基于序列剖面和可及表面积的蛋白质相互作用位点的预测

蛋白质相互作用位点的预测对于突变设计和蛋白质相互作用网络的重构都是至关重要的.由于实验确定的蛋白质复合物和蛋白质配体复合物的结构依然相当少,预测蛋白质相互作用位点的计算方法就显得十分重要.该文提出了一种以支持向量机为分类器,以邻近残基的序列剖面和可及表面积为输入数据来预测蛋白质相互作用位点的方法.计算结果显示,界面残基和非界面残基被识别的准确率为75.12%,假阳性率为28.04%.与输入数据仅有序列剖面的方法相比,界面残基和非界面残基被识别的准确率提高了4.34%,假阳性率降低了4.63%.     

基于复合物结构和网络拓扑特性的关键蛋白质识别算法

关键蛋白质的识别有助于从分子水平上理解生命的活动过程,然而仅从拓扑特性角度来识别的关键蛋白质不够精准,因此为了提高识别准确率,结合复合物信息提出了确定蛋白质关键性的指标模型EIC,该模型是基于蛋白质复合物内的局部中心性特性以及网络的全局信息特性来考虑.使用DIP和MIPS两种蛋白质相互作用(PPI)网络作为实验数据集,...     

基于蛋白质相互作用网络的蛋白质复合物和功能模块预测算法研究进展

蛋白质相互作用网络中的模块化结构通常对应于蛋白质复合物或者蛋白质功能模块。基于蛋白质相互作用网络预测蛋白质复合物和功能模块不仅有助于理解生命有机体的细胞生物过程,而且可为探讨疾病的发生、发展和治疗以及合理的药物开发提供重要的基础。本文通过回顾近二十年来基于蛋白质相互作用网络的蛋白质复合物和功能模块预测算法研究的发展历程,按照静态蛋白质相互作用网络(SPIN)和动态蛋白质相互作用网络(DPIN)两个方向分别梳理预测算法所涉及的方法和技术,同时归纳常用的数据集并分析所面临的问题,为进一步研究提供有价值的参考。     

基于复合物信息和亚细胞定位信息的关键蛋白质识别

针对蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络中存在大量噪声,以及现有关键蛋白识别方法的挖掘效率和预测准确率不高等问题,提出一种基于复合物信息和亚细胞定位信息(united protein complexes and subcellular locallizations,PCSL)来识别关键蛋白质。首先,整合PPI网络的拓扑属性、生物属性和空间属性构建加权网络,以降低PPI网络中噪声的影响,达到提升PPI网络的可靠性的目的;其次,根据复合物信息和空间信息,设计一种衡量蛋白质关键性的度量,从多维角度强化关键蛋白质在PPI中的重要程度;最后,利用基于PPI网络拓扑特性的寻优算法,设计一种新的试探策略,提升挖掘关键蛋白质的效率。PCSL方法应用在DIP(database of interacting protein)数据集上进行验证。实验结果表明,与其他10种关键蛋白质识别方法相比较,该方法具有较好的识别性能,能够识别更多的关键蛋白质。     

一种融合多组学数据的关键蛋白质预测算法

关键蛋白质在维持生物体的生理活动中发挥着重要的作用，预测关键蛋白质有助于设计药物分子靶标.随着高通量技术的发展，基于蛋白质相互作用关系数据采用计算方法识别关键蛋白质成为当前的热门研究.研究表明，将蛋白质相互作用网络与其他生物学信息结合起来能够更有效地识别关键蛋白质.因此，本研究提出一种整合蛋白质相互作用数据、基因本体注释信息、蛋白质亚细胞定位信息及蛋白质结构域信息的识别关键蛋白质的新方法TGSD.为了评估新算法的有效性，选取4组常用的酵母测试数据集进行仿真实验，详细比较TGSD方法与其他7种经典方法的识别效果.数值结果显示，TGSD在预测正确关键蛋白质数目和准确率等统计指标上明显优于其他算法.     

基于小波变换的蛋白质与DNA相互作用的计算机预测

蛋白质与DNA的相互作用在细胞的转录调控和DNA修饰等活动中至关重要.将改进的共鸣识别模型应用于预测酵母蛋白质与DNA的相互作用,运用小波变换找出阳性数据和随机数据的信噪比分布的差异,并通过阈值的选取达到了较好的预测结果.同时,将阳性数据与相应复合物的序列进行序列联配,找到了保守位点,进而从结合位点的角度验证了本方法的正确性.     

