DYS19、DYS391、DYS439基因座多态性及其荧光标记复合扩增检测的研究

目的：研究Y-染色体STR基因座多态性,建立Y-STR复合扩增及毛细管电泳检测单倍型的方法。方法：应用荧光标记引物,建立DYS19,DYS391,DYS439三个Y-STR基因座复合PCR扩增体系,并应用毛细管电泳技术检测110名武汉汉族男性无关个体的DYS19,DYS391,DYS439 Y-STR基因座分型。结果：DYS19,DYS391,DYS439三个Y-STR基因座分别被检出6,5,3个等位基因,GD值分别为0．7385,0．4780,0．5747。110名无关个体中发现32种单倍型,其单倍型GD为0．9351。结论：Y-STR多态性及其荧光标记、复合扩增及毛细管电泳的检测方法在法医学应用中具有重要作用。     

贵州壮族人群25个Y-STR基因座遗传多态性

调查贵州黔东南苗族侗族自治州从江县壮族无关男性个体的25个Y-STR基因座的遗传多态性,并探讨与其他12民族群体的遗传关系。采用Y27plex荧光检测试剂盒复合扩增67例样本,采用3130XL遗传分析仪进行毛细管电泳检测,使用Arlequin 3.5、Mega 7.0、SPSS19.0等一系列遗传学软件对基因分型结果进行统计。除2个双拷贝基因座DYS385ab、DYS387S1分别检出8、10个等位基因外,其余23个单拷贝基因座共检出86种等位基因,等位基因个数为2~7不等,等位基因频率为(0.014 9~0.970 1),基因多样性GD值为0.058 8(DYS456)~0.823 6(DYS387S1),25个Y-STR基因座组成的单倍型共检出36种,其中66.7%为唯一单倍型,单倍型多样性HD值为0.957 9。Rst遗传距离矩阵显示:贵州壮族人群父系遗传结构与文献中的福建畲族、内蒙古的蒙古族、山西汉族人群较为相似,与广西壮族、云南哈尼族、新疆维吾尔族、辽宁满族、吉林朝鲜族、萨尔茨堡人群差异明显。而与新疆哈萨克族、安多藏族、西非人群差异显著。25个Y-STR基因座在贵州壮族人群中具有良好的遗传多态性,可应用于父系亲权关系鉴定。     

翘嘴鳜淀粉酶基因SNPs和微卫星位点多态性的检测

本研究主要检测翘嘴鳜淀粉酶(amylase,AMY)基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)和微卫星位点多态性.实验采用PCR产物直接测序法(PCR-direct sequencing,PCR-DS)检测翘嘴鳜AMY基因组序列的SNPs和微卫星位点,并使用创造限制酶切位点PCR法(created restriction sites PCR,CRS-PCR)和PCR-DS法对SNPs进行分型,应用聚丙烯酰胺凝胶电泳检测AMY基因微卫星位点的多态性.实验结果发现AMY基因第1内含子有一个SNP位点A1,第5内含子有3个SNPs位点(A2、A3和A4);此外,第5内含子中还存在一个微卫星位点B1,共检测到4个等位基因,有9种单倍型.在翘嘴鳜群体中,4个SNP位点呈中度遗传多样性,而微卫星位点表现出高度遗传多样性.     

中国美利奴羊(新疆军垦型)超细品系微卫星多态性的研究

选择分布在绵羊第6号染色体上的4个微卫星基因座OarDB6、BM1824、BM6438、BM6506,利用PAGE凝胶电泳检测微卫星在中国美利奴羊（新疆军垦型）超细品系中的等位基因数,计算等位基因频率（Pi）、遗传杂合度（H）和多态信息含量（PIC）,分析了中国美利奴羊（新疆军垦型） 微卫星DNA的多态性.4个微卫星位点OarDB6、BM1824、BM6438、BM6506在中国细毛羊品种超细品系中PIC平均值为0.6074,该4个微卫星位点可以用于中国细毛羊遗传多样性的评估.遗传杂合度平均值为0.86145,表明该品系绵羊遗传多态性丰富,群体遗传变异较大,并且4个微卫星基因座适用于绵羊的遗传连锁分析研究.     

