蛋白质二级结构中对应的密码子关联的进一步讨论

从概率论的角度出发,以人和大肠杆菌蛋白质为模式,研究了蛋白质二级结构中有显著统计意义的mRNA序列上的密码子上下文关联,以及蛋白质序列上的氨基酸上下文关联.从而给出了99%置信水平上的各二级结构中的反常密码子上下文关联偏好型.为了进一步检查反常密码子关联对二级结构的影响是否有位点保守性,研究了密码子上下文关联以及氨基酸上下文关联与二级结构位点的关系,结果显示反常密码子关联与二级结构位点没有强关联.所得结果可以给出哪些密码子的上下文关联对蛋白质二级结构有影响,且对改进蛋白质二级结构的预测有一定的参考价值.     

密码子上下文关联与蛋白质二级结构

对人(Homo sapiens)117个蛋白质和大肠杆菌(Ecoli)的87个蛋白质的各二级结构相对应的mRNA序列中的密码子上下文关联作了统计分析，发现它们的使用对不同种属的蛋白质二级结构有不同的偏好，对同一种属蛋白质的不同二级结构也有不同的偏好．与密码子和单碱基关联的结果比较，说明密码子上下文关联可以更加准确地预测蛋白质二级结构．     

同义密码子用语与蛋白质二级结构信息

对人体117个蛋白质和大肠杆菌的185个蛋白质的各二级结构相对应的mRNA序列中的同义密码子与氨基酸上下文关联熵、蛋白质序列中氨基酸与氨基酸上下文关联熵作了统计分析，发现密码子关联确实比氨基酸关联对蛋白质二级结构提供的信息量大，而且人蛋白质中同义密码子提供的二级结构信息比大肠杆菌中多．同时，证明了在相对信息剩余大于等于30％的情况下，Adzhubei给出的九种氨基酸中的八种其同义密码子在某些二级结构中明显的携带结构信息；此外A，N，D，R，H，C，Y这几种氨基酸的同义密码子在某些二级结构中也明显地携带结构信息．     

tRNA丰度是影响蛋白质二级结构形成的一个因素

从人和大肠杆菌蛋白质和DNA序列的统计分析，发现mRNA的对应一定蛋白质二级结构的m密码子片段(m=3，4，…，8)，当平均tRNA拷贝数高时(对于人高于11，对于大肠杆菌高于2．O)，偏好编码螺旋，而避免编码线团；当平均tRNA拷贝数低时，偏好性正好反过来．对于beta折叠，未发现和tRNA拷贝数有明显的统计关联．对大肠杆菌也研究了密码子频数与蛋白质二级结构的相关性，其间的关联比tRNA拷贝数与蛋白质二级结构的关联弱．因此，tRNA拷贝数与蛋白质二级结构的关联可能更为本质．机制目前尚不清楚．一种可能的解释是：tRNA丰度以某种方式影响了新生肽链的折叠，通过翻译精度的因素影响了蛋白质二级结构的形成．     

连续小波变换在蛋白质结构预测中的应用

将代码为3pgal蛋白质的氨基酸序列映射为疏水值序列，在合适的尺度下，通过连续小波变换方法可对其非规则二级结构进行预测，淮确率为83．3％。从PDBsum数据库中随机抽取100个蛋白质作为测试对象，经本法处理后，1853个非规则二级结构中有1424个能被淮确预测到，平均预测淮确率为76．8％。结果表明：该法可较好地预测蛋白质的非规则二级结构，具有极大的发展前景。     

一种预测蛋白质结构型的新方法

基于蛋白质的结构类型决定于它的二级结构序列的概念 ,将蛋白质的二级结构含量和二级结构序列参数 Nα,Nβ,Nβαβ结合起来构成离散源 ,分别计算四种结构类型的标准离散量 D( Xα) ,D( Xβ) ,D( Xα/β) ,D( Xα β) ,利用离散增量的概念 ,蛋白质的结构类型是由这个蛋白质的离散量 D( X)与四个标准离散量之间离散增量的最小值所决定的 .因此 ,对标准集中 35 9个蛋白的结构型进行检测并对检验集中 1 1 7个蛋白质进行结构预测 ,标准集的准确率为 87% ,检验集的预测准确率为 88%     

多肽链二级结构的氢键定义及氨基酸残基间的氢键分布

蛋白质的生物功能往往决定于它的三维结构，而二级结构是蛋白质的氨基酸顺序和三维构象之间的桥梁，决定了蛋白质折迭的框架，氢键是稳定二级结构的主要作用力。通过Kab—sch—Sander的二级结构的氢键定义，由氢键识别模式对二级结构及其氨基酸残基问的氢键作了统计分析，发现二级结构中的氨基酸残基的丰度与其提供氢键的能力没有统计关联，但氨基酸残基(除ser外)的CO基团形成氢键的能力越强，其NH基团形成氢键的能力越弱，反之亦然I同时给出了各种残基对在*螺旋中形成氢键能力的比较。     

由氨基酸序列预测蛋白质二级结构的进一步研究

本文在工作[1][2]的基础上进一步研究了蛋白质二级结构的经验预测,着重讨论了如何制定预测规则的问题,并将预测工作计算机化.在蛋白质资料库中随机选取了21个蛋白质(3296残基)进行预测,正确率对α螺旋和β折迭分别为84.4%和81.9%.     

