用离散量预测原核生物蛋白质的亚细胞位置

基于不同亚细胞位置中蛋白质的氨基酸组成及序列信息不同这一观点，以单个氨基酸含量及两两组合氨基酸含量为信息构成离散源，分别计算了原核生物蛋白质三类亚细胞位置的标准离散量D(Z)，D(Xp)，D(Xc)．利用离散增量的概念预测蛋白质的亚细胞位置，它是由这个蛋白质的离散量D(X)与三个标准离散量D(Xc)，D(Xp)，D(Xc)之间离散增量的最小值所决定的．采用Self—consistency检验和Jack—knife检验方法，给出了选择五组不同信息作为离散源中参数时的预测结果．与现有的方法比较，发现用Jack—knife检验法预测extracellular类蛋白质时，给出的离散量方法能够给出最好的预测性能，结果也表明提取更多有效的序列信息是提高预测精度的关键．     

用离散量预测拟南芥全基因组中内含子、外显子和基因间序列

将拟南芥基因组全序列，按内含子、外显子及基因间序列区分为三类．在统计分析的基础上，选取21种三联体的概率，作为信号参数，并以这些参数分别构建内含子、外显子和基因间序列的离散源，计算了离散量．某区间上任意一段序列的类型是由其离散量D(X)与同一区间上的三个标准离散量D(Xe)、D(Xi)和D(Xs)之间的离散增量的最小值决定的．由此实现了用离散量对三种核苷酸序列类型的预测，预测结果表明：标准集准确率达到84．26％，检验集达到84．64％．     

蛋白质结构域折叠类型的离散量理论预测

根据最近的SCOP库,依据2616个蛋白质结构域折叠类型的分类和PDB库中这些蛋白质的主二级结构序列,计算了这些蛋白质中α螺旋、β折叠和βαβ片段单元的数目,并以此为主要参数构成信息离散源,用离散量方法预测了这些蛋白结构域的折叠类型.结果表明,运用各种不同标准集和检验集,得到α类、β类、α/β类和α β类蛋白质结构域的预测成功率均在99%,92%,89%和87%以上.对标准集总的平均预测成功率为93.82%,对检验集总的平均预测成功率为94.35%.     

蛋白质结构型预测的研究

以 nα、nβ、nβαβ、n4α、n4β等五个二级结构参数为基础 ,用离散增量研究了蛋白质的聚类和蛋白质的结构型预测 .α型 ,β型和 αβ型可以很好地分别聚在三个大支中 .蛋白质结构型预测总体预测正确率为 82 % ,用 Self-consistency和 Jake-knife这两种方法测试的结果没有明显的差别 .从结果可以看出利用蛋白质的二级结构参数能较好地体现出各种结构型蛋白质的特点 .     

模式生物基因序列的识别

真核生物的全基因组序列可分为三种:外显子、内含子和基因间序列.基于剪切位点附近序列的保守性,序列的组分特征和编码序列阅读框存在三周期性,三种序列的标准离散源由序列上64个三联体的概率和5′端与3′尾剪切位点附近(共30位点)上4个碱基的概率,共184个参数构成.某条序列的类型就可以由该序列的离散量与上面三个标准离散源的离散量之间的离散增量最小值决定.当标准离散源具有184个信息参数时预测率比64参数预测的成功率至少提高4.61%,前者的预测成功率依次如下:线虫88.37%,酵母菌90.72%,拟南芥91.08%,果蝇92.28%,大肠杆菌92.88%.对预测成功的和错误的两类序列进行比较,发现这些预测错误序列的184个参数值与其预测结果所属的那类序列本身的参数值十分类似.     

预测线虫和酵母基因组中内含子、外显子及基因间序列的离散增量方法

把基因组中的内含子、外显子和基因间序列分为三类序列，从这些序列中取64种三核苷的重复出现次数作为离散源的状态参数，计算三类序列的标准离散量，比较待测序列的离散量与三个标准离散量之间的离散增量值，由离散增量的最小值决定待测序列属于哪一类．本文用离散增量方法对线虫和酵母序列进行预测，结果表明，对酵母内含子预测的敏感性为81．5％，对外显子预测的敏感性为88．5％、特异性为99．6％，对基因间序列预测的敏感性为65．4％、特异性为87．5％；若以在相同长度区间的序列为标准离散源，预测相应长度区间的序列，对线虫内含子的预测的敏感性为82．2％、特异性为94．2％，对外显子预测的敏感性为91．1％、特异性为97．5％，对基因间序列预测的敏感性为78．8％。     

基于氨基酸亲疏水分布的最小离散增量方法识别蛋白质超家族

摆脱目前常用的基于特征模体来识别超家族的方法,引入单个氨基酸的物理化学性质(亲疏水性质)及其在氨基酸序列中的分布特征参数(分段的方法),利用最小离散增量算法对属于同一结构类的不同超家族进行了识别,总预测成功率令人满意.选取了全α类、全β类、α β类、α/β类中的各4个超家族分别进行了识别.对全α类的4个超家族,se lf-cons istency检验和jack-kn ife检验可达83.0%,81.2%;对全β类的4个超家族,两种检验均为80.9%;对α β类的4个超家族,两种检验总成功率最高分别为88.6%,88.0%;识别α/β类的4个超家族时两种检验的结果分别为69.3%和67.6%.     

