生物信息学

生物信息学不仅是一门新学科，更是一种重要的研究开发工具。生物信息学是一门研究生物和生物相关系统中信息内容与信息流向的综合系统科学。只有通过生物信息学的计算处理，人们才能从众多分散的生物学观测数据中获得对生命运行机制的系统理解。生物信息学几乎是今后所有生物(医药)研究开发所必需的工具。只有根据生物信息学对大量数据资料进行分析后，人们才能选择该领域正确的研发方向。     

用于生物信息学的可扩展标记语言

生物信息学代表了科学查询的一个新领域，是专门利用计算资源来回答有关生命的问题。生物信息学的关键性目标是创建能够储存及分析大的生物数据集合的数据库系统与软件平台。鉴于生物数据集合的多样性、生物数据按指数律地增加以及希望能为开放式科学交换共享数据，生物信息学界在不断地探索数据表示、存储及交换的新选择。在过去的几年中，许多生物信息社团转向了使用可扩展标记语言（XML）来满足与生物数据相关的迫切需求。XML正在迅速地成长为生物信息学与生物数据交换的关键性工具。     

生命科学领域的前沿科学:生物信息学

从生物信息学兴起的历史条件,常用的生物信息数据库,生物信息学的基本分析方法,生物信息学和计算机的关系,生物信息学的主要研究内容等方面介绍了生物信息学,阐述了生物信息学的发展前景和亟待解决的问题.     

长春国际生物信息学研讨会简介

为了推动我国生物信息科学的发展，中国科学院院士陆汝钤教授和美国佐治亚大学生物化学与分子生物学系徐鹰教授于2003年联合发起了在中国召开国际生物信息学研讨会的倡议。研讨会的宗旨是推动国内生物信息学的教学、科研与国际交流。陆汝钤教授和徐鹰教授的联合倡议得到了国内外生物信息学领域相关研究人员的热烈响应。目前，国际生物信息学研讨会已经在国内连续召开了3届。首届国际生物信息学研讨会于2003年12月在复旦大学举行，由徐鹰教授和陆汝钤院士联合主持。     

机器学习在生物信息学中的应用

机器学习具有从数据和经验中获取知识的学习能力，能用于从大量生物数据中提取知识的过程。生物信息学是一个融合多门学科的领域，包括分子生物学、计算机科学、物理化学和数学。机器学习算法已成为生物信息学中数据分析算法的主要内容。介绍了典型的机器学习方法以及它们在生物信息学中的应用。     

机器学习技术在生物信息挖掘中的方案探讨

后基因时代，探索和解释隐藏在分子生物学数据库中的有用信息是对生物信息学研究人员的巨大挑战!为了解决分子生物学中遇到的这些难题，有效厦廉价的方法是非常必要的．机器学习是一个崭新的计算机应用领域，而生物信息学是生物学与计算机科学以厦应用数学等学科相互交叉而形成的一门新兴学科．本文分析了机器学习技术的内容，介绍了生物信息学的内涵和新的应用技术，同时探索了机器学习技术对生物信息挖掘应用的途径．这些方法有助于加速生物分子结构预测、基因发现、基因组学和蛋白组学等方面的研究进展．     

基于文献计量的我国生物信息学研究发展动态

目的：认识我国生物信息的发展的概况。方法：采用科学计量学、统计学方法，对CBMdisk生物医学文献数据库、中国期刊网2002年以前国内正式发表的生物信息学文献和首届中国生物信息学会议论文进行了统计分析。结果：生物信息学文献呈上升趋势，1994年开始有生物信息学文献刊载、1998年开始快速增长，2000年开始大幅度增长；文献主要分布于生物科学和医药的基础学科和生物医学工程领域：《生物化这与生物物理学报》、《生物化学与生物物理学进展》、《生物工程进展》等期刊是我国内生物信息学研究文献的主要期刊：北京、上海、湖南等地的研究处于领先地位。结论：物信息学在国内研究的水平呈逐年上升趋势，国内对该学科的认识不断提高，但对该学科发展的认识仍需加强，并提出一些建设性观点。     

我国生物信息学的现状与展望

随着人类基因组计划的启动,生物信息学作为一门计算机处理生物数据的交叉学科发展起来了,本文就生物信息学的产生背景以及我国生物信息学研究的现状及存在的问题,最后阐述了我国生物信息学研究的发展战略和意义等方面予以综述。     