基于模体中心结构的蛋白质复合物识别算法

基于蛋白质相互作用的网络有明显模块化特征, 其对预测蛋白质功能、解释特定的生物进程具有重要作用, 网络模体是复杂网络演化的 重要拓扑结构, 其代表了复杂系统中的重要功能单元, 具有进化保守性的特性, 提出一种新的基于网络模体为核心节点组的蛋白质复合物识别算法. 该算法根据蛋白质相互作用网络的拓扑特性, 将模体作为蛋白质复合物的中心结构体, 并基于中心结构体进行二层节点扩充, 能准确有效地识别蛋白质复合物. 并且将复合物二维网络进行三维转化, 从而更直观清晰地展示复合物的结构体特征. 实验结果验证了该算法的有效性及可行性.     

蛋白质功能预测的蚁群优化算法

预测蛋白质功能是后基因组时代最具挑战性的问题之一,在大规模数据下采用高性能的功能预测算法能够节省大量的实验时间和成本.利用基于蛋白质相互作用网络的全局优化模型,提出了蛋白质功能预测的蚁群优化算法,算法在考虑全局模型的同时还利用了网络的先验信息,提高了搜索效率,仿真结果表明,蚁群优化算法能够有效对蛋白质功能进行预测,并且对蛋白质相互作用网络中的假阳性、假阴性数据具有较高的容错能力.     

酿酒酵母氧化应激系统的结构生物学基础

酿酒酵母是目前研究背景最为清楚的单细胞真核生物,迄今已知有78个基因编码的蛋白质直接参与其氧化应激反应.这些蛋白质按照功能可以被分为三大类:感应蛋白、调控蛋白和效应蛋白.我们从效应蛋白出发,沿着硫氧还蛋白系统和谷氧还蛋白系统的电子传递路线,逐一解析了所有关键节点蛋白质的三维结构.结合这些蛋白质的生化性质研究、蛋白质-蛋白质复合物的鉴定和结构解析,以及酵母基因组数据库中日益更新的实验数据,我们已初步建立参与酵母氧化应激反应的效应蛋白在原子分辨率上的相互作用网络.这些研究将为我们理解人类氧化应激反应的作用机理提供重要提示,进而可能用于疾病治疗和抗衰老药物的设计.     

研究蛋白质相互作用的新系统——酵母双杂交系统

自酵母双杂交系统创建以来，已经成为研究蛋白质相互作用的重要手段，被广泛用于各个生物学研究领域，揭示了大量未知蛋白质之间的相互作用，近来，在经典的酵母双杂交系统基础上，又相继提出许多新的研究方法，如：三杂交系统，单杂交系统，逆向双杂交系统，ＳＯＳ富集系统等，酵母双杂交及其衍生系统已经成功地运用于蛋白质之间，蛋白南与ＤＮＡ、ＲＮＡ、配体之间的相互作用的研究。     

酵母双杂交筛选与视黄醇结合蛋白有相互作用的蛋白质

为了研究视黄醇结合蛋白(RBP)在维生素A代谢调控中的作用和与相关疾病发生、发展的关系,以RBP作为诱饵基因构建了融合表达载体pGBKT7-RBP;在排除自身转录激活活性的基础上,与人肾脏cDNA预转库融合筛选(Pretransformed MATCHMAKER Lbraries),经营养缺陷型和X-α-gal显色鉴定,从中筛选出三种与RBP有相互作用的新蛋白质,并从人睾丸cDNA库中克隆了这三个基因的全长序列。     

蛋白质及其水解物的分析应用

蛋白质是重要的生物高分子,具有催化、传输、运动、防御和调节等重要生理功能.本文介绍了蛋白质的功能特性、蛋白水解物的研究应用现状,展望蛋白质改性的应用前景.     