贵州马铁菊头蝠群体遗传结构的微卫星分析

利用6对微卫星引物对贵州马铁菊头蝠的等位基因频率、基因杂合度和多态性信息含量进行了遗传检测。结果表明,6对微卫星引物共扩增出18个等位基因。基因频率分布在0.021 0～0.833 0之间。6个微卫星位点的平均杂合度为0.342 7,平均多态性信息含量为0.381 3。分析认为贵州马铁菊头蝠遗传多样性相对较低。     

甘肃3个特有少数民族回族和汉族DYS287 DYS19的遗传多态性研究

以中国甘肃的3个特有少数民族,天水汉族、天水回族、临夏回族6人群为研究对象,采用RCR技术及变性聚丙烯酰胺凝胶电泳法,分析了高变染色体特异的微卫星DYS19的等位基因分布规律,共检出7种等位基因.甘肃3个特有少数民族DYS19的等位基因频率存在显著性差异(P＜0.05).通过PCR方法调查了Alu元件插入基因座DYS287的多态性.结果显示,除保安族没有发现Alu插入外,其他人群均发现Alu插入,其中临夏回族表现了较高的插入频率(12.9%).MDS分析表明:裕固族和汉族的遗传关系比较接近,6人群遗传距离和空间距离没有明显的相关性.     

四川藏鸡保种群遗传多样性研究

利用6对藏鸡微卫星引物对四川甘孜州乡城县藏鸡保种群进行了遗传多样性研究.结果表明：6个微卫星座位中共检测到31个等位基因,单个座位的等位基因数为2~10个,平均等位基因数为5.16个.各座位PIC值分布范围在0.177~0.700之间,平均PIC值为0.537,6个微卫星位点在藏鸡中存在多态性.各座位的表观杂合度在0.220~0.980之间,期望杂合度H在0.198~0.745之间,等位基因频率的范围为1%~89%.本文研究结果表明藏鸡保种群的遗传杂合度较高,遗传多样性丰富.     

中国西北部5个民族群体Y染色体遗传分析

研究了来自中国西北部甘肃省的5个民族群体的403个男性个体的Y染色体遗传特征,其中3个为甘肃省特有少数民族:东乡族(133人)、裕固族(56人)、保安族(78人).另外,还有回族(66人)和汉族(70人).研究共涉及Y染色体上的17个遗传多态位点,其中1个是微卫星(DYS19).另外,有16个位点是单核苷酸多态位点,包括M9,92R7,SRY1532,Tat,LLY22g,SRY2627,RPS4Y,12F2,SRY8299,SY81,M20, L1Y,SRY 465,47Z,APT和DYS287(YAP).除了插入片段多态位点DYS287(YAP)使用琼脂糖直接检测外,其余位点均采用PCR-RFLP方法研究.在所研究的5个群体中,仅有7个单核苷酸M9,92R7,SRY1532,RPS4Y,12F2,L1Y和DYS287(YAP)表现为多态,且构成了9种单倍群(单倍群HG1,HG2,HG3,HG4,HG9,HG10,HG13,HG16和HG26).其中:回族拥有全部9种类型,而东乡族和汉族拥有8种,保安族和裕固族占据7种类型.     

雌核发育棕点石斑鱼EST-SSR的开发验证

通过人工雌核发育棕点石斑鱼(Epinephelus fuscogutatus)的转录组序列,共获得了24 359个微卫星位点,棕点石斑鱼转录组的微卫星重复基序具有不同的分布特征,其中以单碱基(34.05%)、二碱基(37.58%)和三碱基(22.75%)为主要的EST-SSR基序重复类型.根据微卫星引物设计原则,随机筛选了93个EST-SSR位点来进行引物合成和多态性检测,最终开发了48个具有多态性的微卫星标记,并在不同棕点石斑鱼群体中进行了初步的验证.结果显示:每个位点等位基因数(Na)为2～22,平均等位基因数为9;观测杂合度(H_0)为0.111～1.000,期望杂合度(He)为0.636～0.940;多态信息含量(PIC)为0.538～0.922个,表明48个EST-SSR位点均表现出高多态性(PIC 0.5).结果表明:基于雌核发育棕点石斑鱼转录组数据,开发微卫星标记是可行的.本研究所开发的具有多态性的微卫星标记可应用于棕点石斑鱼及其近缘种的遗传多样性分析和分子标记辅助育种研究.     