不同折叠类型蛋白中基于密码子的二级结构偏向性分析

在传统的Chou-Fasman蛋白质二级结构预测方法的基础上引入同义密码子使用的信息,计算了200个蛋白(49种全α结构蛋白,69种全β结构蛋白,38种仅α β结构蛋白,44种α/β结构蛋白)中不同密码子对应的氨基酸形成不同二级结构(α：螺旋,β：折叠,C：卷曲)的偏向性参数．通过对这些密码子对应氨基酸二级结构偏向性的分析,得到了氨基酸二级结构偏向性分析中所忽略的同义密码子的蛋白结构信息．这些新的信息量对于指导蛋白质设计以及提高蛋白质二级结构预测的准确率有着一定的作用．     

蛋白质结构类预测的新方法：基于蛋白质二级结构序列的预测方法

提出了由蛋白质二级结构序列预测蛋白质结构类的新方法，并给出了预测蛋白质结构类的简明预测规则。     

杏南地区PⅠ-SⅡ油层组高分辨率层序地层学研究

为了确保大庆油田二次开发及三次采油的顺利实施,重新开展了杏南地区主要油层的高分辨率层序地层划分和对比的分析和研究工作。运用高分辨率层序地层学原理对不整合面、整合面、初次湖泛面及最大湖泛面等各级界面进行识别和对比。通过对层序边界形成机理、识别方法及标志、边界类型及特征等方面的研究,结合各级层序内部结构特征,建立研究区目的层的等时地层格架。依据各级层序界面标志,研究区目的层被分为2个长期基准面旋回LSC1和LSC2;3个中期基准面旋回MSC1、MSC2及MSC3;35个短期基准面旋回。     

A Property of m-Tuplings Morse Sequence

0 IntroductionLeSt= u{s0fi r,s1t}i nbter oad tuwceotlheettemr-st ualpplihnagbse tM aonrdse Sse*qubeen tchee. frLeeetmonoid generated byS. Consider the following homomor-phismonS*,σ∶0→01m-1,1→10m-1,where 0m-1(respec-tively 1m-1) representsm-1 consecutive 0 (respectively 1)digits . Thusσn(0) asn→∞, we define aninfinite sequenceu=u0u1…un…∈{0 ,1}N,whichis calledthem-tuplings Morsesequence. Obviously,the casem=2 yields the Thue-Morsesequence and this sequence has been studied intensiv…     

三种跳频码序列的仿真及其性能分析

本文对FH通信系统中的三种跳频序列：m序列，RS序列及混沌序列分别进行了仿真，并且从纵向和横向上定量地比较了它们的性能．从总体上看，混沌序列码要优于其它序列，更适合在实际跳频系统中应用．     

Lucas数列的模数列的一组周期

Lucas数列的模数列是与模m相关的周期数列。根据Lucas数列的模数列和周期的定——利用初等数论的相关知识,讨论了Lucas数列的模数列的周期性,证明了当模m是小于20的不同的素数2,3,5,…,17,19时,Lucas数列的模数列{bn(m)}的周期分别是3,8,34,16,10,28,36,18。     

无约束最大子序列求和改进算法

给出了无约束最大子序列求和的一种改进算法,在不增加复杂性的前提下,突破了美国Mark A llen W eiss教授在约束条件下对该问题求解的算法,即该算法不能计算所有整数为负数情况下的最大子序列和(否则,结果视为0),从而解决了针对所有整数的无条件约束最大子序列的求和问题.     

无约束最大子序列求和改进算法

给出了无约束最大子序列求和的一种改进算法，在不增加复杂性的前提下，突破了美国Mark Allen Weiss教授在约束条件下对该问题求解的算法，即该算法不能计算所有整数为负数情况下的最大子序列和（否则，结果视为0），从而解决了针对所有整数的无条件约束最大子序列的求和问题．     

算子Fredholm序列的性质

讨论算子Fredholm序列的性质，并且得到一致收敛的有界线性算子序列为算子（上半，下半）Fredholm序列的等价条件，这也是单个（半）Fredholm算子情形的推广．     

一类由交织方式构造的零相关区序列偶集

在QS-CDMA系统中,使用零相关区(ZCZ)序列偶能够避免共信道冲突和多址干扰,文中提出了一种利用最佳二进序列偶通过交织技术构造ZCZ序列偶集的新方法,它能够在一定范围内任意选择零相关区的长度,构造出具有不同零相关区长度的ZCZ序列偶集.     

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Ａｓｅｍｂｌｙｓｅｑｕｅｎｃｅｐｌａｎｎｉｎｇｉｓｏｎｅｏｆｔｈｅｋｅｙｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓｆｏｒｐｒｏｄｕｃｔａｓｅｍｂｌｙａｕｔｏｍａｔｉｏｎ．Ｉｎｒｅｃｅｎｔｙｅａｒｓ,ｍｏｒｅａｎｄｍｏｒｅｒｅｓｅａｒｃｈｅｒｓｈａｖｅｐａｉｄｔｈｅｉｒ...