改进的离散增量算法预测27类折叠子的结构类型

蛋白质二级结构预测是三级结构预测的一个非常重要的中间步骤,而折叠子识别和结构类型的准确预测则可以提高二级结构和三级结构预测的准确度.本文从蛋白质的一级序列出发,提出了一种改进的预测算法:以二肽组分、预测的二级结构信息、伪氨基酸组分和位置权重矩阵打分值等特征分别作为参数,输入离散增量算法的单分类器中,通过加权融合单分类器的计算结果,对27类折叠子的结构类型进行了预测,取得了较好的预测结果.     

模式生物的外显子、内含子和基因间序列的识别

基于核酸序列在剪切位点上保守性、组分的不同和编码序列阅读框架的3周期性,模式生物全基因组序列分为外显子、内含子和基因间序列三类.三个标准离散源分别由64个三联体在整条序列上的概率和4个碱基序列首尾(剪切位点附近)共30个位点上的概率共同构成.某条序列的类型就由该序列的离散量同相应区间上三个标准离散量的离散增量确定.结果表明:具有184个信号参数的离散量预测比只有64个三联体参数的结果要高出5%,总体预测成功率:线虫为87.37%,拟南芥为91.08%,果蝇为92.28%,原核生物大肠杆菌的二种序列预测率为92.88%,酵母菌为94.88%.     

不同折叠类型蛋白中基于密码子的二级结构偏向性分析

在传统的Chou-Fasman蛋白质二级结构预测方法的基础上引入同义密码子使用的信息,计算了200个蛋白(49种全α结构蛋白,69种全β结构蛋白,38种仅α β结构蛋白,44种α/β结构蛋白)中不同密码子对应的氨基酸形成不同二级结构(α：螺旋,β：折叠,C：卷曲)的偏向性参数．通过对这些密码子对应氨基酸二级结构偏向性的分析,得到了氨基酸二级结构偏向性分析中所忽略的同义密码子的蛋白结构信息．这些新的信息量对于指导蛋白质设计以及提高蛋白质二级结构预测的准确率有着一定的作用．     

一种实用的协作分集时隙结构及其性能分析

设计了一种实用的协作分集时隙结构,在现有系统帧结构的基础上加入了协作通信的控制信息,以完成协作分集的建立和通信,并详细描述了协作通信的工作流程.仿真结果显示,按照这种时隙结构的协作分集方式可以得到预期的空间分集增益.     

鲫鱼养殖池塘底泥菌群结构及常见可培养菌分析

为了研究江苏地区鲫鱼养殖池塘底泥细菌菌群结构与多样性,通过高通量测序技术对2017年8-10月间采集的江苏省不同区域养殖池塘底泥中所有细菌的16S rRNA V3-V4基因进行扩增测定,分析了底泥菌群结构特征;并通过平板计数法和选择培养基法检测池塘底泥中细菌总数和主要常见菌。结果表明,49个样品高通量测序共获得有效序列2152956条,可归为17735个分类操作单元(OTUs);物种注释结果显示,鲫鱼养殖池塘底泥中具有较高的菌群多样性,检测到的细菌归属于29个门类,所有池塘底泥都具有主要门类为变形菌门、绿弯菌门、厚壁菌门、拟杆菌门、水生古细菌门、酸杆菌门、放线菌门、硝化螺旋菌门、螺旋菌门、芽单胞菌门、蓝细菌门、浮霉菌门、疣微菌门等。在属的水平上主要以硫杆菌属,乳酸球菌属,硫氧化菌,甲烷菌,地杆菌属,假单胞菌属,厌氧粘杆菌属,甲烷绳菌属,芽孢杆菌属等为主;所有池塘底泥共有菌主要有乳酸球菌属,甲烷菌,盐单胞菌,芽孢杆菌,红杆菌属,链球菌属,肉杆菌属,微小杆菌属,土芽孢杆菌属等。通过细菌培养发现,池塘底泥中常见益生菌如乳酸菌、芽孢菌具有较高的比例。可见鲫鱼养殖池塘底泥菌群结构及组成具有多样性,不同养殖池塘中共有的细菌可作为益生菌开发的参考菌株。     

