA部分序列．结果显示γ基因cDNA全长1885bp,编码一个含457个氨基酸的蛋白质．而α基因cDNA长1781bp,编码的多肽共含426个氨基酸,系v亚基的部分蛋白序列．它们与已知其他物种对应的B＂家族蛋白质均有着很高的同源性．结构预测分析发现,α和γ两条多肽均存在PP2A调节亚基B＂家族成员共有的两个EFHAND结构域．用RT—PCR的方法检测了这两个基因在金鱼不同组织和胚胎发育不同时期的mRNA表达水平．结果表明,γ亚基在金鱼多种组织和各个胚胎发育时期中均有较高表达且表达量比较平均,仅在卵巢和精巢组织中最为丰富．与γ亚基表达模式相比,α亚基表达呈现明显的组织和胚胎发育阶段差异性,在卵巢和肌肉组织中最高,在肾脏和鳃中最低,在原肠胚、神经胚、脑泡分化和体色素等胚胎发育时期的表达较弱,而在其他时期中的表达较强．据此,推测α、γ两调节亚基可能在金鱼不同组织和胚胎发育过程中起着特定的作用．此外,进一步的分析发现,α基因除参与PP2A全酶功能外还可能具有独立的功能．     

苦荞CCT基因家族生物信息学及表达分析

CCT转录因子在调控植物花期、生长发育及抗非生物胁迫等方面发挥着重要的功能。本研究以拟南芥AtCCT基因家族为参考序列,利用本地BLAST并结合保守结构域等生物信息学工具,筛选出苦荞FtCCT基因家族成员,并对其理化性质、染色体分布、基因结构、系统进化及表达水平进行分析。结果显示:从苦荞中共鉴定出35个FtCCT基因,含1-8个内含子;编码蛋白有117-753个氨基酸残基,等电点为4.96-9.51,均为亲水性蛋白。染色体定位分析表明,这些基因在8条染色体上均有分布。苦荞FtCCT基因家族含有10个保守基序和5个保守结构域,且都含有CCT保守结构域。系统进化分析表明,苦荞的FtCCT基因家族与拟南芥一样可分为3个亚家族,其中CMF亚家族的成员最多。35个FtCCT基因在苦荞根、茎、叶和花中的表达水平具有差异性,在叶和花中具有高表达量的成员较多,只有少数的成员在根和茎中高表达。本研究为进一步解析CCT基因调控苦荞花期及生长发育奠定基础。     

虎纹蛙病毒的ATP酶基因克隆和序列分析

利用对应于蛙病毒—3型(FV3）ATP酶基因(ATPase)的162—178nt和1186—1174ntt碱基序列作为引物，采用PCR方法扩增得到虎纹蛙病毒(RTV)的ATP酶基因，并对该基因进行克隆、测序和分析。基因读码框大小为945hp，预计可编码一相对分子质量为35500的蛋白质。氨基酸序列比较结果，RTV的ATPase基因与虹彩病毒科蛙病毒属的代表种FV3的一致性最高，为87．9％，与该科其它脊椎动物病毒的一致性在50％-52％之间。ATP酶蛋白质结构域分析可知该基因编码的ATP酶含有Walker型ATP酶AAA族蛋白质的全部结构域，其中既具有Walker型ATP酶所具有的Walker a和Walker b保守区，还含有AAA族蛋白质基因所具有的SRH高度保守区，因此，该基因是一完整的活性蛋白编码基因。     

核定位蛋白的结构域特征分析

蛋白质的结构决定蛋白质的功能,结构域(domain)是蛋白质序列中具有独立功能的区域,而发挥功能的区域在结构上通常是保守的.根据Swiss-Prot建立亚核定位蛋白数据集,分为6个亚核区域共1505条蛋白质序列,对该数据集中的核蛋白进行结构域的搜索与功能的分析,通过提取细胞核内6种亚核定位蛋白含有的结构域信息,找到了染色体、核仁和核膜区域蛋白质的独特的结构域以及6种亚核定位蛋白共有的结构域,这些结构域特征信息可用于进一步预测蛋白质的亚核定位.     

新型Vip3-like蛋白的从头预测建模及其结构域分析

Vip3-like蛋白对小菜蛾等鳞翅目昆虫有杀虫活性,是苏云金芽孢杆菌营养期杀虫蛋白Vip3的同源蛋白.为建立Vip3-like三维结构的理论模型并对其结构域进行生物信息学分析,选择从头预测的方法对Vip3-like蛋白三维结构的理论模型进行预测分析.分析结果表明,Vip3-like蛋白由1个Vip3A-N超家族结构域和3个糖类结合结构域组成.与模式蛋白Vip3Aa相比,Vip3-like是一种分子量更大的蛋白质,且2种蛋白的表面静电势分布也存在差异.其Vip3A-N结构域仅由α螺旋和无规则卷曲组成,没有发现β折叠.3个糖类结合结构域主要由无规则卷曲和β折叠组成,仅存在1个α螺旋结构.结构域分析预示无规则卷曲和β折叠可能在Vip3-like和受体结合的过程中扮演着重要角色.通过比较分析,发现Vip3Aa和Vip3-like蛋白在三级结构上存在较大差异,仅仅在局部结构存在一定的相似性,Vip3-like可能并不属于Vip3Aa类蛋白家族而属于一种全新的Bt营养期杀虫蛋白质.     