常用近交系小鼠微卫星DNA多态性的分析研究

摘要：目的用微卫星引物对常用近交系小鼠进行遗传监测和DNA多态性分析。方法通过Genome Database选 取位于小鼠不同染色体上的15个微卫星位点,应用PCR扩增技术对近交系小鼠C57BL／J、DBA／2、C3H、BALB／e、 129、FVB、SCID进行微卫星DNA多态性的分析。结果15个微卫星位点除D8Mitll3、D13Mit88无扩增条带外,其 余13个微卫星位点引物对七种近交系小鼠均有稳定扩增,同一品系不同个体之间表现为单态性;不同品系个体之 间表现为多态性。结论所用微卫星位点具有信息含量高、分布广、扩增稳定、高度多态性的特点,各位点PCR的 稳定扩增,依其DNA多态性的特点来判定各品系间的遗传差异,是一种准确客观、方便快速的遗传监测方法。     

应用PCR-STR技术构建一种数字化基因家谱

应用PCR-STR检测技术对收集到的家族成员的生物学样本进行检测分析,在得出明确的STR基因分型的基础上,由符合国际化标准的等位基因分型码形成基因数字串,同对应的基因座编码构成数字化基因家谱基本单位,再与个人信息等组成可以体现家族成员遗传标记和遗传关系的数字化基因家谱.数字化基因家谱对家族本身和群体遗传学研究具有重要意义.     

辽宁汉族人群6个短串联重复序列基因座的遗传多态性

利用多重PCR和4色荧光(5-FAM,JOE,NED和ROX)自动化检测技术调查辽宁地区汉族人群CSF1PO,THO1,D16S539,2S1338,D19S433和TPOX等6个STR基因座多态性分布并计算该6个基因座的基因频率(Pi)、个体识别率(DP)、无偏倚期望杂合度(H)、多态性信息含量(PIC)和非父排除率(PE)．结果显示,6个STR基因座的基因型分布符合Hardy—Weinberg定律．6个STR基因座累积个体识别率(CDP)为0．99999948,累积非父排除率(CPE)为0．98927．6个STR基因座适合作为中国人群的遗传标记,用于人类学、遗传疾病基因连锁分析、法医学亲子鉴定和个体识别等研究领域．     

中国江苏地区汉人群五个高多态性短串联重复序列(STR)基因座基因频率分布调查

为选择有较好基因频率分布的短串联重复序列遗传标记,对中国江苏地区随机汉族人群的D5S818、D19S253、D12S391、D2S1338和D22S684 5个微卫星基因座进行了基因频率分布调查,并评估它们作为法医遗传标记在中国江苏地区汉族群体中的效能.采用Chelex-100法从中国江苏地区无血缘关系汉族个体的血样本105份中提取DNA,特异引物聚合酶链反应,产物经6%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离,银染检测.这5个STR基因座在中国江苏地区汉人群均显具有高度遗传多态性并符合Hardy-Weinberg定律,它们的个人识别率(DP)范围从D5S818的0.892 8到D2S1338的0.952 7,非父排除率(PE)范围从D5S818的0.538 5到D2S1338的0.690 7不等.5个基因座的联合DP值和联合PE分别为0.999 997和0.991 8.在D22S684基因座,首次在汉人群报道的等位基因频率分布与英国Caucasian,Afro-Caribbean和Asian from the Indian 3个人群相比较,卡方检验有显著差异(P《0.005).为常规应用这8个STR遗传标记在中国江苏地区汉人群中进行亲子鉴定和个人识别提供了概率计算依据和群体遗传学数据.     

基于STR基因频率探究我国32个行政区域汉族亚群的遗传特征

探究我国不同行政区域汉族亚群间的分子遗传学关系一直是广受学术界关注的问题。短串联重复序列(STR)常应用于分子遗传学研究。综合采用了聚类分析、主成分分析和MCOA分析等统计学方法,对我国32个行政区域汉族亚群的9个常见STR基因座(D8S1179、D21S11、D7S820、D3S1358、D13S317、vWA、D18S51、D5S818、FGA)的等位基因频率数据进行了系统计算分析,初步探究了我国汉族亚群间的分子遗传关系、空间分布特征及分布格局的成因。研究发现,以长江为界,汉族可清晰地划分为南方汉族和北方汉族两大群体。北方汉族群体中,山东、天津与其它汉族亚群的遗传距离较大;南方汉族群体中,香港、海南和广西汉族亚群亲缘关系密切,但与南方其它汉族亚群遗传距离较大。厦门汉族亚群与北方汉族亚群的亲缘关系相对较近。主成分二维散点图从整体上体现出我国汉族亚群广分布、小聚集的空间分布格局。MCOA分析发现,形成我国汉族亚群目前分布格局的3个主要原因是:长江的地理隔离、历史上的洪涝灾害、战争或人祸引发的人口迁徙等。     