癌症和癌症治疗中的生物信息学方法

生物信息学是用数理和信息科学的观点、理论和方法，以计算机为工具对生物信息进行获取、处理、存储、分配、分析和解释的一门学科，它是生物学、医药学、计算机科学、物理学和数学等学科的有机结合。本书讲述了在癌症研究中所使用的生物信息学分析技术、方法和实验平台等，向读者展示了如何使用生物信息学方法进行癌症相关的研究，以及作为一个连接基础科学与临床应用的桥梁，生物信息学方法是如何积极地影响癌症患者的治疗的。     

生物信息数据库通用数据字典标准化研究

本文首先描述了生物信息学数据库的基本概念,详细分析了生物信息学数据库的产生背景、国内外现状,发展趋势和特点以及标准化的需求,阐述了生物信息数据库通用数据字典的一般内容、结构,功能和编制方法。并且通过对生物信息学的代表性数据库进行详细分析,提出了生物信息学数据库通用数据字典标准化研究的建议和方向。     

青藏高原隆升对中国疆域自然环境的影响：破解“胡焕庸线”的思考

我国疆域广大,人口、土地、耕地和发展程度很不均衡。1933年,知名学者胡焕庸据此提出了著名“胡焕庸线”。利用这条北东南西走向直线,将中国大陆划分为东西两个部分。该线的东、西两侧差异悬殊。究其原由,制约因素的多元的,而近地表的自然环境和地球内部物质与能量的交换起着重要作用。研究与探索表明:(1)印度次大陆与欧亚大陆两陆—陆板块的碰撞—挤压驱使高原南缘喜马拉雅造山带的突起是根本原因。(2)喜马拉雅造山带的突起阻隔了印度洋南来温湿气候的北进,并形成了西风带造成了我国西北地域的干旱和荒漠化。(3)在力系作用下,壳、幔物质重新分异、调整,地壳短缩增厚、高原整体台升不仅导致东、西两部降水量、气温、人口、耕地与生态环境的显著改变,且地球物理场发生了强烈变异与分布不均。(4)西部发展的关键在于水,水进则人进,人进则文化进,文化进则科技进,科技进则发展快,西部人民生活与生存环境不断优化,社会则更安宁。(5)东部不断强化开辟地下空间与利用,西部期盼“红旗河”工程实施,维护生态环境,兴建亿亩现代化耕地、牧场与绿洲。我国东部与西部共同发展与建设十分重要,饭碗要永远端在自己手中。     

写在《实验动物管理条例》发布实施三十周年

《实验动物管理条例》（以下简称条例）是我国第一部关于实验动物管理工作的行政法规）《条例》实施30年来,在实验动物工作规范化、法制化管理,保障实验动物和动物实验的质量,推动我国科技发展和民生保障等方面发挥了重要作用。但随着科技进步、社会经济发展和立法工作的深入,实验动物科学研究和管理工作中出现了诸多新情况和新问题,《条例》在实验动物管理工作中的作用已不能完全适应科技创新、经济与社会发展的需要。因此,修订《条例》并将其上升到法律层面,对规范实验动物管理工作,保证实验动物质量,保障实验动物福利,维护公共卫生安全,支撑科技创新,以及促进国际科技合作与交流具有非常重要的意义。     

野生黄缘闭壳龟资源分布与濒危机制研究

黄缘闭壳龟属世界珍稀濒危物种,中国重点野生保护动物.20世纪70年代前野生黄缘闭壳龟曾广泛分布于中国的河南、安徽、湖北、湖南、浙江、江苏、广西、台湾等省和琉球群岛,野生资源十分丰富,仅河南信阳大别山区的分布面积多达39万hm~2,野生种群数量约40万只.但自20世纪80年代后,随着盗猎强度的加剧,黄缘闭壳龟的分布区和栖息地遭到地毯式的搜索,猎捕手段的多样化及其过度猎捕致使黄缘闭壳龟野生资源日益枯竭.目前只在河南大别山区、安徽皖南山区、安徽皖西山区等地还有少量野生个体生存,稳定的黄缘闭壳龟野生种群仅分布于台湾和琉球群岛.导致黄缘闭壳龟野生资源濒危的原因主要是其性成熟周期长、种群繁殖力低、栖息地遭受干扰破坏等因素,另外,人类贪婪无尽地对其野生资源的索取是导致黄缘闭壳龟自然种群濒危灭绝的重要原因.加强黄缘闭壳龟保护区的建设与管理,加大打击盗猎行为,提高公众的保护意识,建立生态补偿机制,开展自然种群的恢复与重建是拯救黄缘闭壳龟濒危灭绝的有效措施.     