Cortactin的特征、功能及与肿瘤的关系

细胞皮质区肌动蛋白结合蛋白（cortical actin-binding protein,Cortactin）是一种含有特殊重复序列结构域的微丝肌动蛋白结合蛋白,它直接参与了细胞皮层微丝细胞骨架的组建。它又是细胞内Src类酪氨酸蛋白激酶主要底物之一,代表了一类高度保守的胞内皮层信号蛋白质家族。近几年来,对于Cortactin在细胞中的作用及其在细胞运动中分子机制的研究取得很大进展。     

昆虫几丁质酶的进化与保守性质的比较基因组学研究

昆虫几丁质酶家族属于第18家族糖苷键水解酶,主要参与昆虫蜕皮、细胞增殖和免疫等生理过程。在7个物种基因组数据中通过BLASTP和PSI-BLAST的方法获得131条chitinase和chitinase-like的同源蛋白质,利用隐马尔科夫算法,找到了几丁质蛋白的保守模体区域。通过进化树分析,将所选的蛋白分为9组,与糖苷水解酶18催化结构域和几丁质结合结构域的特性一致。通过PAML软件计算出几丁质酶的正向选择位点,发现了豌豆蚜虫中的A.pisum xp003243674.1为一条新的几丁质酶蛋白。对深入研究昆虫几丁质酶结构与功能很有帮助。     

THE蛋白的结构分析与功能预测

调用motif数据库、profile数据库和interproscan数据库,对THE蛋白进行了序列同源性分析和功能位点分析.结果表明,THE蛋白质是一种核蛋白,理论等电点为6.36,分子量为44 859 Dalton.应用多种相关软件对THE蛋白的二级结构和特殊结构进行了初步预测,结果显示:THE蛋白中存在α螺旋、β-折叠片和无规卷曲结构,有两个可形成跨膜结构的片段,不存在卷曲螺旋,无信号肽,也无线粒体定位信号.对THE蛋白进行序列同源性、结构域及功能位点预测,结果显示:THE蛋白与来自大鼠睾丸的Tes13-S、Fos13-L和几种假设蛋白有较高的相似性;THE蛋白存在次黄嘌呤核苷酸脱氢酶、嘌呤核苷酸还原酶结构域及PKC、酰胺化、豆蔻酸连接等功能位点,无糖基化位点.THE蛋白的结构分析与功能预测为该基因的功能研究提供了重要的依据.     

生物信息学技术克隆并分析新基因STRF7

为进一步研究信号转导相关的新基因片段BE644250,采用生物信息学方法克隆基全长cDNA,并分析了其ORF,电子表达谱,染色体定位等,之后对全长序列进行了实验验证。电子延伸（contig)获得了729bp的延伸产物,含一个典型的74aa的ORF,命名为STRF7。与已知蛋白无明显同源性,部分地相似于人的源框蛋白CDX－4和酵母的转录调节子ADR6,属一新发现的基因;RT－PCR从IL－6刺激后的U937中克隆了STRF7基因,基序列与电子延伸结果安全一致,进一步的分析显示STRF7在多种组织中表达并定位于第6号染色体上,上述结果显示,STRF7是一个新基因,编码含74aa的蛋白,并且是一个潜在的转录因子。     

Isotypic and allotypic variation of human class II histocompatibility antigen alpha-chain genes

DNA sequences of four human class II histocompatibility antigen alpha chain DNA sequences (derived from cDNA and genomic clones representing DC1 alpha, DC4 alpha, DX alpha and SB alpha) are presented and compared to DR alpha and to mouse I-A alpha and I-E alpha sequences. These data suggest possible mechanisms for the generation of polymorphism and the evolution of the DR, DC and SB families.     

hCuZn-SOD基因的克隆、表达及其产物的初步纯化和表征

为获得hCuZn-SOD基因,根据GenBank中人铜锌超氧化物歧化酶(hCuZn-SOD)基因碱基序列,设计扩增引物,用RT-PCR方法从人的肝细胞中克隆出hCuZn-SODcDNA序列,并将它插入pUCm-T载体中,经过DNA序列测定证实,该片段序列的一个碱基发生突变(与报道基因相比),引起其编码第116个氨基酸由G变为D.采用定向克隆的方法将hCu Zn-SOD的cDNA片段克隆到表达载体pGEX-2T上,构建表达质粒pGEX-SOD,并转化大肠杆菌BL21(DE3).SDS-PAGE分析证实,经IPTG诱导,融合蛋白GST-SOD获得高效表达.破碎菌体、上清经谷胱甘肽亲和层析初步纯化后,得到纯度达90%的目的蛋白.活性实验表明,GST-SOD具有生物活性.     