江苏地区汉族人群六个短串联重复基因座的群体遗传学研究

采用复合扩增、聚丙烯酰胺凝胶电泳分型和银染显示的方法,对江苏地区汉族人群中111个无关个体的6个短串联联重复（STR）基因座（CSF1,TPOX,TH01,D16S539,D7S820和D13S317）进行了群体遗传学研究。经X^1检验。6个基因座的基因型频率符合Hardy-Weinberg平衡定律（P＞0．05）。它们的联合个体识别率（DP）值＞0．9999;联合非父排除率（PE）值＞0．9882。这6个基因座在江苏地区汉族人群中显示了高度的多态性和良好的鉴别能力,在法医学个人识别及亲子鉴定中有很高的应用价值。     

东北三省汉族人群的遗传特征及族源推断研究

为研究东北三省汉族人群17个常染色体STR基因座的遗传多态性,在获得书面知情同意的基础上,研究抽取了东北三省汉族人群中无直接亲缘关系的326份血样卡,其中,辽宁省63份,吉林省107份,黑龙江省156份。使用PowerPlex@21 System荧光扩增试剂盒对17个STR基因座进行基因分型,再利用Modified-Powerstates软件计算其法医学参数。经分析得出,在17个基因座中,13个基因座的个体识别能力及遗传多态性较高,其中D18S51、FGA和PENTA_E 3个基因座尤为突出;剩余4个基因座中,D3S1358和CSF1PO中等,TH01和TPOX较低。同时对东北三省汉族人群和其他14个人群进行族源推断,通过对等位基因频率进行主成分分析、遗传距离计算、多维尺度分析,研究发现14个人群中的所有汉族、云南白族、云南彝族、云南纳西族和韩国均与东北三省汉族的人群之间具有较近的遗传距离,而剩余人群则与目标人群距离较远。     

中国野猪核DNA SANDX-2位点遗传变异分析

研究测定了89个中国野猪和1个家猪未知功能核基因SANDX-2位点的序列.在序列比对后长510 bp左右,发现有2处4种类型碱基缺失,30个位点发生碱基替换,共定义了19种单元型.在野猪中共发现18种单元型,其中7种只在某一地方种群中发现,11种为地方种群间共享单元型.用邻接法基于核苷酸 Kimura 2-parameter模型构建系统发生树中,19种单元型被明显分为2大枝.尽管各枝得到的Bootstrap值均较低,且各地方种群中出现的单元型散布在不同的进化枝中,但单元型在野猪亚种内的分布已出现了一定的地理分布格局.若不考虑碱基的插入/缺失,用TCS构建19种单元型网络表明,HAP2单元型为一古老单元型,其他为衍生单元型.     

用基因扫描技术对新疆维吾尔族4个STR位点遗传多态性的分析

研究了新疆维吾尔族群体4个STR基因位点D5S18、D13S317、D7S820和D16S539的基因及基因型分布,获得4个基因库的群体贵传学数据。采用PCR扩增技术和基因扫描技术进行群体样本STR遗传结构分析,并与其他种族、人群的等位基因频率进行比较。结果表明,4个基因位点在新疆维吾尔族人群中均具有遗传多态性,4个基因座的基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡定律（P＞0．05）,不同人群基因频率分布存在一定的差异。     

封闭群比格犬微卫星的筛选及初步应用

摘要:目的 筛选可用于比格犬遗传检测的微卫星位点,并对小型比格犬群体进行了遗传结构分析。 方法 选取来自文献的微卫星位点 120 个,包括比格犬位点 23 个和其他犬类遗传检测的位点 97 个。 用 DNA 池对这些位点进行 PCR 条件优化后,挑选扩增效果优良的位点对常用比格犬群体进行荧光标记 STR 扫描和群体遗传结构分析,依据期望杂合度( He)和香农指数挑选符合要求微卫星位点计算群体遗传参数。 结果 在候选的 120 个位点中共有73 个位点扩增效果优良,STR 扫描后选用 49 个位点进行遗传分析,结果显示该群体有效等位基因数、期望杂合度、平均杂合度、香农指数、多态性信息含量分别为 4. 9230、0. 7574、0. 7375、1. 6625、0. 7038,证明该群体遗传多态信息丰富,群体遗传多样性高。 结论 所选 49 个微卫星位点可用于比格犬遗传检测,这些位点还需用更多群体进行验证和优化。