长宁地区富有机质页岩脆性及与裂缝发育关系

页岩的脆性控制着裂缝的形成和演化,对页岩气层的体积改造和页岩气的增产极为关键。以川南长宁地区龙马溪组页岩为例,通过岩石矿物、地球化学和岩石力学等实验对龙一₁亚段的矿物组分、有机地球化学、孔隙-裂缝结构以及力学性质进行测试,分析不同脆性矿物、有机质以及埋深的页岩脆性特征及其与裂缝发育的关系。结果表明,龙一₁亚段脆性最高者为富有机质硅质页岩岩相,石英、长石和黄铁矿等脆性矿物的总含量大于50%,它们能够调节岩石断块的剪切滑移,所积累的能量大于完成岩石整体剪切破坏过程所需的能量;有机质及其在成熟过程中所产生的有机孔隙与微裂缝可促进裂缝的拓展、贯通以及连接,有机碳含量越高,裂缝系统越发育;随着埋深增加,页岩的脆性下降,岩石破裂模式由复杂的劈裂型向单一的剪切型转变;龙一₁¹、龙一₁²小层脆性矿物和有机碳含量最高,脆性指数分别达到了61.31%和60.70%,为压裂甜点层段。     

鹅耳枥属树种叶绿体基因组结构及变异分析

【目的】了解鹅耳枥属(Carpinus)树种叶绿体基因组基因组成及结构特征,为鹅耳枥属的系统发育及基因组进化研究提供参考。【方法】获取鹅耳枥属16个树种的叶绿体基因组,对其进行基因注释,利用生物信息学方法比较叶绿体基因组间的结构特征与变异程度,并以麻栎(Quercus acutissima)为外类群分析了鹅耳枥属的系统发育关系。【结果】鹅耳枥属16个树种的叶绿体基因组均为双链环形结构,均包含1个长单拷贝区(LSC)、1个短单拷贝区(SSC)以及2个反向重复区(IRa和IRb)。叶绿体基因组大小差异较小,最大差异仅1 902 bp。基因排列顺序基本一致,各基因数量相对保守,其中核糖体RNA(rRNA)数量最为保守,所有树种均为8个。此外,鹅耳枥属树种叶绿体基因组在序列长度、基因组成以及GC含量等方面相对保守,但4个边界存在明显的多样性。鹅耳枥属叶绿体基因组中非基因编码区存在较大差异,变异程度较高,而基因编码区差异较小,具有较高的保守性。在叶绿体基因组4个部分中,LSC区的变异程度最高,IRa区的变异程度最低。鹅耳枥属叶绿体基因组中psbA、rps16、atpA、rps19、ndhF、ndhI以及ycf1等基因的编码区存在显著差异。此外,ycf3-trnS, trnS-rps4, trnH-psbA, psbZ-trnfM, matK-rps16, rps16-trnQ, trnQ-psbK, ccsA-ndhD, accD-psaI, ndhC-trnV, trnT-trnL, trnF-ndhJ, atpB-rbcL, trnT-psbD, trnE-trnT, trnD-trnY, rpl32-trnl等基因间隔区的非编码区差异较大。绝大部分基因的编码区长度十分保守,含内含子的蛋白编码基因长度变异主要来源于内含子长度或编码区长度。系统发育分析结果将鹅耳枥属划分为鹅耳枥组与千金榆组,此外由于地理隔离导致欧洲鹅耳枥(C. betulus)、美洲鹅耳枥(C. caroliniana)与鹅耳枥属其他树种表现出较远的亲缘关系。【结论】鹅耳枥属树种叶绿体基因组具有较高的保守性,其基因排列顺序基本一致,未检测到大规模的倒位或基因重排,但其IR区与单拷贝区(SC)边界存在明显的多样性。基于叶绿体基因组构建的系统发育树在一定程度上可以揭示鹅耳枥属树种的系统发育关系。     