Cloning,expression of<Emphasis Type="Italic">Crocus sativus</Emphasis> phytoene desaturase gene and preparation of antiserum against it

A 2 149 bp full length phytoene desaturase (PDS) cDNA was first cloned from saffron (Crocus sativus L.) stigma using RT-PCR technique and a rapid amplification of cDNA end (RACE) strategy. The cDNA has an open reading frame of 1 697 bp, which encodes a polypeptide of 565 amino acids. The coding region of the cDNA was inserted into a prokaryotic expression vector pET-21a(+) and over-expressed inE. coli BL21 (DE3). The fusion proteins were found largely in an insoluble inclusion bodies. The purified fusion protein was used to immunize rabbits to obtain polyclonal antiserum with titer of 1×10⁵. Western blot analysis by using this particular antiserum showed that the higher expression level of PDS in mature stigma than in leaves and stamen, and the higher expression level of PDS in mature stigma than in young stigma. Foundation item: Supported by the Doctoral Foundation of the Ministry of Education, P. R. China and the Young Science Foundation of Sichuan University (Grant 0020405505012) Biography: Bai Jie (1968-), female, Ph. D candidate, research direction: plant developmental biology and reproductive engineering.     

不同产脂力马尾松的热脱附-气相色谱/质谱研究

摘要:采用热脱附气相色谱/质谱与计算机图像处理软件技术相结合,研究不同产脂力马尾松针叶色谱指纹图谱特征.结果表明:热脱附温度为350℃时,松针各挥发组分的分离较好,其色谱指纹图谱有较好的重复性;高产脂马尾松针叶与低产脂马尾松针叶的色谱指纹图谱有31个共有组分,其中有23个组分的T值是高产脂马尾松的高于低产脂马尾松的;高产脂马尾松有9个组分的T值高出低产脂马尾松的50％以上,都集中在 值为1.36～2.10的区间;经模糊聚类法分析,10株高产脂马尾松针叶色谱图相似系数0.90,10株低产脂马尾松色谱图相似系数0.91.     

Functional characterization of cadmium-responsive garlic gene AsMT2b： A new member of metallothionein family

METALLOTHIONEINS(MT)ARE LOW-MOLECULAR-WEIGHT AND CYSTEINE-RICH PROTEINS.THE FIRST MT PROTEIN WAS ISOLATED FROM EQUINE RENAL CORTEX IN1957[1].GENES EN-CODING MTS OCCUR IN DIVERSE ORGANISMS SUCH AS ANIMALS,HIGHER PLANTS,EUKARYOTIC MICROORGANISMS AND IN SOME…     

Extraction and Purification of Matrix Protein from the Nacre of Pearl Oyster Pinctada fucata

A soluble matrix protein P14 with an apparent molecular mass of 14.5 kDa was isolated from fragmented nacre of pearl oysters （Pinctada fucata） treated with 10% NaOH solution to investigate the nacre matrix proteins and their effect on the CaCO3 crystal. The protein was characterized by gel exclusion chromatography and reversed-phase high performance liquid chromatography after demineralization by 10% acetic acid. The X-ray diffraction pattern of P14 crystals indicates that P14 plays an important role in nacre biomineralization. P14 can induce aragonite formation, stimulate CaCO3 crystal formation, and accelerate aragonite precipitation. Heating of the acid insoluble nacre residue, which was named conchiolin, in 10% sodium dodecyl sulfate solution supplemented with 10% β-mercaptoethanol solution for 10-20 min at about 100℃ gave two other soluble proteins having molecular masses of 19.4 kDa and 25.0 kDa. The present study suggests that these two proteins are linked to the insoluble organic matrix by disulfide bridges because the extraction yield increases when β-mercaptoethanol is added to the medium.     

苜蓿花叶病毒复制酶基因全长cDNA植物表达载体的构建和对烟草的转化

将苜蓿花叶病毒中国分离株(Alfalfa mosaic virus Chinese isolate，A1MV-Ch)的复制酶P2亚基(90 kD蛋白)基因的全长cDNA构建到植物表达载体pROKⅡ中，得到重组植物表达载体pAIMV-FL．用三亲融合法导入农杆菌LBA4404，并转化烟草，经PCR检测，获得了含全长cDNA的转基因烟草植抹．