测定饲料蛋白质含量的一种新方法

本文介绍一种测定各种饲料蛋白质含量的新方法—蛋白质水解茚三酮法。将标准蛋白和几种饲料样品加3％H_2SO_4,直接加热6小时,通过蛋白质水解产生的氨基酸与茚三酮反应的光吸收值,计算总蛋白量;与未水解的标样及饲料样品的甲醇提取液的茚三酮反应吸收值之差计算去游离氨基酸的纯蛋白质量。本法与凯氏氮素定量法无显著差异,与DAVID L·MARKKS报导的密封水解24小时的效果相同。     

基于网络拓扑和多种生物信息融合的关键蛋白质识别算法

关键蛋白质的识别有助于了解细胞存活的基本需求,并为疾病治疗找到新方法,但是蛋白质自身携带着复杂的生物特性,仅依赖网络拓扑特性不能精准地判断其关键性.因此,提出一种新方法来提高识别关键蛋白质的准确率.首先,考虑网络拓扑特性以及蛋白质在不同亚细胞中的重要程度,定义了SNC方法;其次,利用蛋白质在亚细胞与复合物信息中的特性定义了SIDC方法;最后,通过融合网络拓扑结构和多源生物信息,提出了关键蛋白质识别算法CTB.在YDIP、YMIPS和Krogan数据集上利用精准率-查全率等多种评估方法进行实验,结果表明CTB算法提高了识别关键蛋白质的性能.     

BIA技术及其在蛋白质科学研究中的应用

生物大分子相互作用分析(BIA)技术可以实时观察分子问相互作用．本文简要阐述了该技术的基本原理及系统组成，以及在蛋白质科学研究中的应用．包括配体垂钓，蛋白质相互作用，蛋白质功能鉴定等．     

生物化学实验"蛋白质沉淀反应与盐析作用"解析

该文针对生物化学实验蛋白质沉淀反应与盐析作用中一些学生不能科学解释的实验现象进行了详细分析.为学生更深刻地理解理论知识做了必要的铺垫,也为今后的教学提供了宝贵的参考资料.     

苜蓿叶蛋白提取效果及叶蛋白氨基酸组成的研究

采用不同浓度的硫酸铵和不同组合的酸化、碱化方法,提取苜蓿叶蛋白研究发现:采用加热,加醇复合处理效果比单一酸碱处理效果好;优化处理组分析表明采用30%硫酸铵提取苜蓿叶蛋白效果最好;苜蓿叶中蛋白氨基酸种类齐全,含量高,比例协调,是一种蛋白含量高的植物蛋白.     

大豆蛋白质的溶出工艺研究

采用凯氏定氮法和Bradford法测定蛋白质含量,计算大豆浆液中大豆蛋白质的溶出率。通过对NaCO3浓度、料液比、浸泡时间和温度的改变优化大豆蛋白质的溶出条件。结果表明,在常温下最佳的浸泡条件为0.4%的NaCO3和16h的浸泡时间,根据对浆料蛋白浓度的要求选择适当的料液比,在50℃条件下浸泡时间减少到6h。     

番茄丛矮病毒组(Tombusviruses)成员外壳蛋白是一种单双链DNA结合蛋白

应用South-western技术以番茄丛矮病毒组(tombusvirus)6种病毒为材料研究了它们的外壳蛋白对单双链DNA的结合作用。结果表明tombus-组6种病毒(PLCV,AMCV,CNV,CyRSV,PAMV,TBSV)的外壳蛋白及PLCV重组外壳蛋白是一种单双链DNA结合蛋白,对单链DNA的结合能力远远超过双链DNA。这种结合作用可能与在tombus一组病毒外壳蛋白立体空间结构有关,因为当蛋白变性时结合作用大大降低。另外,一旦外壳蛋白与单链DNA发生相互作用,用4moL/L尿素或0.1％SDS在90°C水浴中难以洗掉。Tombus一组病毒外壳蛋白这种对单双链DNA的结合作用可能表明它们是一种参与病毒体内运输或调节复制的蛋白。     

BCG 65KD热休克蛋白的纯化

目的：研究卡介苗（BCG）65KD热休克蛋白的提纯方法。方法：BCG经37℃恒温振荡培养两周,42℃热休克处理2h,培养液经离心、抽滤、盐析沉淀、SDS-PAGE分离、电泳洗脱等步聚纯化。结果：提纯产物经SDS－PAGE分析,其电泳区带在65KD位置,经抑制试验表明具有较高抗原活性结论：流程方法简单、实用,有助于对IDDM的诊断及其深入研究。