卢卡奇"总体性的辩证法"再思考--读《历史与阶级意识》

本文主要依据卢卡奇的《历史与阶级意识》这一经典文本．从卢卡奇、马克思和黑格尔三者之间的关系出发，提出“总体性的辩证法”由以产生的思想渊源和历史背景，并探讨“总体性”范畴的具体含义。文章认为“总体性”首先是一种具体的总体性，即：部分在总体之中，又存留其个体性．总体具有高于部分的地位．部分只能在与总体的联系中才有意义。其次，“总体性的辩证法”是主体和客体相互作用写统一的辩证法．它仅限于社会历史领域，是研究社会历史中主、客体运动的概念。最后，分析论述了“总体性的渴求”与无产阶级的阶级意识之间的关系．指出“．电体性的辩证法”是卢卡奇为了消解实证主义的马克思主义哲学理论．重新恢复了马克思主义哲学的批判价值功能．从而实现了马克思主义哲学在本世纪初的一次重要转向．     

地理视角下的中国四大油气通道合理性分析

能源是社会经济发展必不可少的战略性资源,而能源中又以油气为主体,控制世界油气者,控制世界油气通道;控制世界油气通道者,控制世界经济.本文立足于世界经济贸易地理、国际政治地理的基本理论,采用数理统计法,利用ArcGis软件,对中国四大油气运输通道进行合理性分析.研究发现,四大通道的油气源地、路线选择和中国受益方面是具备合理性的,但每条通道都存在安全隐患.对此,本文提出了相应的对策建议,以保障中国油气进口的安全.     

昆明城市化进程动力机制及对策研究

在分析昆明城市发展现状及问题的基础上，用灰关联法从时间和空间两方面，分析了影响昆明城市化进程的动力机制，根据昆明市存在的问题、存在的制约因素及分析结果，提出了加快昆明城市化进程的有力措施，为制定昆明持续、高速发展战略提供可靠的科学依据。     

臭椿内含物对光肩星天牛取食、产卵的抑制作用

在容器中放置臭椿嫩枝叶及其木段以及喷施臭椿嫩枝叶水浸提物、乙醚提取物的小叶杨木段，测定臭椿及其提取物对光肩星天牛成虫取食、交尾、产卵等的影响。结果表明：强制取食臭椿嫩枝叶，天牛成虫致死率达80％以上；在有选择食料(榆树嫩枝叶)的情况下，天牛成虫基本上不在臭椿嫩枝叶上活动；天牛成虫在臭椿木段上的交尾频次、刻槽数、取食面积比例等均为对照组的5％左右；臭椿嫩枝叶的水浸提物对天牛成虫取食、交尾等影响不明显，但对产卵、孵化具有显的抑制作用，产卵数为对照的35％左右，卵孵化率降低26％左右；喷施乙醚提取物进行强制取食，对照组天牛成虫的着落虫次、交尾频次、产卵数分别是处理的4．5倍、11．3倍、5倍；选择取食，处理组天牛成虫的着落虫次、交尾频次、产卵数分别是对照的27．7％，7．5％，7．5％。臭椿嫩枝叶的乙醚提取物对天牛成虫取食、交尾、产卵、卵孵化有明显的抑制作用。     

非根际土壤中丛枝菌根网和碳酸钙互作对香樟幼苗氮磷养分的影响

为考察非根际土壤中丛枝菌根网(后简称菌根网)和碳酸钙互作对香樟(Cinnamomum camphora)幼苗氮磷养分的影响，模拟构建了植物根际和非根际隔室装置，采用尼龙网隔离实现根际与非根际隔室菌根网互联，在根际隔室中种植香樟幼苗并接种丛枝菌根真菌，在非根际隔室施加或未施加外源碳酸钙，培养期结束后测定植物生物量和氮、磷含量。结果显示：菌根网对香樟幼苗植株生物量，氮、磷摄取量及氮磷比有明显影响；施加碳酸钙明对幼苗植株氮含量、氮摄取量及氮磷比有明显的影响；在施加碳酸钙后菌根网明显提升了幼苗植株生物量，氮含量及氮、磷摄取量，叶片氮、磷摄取量和根的氮磷比；在菌根网存在时施加碳酸钙可明显提高植株氮含量、根和叶的氮摄取量以及根的氮磷比；菌根网与碳酸钙的交互作用明显影响了幼苗植株氮含量，氮、磷摄取量和氮磷比，但对幼苗植株生物量无明显影响。研究结果提示非根际喀斯特土壤中互联菌根网和碳酸钙相互作用能够促进植物对氮磷养分的吸收利用。