深圳梧酮山夏季鸟类群落结构及生物量的研究

对深圳梧桐山鸟类进行调查,该地区夏季岛类群落的主要鸟类42种,由3个分布群落组成,即由脚农耕、水库灌木林;常绿阔叶林和山地常绿阔叶灌草丛,研究了各生境类型之间的鸟类群落的物种多样性和岛类群落的现存生物量,分析了生境与现存生物量的关系。     

用离散量方法预测蛋白质亚细胞定位

根据蛋白质的亚细胞定位，将蛋白质分为四类，用离散量的数学理论，提出了预测蛋白质的亚细胞定位理论方法，利用蛋白质中氨基酸组分，通过计算离散增量和离散有限系数预测蛋白质的亚细胞定位，用self—consistency和Jackknife两种方法测试均获得较高的预测成功率。结果表明：蛋白质类中包含的蛋白质数越多，预测成功率越高。     

内蒙古地理环境的结构及其地域分异规律

本文从地理环境结构的整体性和差异性入手，系统地论述了内蒙古自治区地理环境的结构特征及地域分异规律，指出由海陆位置所产生的水分差异和地形结构是影响内蒙古地理环境地域分异的主导因素。     

现代汉语三音节词结构探微

现代汉语三音节词的结构具有多样性和典型性的特点．特别是三语素三音节词，组合方式极其丰富，为构造新词提供多种途径。研究三音节词的结构，对研究现代汉语词的构成及相关语法规律能得到许多有益的启示。     

农田蜘蛛群落结构及动态分析

对石河子地区农田及其附近典型生境中的农林蜘蛛种类，群落结构及优势种群的消长动态进行了初步研究和分析，并对优势种群的保护与利用做了一些探讨。在农田及其附近典型生境中的农林蜘蛛种类有１２科，３３属，４５种。蜘蛛在不同生境和时间下群落特征多样性有明显的差异性。     

瓶窑镇景观空间格局对鸟类群落多样性的影响

选取正在迅速城镇化的浙江省杭州市瓶窑镇,按其自然环境梯度设置调查样带,采用GIS软件MapInfoprofessional 6.5 SCP对景观单元特征指数(斑块数、斑块密度、边界密度)、景观异质性指数(破碎度指数、蔓延度指数、景观多样性指数、优势度指数、均匀度指数)和鸟类群落多样性指数进行分析.结果表明,作为过渡区域的城乡交错区和农林交错区表现出较高的景观破碎化,景观多样性程度也较高;城区人工景观规划单一,异质性程度较低;林区主要由人工种植的次生林构成,结构简单,景观多样性最低.比较分析不同景观格局指数与鸟类多样性指数间的变化趋势,交错区域的斑块密度、边界密度和破碎度指数明显高于临近区域,鸟类多样性也高于临近区域,鸟类多样性指数与景观多样性指数之间呈明显的正相关.景观多样性最高的农林交错区,鸟类多样性也最高.     

浙江中部近海及其邻近海域春季鱼类群落结构及其多样性

根据2008年5月(春季)对东海区(27°00'～31°00'N,121°30'～126°30'E)主要渔场重要渔业资源调查资料,分析了浙江中部及其邻近海域的鱼类种类组成、优势度、多样性等群落结构特征.本次调查共捕获鱼类485.5 kg,75 873尾,76种,隶属于14目48科.其中,暖水种(WW)最多,有46种,占总种类数的60.5%;暖温种(WT)次之,有27种,占35.5%;冷温种(CT)最少,仅3种,占4.0%.春季浙江中部及其邻近海域优势种有带鱼、鳄齿鱼、麦氏犀鳕,常见种是六斑刺鲀、七星底灯鱼、小黄鱼、竹荚鱼.通过对带鱼、鳄齿鱼、麦氏犀鳕和小黄鱼的生物量分布特点分析发现,带鱼在28°30'～29°30'N,125°00'E以西海域的生物量最为丰富;鳄齿鱼在29°00'N以南,125°00'E以西海域生物量最为丰富;麦氏犀鳕在28°00'N以南,123°00'E以西的近岸及舟山渔场以南海域生物量最为丰富;小黄鱼在30°00'～31°00'N,125°00'E以东的外海区生物量最为丰富.多样性指数分析表明,种类丰富度指数(D)值在0.20～1.80之间,Shannon-Wiener多样度指数(H')值在0.05～0.85之间,种类均匀度指数(J')值在0.01～1.50之间.种类丰富度指数(D)、Shannon-Wiener多样度指数(H')、种类均匀度指数(J')三种群落多样性指数与水深、底层水温、底层盐度均呈显著性正相关(P＜0.01).